• 대한환경공학회지
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• 제32권4호
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• pp.369-378
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• 2010

폐기물매립장의 안정화에는 미생물이 중요한 역할을 수행한다. 폐기물매립장에서 미생물군집 변화 모니터링에 말단 제한절편다형성(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism; T-RFLP)법의 활용 가능성을 평가하고자 박테리아의 16S rDNA 서열에 기초한 T-RFLP법으로 4개의 폐기물매립장 내부에서 채취한 침출수의 미생물군집 구조를 조사하였다. T-RFLP법을 사용하여 해석한 침출수 내 우점 미생물군집 구조와 일반적으로 널리 사용되고 있는 16S rDNA 클론 해석법에 의한 우점 미생물군집구조는 유사하였다. 또한, T-RFLP법을 이용하여 폐기물매립장의 구조, 매립 폐기물 종류, 운영기간이 다른 폐기물매립장 침출수의 우점 미생물군집 구조가 서로 다르게 나타나는 것을 확인 할 수 있었다. 따라서 T-RFLP법을 사용하여 폐기물매립장 침출수내 미생물군집 구조를 장기적으로 모니터링 한다면 많은 비용과 시간이 소요되는 클론해석법의 반복적인 수행 없이도 비교적 간단하게 폐기물매립장의 안정화 정도를 평가할 수 있을 것으로 기대한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권3호
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• pp.229-236
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• 2005

Molecular profIles of PCR-RFLP and sequence analysis of internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA were compared between morphologically distinguishable species of Trichoderma isolated from substrates of oyster mushroom in Korea, T. atroviride, T. citrinoviride, T. harzianum, T. longibrachiatum, T. virens, and two unidentified species, Trichoderma sp. 1 and 2. PCR­RFLP analysis divided the Trichoderma spp. into six RFLP groups, A, B, C, D, E, and F. The RFLP groups were generally agreed with described morphological species, except that the RFLP group A containing the two unidentified species. A neighbor-joining tree based on ITS sequences well supported RFLP groups observed by RFLP analysis of ITS regions of rDNA. Additionally, the two unidentified species, Trichoderma sp. 1 and 2, which could not be distinguished by PCR­RFLP analysis, were separated in sequence analysis of ITS regions of rDNA.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권2호
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• pp.162-168
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• 1996

우리 나라의 주요 고추 재배지와 미국, 대만, 호주, 아르헨티나에서 수집된 44 개 고추 더뎅이병균(Xanthomonas campestris pv. vesicatoria)균주간의 유전적변이를 genomic DNA의 restriction fragment length polymorphism(RFLP)에 의해 분석하였다. Genomic DNA RFLP profiles을 cluster 분석하여 얻은 dendrogram에서 지리적 기원이 다른 44개 균주들은 11개 RFLP 그룹으로 분류되었다. 외국 균주들은 genomic DNA의 RFLP 분석에 의해 모두 각각 다른 RFLP 그룹으로 분류되었다. 외국 균주들 중에서 미국 균주는 우리 나라 일부 균주들과 밀접한 유전적 관련성을 가지고 함께 cluster를 이루었는데, 이것은 이 균주들이 동일한 고추 더뎅이병균의 조상 균주 집단에서 유래했으리라는 것을 시사해 준다. 우리 나라 균주들은 6개의 RFLP 그룹으로 분류되었다. 대부분의 우리 나라 균주들은 가까운 cluster를 이루며 미국 균주를 제외한 외국 균주들과 뚜렷하게 구분되었다. 그러나 우리 나라 균주들 중에서 마산에서 수집된 Ms93-1은 다른 우리 나라 균주들과 뚜렷하게 구분되었다. 유전적으로 격리된 균주의 출현은 우리 나라에서 지리적 기원이 다른 고추 더뎅이병균 균주 사이에 이미 발생한 다양한 유전적 분화의 결과라고 추론된다.

• 한국물환경학회지
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• 제24권6호
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• pp.817-822
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• 2008

In order to identify various Cryptosporidium species in environment, nested PCR-RFLP and DNA sequencing method were used. The sensitivity of nested PCR-RFLP based on 18s rRNA gene was shown to 1 oocyst. Therefore, we applied nested PCR-RFLP method to environmental samples. As a result, only 4 samples out of 8 samples confirmed as Cryptosporidium parvum by standard method of Cryptosporidium were identified as Cryptosporidium parvum by nested PCR-RFLP and DNA sequencing method. The rest of 4 samples among 8 samples were identified as Cryptosporidium muris, Cryptosporidium bailey. Therefore, in addition to standard method of Cryptosporidium, supplementary verification through nested PCR-RFLP and DNA sequencing should be needed to give more accurate information about risk of Cryptosporidium.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제48권3호
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• pp.308-314
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• 2000

연구배경 : RFLP를 이용한 결핵균의 유전자 분석은 결핵의 분자 역학적 연구에 유용하게 이용되고 있다. Pvu-II 효소를 이용한 RFLP 방법의 표준화로 RFLP 양상의 국제적인 비교가 가능해졌고, 극동아시아에서 RFLP 양상이 유사한 결핵균주의 군이 발견되었다. 저자들은 서울대병원에서 수집된 결핵균의 RFLP 양상을 분석하고 다른 극동아시아의 균주들과 비교하였다. 방 법 : 1998년 서울대병원에 입원했거나 외래 방문한 환자의 객담에서 분리하여 배양된 50개의 결핵균주를 대상으로 하였다. 결핵균주에서 DNA를 추출한 뒤, Pvu-II로 소화시키고, IS6110에 대한 DNA probe를 이용하여 Southern blot을 시행하였다. 이들의 RFLP 양상을 비교하여 유사성이 있는 균주들을 같은 군으로 분류하였고, RFLP의 다양성의 정도와 각 군 간의 임상적인 차이가 있는지 알아보고자 하였다. 결 과 : 50개의 결핵균 균주 중에서 6예의 Beijing family를 확인하였고, 다른 9개의 균주가 한 군으로 분류되었다. 이들 균주 군간에 나이, 성별, 지역, 약제 내성, 기관지 결핵 동반 여부, 기저질환 유무 등의 임상상에서는 차이를 보이지 않았다. 결 론 : 서울대병원에서 분리된 결핵균주의 RFLP 양상에서 서로 유사한 군이 존재함을 확인할 수 있었다. 그러나, 이들이 임상적으로는 큰 의미를 갖지 못하는 것으로 보인다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권4호
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• pp.259-266
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• 1996

형태학적 제3군 가시아메바의 taxonomic validity는 아직 확실하지 않다. 이번 연구에서 제3군에 속하는 6종의 가시 아메바 즉 A. culbertsoni A. healyi A. palestinensis. A. pustulosa, A. royreba 및 A. lenticulata의 type strain들의 동위효소. 미토콘트리아 DNA 및 small subunit(ssu) rDNA의 Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) 양상을 비교하여 이들의 taxonomic validity를 검토하였다. 미토콘드리아 DNA의 RFLP 양상은 분리주간에 서로 심한 차이를 보였다. A. palestinensis와 A. pustulosc는 거의 동일한 rDNA RFLP(추정 염기 치환율 2.6%) 및 동위효소의 양상을 보여 A. palestinensis와 A. pustulosc는 같은 종으로 판단되었다. 그외의 종들은 서로 아주 다양한 rDNA RFLP 및 동위효소의 양상을 나타내어 독립종으로 인정되었다.

• 생명과학회지
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• 제22권2호
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• pp.245-250
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• 2012

Vibrio속의 core 균주(Vibrio alginolyticus, Vibrio parahaemolyticus)를 포함하여 총 6 종의 Vibrio 균주(V. fluvialis, V. proteolyticus, V. vulnificus, V. mimicus)와 Grimontia (Vibrio) hollisae의 16S rDNA를 PCR 증폭하여 Alu I, Cfo I, Dde I, Hae III, Msp I, Rsa I의 6 종의 제한효소를 처리 후 RFLP 분석을 수행하였다. 2 종의 core 균주와 V. proteolyticus는 4 종의 제한효소(Cfo I, Dde I, Msp I, Rsa I)에서 동일한 제한효소 패턴을 나타내었다. 제한효소의 패턴의 조합에 의해 6 종의 Vibrio 종은 6 개의 RFLP type으로 구분되었다. 특히 Alu I의 경우, 실험된 6 종의 Vibrio속에 대하여 각기 다른 6 개의 종 특이적 RFLP type을 나타내었다. 제한효소 패턴에 근거하여 작성한 덴드로그램에서 Vibrio core group 균주인 V. alginolyticus 와 V. parahaemolyticus는 90% 이상의 매우 높은 유사도를 나타내었다. 반면 Grimontia hollisae는 실험된 모든 제한효소 패턴에서 Vibrio속 세균과는 분명히 구분되는 RFLP type을 나타내었다. 따라서 PCR-RFLP는 제한효소를 적절히 선택한다면 Vibrio 속 세균의 신속한 구분에 여전히 유용하다.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.218-225
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• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제13권3호
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• pp.280-290
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• 2003

RAPD 연관지도를 RFLP 연관지도와 합병을 하는 것은 각각의 유전 marker들의 단점을 서로 보완하여 세밀화된 유전자 지도작성을 용이하게 할 수 있다. 본 연구는 Essex와 PI 437654의 $F_2$ 및 $F_3$ 후대계통들을 재료로 하여 작성된 RAPD 연관지도를 콩의 RFLP 연관지도와 합병을 함에 있어서 나타난 몇가지 특징들을 기술하고자 함을 목적으로 하는 바 그 특징들은 아래와 같이 요약된다. 1. RAPD 연관지도상에서의 RFLP probe들의 위치가 RFLP 연관지도상에서의 위치와 부분적으로 변동된 현상이 나타났다. RAPD 연관그룹 L.G.C-3을 RFLP 연관그룹 a1 및 a2와 합병하는 과정에서 pSAC3와 pA136, 그리고 pA170/EcoRV와 pB170/HindIII이 서로 반대방향으로 위치하였다. pK400은 RFLP 연관지도상에서는 pA96-1과 pB172의 사이에 위치한 반면 RAPD 연관지도상에서는 i locus와 pA85 사이에 위치하였다. 2. RAPD 연관지도상에서의 두 marker들간의 간격이 RFLP 연관지도상에서의 간격보다 멀어진 현상이 두드러지게 나타났다. pA890과 pK493간의 간격은 RAPD 연관그룹 L.G.C-1에서는 48.6 cM이었던 반면 RFLP 연관 그룹상에서는 단지 13.3 cM으로 나타났다. 또한 pB32-2와 pA670, pA670과 pA668사이의 간격은 RAPD 연관그룹 L.G.C-2에서는 50.9 cM과 31.7 cM이었던 반면, RFLP 연관지도상에서의 간격은 각각 35.9 cM과 13.5 cM으로 나타났다. 3. 하나의 RFLP probe로부터 두개 이상의 다형화 현상을 나타낸 marker들이 동일한 연관그룹이나 다른 연관그룹에 위치하는 현상이 나타났다. 제한효소 HindIII로 절단된 probe pK418은 세개의 marker를 나타내었는데, 그 중 하나는 L.G.C-20에 위치하였으며, 다른 두개는 L.G.C-4에 위치하였다. 위에 나타난 특징들은 RAPD 연관지도는 intraspecific cross의 후대계통들을 재료로 하여 작성된 반면 RFLP 연관지도는 interspecific cross의 후대계통들을 재료로 하여 작성된 결과에선 비롯된 차이점 때문인 것으로 추측된다.

• 대한약침학회지
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• 제12권1호
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• pp.13-20
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• 2009

Objective : This study developed species-specific PCR and PCR-RFLP to detect the adulteration of Fel ursi products with cattle and pig bile juices. Methods : All the primers for PCR and PCR-RFLP in this study were designed based on nucleotide sequences of cytochrome b genes in the mitochondria. Results : The species-specific PCR amplified a DNA fragment of 214, 214, 295, and 167 bp from Fel ursi product, bear fur, cattle bile juice, and pig bile juice, respectively. The survey using the speciesspecific PCR indicated that some of commercial Fel ursi products were adulterated with cattle and pig bile juices. PCR-RFLP using the restriction endonucleases, HaeIII and HinfI enabled differentiation among Fel ursi product, cattle bile juice, and pig bile juice. Bear furs from two animals showed variations in PCR-RFLP patterns with HaeIII. Discussion : The detection methods of the species-specific PCR and PCR-RFLP could be useful in eliminating adulterated Fel ursi products from the market.