• 원예과학기술지
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• 제16권1호
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• pp.21-24
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• 1998

참외와 멜론의 다양성 분석을 위하여 RAPD 분석 최적조건과 군집분석하였다. 참외와 멜론계통의 DNA 추출은 0.5% SDS 방법이 가장 순수하고 많은 DNA를 얻을 수 있었으며 DNA 증폭시 최적 반응조건은 총 volum $15{\mu}L$ 중 DNA 10ng, Primer 270nM, dNTP $200{\mu}M$, dynazyme 0.3unit. 10x buffer $1.5{\mu}l$이였으며 나머지는 3차 증류수로 보충된다. PCR기기의 최적 setting은 DNA denaturation $94^{\circ}C$ 30초, primer annealing $39^{\circ}C$ 30초, DNA extension $72^{\circ}C$ 30초이며 최적 증폭 횟수는 40 cycle 이었다. 사용된 12개의 primer 만들어진 총 123개의 band 중 신뢰도가 높은 25개(20%)의 polymorphic band를 선발하여 이용하였으며 평균 polymorphic band 수는 2.1개로 나타났고, 그룹내 polymorphic band 수가 그룹간보다 적어 그룹내의 유전적변이가 적음을 보여주었다. 군집분석 결과 크게 참외와 멜론그룹으로 나뉘었고 멜론그룹은 다시 net melon 과 no-net melon으로 나뉘었으며 이러한 결과는 기존의 표현형질에 의한 분류와 일치하였다. 재래종 참외와 멜론 그룹은 8개의 marker에 의해 구분되었고 net melon 그룹과 no-net melon 그룹은 4개의 marker에 의해 구분되었다.

• 고려인삼학회:학술대회논문집
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• 고려인삼학회 1993년도 학술대회지
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• pp.138-142
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• 1993

Korean ginseng has been widely used as medicine from ancient times in Asia. Current breeding efforts in Korea include the individual plant selection and the subsequent pure - line isolation, and considerable number of lines with desirable traits have thus been isolated. However, there were rare data on genetic maker and its analysis for selection of superior varieties. For taxonomic characterization and development of genetic markers for ginseng breeding, molecular biological methods including the RFLP and RAPD methods were applied. Cytoplasmic DNA of ginseng was analyzed for RFLP analysis. However. there is no different pattern among the chloroplast DNA or mitochondrial DNA of variants. In the case of RAPD analysis, the band patterns using 4 of 10 RAPD primers show the distinctive polymorphism among 9 ginseng variants, and lines, and Similarity Index(SI) on polymorphism was calculated for the extent and nature of these variabilities in ginseng. The sequences of 4 selected primers were TGCCGAGCTG, AATCGGGCTG. GAAACGGGTG, and GTGACGTAGG. By SI based on the polymorphic band patterns, Chungkyung - Chong and Hwangskoog - Chong, and JakyungChong 81783 and Jinjakyung of Russia showed the most close SI. The data of KG10l coincided with the fact that it was released from Hwangskoog - Chong. and Jakyung - Chong 81783 and Jinjakyung of Russia showed the most close SI. The data of KG101 coincided with the fact that it was released from Hwangskoog - Chong by breeding process. The data of Jakyung strains indicated the significant variation among the strains. From these results, RAPD analysis method could be succesively applied to the classification and genetic analysis for breeding of Korean ginseng.

• 한국환경농학회지
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• 제17권3호
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• pp.195-199
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• 1998

이온화방사선을 이용하여 느타리(Pleurotus ostreatus)의 담자포자(basidiospore)로부터 섬유소 분해능이 뛰어난 변이주를 유도하고자 본 실험을 수행하였다. 담자포자를 감마선조사 후 MUF(4-methylumbelliferyl) 반응기를 이용하여 세포외분비효소의 활성도를 측정하였다. 방사선유기 변이주에서 RAPD(random amplified polymorphic DNA)의 양상을 조사하여 유전유사도를 분석하였다. 검색한 45종의 균주들은 MUF의 기질에 따라 다양한 기질분해도를 보였으며, 이 중에서 섬유소 분해능이 뛰어난 3개의 변이주 2KG-1, 2KG-2와 20KG-1를 선발하였다. RAPD 양상을 통해 조사한 변이주의 유전유사도는 대조군에 대해 $50%{\sim}52%$였고, 변이주간에는 $49%{\sim}57%$로 나타나 방사선조사에 의해 유전적 다양성이 증가되었음을 알 수 있었다. 본 연구에서 방사선조사에 의해 유기된 변이주는 섬유소성 생물폐자원의 재활용에 있어서 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.32-37
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• 2004

ITS2 부위를 시퀀싱하여 Pseudo-nitzschia delcatissima, P. multiseries, P. pungens, P. subfraudulenta 상호간의 유전자 다양도를 조사함과 아울러 RAPD-PCR pattern을 이용하여 유사도를 구하였다. 유전자 거리를 근거로 했을 때 P. delicatissima 종은 P. multiseries와 P. pungens와는 유전적 거리가 상당히 요원하였고, 심지어 P. subfraudenlta와도 거리를 보였다. 유사도의 경 P. multiseries와 P. pungens는 0.31로 보인 반면에, P delicatissima는 다른 세종과 0.81를 나타내었다. 따라서 P. delicatissima 종은 P. multiseries, P. pungens, P. subfraudulenta와는 유전적으로 밀접하지 않는 관계로 보였다. ITS2부위는 Pseudo-nitzschia 동정에 사용될 수 있는 유용한 도구로 보이며 형태적으로 구분할 수 없는 P. multiseries와 P. pungens을 구분할 수 있다. 또한 RAPD-PCR 방법도 단시간에 Pseudo-nitzchia을 분리시키는데 사용될 것으로 보인다.

• 한국약용작물학회지
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• 제10권5호
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• pp.384-391
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• 2002

한약재 및 식품으로의 개발가능성이 높지만 현재 멸종 위험에까지 처해있는 천문동의 체계적 보호 및 보존을 위하여 수집된 유전자원의 유전 유연관계 분석을 실시한 결과는 다음과 같다. 1. 수집된 자생 천문동 23종에 대한 RAPD분석을 실시한 결과 primer 당 평균 8.5개의 PCR 밴드가 얻어졌으며 polymorphism 비율이 $42.9{\sim}91.7%$ 이었으며 평균 72.9%를 나타내어 객관적 다형 현상 분석이 가능하였다. 2. 유사도 0.82를 기준으로 23개의 천문동 수집종을 구분한 결과 6개의 group으로 분리되었는데 group I 은 전남 여수의 은적암, 경남 남해 이동, 전북 부안 위도, 전남 진도 지산과 전북 부안 하서종 이었고 Group II는 전남 영광 송이도와 전북 부안 계화. 전북 고창 아산 2, 전북 군산 개야도(적경종), 전북 고창 아산 1 그리고 일본 자생종 이었으며 group III는 전남 여수의 향일암, 충남 보령 남포, 전북 군산 선유도 1, 전북 군산 선유도 2, 전북 군산 오식도, 충남 서천 서면 자생종, Group IV는 경남 사천종과 전북 군산 선유도 2 적경종이었고 Group V는 전북 익산 금마 자생종과 중국 호남성의 적경종, Group IV는 중국종(청경종)과 군산 개야도 자생종(청경종)으로 각각 나뉘어겼다. 3. BLOTTO 사용에 의한 효율적 유연관계 분석에서는 BLOTTO를 사용할 경우 PCR 효율이 향상되어 band 획득수가 증가하고 좀더 선명한 PCR 산물의 획득이 가능하였으며 적절한 사용농도는 1% 이었다.

• 한국균학회지
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• 제25권3호통권82호
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• pp.176-190
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• 1997

Isozyme PAGE에 의한 isozyme polymorphism 및 random amplified polymorphic DNA(RAPD) pattern의 비교를 통하여 한국에서 수집된 63개의 표고 버섯(Lentinus edodes)품종의 유연관계를 조사하여 보았다. NTSYS PC program을 통하여 비교에 사용되어진 3가지 isozyme 즉 esterase, peroxidase, acid phophatase 등은 각각 10, 7, 3개의 isozyme polymorphism type으로 나뉘어질 수 있었고, 이러한 3개의 isozyme type들은 group-average method를 이용하여 최종적으로 6개의 집단으로 구분되어질 수 있었다. 또한 RAPD를 통한 표고 품종간 유연관계 비교는 사용되어진 총 20개의 random primer 들중 3개의 primer(OPA 03, OPA 18, OPA 19)가 품종간 polymorphism을 보였고 사용되어진 전체 random primer의 PCR product들의 집단 분석을 통해 최종적으로 5개의 집단으로 구분할 수 있었다. 사용되어진 두 가지 방법 즉, isozyme polymorphism및 RAPD pattern에 의해 구분되어진 63개 표고 버섯 품종의 subgroup level에서의 절대적인 유사성은 관찰할 수 없었다. Yii-Mattila(1996) 등에 의하면 품종간 비교시 isozyme analyses에서와는 달리 RAPD analyses에서는 많은 수의 strain-specific band들이 얻어질 수 있고 이것이 두 방법간의 유사성을 관찰하지 못하게 하는 원인이라고 보고하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.60-66
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• 2005

국내산 한우, 흑염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 둥을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리된 MRSA 균주를 포함하여 총 116주의 S. aureus 균주를 확보하여 이들 균주들의 유전학적 다양성을 분석하고자 시도하였다. 이를 위하여 쉽고, 편리하며 많이 활용되고 있는 PCR을 이용하여, 개별 분석기법에 따른 유전학적 특성을 파악하는 것은 물론 활용한 기법들 중에서 유전자수준에서 가장 효율적이며 뛰어난 감별능력을 지닌 기법을 선발하고자 하는데 궁극적인 목적을 두었다. 이를 위해서 통계학적 인 수치에 따라 객관적인 분석방법으로서 Simpson's index of diversity (SID)를 산출하여 성적상호간을 비교 및 평가하였다. 공시한 총 99 주에 대한 4M primer를 이용한 RAPD 성적에 근거하여 산출한 SID 값은 0.915의 양호한 간이 산출되었다. 같은 방법으로 충 98 주에 대한 RA primer를 이용한 RAPD성적을 토대로 산출한 SID 값은 0.874로 확인되었다. 한편 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10종의 유전형(genotype)으로 구분되었고, EM-type 는 14주가 포함되어 가장 대표적 인 유전형으로 분류되었으며, 이 그룹에는 사람유래의 6주가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 확인되었다. 또한 DNA profile에 근거한 덴드로그람을 작성하고 SID간을 산출하였던 바, SDI 0.929의 신뢰도 높은 성적을 산출하였다. 반면에 공시한 총 108주의 S. aureus균주에 대한 종합적인 REP-PCR 성적에서 모두20종의 유전형으로 세분되었고 RB-type은 17주로 가장 많은 균주가 포함되었다. 작성된 덴드로그람 성적에서 산출한 SID 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 유전자 분석기법들 중에서는 가장 높은 0.930으로 확인되었다. 결론적으로 RAPD 기법 중에서는 4M primer를 활용한RAPD가 보다 효율적임을 확인할 수 있었고, REP-PCR과 ERIC-PCR의 양자의 성적은 거의 비슷하여 적용했던 PCR분석기법 중에서는 이들 분석기법이 가장 우수한 감별능력을 확보한 분석법으로 최종 선발할 수 있었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제30권3호
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• pp.221-226
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• 2003

Genetic variation of Perilla germplasms was investigated using RAPD markers. Forty-two Perilla frutescens lines and cultivars collected form locals were subjected to RAPD analysis using 220 primers. Among them only 13 primers showed polymorphic bands and these 13 primers provided a total of 144 bands, consist of 115 polymorphic and 29 monomorphic ones. The polymorphic bands were subjected to phylogenetic analysis using UPGMA and maximum parsimony (MP) methods. In the UPGMA method, similarity coefficiency of 42 Perilla frutescens lines and cultivars ranged from 0 to 0.7842. The dendrogram of 42 lines and cultivars obtained through UPGMA method resulted in two major groups, and the similar clustering pattern was found by MP method, suggesting Perilla germplasms utilized in this study truly can be divided into two major groups. Although the two major groups were consistent roughly with their phenotypes (under of node, weight of 1,000 grains, and oil content), in detail, much inconsistency also was present.

• 한국약용작물학회지
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• 제21권3호
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• pp.165-173
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• 2013

The fruits of Schisandra chinensis have been used as an edible ingredient and traditional medicine in Korea. Due to morphological similarities of dried mature fruits, the correct identification of S. chinensis from other closely related Schisandrae species is very difficult. Therefore, molecular biological tools based on genetic analysis are required to identify authentic Schisandrae Fructus. Random amplifed polymorphic DNA (RAPD) and Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) were used to develop an easy, reliable and reproducible method for the authentication of these four species. In this paper, we developed several RAPD-derived species specific SCAR markers and established a multiplex-PCR condition suitable to discriminate each species. These genetic markers will be useful to distinguish and authenticate Schisandrae Fructus and four medicinal plants, S. chinensis, S. sphenanthera, S. repanda and K. japonica, in species level.

• Journal of Microbiology
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• 제38권1호
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• pp.8-10
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• 2000

In order to rapidly identify and differentiate Salmonella typhimurium from the intestinal gram-negative bacteria, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting of Salmonella typhimurium was carried out using random primers designated OPA-13 (5'-CAGCACCCAC-3'), OPB-10 (5'-CGTCTGGGAC-3'), OPB-18 (5'-CCACAGCAGT-3'), and OPJ-10 (5'-AAGCCCGAGG-3'), and its patterns compared with 6 representive intestinal, gram-negative bacterial strains, Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus, Enterobacter cloacae, Escherichia coli O157:H7, Pseudomonas aeruginosa, and Proteus sp., which are often found in foods. S. typhimurium had unique and distinct fingerprinting patterns. RAPD fingerprinting is thus concluded to be a rapid and sensitive method for the identification of S. typhimurium compared to conventional culturing procedures or immunoassays.