• 제목/요약/키워드: Pulsed-field gel eletrophoresis

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Pulsed-Field Gel Electrophoresis-Based Molecular Typing Reveals a Shift in the Major Type of Vibrio cholerae O1 Isolated in Korea

  • Kim, Seong-Han;Kim, Jun-Young;Kang, Yeon-Ho;Park, Yong-Keun;Lee, Bok-Kwon
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제16권11호
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    • pp.1814-1818
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    • 2006
  • Vibrio cholerae O1 El Tor isolates (n=242), collected in Korea between 1991 and 2002, were classified by NotI-digested pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). The major types were Al before 1998 and B after 1999, among both domestic and imported cases. The prevalent PFGE types among domestic cases were consistent with the prevalent types among imported cases in the same year. These results suggest a close relationship between the domestic and imported cases of cholera in Korea.

Pulsed-field Gel Electrophoresis를 이용한 Mycobacterium fortuitum의 유전형 분석 (Genomic analysis of Mycobacterium fortuitum by pulsed-field gel electrophoresis)

  • 이태윤;도인아;김성광
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제12권2호
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    • pp.366-385
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    • 1995
  • 항산균 감염증의 예방 및 치료를 위하여는 역학적인 연구가 중요하다. 본 연구에서는 감염증의 분자역학적 연구를 위한 기법중 아직 항산균을 대상으로 pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) 분석법을 확립하고자 하였다. PFGE분석에 적절한 제한효소는 DraI, AsnI 및 XbaI 등이었고 각 제한효소마다 최적의 PFGE조건은 서로 달랐다. DraI의 경우는 두단계로 나누어 전기영동을 시행하였다. 제1단계의 initial pulse는 10초 final pulse는 15초였으며 제2단계는 initial pulse는 60초 final pulse는 70초이었다. 전기영동시간은 각 단계마다 각각 14시간씩이었다. XbaI의 경우는 제2단계 없이 initial pulse가 3초 final pulse가 12초였고 전기영동시간은 22시간이었다. AsnI의 경우는 제2단계 없이 initial pulse가 5초 final pulse가 25초였고 전기영동시간은 22시간이었다. 모든 경우에 있어서 전압은 200V로 하였다. 표준균주로는 M. bovis BCG, M. tuberculosis 및 M. fortuitum등을 사용하였는데 PFGE분석상 동일균종내에서 표준균주들 간의 차이는 발견할 수 없었다. 임상에서 분리된 9주의 M. fortuitum 균주를 대상으로 AsnI 제한효소로 PFGE분석을 시행한 결과 2주만을 제외하고는 서로 간의 유전형 분류가 가능하였다. 균주간의 유전적 거리를 결정하기 위하여 cluster analysis를 시행한 결과 M. fortuitum 균주들은 크게 두 집단으로 나뉘었다. 제한효소 AsnI으로 동일 균종의 분류가 안되는 M. fortuitum 균주들은 XbaI 제한효소을 사용한 PFGE분석으로 유전형의 구분이 가능하였다. Cluster analysis를 시행한 결과 크게 두 집단으로 나뉘었던 M. fortuitum 균주들은 보다 복잡한 집단으로 분류되어 XbaI을 사용한 PFGE분석법이 M. fortuitum 균주분류를 위하여는 보다 적절함을 알 수 있었다. Cluster analysis에서 얻은 최대 % dissimilarity 값은 0.74(AsnI) 및 0.75(XbaI)로서 이 값은 arbitrarily primed polymerase chain reaction(AP-PCR)법보다는 높고 restriction fragment length polymorphism(RFLP) 법보다는 낮아 PFGE법이 RFLP를 보완하거나 대치할 수 있는 세균 유전형 분석법임을 알 수 있었다.

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유방염 유즙에서 분리한 포도구균의 분자생물학적 typing과 multiplex PCR을 이용한 장독소의 검출 (Molecular typing and detection of enterotoxin by multiplex PCR of Staphylococcus aureus isolated from bovine mastitis)

  • 김신;홍현표;김상윤;권헌일;이희무
    • 한국동물위생학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.275-283
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    • 2002
  • Forty strains of Staphylococcus aureus were isolated from mastitic milk. As a result of antimicrobial susceptibility test, the strains of S aureus revealed 47.5% were resistant to ampicillin and penicillin, and 7.5% to gentamicin. But 45% of isolates were sensitive to antimicrobial agents tested. In case of enterotoxin production, 56.3% of 16 strains produced enterotoxin D. Two strain of enterotoxin D producers produced both enterotoxin B and D. According to isolation date, 15 representative strains were selected. As a results of pulsed field gel eletrophoresis analysis of the 15 representative strains, 14 strains were identical. Therefore we consider the identical strains of S aureus have caused continuously bovine mastitis in this dairy farm. If autogenous vaccine can be made by the strains, it will work well for the prevention of bovine mastitis caused by S aureus.