• 제목/요약/키워드: Population-specific DNA

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Prevalence of Toxoplasma gondii Infection in Stray and Household Cats in Regions of Seoul, Korea

  • Lee, Sang-Eun;Kim, Jae-Yeong;Kim, Yun-Ah;Cho, Shin-Hyeong;Ahn, Hye-Jin;Woo, Heung-Myong;Lee, Won-Ja;Nam, Ho-Woo
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제48권3호
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    • pp.267-270
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    • 2010
  • The principal objective of this study was to investigate the prevalence of toxoplasmosis in household and stray cats in Seoul, Republic of Korea. We collected blood samples from 72 stray and 80 household cats, and all samples were examined by ELISA and nested peR. The overall positive rates of Toxoplasma gondii in stray cats were 38.9% (28/72), with 15.3% (11/72) in ELISA and 30.6% (22/72) in peR. The positive rate in male stray cats was Slightly higher than that of female stray cats. The highest positive rate of T. gondii infection was noted in Gangnam and Songpa populations in ELISA and in Gwangjin population in PCR. In household cats, however, we could not detect any specific antibodies or DNA for T. gondii. In conclusion, we recognized that the infection rate of toxoplasmosis in stray cats in Seoul was considerably high but household cats were free from infection.

High Level of Sequence-Variation in Sacbrood Virus (SBV) from Apis mellifera

  • Truong, A-Tai;Kim, Jung-Min;Lim, Su-Jin;Yoo, Mi-Sun;Cho, Yun Sang;Yoon, Byoung-Su
    • 한국양봉학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.281-293
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    • 2017
  • Sacbrood virus (SBV) is one of the main pathogenic RNA viruses of honeybee. SBV is found worldwide and many local strains have been reported, such as kSBV, cSBV, and wSBV. In this study, SBV-specific DNA fragments were cloned and sequenced by reverse-transcription PCR from 4 populations of A. mellifera, 4 sequences from 1 population belonged to the 2134D51 genotype (349 nucleotides, nt) and 12 sequences from 3 populations belonged to the 2100D0 genotype (400 nt) among the 16 determined sequences. A total of 87 points of mismatches were found by comparison with the most similar sequences in GenBank. Seventeen single-nucleotide polymorphisms (SNP) were detected, and 6 SNP-patterns in the 2100D0 genotype and 2 SNP-patterns in the 2134D51 genotype were identified based on SNP positions. In SNP-pattern 2, 10 SNPs were detected, but only 2 SNPs were found in SNP-pattern7. Meanwhile, one SNP-pattern was found from one RNA-sample, multi SNP-patterns were detected from other RNA-samples. Large numbers of SNP variants indicate that vast numbers of point-mutations on SBV have occurred since SBV invaded Korea and that SNP smay have been introduced individually over time. Thorough analysis of SNP variants will not only define the local infection-route, but also the relationships between SNP-pattern and SBV-pathogenic abilities.

미꾸리의 생물지표를 이용한 농업지역의 수생태계 건강성 스크리닝 평가(사례연구) (The Ecological Health Screening Assessment of Agricultural area using Biomarkers and Bioindicators in Misgurnus Anguillicaudatus (case study))

  • 김자현;한선영;염동혁
    • 농약과학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.62-68
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    • 2012
  • 본 연구에서는 내분비계 장애물질의 영향 및 생태계 건강성의 스크리닝 평가를 위해 미꾸리를 지표종으로 선정하여 대조지점(RA)과 농업지점(AS)에서 biomarker 4가지 항목과 bioindicator 4가지 항목을 포함하여 총 8가지 항목의 생물지표를 분석하였다. 생태계 건강성 평가를 위한 생물지표의 분석 결과 독성 화학물질의 영향을 나타내는 ethoxyresorufin-O-deethylase(EROD), acetylcholinesterase(AChE) 및 DNA damage 등의 생화학적 생물지표는 대조지점(RA)에 비해 유의한 차이가 있는 것으로 나타났다. 반면, 내분비계 장애물질의 영향을 반영하는 vitellogenin(VTG)는 농업지점(AS)에서 유의한 차이를 보이지 않았고, 개체수준의 생물지표(condition factor (CF), hepato-somatic index (HSI), gonado-somatic index (GSI)) 또한 유의한 차이를 보이지 않았다. 따라서 농업지점(AS)의 생태계 건강성은 내분비계 장애물질에 의한 영향은 미비한 것으로 판단되었으나, 농약, 중금속 등과 같은 독성을 보이는 화학물질이나 농업 지역의 특수성에 따른 서식지 환경 조건에 의해 일부 영향을 받은 것으로 사료되었다. 본 연구는 생화학적 생물지표와 개체수준의 생물지표를 이용한 스크리닝 평가로서 농업지역에 대한 종합적인 생태계 건강성 평가를 위해서는 생물지표 적용 항목을 확대하고, 개체군이나 군집 수준의 분석이 추가적으로 적용 되어야 하며 수생태계 내의 추정 오염물질에 대한 분석이 필요할 것으로 사료된다.

Correlation between EGFR Gene Mutations and Lung Cancer: a Hospital-Based Study

  • Kavitha, Matam;Iravathy, Goud;Adi Maha, Lakshmi M;Ravi, V;Sridhar, K;Vijayanand, Reddy P;Chakravarthy, Srinivas;Prasad, SVSS;Tabassum, Shaik Nazia;Shaik, Noor Ahmad;Syed, Rabbani;Alharbi, Khalid Khalaf;Khan, Imran Ali
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권16호
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    • pp.7071-7076
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    • 2015
  • Epidermal growth factor receptor (EGFR) is one of the targeted molecular markers in many cancers including lung malignancies. Gefitinib and erlotinib are two available therapeutics that act as specific inhibitors of tyrosine kinase (TK) domains. We performed a case-control study with formalin-fixed paraffin-embedded tissue blocks (FFPE) from tissue biopsies of 167 non-small cell lung carcinoma (NSCLC) patients and 167 healthy controls. The tissue biopsies were studied for mutations in exons 18-21 of the EGFR gene. This study was performed using PCR followed by DNA sequencing. We identified 63 mutations in 33 men and 30 women. Mutations were detected in exon 19 (delE746-A750, delE746-T751, delL747-E749, delL747-P753, delL747-T751) in 32 patients, exon 20 (S786I, T790M) in 16, and exon 21 (L858R) in 15. No mutations were observed in exon 18. The 63 patients with EFGR mutations were considered for upfront therapy with oral tyrosine kinase inhibitor (TKI) drugs and have responded well to therapy over the last 15 months. The control patients had no mutations in any of the exons studied. The advent of EGFR TKI therapy has provided a powerful new treatment modality for patients diagnosed with NSCLC. The study emphasizes the frequency of EGFR mutations in NSCLC patients and its role as an important predictive marker for response to oral TKI in the south Indian population.

Fine-Scale Population Structure of Accumulibacter phosphatis in Enhanced Biological Phosphorus Removal Sludge

  • Wang, Qian;Shao, Yongqi;Huong, Vu Thi Thu;Park, Woo-Jun;Park, Jong-Moon;Jeon, Che-Ok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제18권7호
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    • pp.1290-1297
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    • 2008
  • To investigate the diversities of Accumulibacter phosphatis and its polyhydroxyalkanoate (PHA) synthase gene (phaC) in enhanced biological phosphorus removal (EBPR) sludge, an acetate-fed sequencing batch reactor was operated. Analysis of microbial communities using fluorescence in situ hybridization and 16S rRNA gene clone libraries showed that the population of Accumulibacter phosphatis in the EBPR sludge comprised more than 50% of total bacteria, and was clearly divided into two subgroups with about 97.5% sequence identity of the 16S rRNA genes. PAO phaC primers targeting the phaC genes of Accumulibacter phosphatis were designed and applied to retrieve fragments of putative phaC homologs of Accumulibacter phosphatis from EBPR sludge. PAO phaC primers targeting $G_{1PAO},\;G_{2PAO},\;and\;G_{3PAO}$ groups produced PCR amplicons successfully; the resulting sequences of the phaC gene homologs were diverse, and were distantly related to metagenomic phaC sequences of Accumulibacter phosphatis with 75-98% DNA sequence identities. Degenerate NPAO (non-PAO) phaC primers targeting phaC genes of non-Accumulibacter phosphatis bacteria were also designed and applied to the EBPR sludge. Twenty-four phaC homologs retrieved from NPAO phaC primers were different from the phaC gene homologs derived from Accumulibacter phosphatis, which suggests that the PAO phaC primers were specific for the amplification of phaC gene homologs of Accumulibacter phosphatis, and the putative phaC gene homologs by PAO phaC primers were derived from Accumulibacter phosphatis in the EBPR sludge. Among 24 phaC homologs, a phaC homolog (GINPAO-2), which was dominant in the NPAO phaC clone library, showed the strongest signal in slot hybridization and shared approximately 60% nucleotide identity with the $G_{4PAO}$ group of Accumulibacter phosphatis, which suggests that GINPAO-2 might be derived from Accumulibacter phosphatis. In conclusion, analyses of the 16S rRNA and phaC genes showed that Accumulibacter phosphatis might be phylogenetically and metabolically diverse.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A2(Human Surfactant Protein-A2) 유전자 대립형질의 분포와 빈도 (Allele Distribution and Frequency of Human Surfactant Protein-A2 in Korean Neonates)

  • 김년천;윤희철;석정수;고정호;유욱준;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제46권4호
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    • pp.340-344
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    • 2003
  • 목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A2의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법 : 2002년 4월부터 2002년 6월까지 순천향대학교 천안병원과 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 71명을 대상으로 하였다. SP-A2 유전자의 대립 형질을 위하여 시발체(primer) 726/96, 727/21, 799/28A, 805/494를 이용하여 증폭시킨 후 9, 91, 140, 223위치의 뉴클레오티드(nucleotide)를 알아 보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여(PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기서열의 차이에 의하여, 1A, $1A^0$, $1A^1$, $1A^2$, $1A^3$, $1A^5$, $1A^6$, $1A^7$, $1A^8$, $1A^9$, $1A^{11}$, $1A^{12}$ 등의 12개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A2 중 1A=11.3%, $1A^0=38%$, $1A^1=12.7%$, $1A^2=9.2%$, $1A^5=15.5%$, $1A^7=2.9%$, $1A^8=4.9%$, $1A^9=2.2%$, others=3.3%의 분포를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $1A^5$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보이는 1A도 우리나라에서 많은 빈도를 보이므로 스테로이드 치료에 있어서 치료에 신중을 기해야겠다.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A1 (Human Surfactant Protein-A1) 유전자 대립형질의 분포와 빈도 (Allele Distribution and Frequency of Human Surfactant Protein-A1 in Korean Neonates)

  • 이경신;김영희;석정수;고정호;유욱준;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제45권12호
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    • pp.1497-1502
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    • 2002
  • 목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A1의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법: 2002년 1월부터 2002년 4월까지 순천향대학교 천안병원, 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 100명을 대상으로 하여, SP-A1 유전자의 대립 형질을 위해 시발체(primer) 765/787, 767/768, 788/21를 이용하여 증폭 시킨 후 19, 50, 62, 133, 219 위치의 nucleotide를 알아보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여 (PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동 하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기 서열의 차이에 의하여, 6A, $6A^2$, $6A^3$, $6A^4$, $6A^8$, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{14}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$ 등의 16개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A1 중 $6A^3$ 45%, $6A^2$ 21%의 분포를 보였고, $6A^4$, $6A^8$, $6A^{14}$도 1% 이상의 분포를 보였다. 이외에도 6A, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$의 대립형질이 6%의 분포를 보였으며, SP-A1의 Genotype은 $6A^26A^3$, $6A^36A^4$, $6A^36A^3$, $6A^26A^4$ 등이 88% 이상의 빈도를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $6A^3$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 그러나 우리나라에 많은 빈도를 보이는 $6A^3$는 다른 대립형질에 비해 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보여 숙주 반응에 중요하게 작용하는 SP-A의 혈청 내 농도가 적을 것으로 추측되어, 감염에 노출 될 위험이 많으므로 우리나라에서는 스테로이드 치료에 있어서 많은 연구가 있어야겠다.

돼지 H-FABP 유전자의 다형성 및 경제 형질과의 연관성 구명 (A study of Association of the H-FABP RFLP with Economic Traits of Pigs)

  • 최봉환;김태헌;이지웅;조용민;이혜영;조병욱;정일정
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권5호
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    • pp.703-710
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    • 2003
  • 본 연구는 재래돼지와 랜드레이스를 기초축으로 이용한 F$_2$ 241두에 대해 Heart Fatty Acid- Binding Protein 유전자와 연관되어 있는 PCR- RFLP를 이용하여 그 다형성을 조사하고 돼지의 성장형질, 도체형질, 육질형질과 그 유전자형간의 연관성을 구명코자 실시하였다. H-FABP PCR-RFLP는 두 쌍의 primer에 의한 850bp와 700bp의 증폭산물을 HaeⅢ와 HinfⅠ제한효소를 사용하여 실시되었다. HaeⅢ을 이용한 PCR-RFLP 유전자형은 DD형/700+150bp, Dd형/700+400+300+ 150bp 그리고 dd형/400+300+150bp의 DNA 단편을 보였으며, Hinf1에 의한 유전자형은 HH형은 350+180+130bp, Hh형은 350+220+180+130bp, hh형/350+220+130bp의 절단된 DNA 단편을 보였다. H-FABP/HaeⅢ 유전자형 중에서 12주령 체중은 DD형에 비해 Dd와 dd형에서 유의적으로 높은 값을 보였으며(p〈0.001), 3주령 체중 (p〈0.01)과 5주령, 30주령 체중 (p〈0.05)에 경우도 Dd와 dd형에서 유의적으로 높게 관찰되었고(Table 3), 특히 ‘d’ 대립유전자가 체중과 연관성이 있음이 관찰되었다. H-FABP/HinfⅠ의 유전자형과 표현형질의 연관성을 보면 12주령, 30주령 체중 및 도체지방 과 등지방 두께에서는 hh형에 비해 HH와 Hh형에서 유의적으로 높게 나타났으며(p〈0.001), 5주령 체중과 근내지방 함량에서도 HH형에서 유의적으로 높게 관찰되었고(p〈0.05), 특히 ‘H’ 대립유전자가 체중과 도체지방, 등지방 두께 및 근내지방 함량과 연관성이 있음이 관찰되었다. 따라서 돼지성장 및 지방축적과 관련한 선발력을 높이기 위해 H- FABP PCR-RFLP(HaeⅢ & HinfⅠ)를 분자생물학적 marker로 사용할 수 있을 것으로 사료된다.

제주도에 도래하는 떼까마귀 집단에 대한 분자 종 동정 및 계통 유연관계 (Molecular identification and Phylogenetic relationship of the rook (Corvus frugilegus) population in Jeju-do Province, South Korea)

  • 한상현;김태욱;김유경;박준호;김동민;;박수곤;박선미;김가람;이준원;오홍식
    • 한국환경생태학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.693-702
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    • 2015
  • 동절기에 제주도 지역에서 도래하는 떼까마귀의 유전적 특성과 집단 간 유연관계를 구명하기 위해, 미토콘드리아 COI 유전자 서열의 다형성에 기반한 모계 계통 구조와 계통 유연관계를 분석하였다. 떼까마귀 DNA는 우도와 제주도 내에서 발견된 깃털과 사체 시료에서 분리하였다. 결정된 COI 서열들(n=41)은 떼까마귀(Corvus frugilegus)에서 기존에 보고된 서열들과 97.0% 이상 일치하였다. 제주도 떼까마귀 COI 서열들은 3가지 haplotype(J01-J03)으로 구분되었으나 지역-특이적인 양상을 보이지 않아, 이들이 하나의 모계 기원에서 유래한 집단임을 알 수 있었다. 떼까마귀 전체 COI 서열에서 8개의 COI haplotype들이 발견되었다. 이 중 3가지 haplotype들은 러시아 동부, 몽골, 한국 등 동북아시아의 COI 서열들을 포함하였고, 나머지 5가지는 중앙아시아, 중동아시아, 러시아 서부, 유럽국가의 떼까마귀에서 발견되었다. 계통수 상에서 떼까마귀의 COI 서열들은 측소적 종분화 단계인 2아종, C. f. frugilegus와 C. f. pastinator인 2개의 모계 계통으로 뚜렷하게 구분되었다. DNA barcoding 분석을 통한 연구결과는 모계 계통의 구조, 계통 유연관계 및 분자생태를 이해하는 데 중요한 정보를 제공할 것이다.

SNP 마커를 이용한 벼 흰잎마름병 저항성 선발 효율 증진 (Improvement of Selection Efficiency for Bacterial Blight Resistance Using SNP Marker in Rice)

  • 신운철;백소현;서춘순;강현중;김정곤;신문식;이강섭;한장호;김현순
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제33권4호
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    • pp.309-313
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    • 2006
  • 본 연구는 흰잎마름병 K1 레이스에 감수성인 상주찰벼와 저항성인 HR13721-53-3-1-3-3-2-2를 인공교배하여 육성된 F2, F3를 재료로 하천 Kl 레이스에 대한 저항성 검정과 SNP 마커를 이용한 유전자형 분석 및 저항성과의 연관성을 분석하였다. Kl 레이스에 대한 저항성 검정 결과 $F_2,\;F_3$에서 각각 이론적 분리비인 3:1, 1:1의 분리비를 나타냈으며 SNP 마커를 이용한 유전자형 분석은 16PFXa1 primer를 이용하여 유전자를 증폭한 후 Eco RV 제한효소 처리하여 다형성을 분석하여 저항성 및 유전자형을 확인할 수 있었다. K1 레이스에 대한 저항성 검정과SNP마커를 이용한 유전자형의 연관분석 결과 저항성과 마커간에 연관성이 일치하였으며, 특히 SNP 마커를 이용한 유전자형 분석에서는 K1 레이스에 대한 저항성 검정에서 알 수 없었던 $F_2$ 개체가 동형접합체인지 이형접합체인지를 판별할 수 있어 저항성 품종 육종을 위한 선발 효율을 높일 수 있었다.