• 한국식물병리학회지
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• 제14권4호
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• pp.308-313
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• 1998

Reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) techiniques were used to identification and differentiation of cucumber mosaic virus isolated from Forsythia koreana (CMV-Fk). RT-PCT used by two set of 20-mer primers one was CMV-common primers and another was CMV subgroup I-specific primers designed in a conserved region of the 3' end of CMV RNA3, amplified about 490 bp and 200 bp DNA fragments from CMV-Fk, respectively. CMV could be detected by RT-PCR at a dilution as low as 10-4 in forsythia crude sap extracts. Restriction enzyme analysis of RT-PCR products using EcoRI and MspI showed that CMV-Fk belonged to CMV subgroup I. But, analysis of RNA fingerprinting by arbitrarily primed polymerase chain reaction (RAP-PCR) showed heterogeneity of RNA3 between CMV-Fk and CMV-Y as a member of subgroup I.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제60권6호
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• pp.393-400
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• 2022

Human infection with simian malaria Plasmodium knowlesi is a cause for concern in Southeast Asian countries, especially in Malaysia. A previous study on Peninsular Malaysia P. knowlesi rhoptry associated protein-1 (PkRAP1) gene has discovered the existence of dimorphism. In this study, genetic analysis of PkRAP1 in a larger number of P. knowlesi samples from Malaysian Borneo was conducted. The PkRAP1 of these P. knowlesi isolates was PCR-amplified and sequenced. The newly obtained PkRAP1 gene sequences (n=34) were combined with those from the previous study (n=26) and analysed for polymorphism and natural selection. Sequence analysis revealed a higher genetic diversity of PkRAP1 compared to the previous study. Exon II of the gene had higher diversity (π=0.0172) than exon I (π=0.0128). The diversity of the total coding region (π=0.0167) was much higher than those of RAP1 orthologues such as PfRAP-1 (π=0.0041) and PvRAP1 (π=0.00088). Z-test results indicated that the gene was under purifying selection. Phylogenetic tree and haplotype network showed distinct clustering of Peninsular Malaysia and Malaysian Borneo PkRAP1 haplotypes. This geographical-based clustering of PkRAP1 haplotypes provides further evidence of the dimorphism of the gene and possible existence of 2 distinct P. knowlesi lineages in Malaysia.

• 식물병연구
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• 제7권1호
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• pp.1-7
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• 2001

1998년 수원 근교에서 채집한 전형적인 모자이크 병징을 나타내는 수국(Hydragea macrophylla for. otaksa)으로부터 CMV를 분리하고, Hm-CMV라 명명하였다. 기주실험, 물리적 실험, 혈청학적 성질, RNA와 coat protein의 성질, RT-PCR 및 RAP-PCR 분석을 통하여 Hm-CMV의 특성을 분석하였다. 12종의 CMV 지표식물에서 실시한 기주반응실험의 결과, 지금까지 보고된 CMV 계통들의 반응과 특징적인 차이는 인정되지 않았다. Hm-CMV의 물리적 성질은 내열성에서 6$0^{\circ}C$를 보여 기존 CMV들 보다 낮았다. 혈청학적으로 Hm-CMV는 Y-CMV와 융합하는 subgroup I CMV로 분석되었다. SDS-PAGE로부터에 Hm-CMV의 외피단백질은 28 kDa의 band가 확인되었으며, 4종의 게놈 RNA는 Y-CMV와 같은 분자량을 나타냈으나, 위성 RNA는 존재하지 않았다. 수국의 이병엽에서 분리한 dsRNA의 분석 결과도 Y-CMV와 같은 패턴을 보였다. Hm-CMV의 외피단백질유전자에 대한 RT-PCR 분석 결과, 예상된 분자크기의 DNA 증폭이 인정되었으며, PCR 산물을 이용한 EcoR I 및 Msp I을 처리한 결과는 subgroup I CMV의 특성을 나타냈다. 그런, RAP-PCR의 결과, Hm-CMV는 subgroup I내의 다른 계통들과 구분되었다.

• BMB Reports
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• 제39권1호
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• pp.37-45
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• 2006

Bulked segregant analysis (BSA) and AFLP were used for isolation of genomic sex determination markers in Penaeus monodon. A total of 256 primer combinations were tested against 6-10 bulked genomic DNA of P. monodon. Five and one candidate female- and male-specific AFLP fragments were identified. Female-specific fragments were cloned and further characterized. SCAR markers derived from FE10M9520, FE10M10725.1, FE10M10725.2 and FE14M16340 provided the positive amplification product in both male and female P. monodon. Further analysis of these markers using SSCP and genome walk analysis indicated that they were not sex-linked. In addition, sex-specific (or differential) expression markers in ovaries and testes of P. monodon were analyzed by RAP-PCR (150 primer combinations). Twenty-one and fourteen RAP-PCR fragments specifically/differentially expressed in ovaries and testes of P. monodon were successfully cloned and sequenced. Expression patterns of 25 transcripts were tested against the first stranded cDNA of ovaries and testes of 3-month-old and broodstock-sized P. monodon (N = 5 and N = 7 - 10 for females and N = 4 and N = 5 - 7 for males, respectively). Five (FI-4, FI-44, FIII-4, FIII-39 and FIII-58) and two (M457-A01 and MII-51) derived RAP-PCR markers revealed female- and male-specific expression patterns in P. monodon. Surprisingly, MII-5 originally found in testes showed a higher expression level in ovaries than did testes of juvenile shrimps but a temporal female-specific pattern in P. monodon adults.

• 생명과학회지
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• 제17권9호통권89호
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• pp.1294-1297
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• 2007

국내 시판 무 (Baekwoon) 의 씨앗으로부터 항 진균 단백질들을 (RAP-l,2)분리 하였으며[12] 이들 항 진균 단백질을 MALDI-TOF실험결과, 2S storage albumin, Rs-AFP등 지하부 식물의 defensin protein과[15] 일치함을 확인하였고 이에 시판되는 7종의 각각의 무 씨앗으로부터 조 단백질과 Total RNA를 분리 하여 항 효모 (Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans.) 및 항 곰팡이 (Botrytis cenma)에 대한 항 진균성을 실험한 결과 항 곰팡이 활성은 모든 품종에서 보였으나 항 효모 활성은2 종 (Myungsan, Baekwoon) 의 무에서만 보였 다 . 또한 기존에 알려진 항 진균 단백질 (Rs-AFP)의 유전자를 Gene Bank/EMBL 에서 획득하여 씨앗으로부터 분리한 Total RNA 에 RT-PCR 한결과, 7종 중 2종은 0.2kb 의 산물이 보이지 않았다. 이들 Ks-AFP 유전자산물을 염기서열을 분석하였으며 이 염기서열에서 얻어진 아미노산 서열을 Clustal W를 이용한 pairwise alignment 분석에 의해 국내 시판 무 의 품종간 각clone의 계통수를 분석한 결과를 보고한다.

• 한국수정란이식학회지
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• 제31권4호
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• pp.323-333
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• 2016

Pro-inflammatory cytokines, interleukin-$1{\beta}$(IL1B), IL6, and tumor necrosis factor-alpha (TNF), are known to play important roles in regulating the endometrial function in the uterus during the estrous cycle and pregnancy in several species. However, the expression and function of these cytokines and their receptors in the uterine endometrium during the estrous cycle have not been studied in pigs. Thus, this study determined the expression and regulation of IL1B, IL6, TNF and their respective receptors, IL1R1, IL1RAP, IL6R, GP130, TNFRSF1A, and TNFRSF1B during the estrous cycle in pigs. To analyze levels of each gene expression in the uterine endometrium we obtained from endometrial tissues on Days 0, 3, 6, 9, 12, 15, and 18 of the estrous cycle. Real-time RT-PCR analysis showed that levels of IL1B, IL1RAP, IL6R, GP130, TNF, TNFRSF1A, and TNFRSF1B mRNAs were highest on Day 15 or 18 of the estrous cycle, which corresponds to the proestrus period. Levels of IL1R1 were highest on Day 0, while levels of IL6 were biphasic with high levels on Day 6 and Day 15. The abundance of IL1B, IL6, IL6R, and TNF mRNAs was decreased by progesterone, while levels of GP130 were increased by progesterone in endometrial tissue explants. These results showed that expression of pro-inflammatory cytokines and their receptors changed stage-specifically during the estrous cycle and regulated by progesterone in the uterine endometrium in pigs, suggesting that these pro-inflammatory cytokines may be involved in the regulation endometrial function during the estrous cycle in pigs.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2023년도 임시총회 및 춘계학술대회
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• pp.34-34
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• 2023

화본과 식물인 홍띠(Imperata cylindrica 'Rubra') 식물체의 기관분화 단계별 시료를 작성하여 이들 몇가지 기관분화에 관련된 유전자의 각 단계별 기관분화체에서 유전자존재와 발현여부를 조사하였다. 또한 식물의 기관분화에 관련된 유전자 정보를 얻기 위하여 일부 유전자의 특성을 정리하였다. 조사된 기관분화 관련 유전자중 탈분화 관련 유전자로는 FIF, RAP2-4 (WIND1) 유전자 등이, shoot 분화 관련 유전자로는 WUS, 부정근 분화관련 유전자로는 OsSCR, WOX11 등, 체세포배발생 관련 유전자로는 BBM1, SERK1, LEC1B, MEA 유전자 등이다. 이들 유전자중 RAP2-4(WID1), FIE, BBM1, SERK1, OsSCR, WOX11, WUS, LEC1B 유전자 등 8종의 기관분화 관련 유전자를 대상으로 화본과 식물의 기관분화의 각 단계별 기관분화체를 작성하여 PCR을 통하여 유전자(gDNA)의 존재여부를 확인한 결과 공시 유전자 모두 홍띠의 각단계 기관분화체에서 존재하였다. 또한 상기 유전자를 사용하여 화본과 식물의 각단계별 기관분화체에 대하여 유전자 발현을 확인한 결과 각단계 기관분화체에서 모두 발현하였다. 5종류 총 15개체의 기관분화 단계별 분화체에서 캘러스 발생 유전자인 FIE는 모식물체 1번을 제외한 14개의 식물체에서 모두 관찰되었으며, 뿌리 발생 유전자인 WOX11은 15개의 모든 식물체에서 탐색되었으며, 체세포 발생 유전자인 LEC1B는 15개 식물체에서 모두 발현하였으나 비교적 약하게 발현하였다. 이상과 같이 본 연구에서는 식물 기내발생시 기관분화관련 유전자의 동향을 파악하여 식물발생학의 기초자료를 구축하고자 하였다.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제36권3호
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• pp.186-196
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• 2010

Introduction: The first aim of this study was to isolate the dental tissue-derived stem cells from the dental follicle (DF), dental pulp (DP), and root apical papilla (RAP) of the extracted wisdom teeth. Second was to evaluate their characterization with the expressions of transcription factors and cell surface markers. Finally, their ability of the in vitro multi-lineage differentiations into osteogenic and adipogenic cells were compared, respectively. Materials and Methods: Dental tissues, including dental follicle, dental pulp, and root apical papilla, were separated in the extracted wisdom teeth. These three dental tissues were cultured in Dulbecco’s modified Eagle’s medium (DMEM) with supplements, respectively. After passage 3, the homogeneous shaped dental tissue-derived cells were analyzed the expression of transcription factors (Oct-4, Nanog and Sox-2) and cell surface markers (CD44, CD90 and CD105) with reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and fluorescence-activated cell sorting (FACS) analysis. In order to evaluate in vitro multi-lineage differentiations, the culture media were changed to the osteogenic and adipogenic induction mediums when the dental tissue-derived cells reached to passage 3. The characteristics of these three dental tissue-derived cells were compared with immunohistochemistry. Results: During primary culture, heterogenous and colony formatted dental tissue-derived cells were observed in the culture plates. After passage 2 or 3, homogenous spindle-like cells were observed in all culture plates. Transcription factors and mesenchymal stem cell markers were positively observed in all three types of dental tissue-derived cells. However, the quantity of expressed transcription factors was most large in RAP-derived cells. In all three types of dental tissue-derived cells, osteogenic and adipogenic differentiations were observed after treatment of specific induction media. In vitro adipogenic differentiation was similar among these three types of cells. In vitro osteogenic differentiation was most strongly and frequently observed in the RAP-derived cells, whereas rarely osteogenic differentiation was observed in the DP-derived cells. Conclusion: These findings suggest that three types of human dental tissue-derived cells from extracted wisdom teeth were multipotent mesenchymal stem cells, have the properties of multi-lineage differentiations. Especially, stem cells from root apical papilla (SCAP) have much advantage in osteogenic differentiation, whereas dental follicle cells (DFCs) have a characteristic of easy adipogenic differentiation.

• 생명과학회지
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• 제30권1호
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• pp.88-95
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• 2020

유기용매 내성 세균인 Pseudomonas sp. BCNU 106을 10%(v/v) 톨루엔에 노출시킨 후 8시간 동안 random arbitrarily primed polymerase chain reaction (RAP-PCR)기법을 이용하여 메신져 RNA 발현 레벨을 조사하였다. 총 100개의 상향발현된 발현 산물 중에서 50개의 상보적인 단편들이 반복적으로 재현성있게 발현되는 것으로 확인되어, 이들을 클로닝을 하였으며 나아가 유전자 염기서열을 결정하였다. Blast analysis 결과, 톨루엔은 LysR family transcriptional regulator 그리고 RNA polymerase factor sigma-32같은 전사와 관련된 유전자들의 발현 레벨을 적응적으로 증가시키는 것으로 확인되었다. 그리고 톨루엔 스트레스 존재 하에서 inorganic ion 수송과 대사와 관련된 catalase와 Mn²⁺/Fe²⁺ transporter 유전자의 발현이 증가되었으며, 신호전달과 대사와 기능적으로 관련된 type IV pilus assembly PilZ와 multi-sensor signal transduction histidine kinase 유전자들의 발현 증가도 확인되었다. 한편 톨루엔 노출 후 탄수화물 수송과 대사와 관련된 beta-hexosaminidase 유전자발현 레벨이 증가하였다. 나아가 DNA polymerase III subunit epsilon, DNA-3-methyladenine glycosylase II와 DEAD/DEAH box helicase domain-containing 유전자들과 같은 DNA 복제, 재조합 그리고 수복에 관련성이 있는 유전자들의 발현 레벨 그리고 심지어는 ABC transporter 유전자와 같은 방어 메커니즘에 관련성이 있는 유전자들의 발현 레벨이 적응적으로 증가되는 것으로 밝혀졌다. 특히 10% 톨루엔 존재하에서 ABC transportor, Mn²⁺/Fe²⁺ transporter 및 β-hexosaminidase 유전자에 해당하는 RNA들이 괄목하게 유도되는 것이 확인되었다. 그러므로 유기용매 내성 세균 Pseudomonas sp. BCNU 106이 유기용매에 대하여 내성을 나타내는데 있어서 방어 메커니즘, 세포내 이온 항상성 그리고 바이오 필름 형성이 필수적인 것으로 확인되었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제39권1호
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• pp.33-48
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• 2012

작물의 구조와 기능을 이해하려는 과학적 탐구심과 이를 작물 육종에 적용하려는 실험적 노력의 일환으로 다양한 작물에서 유전자 지도가 개발되었다. 특히, 배추과 작물의 경우 모델식물인 애기장대의 유전체 정보가 공개된 이후 다양한 정보 (염기서열 정보, 유전자 구조 및 기능정보 등)의 이용이 가능해져 유전자 지도 작성이 가속화 되었으며 이는 최근 $B.$ $rapa$ A genome (배추)유전체 해독이라는 결과를 가져왔다. 배추과 작물의 유전자 지도 작성에 있어서 초기에는 RFLP 마커들이 사용되었으나 이후 분자마커, 즉, RAPD, AFLP, SSR 등과 같이 비교적 사용이 간단하고 시간적 제약이 없는 PCR 마커의 형태로 점차 바뀌었다. 배추과 작물의 경제적, 학문적 가치가 고려되어 $B.$ $rapa$ (배추)를 표준재료로 A genome 유전체 염기서열 해독이라는 목표로 다국적 유전체 프로젝트가 결성되었고 2011년 국내연구진이 주도적으로 참여한 국제 컨소시엄 (BrGSPC, $B.$ $rapa$ Genome Sequencing Project Consortium)에 의해 배추 (10개 염색체)의 유전자 영역(gene space), 약 98% (83.8 Mb)의 염기서열이 해독되어 발표되었다. 유전체 해독 과정에서 축적된 염기서열 정보는 대량의 SSR, SNP, IBP 마커의 개발을 가능하게 하였고 이들 마커는 $B.$ $rapa$ A genome 유전자 지도와 물리 지도 작성에 이용되어 이후 배추과 작물연구 전반에 널리 적용되고 있다. 대량의 분자마커 개발은 유전자 지도 작성을 가속화하여 더욱 정밀한 유전자 지도를 가능하게 하였고 공통의 분자마커 정보는 애기장대와 배추과 작물 간 비교유전체 연구를 통해 농업적 우수 형질의 클로닝, 마커도움선발 (MAS)등의 방법으로 분자육종의 기반을 제공하고 있다. 뿐만 아니라. 최근 등장한 NGS 유전체 해독 기술로 생산된 대량의 정보는 분자육종 실현 가능성을 높여 분자육종 실용화에 박차를 가하는 계기가 되고 있다. 본 논문에서는 $B.$ $rapa$에서 분자마커를 이용한 유전자 지도 개발의 과정과 농업적 유용형질 탐색을 위한 양적 형질 유전자좌 (QTLs)의 연구 현황에 대하여 알아보고 유전체연구에서 유전자 지도의 중요성과 육종에의 응용에 대하여 서술하였다. 또한 다양한 유전체 정보와 오믹스 정보를 국내 배추과 분자육종에 효율적으로 활용하여 분자육종 실용화를 가능하게 하기 위해 사용자가 쉽게 사용할 수 있는 데이터베이스를 구축함으로서 연구자와 육종가 간의 간격을 좁히고 원활한 정보교환의 필요성을 제기하였다.