• 한국축산식품학회지
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• 제22권4호
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• pp.301-309
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• 2002

본 연구는 AFLP-PCR 유전자 지문분석 기법을 이용하여 우리나라 고유의 동물유전자원으로서 재래흑염소의 품종 및 흑염소육 감별을 위한 품종 특이적 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. 흑염소로부터 추출한 genomic DNA를 EcoR I/Hind III 및 Taq I/Hind III 2종류의 제한효소 조합으로 이중 절단한 후 10종류의 two selective primer조합형을 이용하여 분석한 결과 각 printer 조합형당 검출된 AFLP band의 수는 36~74개의 범위로 평균 55.5개였다. 그리고 검출된 총 555개의 band 가운데 polymorphic band의 수는 149 개로 다형성 수준은 약 26.8%로 추정되었다. 재래흑염소 품종 특이적인 AFLP marker를 탐색하고자 육용종 수입흑염소 및 4품종의 유용종 염소와 AFLP 지문양상을 비교 검토한 결과 M13/H13 primer 조합형에서 2.01과 1.26 kb의 2개 band 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 1.65 kb의 1개 band가 재래흑염소의 품종 특이적 AFLP marker로 검출되었다. 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 수입흑염소의 2.19, 2.03, 0.96 및 0.87 kb band, Saanen종의 2.13 kb band, Nubian종의 2.08 kb band는 각 해당 품종에만 특이적으로 출현하는 품종 특이적 band로 확인되었다. 또한, E35/H13 primer 조합형에서 재래흑염소를 특히, Saanen종과 식별이 가능한 4개의 DNA band가 확인되었다. 따라서, 본 연구에서 AFLP-PCR 기법을 이용하여 검출한 품종 특이적 DNA band들은 우리나라 재래흑염소, 수입흑염소 및 유용종 염소품종들간에 명확히 구별되어 재래종 흑염소 육과 육제품의 품종판별에 매우 유용한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 치위생과학회지
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• 제14권2호
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• pp.191-197
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• 2014

본 연구는 전문가의 지도 없이 소비자가 쉽게 구매할 수 있는 일반적 치아 미백제에 대한 연구로 과산화수소의 함량제한이 있는 국내 사용 환경에서 보다 효과적인 미백 효능을 제공하고자 동일 과산화수소 함량에서 미백 효과를 증진시켜 줄 수 있는 금속 이온 등을 함유한 primer에 대해 착색시킨 수산화인회석 시편을 이용한 실험실적 방법으로 미백효과를 평가하였다. 평가원료들은 인체 안전성을 고려하여 식품 첨가물 공전에 수재된 원료에서 선별하였으며 금속 이온의 종류 및 염의 종류에 따른 효과를 평가한 결과 3가 철 이온을 방출하는 염화제이철을 함유한 primer를 적용 시 미백 효과가 가장 우수하였다. 여기에 제삼인산칼륨을 사용하여 pH를 알칼리조건으로 만든 pH 10.0 primer를 적용 시 더욱 미백 효과가 증가됨을 확인하였으며 primer를 사용하지 않은 대조군과 시간에 따른 미백 효과를 비교한 결과 30분 부착 시 1.75배의 명도 변화량을 나타내었다. 본 연구는 인공 재료와 인공적 실험 환경에서 이뤄진 실험실적 연구로서 실제 인체에 적용 시 안전성이나 부수적 효과에 대해서는 추후 추가적으로 평가해야 할 필요가 있으나 제한된 과산화수소 함량에서 primer의 사용으로 미백 효과를 극대화할 수 있다는 것을 확인하였다는 점에서 의미가 있다고 생각된다.

• 분석과학
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• 제18권3호
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• pp.257-262
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• 2005

미토콘드리아 DNA(mtDNA) 상의 조절부위(control region)에는 HV1과 HV2와 같은 과변이부위(hypervariable region)가 있으며, 이 부위에서 사람마다 차이가 나는 많은 SNPs(single nucleotide polymorphism)을 발견할 수 있다. mtDNA 염기서열 분석은 개인식별 및 백골화된 시신등의 신원확인에 유용하게 사용되어왔다. mtDNA상의 cytochrome b(cytb) 유전자는 분자계통학(molecular phylogenetics) 분야에 널리 이용되고 있으며, 법과학 분야에서의 동물 종식별은 다양한 사건 현장 증거물의 인수식별 뿐 아니라 불법 유통되고 있는 각종 동물성 건강식품, 의약품의 원료 규명 및 보호 종의 밀렵 증명 등에 유용하게 적용될 수 있다. 본 연구에서는 광범위한 동물의 cytochrome b 유전자를 증폭할 수 있는 primer sets (H14724/L15149)와 사람에 특이적인 HV1 부위 primer set (H15997/L16236)를 이용한 동시 증폭을 통해 먼저 사람과 동물을 구별하였고, cytb 증폭산물의 직접 DNA 염기서열 분석을 통해 종식별을 수행하였다. H14724/L15149 primer pair는 닭과 오리를 제외하고 사람, 소, 돼지, 개, 고양이, 생쥐, 쥐의 cytb를 증폭할 수 있었으며, H14841/L15149 primer pair는 닭과 오리도 증폭할 수 있었다. 효모, 곤충 및 세균은 모두 증폭산물이 생산되지 않았으며, H15997/L16236의 경우 사람의 HV1만이 선택적으로 증폭되었다. 또한 실제 사건의 예에서와 같이 본 연구가 혈흔의 종식별에 매우 유용함을 보여주었다.

• 한국식품과학회지
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• 제34권6호
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• pp.1134-1139
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• 2002

Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter는 분류학적으로 동일한 rRNA superfamily Ⅵ로 식중독 이외에도 위궤양, 위암, 유산 및 신경 장애를 유발한다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter를 오염된 식품 등에서 선택적으로 검출하기 위해 PCR, multiplex-PCR, RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 기법을 이용하였다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter의 16S rRNA를 target으로 하는 CHA primer를 사용하여 동일한 PCR product의 검출할 수 있었다. C. jejuni와 C.coli를 A. butzleri와 H. pylori로부터 선택적으로 검출하기 위해 fla A gene을 target으로 하는 pg3, p50을 사용하였으며, A. butzleri는 23S rRNA를 target으로 하는 Arco2, Butz를 이용했다. 또한 H. pyloyi는 isocitrate dehydrogenase gene을 target으로 하는 icd1, icd2를 사용하였고, C. jejuni는 ceuE gene을 target으로 하는 JEJ1, JEJ2를 이용하여 효과적으로 분리검출이 이루어졌다. 또한 제한효소 Dde I 을 사용하여 PCR-RFLP를 통해 C. jejuni, C. coli를 A. butzleri, H. pylori로부터 분리할 수가 있었다. 따라서 이러한 primer를 이용하여 C. jejuni, C. coli, A. butzleri, H. pylori가 함께 오염되었을 때 각각 균주의 선택적인 검출이 가능할 것이다.

• 대한치과교정학회지
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• 제33권1호
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• pp.51-61
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• 2003

본 연구는 6세대 교정용 접착 시스템인 Transbond Plus Self-Etching Primer(3M/Unitek Dental Products, Monorovia, Calif)를 이용하여 법랑질면에 브라켓을 접착하는 방법과, 통상적인 산부식 방법에 의해 브라켓를 접착한 경우의 전단결합강도 차이를 비교$\cdot$평가하고, self etching primer를 이용하여 브라켓을 접착할 때 치면에 존재하는 수분이 브라켓의 저단결합강도에 미치는 영향에 관하여 조사하였다. $37\%$ 인산용액과 Self-Etching Primer를 이 용하여 법랑질을 표면 처 리하고 Transbond XT를 이 용하여 브라켓을 치면에 부착하였다. 또한 수분의 존재에 따른 전단결합강포의 차이를 평가하기 위해 인공타액을 치면예 도보후 Self-Etching Primer를 사용하여 브라켓을 부착한 후 30분과 24시간에 따른 전단결합강도를 비교 평가하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. Self-etching primer군에서 건조군과 습윤군의 전단결합강도는 $37\%$인산처리군의 결합강도보다 낮았다(p<0.05). 그러나 Self-etching primer군의 전단결합강도는 일상적으로 유용한 수준의 이상이었다. 2. 모든군에서 24시간군의 전단결합강도가 30분군의 전단결합강도보다 높았으며 (p<0.05), 이는 브라켓 접착후 일정시간의 경과가 결합강도를 증가시켜 줌을 알 수 있었다. 3. Self-etcing primer군에서 습윤군의 전단결합강도는 건조군보다 높은 경향이었으나 통계적 유의성은 인정되지 않았다(P>0.05). 4 ARI 점수의 비교결과 인산처리군에서는 0점과 1점의 빈도가 높았으며, Self-etching primer 건조군과 습윤군에서는 2점과 3점의 빈도가 높아(p<0.05) Self-etching primer군이 인산처리군보다 법랑질-레진 접착계면부위에서의 파절이 많이 일어남을 알 수 있었다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제23권1호
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• pp.328-338
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• 1998

Porphyromonas endodontalis, an anaerobic Gram negative cocobacillus which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions, is very difficult to culture and to detect by the traditional method in that it requires much time to induce the specific black pigmentation, and it is very sensitive to oxygen and the antibiotics added in the culture medium. In this study, the nucleotide sequences of the 'probe h' (0.73kb), one of the specific DNA probes top. endodontalis (ATCC 35406) which had been developed by our department, was determined and then a pair of primers for PCR amplification was fabricated to identify P. endodontalis. The plasmids containing 'probe h' were purified by $Wizard^{TM}$ Midipreps DNA Purification System (Promega Corp.), and the nucleotide sequences of the 'probe h' were determined by the dideoxy chain termination method using TaqTrack Sequencing System (Promega Corp.) and detected by fluorescent labelling method. The sense/antisense PCR primers were designed with computer software (Lasergene, DNASTAR Ind. PCR was done with a programmable GeneAmp PCR System 2400 (Perkin Elmer-Cetus Co.). Each sample containing the whole genomic DNA of P. endodontalis and other black-pigmented Bacteroides was itailly denatured at $94^{\circ}C$ for 5 min and then subjected to 30 cycles, each of them consisting of 60s at $94^{\circ}C$, 60s at $60^{\circ}C$, and 90s. at $72^{\circ}C$. The amplified DNA was resolved electrophoretically in a 1.0 % agarose gel in 1X TAE buffer, stained with EtBr, and photographed on a UV transilluminator. The results were as follows : 1. The nucleotide sequences of 'probe h' (743 base pairs) were obtained by dideoxy chain termination method, and from that results the specific primers to P. endodontalis (ATCC 35406), 'Primer H1/ Primer H2', were designed. 2. It has been found that 'Primer H1/H2' could detect P. endodontalis (ATCC 35406) using PCR. 3. The PCR system with this primers may be a powerful technique to amplify the specific sequences of 'probe h' of P. endodontalis (ATCC 35406) that produce distinct identification of it from other black-pigmented Bacteroides, and this could help us to determine the nature of periapical disease.

• The Plant Pathology Journal
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• 제35권6호
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• pp.654-661
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• 2019

The soybean cyst nematode, Heterodera glycines, is a major plant-parasitic nematode that has caused important economic losses to Korea's soybean production. Four species of cyst nematodes, H. schachtii, H. glycines, H. trifolii, and H. sojae, all belong to schachtii group are coexist in field soil in Korea. The rapid identification of the nematode is crucial for preventing crop damage and in decision making for controlling this nematode. This study aimed to develop a species-specific primer set for quantitative PCR (qPCR) assay of H. glycines. The specific primer set (HGF1 and HGR1) for H. glycines was designed based on the cytochrome c oxidase subunit I (COI) sequence of mitochondrial DNA. After optimization, it is possible to identify the H. glycines using a qPCR assay with DNA extracted from a single cyst and single second-stage juvenile (J2). The specificity was confirmed by the absence of SYBR fluorescent signals of three other Heterodera species. A serial dilution of DNA extracted from a single cyst was obtained for the sensitivity test. The result showed that the standard curve of the test had a highly significant linearity between DNA concentration and Ct value (R² = 0.996, slope = -3.49) and that the detection limit concentration of DNA of the primer set was 10 pg of DNA per reaction. Our findings suggested that H. glycines could be distinguished from H. sojae and other Heterodera species when a qPCR assay is used with a specific primer set.

• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.92-97
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• 2006

We developed an mPCR assay for the simultaneous detection, in one tube, of Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Staphylococcus aureus and Listeria monocytogenes using species-specific primers. The mPCR employed the E. coli O157:H7 specific primer Stx2A, Salmonella spp. specific primer Its, S. aureus specific primer Cap8A-B and L. monocytogenes specific primer Hly. Amplification with these primers produced products of 553, 312, 405 and 210 bp, respectively. All PCR products were easily detected by agarose gel electrophoresis, and the sequences of the specific amplicons assessed. Potential pathogenic bacteria, in laboratory-prepared and four commercially available kimchi products, were using this mPCR assay, and the amplicons cloned and sequenced. The results correlated exactly with sequences derived for amplicons obtained during preliminry tests with known organisms. The sensitivity of the assay was determined for the purified pathogen DNAs from four strains. The mPCR detected pathogen DNA at concentrations ranging from approximately 0.45 to $0.05\;pM/{\mu}l$. Thus, this mPCR assay may allow for the rapid, reliable and cost-effective identification of four potentially pathogens present in the mixed bacterial communities of commercially available kimchi.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권1호
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• pp.91-95
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• 2004

원유로 오염된 토양의 생물학적 복원과정 동안 접종된 Nocardia sp. Hl7-1 균주를 확인하기 위해 165 rDNA sequence에 기초하여 균주에 특이적인 primer를 제작하였다 14균주의 16S rDNA sequence비교를 통해 제작된 4개의 primer set는 Hl7-1 균주를 특이적으로 검출할 수 있었다. 특히 NH169F-NH972R과 NH575F-NH972R의 primer set는 50 fg의 DNA와 $1.2${\times}$10^4$ cfu/g-soil의 균체농도까지 민감하게 검출할 수 있었다. 이 두 primer set는 원유로 오염된 토양의 bioremediation과정 동안 접종된 Hl7-1 균주의 특이적 검출을 가능케 하였으며, 이는 사용된 primer set에 의해 증폭된 PCR산물을 제한효소(EcoRI)로 절단한 결과와 DGGE를 통한 Hl7-1 균주의 확인을 통해 본 연구에서 제작된 primer set의 특이성을 검증하였다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제43권1호
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• pp.1-9
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• 2019

Background: Korean ginseng is an important cash crop in Asian countries. However, plant yield is reduced by pathogens. Among the Ilyonectria radicicola-species complex, I. mors-panacis is responsible for root-rot and replant failure of ginseng in Asia. The development of new methods to reveal the existence of the pathogen before cultivation is started is essential. Therefore, a quantitative real-time polymerase chain reaction method was developed to detect and quantify the pathogen in ginseng soils. Methods: In this study, a species-specific histone H3 primer set was developed for the quantification of I. mors-panacis. The primer set was used on DNA from other microbes to evaluate its sensitivity and selectivity for I. mors-panacis DNA. Sterilized soil samples artificially infected with the pathogen at different concentrations were used to evaluate the ability of the primer set to detect the pathogen population in the soil DNA. Finally, the pathogen was quantified in many natural soil samples. Results: The designed primer set was found to be sensitive and selective for I. mors-panacis DNA. In artificially infected sterilized soil samples, using quantitative real-time polymerase chain reaction the estimated amount of template was positively correlated with the pathogen concentration in soil samples ($R^2=0.95$), disease severity index ($R^2=0.99$), and colony-forming units ($R^2=0.87$). In natural soils, the pathogen was recorded in most fields producing bad yields at a range of $5.82{\pm}2.35pg/g$ to $892.34{\pm}103.70pg/g$ of soil. Conclusion: According to these results, the proposed primer set is applicable for estimating soil quality before ginseng cultivation. This will contribute to disease management and crop protection in the future.