• KSBB Journal
• /
• 제20권5호
• /
• pp.387-391
• /
• 2005

고온성 및 초고온성 세균과 고세균 13종 모두에서 관찰되는 167종류 총 16,299개의 보존적 유전자들에 대한 분석을 수행하였다. 단백질대사 관련 유전자들이 80개로 전체 보존적 유전자의 $47.9\%$였으며, 중온성 세균을 제외하고 고온성과 초고온성 세균들에서만 관찰되는 공통유전자는 없어 열 안정성은 특정 단백질의 유무에 따라 이루어지지 않는 것을 알 수 있었다. 하지만 초고온성 세균들은 reverse gyrase를 공통적으로 가지고 있어 고온에서의 DNA의 열안전성에 중요한 역할을 하는 것으로 생각되었다. 유전자보유 계통수와 165 rRNA 유전자 계통수의 비교결과 초고온성 진정세균과 고온성 고세균인 Methanobacterium thermoautotrophicum의 분포 양상이 서로 다르게 나타났다. 167개의 공통 유전자가 한 유전체에서 보이는 distance value들의 평균과 분산에서는 초고온성 진정세균, 초고온성 고세균, 고온성 고세균들끼리 유사한 값을 갖는 것으로 나타났다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제43권3호
• /
• pp.204-211
• /
• 2015

새만금 갯벌로부터 xylan과 locust bean gum (LBG)을 분해하는 미생물을 분리하여 그 생화학적 특성과 16S rRNA 서열을 조사한 결과 Bacillus subtilis로 확인되었다. 분리균 YB-30은 konjac이나 LBG가 존재한 상태에서 배양할 경우 mannanase의 생산성이 급격하게 증가되며, 밀기울이 존재하에서는 xylanase의 생산성이 증가되였다. Konjac (3.5%)과 밀기울(1%)이 동시에 첨가된 배지에서 균의 성장이 정지기에 진입하였을 때 mannanase와 xylanase의 생산성이 최고 수준에 도달하였다. 배양상등액의 mannanase와 xylanase는 60℃와 pH 6.0, 55℃와 pH 5.5에서 각각 최대 활성을 보였다. 고온에서는 두 효소 모두 안정하지는 않았으며 xylanase가 mannanase보다 안정성이 낮았다. 밀기울은 쌀기울보다 많은 양의 arabinoxylan을 함유하고 있으므로 배양상등액으로 분해하였을 때 밀기울로부터 생성되는 환원당의 양이 더 많은 것으로 확인되었으며, 이로 보아 B. subtilis YB-30에 의해 생산되는 xylanase와 mannanase는 사료첨가용 효소로 활용 가능성이 높다고 여겨진다.

• Journal of Nutrition and Health
• /
• 제42권5호
• /
• pp.434-441
• /
• 2009

본 연구는 J774 대식세포에서 FPN 유전자 발현 조절에 구리가 미치는 영향을 알아보기 위하여 수행되었으며 그 결과는 다음과 같다. J774 대식 세포에 구리를 처리하였을 때, iron exporter FPN의 mRNA 수준이 농도 의존적으로 증가하는 것으로 나타났다. 반면, iron importer DMT1의 mRNA 수준은 구리 처리에 의해 영향을 받지 않았다. Actinomycin D를 이용하여 mRNA 합성을 억제한 상태에서 FPN mRNA 분해 정도를 시간별로 추적한 결과, acitnomycin D 처리 후 9시간 경과시 FPN mRNA 수준이 처음 수준의 약 60% 정도로 감소하였다. 배양액에 구리를 첨가한 경우에도 FPN mRNA의 분해 정도는 아무것도 처리하지 않은 대조군과 유의적인 차이가 없었으며, 이로 볼 때 구리는 FPN mRNA의 안정성에 영향을 미치지 않는 것으로 생각된다. 한편, reporter assay 실험 결과 구리의 첨가는 FPN 프로모터 활성을 유의적으로 증가시키는 것으로 나타나, 구리가 FPN mRNA의 전사 과정을 직접적으로 촉진함을 알 수 있었다. 또한, FPN 5'-UTR에 위치하는 IRE (iron response element)의 존재 여부는 구리에 의한 FPN 전사 개시 활성에 영향을 주지 않는 것으로 나타났으며, 이로 볼 때 구리는 철분과는 독립적인 작용 기작에 의해 FPN 유전자 발현을 조절하는 것으로 사료된다. 이상의 결과를 종합해 볼 때, 구리는 대식 세포에서 전사개시 과정을 활성화함으로써 농도 의존적으로 FPN 유전자 발현을 촉진하는 것으로 생각되며, 이는 구리가 철분의 대사에 미치는 새로운 작용 기작을 제시한다. 앞으로, 구리와 철 분의 상호 작용이 FPN의 철분 및 다른 무기질 이온의 세포내 외 수송 (transport)에 어떤 영향을 미치는지에 대한 기능적 연구가 계속적으로 이루어져야 할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
• /
• 제38권2호
• /
• pp.96-102
• /
• 2002

S기 checkpoint기작은 DNA복제 저해나 DNA상해 등에 반응하여, S기 세포주기 정지를 일으키거나 상해 회복에 관련된 유전자들의 전사가 유도됨으로서 진핵세포에서의 유전적인 안정성을 유지한다. 이러한 반응에 대한것ba11 변이주의 결손을 확인하기 위해서, nPB11 (DNA polymerase B possible subunit)유전자의 과다발현 효과에 대해 조사하고, HU (Hydroxyurea)와 MMS (Methyl methanesulfonate)에 대한 감수성 및 DNA상해 물질에 의한 RNR3 (Ribonulectide reductase) mRNA의 전사 유도를 조사하였다. RNR3 mRNA의 전사는 DNA합성 저해에 의해 발생한 스트레스나 화학물질에 의한 직접적 인 DNA상해 등에 의해 유도되어진다. 그 결과, dpb11-1변이주는 DNA상해 물질에 감수성을 나타내었고, RNR3 mRNA전사유도 또한 야생형 균주에 비해 약 40% 정도 감소를 나타내었다. 더욱이 dpb2-1 균주에서도 이와 동일한 결과를 얻었다. 그러므로 DPB2와 DPB11 유전자는 복제에 대한 sensor로서, 복제 정지 요인에 대한 세포주기 반응과 전사 조절에 모두 작용하는 것으로 사료된다.

• 한국잠사곤충학회지
• /
• 제51권2호
• /
• pp.137-141
• /
• 2013

ITS 1, 2, 5.8S ribosomal RNA gene 염기서열 분석과 주사전자현미경 구조 분석을 통해 3종의 페루산 곤충병원성진균들의 동정을 수행하고자 하였다. 이를 위해 두개의 ITS 부위와 5.8S rRNA gene 부위를 포함하는 PCR product를 증폭하여 염기서열 분석을 수행하였으며 분석된 염기서열을 이용하여 NCBI의 BLAST를 이용하여 가장 높은 상동성을 보이는 종들의 ITS1-5.8S-ITS2 염기서열 정보와 비교분석을 위한 근연종들의 염기서열 정보를 다운로드하여 neighbor joining 분석을 수행하였다. 이를 통해 5.8S rRNA 유전자 염기서열은 속 수준에서도 거의 차이를 보여주지 않을 정도로 매우 안정적으로 보존되어 있음을 확인할 수 있었으며 종간 구분이 모호한 결과를 보여주었다. 그와 반대로 ITS 부위의 염기서열은 종에 매우 특이적임을 확인할 수 있었으며, 비교분석에 사용된 Beauveria bassiana strain 간의 차이는 확인할 수 없었다. ITS 염기서열 분석결과를 뒷받침하고자 곤충병원성 진균류의 동정을 위한 분류 key로 사용되는 미세구조 관찰을 위해 주사전자현미경 관찰과 광학현미경 관찰을 통해 B. bassiana 및 Lecanicillium attenuatum의 전형적 구조를 관찰할 수 있었다.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
• /
• 제35권4호
• /
• pp.255-261
• /
• 2017

본 연구에서는 베트남인의 분변으로부터 분리한 유산균의 probiotics 특성을 연구하기 위해 형태학적, 생화학적 특성조사 및 내산성, 내담즙성이 뛰어난 6개의 균주를 선별하고 동정하였다. 6개의 균주의 16S rRNA 분석 결과, L. acidophilus V4, L. plantarum V7, V9, V10, V11, V12의 2개 group으로 동정되었다. 베트남인의 분변으로부터 분리한 유산균은 pH 1.5, 2.0, 3.0의 산성 및 담즙산(0.3% oxgall) 조건에서 내산성과 내담즙성을 측정한 결과, V4, V7, V9, V11, V12의 5개 균주에서 70% 이상의 우수한 내산성과 내담즙성을 확인하였다. 항산화 활성에서는 V4, V7이 상용균주인 L. paracasei BGP2와 비교하였을 때, 높은 항산화 활성을 보여 최종 2종을 한국전통식품으로부터 분리한 L. paracasei DK121와의 혼합균주 가능성을 알아보았다. 열 안정성 실험에서 V4, V7, DK121을 5:4:1(w/v)로 혼합한 혼합균주는 $55^{\circ}C$에서 5분 98.6%, 15분 76.4%, $65^{\circ}C$에서 5분 66%, 15분 63.8%로 단일균주보다는 낮은 생존율을 보였지만, 향후 적합한 혼합도간 연구를 통해 프로바이오틱 균주로서 충분한 가능성을 보여주었다. 장내 부착능에서는 선발균주 및 혼합균주 모두 상용균주와 비교했을 때 6.4 log CFU/g 이상으로 우수한 결합능을 보여 향후 내열성과 안정성을 갖는 우수한 균주라고 판단된다.

• 식물병연구
• /
• 제10권4호
• /
• pp.241-247
• /
• 2004

Cucumber mosaic virus(CMV)-Paf 계통에 포함된 satellite RNA(Paf-satRNA)는 CMV의 병징을 완화시키는 약독병징 관련 유전자로 작용하였다(Choi 등, 2001). 이 연구는 Paf-satRNA의 약독병징 관련 유전자의 도메인을 확인하기 위하여, 고추에서 chlorosis 병징을 발현하는 PepY-satRNA와 키메라 satRNA를 구축하여 분석하였다. 두 종의 satRNA의 염기서열을 비교한 결과, 분자크기가 큰 PepY-satRNA에서 10염기의 삽입이 발견되기는 하였지만, 양 말단영역의 염기는 비교적 안정된 conserved sequence를 보였다. 그러나 이들 satRNA의 중간영역에 존재하는 염기서열, 즉 5' 말단의 81번째 염기로부터 113번째, 그리고 183번째 염기부터 265번째 염기까지의 영역에서는 많은 변화를 나타냈다. 약독병징과 관련된 도메인을 확인하기 위하여 구축한 각 satRNA 및 키메라 satRNA의 cDNA로부터 transcript RNA를 전사시키고, 전사된 각 satRNA transcript를 CMV-Fny의 게놈RNA1, RNA2 및 RNA3의 transcript와 혼합한 후 N. benthamiana에 접종하였다. 그 결과 RT-PCR에 의해서 모든 satRNA-cDNA로부터 전사된 transcript의 감염성이 확인되었으며, Paf-satRNA 및 키메라 Paf(H/N)-satRNA와 PepY(N/A)-satRNA를 접종한 N. benthamiana에서는 모두 약한 모자이크 또는 무병징 감염의 특성을 보였다. 이와는 대조적으로 PepY-satRNA 및 키메라 PepY(H/N)-satRNA와 Paf(N/A)-satRNA를 접종한 식물에서는 전형적인 모자이크 증상과 식물체의 위축을 동반하였다. 이들 각 키메라 satRNA에 감염된 N. benthamiana를 접종원으로 고추에 접종한 결과, Paf-satRNA와 혼합한 CMV-Fny를 접종한 고추에서는 무병징에 가까운 약한 모자이크 증상이 발현되었고, PepY-satRNA를 접종한 고추는 뚜렷한 chlorosis의 모자이크 증상이 발현되었다. 한편 이들 두 종 satRNA의 키메라, Paf(H/N)-satRNA와 PepY(N/A)-satRNA를 접종한 고추에서는 모두 약한 모자이크 또는 무병징 감염의 특성을 보였고, PepY(H/N)-satRNA와 Paf(N/A)-satRNA를 접종한 식물에서는 전형적인 chlorosis의 모자이크 증상과 식물체의 위축을 동반하였다. 이와 같은 결과를 종합해 보았을 때, N. benthamiana에서와 마찬가지로 Paf-satRNA의 약독병징과 관련된 유전자의 도메인은 HpaI-NarI 영역에 존재한다는 것을 나타냈다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제36권4호
• /
• pp.276-284
• /
• 2008

숙성된 김치로부터 항진균 활성을 나타내는 균주 1종과 감수성을 나타내는 곰팡이 1종을 분리하였다. 분리된 균주는 형태학적, 생화학적 특성 조사와 165 rRNA 염기서열 결정을 통한 균주 동정 결과 Lactobacillus plantarum AF1으로 명명하였고, 감수성 곰팡이는 ITS-5.8S rRNA 염기서열 분석을 통하여 Epicoccum nigrum KF-1으로 명명하였다. Dual culture overlay assay를 통한 Lb. plantarum AF1의 항진균 활성 실험 결과 A. ochraceus, A fumigatus, C. gossypiicola 등 식품 부패 곰팡이 및 병원성 곰팡이에 강한 생육 저해 활성을 나타내었다. 또한 항균 물질에 의한 항미생물 활성 범위를 측정한 결과 항진균 활성 외에도 식중독균주를 포함한 그람 양성 및 음성 세균들에 강한 저해 활성을 나타내어 Lb. plantarum AF1은 넓은 항미생물 활성 범위를 가지는 것을 알 수 있었다. Lb. plantarum AF1의 생육에 따른 항진균 활성을 측정한 결과 항진균 활성은 배양 20시간부터 최대 활성(3,200 AU/ml)을 나타내어 120시간까지 활성이 감소되지 않고 유지되었다. 항진균 물질의 안정성 실험을 통하여 AF1 항진균 물질은 산성의 pH(pH $3.0{\sim}4.0$)와 열에 안정한 물질이며, 단백분해효소 처리에 영향을 받지 않으므로 비단백질성 물질이거나 단백분해효소의 영향을 받지않는 구조의 물질임을 추정하였다. AF1 항진균 물질의 분자량을 예측하기 위하여 Lb. plantarum AF1의 배양액을 3,000 Da 이상과 이하의 분획으로 나누어 항진균 활성을 측정한 결과 AF1 항진균 물질은 분자량 3,000 Da 미만의 물질임을 확인하였다. 본 실험에서 분리한 김치유산균인 Lb. plantarum AF1은 넓은 범위의 항진균 활성 및 항세균 활성을 나타내므로 강력한 천연 식품보존제 및 사료보존제로서 활용이 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제59권5호
• /
• pp.530-535
• /
• 2005

연구 배경 : 우리나라에서는 다른 나라에 비해 약초 등을 이용해 만든 흡연대용품으로 금연을 시도하려는 흡연자들도 많고 이에 따라 여러 가지 다양한 제품 등이 판매되고 있는데 이들의 기관지, 폐에 대한 안정성에 관한 연구는 아직 부족한 상황이다. 특히 흡연자중 일부는 이런 금연 보조제를 사용하는 과정에서 이들을 상용하게 되어 시판되는 금연 보조담배의 장기적 사용시 인체의 안정성 여부에 대한 연구는 중요하리라 사료된다. 방 법 : 일반담배 및 금연 보조담배 3종의 담배연기추출물(cigarette smoke extract, CSE)을 기관지 상피세포에 24시간 노출 후 배양액에서 IL-6를 측정하였고 일반담배 및 허브담배, 쑥담배 노출 후 세포에서 IL-6 m RNA를 측정하여 비교하였다. 항산화 효과를 가진 N-acetyl-L-cysteine(NAC)를 일반 담배 및 금연보조담배 추출물에 함께 투여해 IL-6의 증가 억제여부를 보았다. 결 과 : 대조군에 비해 일반담배 및 금연보조담배3종에서 기관지 상피세포에 노출 시에 모두 의미 있는 IL-6증가를 관찰할 수 있었고, IL-6 m RNA도 같은 경향으로 증가 하였다. NAC를 함께 투여 시 일반 담배 및 허브담배 금연초에서는 IL-6의 증가를 의미 있게 억제하였지만 쑥담배에서는 억제하지 못하였다. 결 론 : 현재 우리나라에서 시판되고 있는 금연 보조담배 3종(허브담배, 쑥담배, 금연초)은 일반담배처럼 기관지 상피세포에 염증을 유발할 수 있어 장기적 사용시 인체의 안정성 여부에 대한 연구는 중요하리라 사료된다.

• 미생물학회지
• /
• 제53권4호
• /
• pp.286-291
• /
• 2017

진핵 세포에서 히스톤의 변형은 크로마틴 구조를 조절하는 데에 있어서 중요한 메커니즘이다. Set1 복합체에 의한 히스톤 H3의 네 번째 라이신 잔기(H3K4)에 발생하는 메틸화는 다양하게 잘 알려져 있는 히스톤 변형 중 하나이다. Set1 complex는 H2B의 유비퀴틴화에 의존적으로 발생하는 H3K4 메틸화에 중요하다고 알려진 Swd2를 포함하여 7개의 소단위 단백질을 가지고 있다. Swd2는 Set1의 RNA recognition motif (RRM) 도메인 근처에 결합하여 Set1의 활성을 조절하고, 또 RNA의 3' 말단 형성에 관여하는 CPF (Cleavage and Polyadenylation Factors) 복합체의 구성성분이라고 보고되었다. 최근 보고들에 따르면, 이런 Swd2의 이중적인 기능이 서로 독립적으로 작용하며, Swd2 결실돌연변이 균주가 살지 못하는 이유가 CPF 복합체의 구성성분으로써의 기능 때문이라고 알려져 있다. 본 연구에서 우리는 Swd2가 Set1의 RRM 도메인에 결합하여 Set1의 활성을 조절할 수 있을 뿐만 아니라, Set1의 안정성에도 영향을 줄 수 있음을 발견하였다. 또 우리는 Swd2가 결합할 수 없는 truncated-Set1을 가지고 있는 ${\Delta}swd2$ 돌연변이가 사멸하지 않고 정상적으로 자라는 것을 관찰하였다. 이런 결과들은 Saccharomyces cerevisiae에서 H3K4 메틸화와 RNA 3' 말단 형성과정에서의 Swd2의 이중적인 기능이 서로 독립적인 것이 아님을 제안하다.