• 대한수의학회지
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• 제49권4호
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• pp.319-328
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• 2009

This study investigated the epidemiology of Listeria (L.) monocytogenes, a food-borne pathogen. The epidemiology of food-borne pathogens is of great importance for clarifying bacterial origin and preventing bacterial contamination and infection. This work examined 68 L. monocytogenes strains, including 11 reference strains and 57 isolates from imported US beef, domestic meats (beef, pork, chicken meat), raw milk, and milk plants. The random amplified polymorphic DNA (RAPD) techniques were optimized to develop a standard molecular epidemiological analysis of L. monocytogenes. There was great genetic variability among the isolates, which produced 24 and 34 RAPD patterns with primer HLWL85 and HLWL74, respectively. The discriminatory power of the RAPD methods with HLWL85 and HLWL74 primer were very high (DI = 0.957; S ${\geq}$ 80%, S ${\geq}$ 95%). Some RAPD types were specific to origin. A few RAPD types were specific for L. monocytogenes strains belonging to a particular serotype. Using the HLWL85 primer, the strains isolated from milk plants could be distinguished from the other strains. And using the HLWL74 primer, the strains isolated from imported beef (US) could be distinguished completely from the other strains.

• 식물조직배양학회지
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• 제25권5호
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• pp.309-313
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• 1998

본 연구는 국내의 경우 제주도의 일부지역에서만 자생하는 흑오미자(Schisandra nigra)를 RAPD법을 이용하여 자웅동주 및 자웅이주 식물의 특이적 Marker를 탐색하고저 실시 하였다. 10-mer로 구성된 80종류의 random primer를 사용하여 흑오미자를 분석한 결과 기존의 재배되고 있는 오미자(Schisandra chinensis) 또는 남오미자(Kadsura japonica)와는 다른 band pattern을 보여 주었다. 흑오미자의 자웅동주. 암그루, 숫그루의 3품종을 상기와 동일하게 80개의 primer를 사용하여 RAPD를 분석한 결과, 5종류의 random primer(OPA-17, OPA-19, OPB-3, OPB-9, OPB-16)에 대해서는 각 품종에 대한 특이적인 band가 검출되었다. 숫그루, 암그루 식물과는 다르게 자웅동주 식물은 3개체(1호 2호, 3호)간에도 서로 다른 band pattern을 보이는 특징을 갖고있다. 숫그루 특이적인 band pattern은 OPB-3 primer을 이용할 경우 750bp에서 검출되었고, 암그루는 OPA-19 primer에서 950bp, 1690bp와 OPB-3 primer의 경우 700bp에서 자웅동주 및 숫그루에서 나타나지 않는 band가 검출되었다. 이러한 결과는 흑오미자의 숫그루 및 암그루에서 나타난 특이적인 band가 유묘시기에 암ㆍ수 개체를 조기에 구별하는 genetic marker로 사용할 수 있으리라 기대된다.

• 한국한의학연구원논문집
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• 제13권1호통권19호
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• pp.147-152
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• 2007

As a result to amplifying 12 samples of 'Sok-dan' through an random amplified polymorphic DNA (RAPD) method using eighteen DEC and URP primers, distinct band forms enabling discrimination of Phlomus umbrosa and Dipsacus asperoides were observable in the UBC 320 primer, UBC 367 primer, UBC 385 primer, UBC 414 primer, UBC 423 primer, URP 3 primer, URP 5 primer and URP 9 primer. The polymorph result amplified with a random primer was evaluated through Gelcompar II, showing a result dividable into two groups. The divided groups were the dried sample group of Dipsacus asperoides and the group of Phlomis umbrosa. In order to recognize the distinction between Dipsaci Radix types, the genetic variation of 'Sok-dan' produced domestically and imported was evaluated through RAPD, and the potential to distinguish these in forms of dried medicine was identified, presenting a method to authentification of Phlomis umbrosa and Dispacus asperoides.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제38권1호
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• pp.7-12
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• 1996

누에 RAPD-PCR 최적조건에 대해 실험한 결과, 중합효소 연쇄반응(PCR)의 최적조건은 반응액 25$\mu$l에 대해 주형 DNA 30ng, dNTP mixture 200$\mu$M, primer 300mM, Taq DNA Polymerase 1.0unit 및 Mg2+ 1.5mM로 판단되었으며, 또 상기의 실험조건을 기본으로 하여 annealing 온도를 탐색한 결과 35$^{\circ}C$-42$^{\circ}C$에서 DNA의 증폭이 안정적임이 밝혀졌다. 또한 동일한 품종내에서 개체간 및 암수간의 DNA 다형성은 인정되지 않았고, 품종간 DNA 다형성은 OPM 04 primer를 사용한 결과 5개의 RAPD 마커로 인정 되었다. 양친간 다형성이 인정된 primer를 사용하여 F2 33개체에 대해 DNA를 증폭시킨 결과 800 bp band가 3 :1 로 분리되었으므로 누에 품종간 유전적 유연관계 및 유전자 지도작성의 가능성을 제시했다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제5권2호
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• pp.151-158
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• 2001

군산지역에 있는 호수와 양식장에서 채집된 붕어(Carassius carassius)의 혈액으로부터 추출된 genomic DNA를 무작위 primer를 이용한 PCR-RAPD 방법에 의해서 유전적 차이를 확인하고자 하였다. 12개 primer 중에서 6개를 이용한 결과 호수산 붕어의 경우 primer 당 약 2.1 polymorphic bands가 나타났고, 총 266개의 높은 RAPD marker가 확인되었으며, 0.18에서 0.76의 bandsharing분석 결과가 나타났다. 군산지역에 있는 호수와 양식장에서 채취된 붕어 2집단간의 RAPD 특징을 bandsharing value로 비교 분석해 본 결과 각각 호수산이 0.47, 양식산이 0.70 으로 나타났으며, 이는 양식산 개체들간에 유사성이 높게 나타났다. 이러한 결과는 군산지역에 있는 양식장의 경우 유사한 환경조건내에서 붕어가 사육되었거나 혹은 오랜 기간동안 근친교배의 결과 이러한 유전적 유사성이 높게 나타난 것으로 사료된다. 달리 말하면 비록 다양한 지리적인 분포가 있더라도 군산지역의 다른 지역으로부터 야생산 붕어 집단의 도입으로 인하여 genomic DNA의 높은 수준의 다양성을 가질 수 있다는 것이다. 일반적으로 primer에 의해서 제시된 RAPD 다형성은 양식대상 어종이면서 온수성 어종인 붕어의 계통 혹은 집단을 확인하기 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있을 것이다. 그러나 앞으로 집단 및 채집장소의 추가적인 확보 그리고 다른 방법을 통한 연구가 미비한 점을 보완할 수 있는 데 필요하다고 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제20권1호
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• pp.66-70
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• 2010

RAPD 방법을 이용하여 14의 돌산갓 품종의 유전적 다형성을 분석하였다. 39개의 random primer를 실험하여 그 중 7개의 다형성을 나타내는 primer를 선발 하였다. 증폭된 PCR 산물은 0.2~3.5 kb 사이에서 재현성 있는 밴드를 나타내었으며, 각 primer에 의해 증폭된 밴드의 수는 2~27개로 다양하였고, 평균 8.7개였다. UPGMA 분석에 의해 14개 품종은 3개의 그룹으로 나뉘었다. 이 결과들로부터 갓의 유전적 다양성 검토 및 $F_1$ 품종 생산을 위한 교배 조합 작성에 RAPD 분석은 유용하다는 것을 나타내었다.

• 한국산림과학회지
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• 제89권4호
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• pp.536-542
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• 2000

소나무 단일개체에서 채취한 풍매종자 중 임의로 선택한 96개의 반수체 genome을 이용하여 RAPD 및 I-SSR PCR 증폭산물을 분석하였다. RAPD 분석용 primer 200개와 I-SSR 분석 용 primer 90개를 screen하여 증폭산물의 분획양상이 선명한 RAPD primer 45개와 I-SSR primer 22개를 선택하여 PCR을 수행하였다. 45개의 RAPD primer중 25개와 22개의 I-SSR primer중 18개를 사용한 PCR 분석결과에서 멘델의 유전양식을 만족하는 52개 (2.08/primer)와 46개 (2.56/primer)의 다형성 유전자좌를 각각 확인하였다. 멘델의 유전양식을 만족하는 96개의 다형성 유전자좌를 대상으로 LOD 3.0에서 two-point 연관분석을 수행한 결과 총 63개(35개의 RAPD와 26개의 I-SSR)의 유전자화가 20개의 연관군에 속하는 것이 확인되었다. 총 연관거리는 1097.8 cM이었으며, 유전자좌간 평균연관 거리는 25.5 cM, 최소 및 최대연관 거리는 각각 4.3 cM 및 54.9 cM이었다. 그리고 20개의 연관군 중 14개의 연관군이 RAPD와 I-SSR 유전자좌의 통합에 의해서 형성된 연관군이었다. 즉, 52개의 RAPD와 46개의 I-SSR 유전자좌를 각각 분석한 결과보다 길고 새로운 연관군이 형성되었다. 보다 정밀한 유전자 연관지도를 작성하기 위해서는 보다 많은 수의 DNA marker가 필요하다고 판단되며, 본 연구의 결과는 소나무의 유용 유전자의 확인 및 생장과 재질과 같은 유용형질에 대한 QTL의 위치를 결정하는 데 기초자료가 될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제34권1_2호
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• pp.51-57
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• 1998

유산균 Lactobacillus의 종들을 사용하여 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석법에 영향을 미치는 여러 매개변수들을 조사하였다. 그람 양성균인 Lacrobacillus의 chromosomal DNA를 가장 온전한 형태로 분리하기 위하여, 세포벽 분해효소인 mutanolysin(250 U/ml)을 1시간 처리한 후 lysozyme(30,000 U/ml)을 추가로 1시간 더 처리했을 때 다량의 온전한 chromosomal DNA를 얻을 수 있었다. 이 분리된 chromosomal DNA를 template로 하여 RAPD 분석법의 몇 가지 매개변수를 조사한 결과, 사용한 시료 DNA와 Taq DNA polymerase의 양에 따라 특정한 RAPD 밴드의 농도가 증가되는 것을 알 수 있었다. 또한 primer의 양을 증가시켰을 때 역시 새로운 RAPD 밴드가 증가되었으며, 특히 2가지 이상의 매개변수를 적용하였을 경우 나타나는 RAPD 밴드의 수는 크게 차이가 났다. 한편 사용한 primer의 종류에 따라 나타나는 RAPD 밴드의 수가 변화하였는데 이는 primer의 G/C양과 무관하였다.

• 생명과학회지
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• 제21권10호
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• pp.1434-1442
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• 2011

ITS 염기서열과 RAPD를 이용하여 F. velutipes 29개의 팽이버섯 품종 간의 유전적 변이를 분석하였다. ITS 부위에서 720 bp의 염기서열을 확인 하였으나 29개의 팽이품종간에 유의적인 차이가 없었다. RAPD 분석 결과 40개의 random primer 중 다형성을 나타내는 primer는 16개였으며, 그 중 뚜렸한 다형성을 띄는 primer는 OPA-2,4,3,9,10,20 이었다. 이들 29개 품종에서 primer에 의해 증폭된 밴드는 모두 3,030개 였으며, DNA 단편의 크기는 200~2,000 bp 사이에 위치하였다. 또한 3,030개의 scrabble RAPD band들을 marker로 하여 Nei-Li's의 방법을 이용한 비유사도 지수행렬을 조사한 결과 전체 29개 품종의 종내 유전적 변이는 3.3~45%였고, 특히 한국 야생팽이의 종내 유전적 변이도는 17~38.6%로 품종 간 다형성을 확인하였다. RAPD 변이에 기초하여 neighbor-joining tree (NJ) 분석에서는 5개의 cluster로 구분되었으며, 각각의 cluster는 품종, 지역 적 특성을 나타내었다. 본 연구 결과 RAPD와 실험을 통해 확인된 OPA, OPB primer의 경우 미확인 팽이품종들을 검색 하는데 분자 유전적 표지 maker로써 이용 할 수 있는 것으로 생각된다.

• 한국잡초학회지
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• 제18권1호
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• pp.76-83
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• 1998

피속 잡초 수집종 33종을 대상으로 RAPD marker를 이용하여 피 수집종 간의 유전적변이를 알아보고, 수집종들을 판별할 수 있는 DNA marker를 선발하기 위하여 본 실험을 수행한 결과를 요약하면 다음과 같다. Operon사에서 제작된 74개의 10-mer RAPD primer 가운데에서 명확한 다형성을 보이는 6개 primer를 선발하였다. 이들 primer로 PCR에서 증폭된 밴드는 31개이었으며 이 가운데 다형성을 나타내는 band는 26개(83.9%)로 나타났다. 피 수집종 간의 유연 관계를 분석한 결과 공시된 피 수집종은 크게 3그룹으로 분류할 수 있었다.