• 한국축산식품학회지
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• 제27권2호
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• pp.150-156
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• 2007

본 연구는 서로 다른 상염색체에 위치하고 있는 초위성체 유전 표지를 활용한 한국재래돼지 집단의 개체 식별시스템 설정을 위해 수행되었다. 공시재료는 4품종에서 총 446두가 사용되었으며 13종의 좌위에 대한 개체별 유전자형을 분석하였다. 이들 13종에서 출현된 이형접합도는 0.286-0.686였으며 marker 다형성 정보량은 0.399-0.796로 나타났다. 한국 재래돼지 집단에서 나타난 대립 유전자 발현 특성은 다른 대조 품종 집단과 매우 상이한 결과를 나타냈다. S0228좌위는 전체 8종의 대립유전자가 나타난 가운데 다른 3품종에서는 발현이 되지 않은 235 대립유전자가 한국 재래돼지 집단에서만 발현이 되었다. 5종의 초위성체 유전 표지를 활용할 경우 누적 개체 식별력은 99.999%를 나타냈으며 두 마리의 서로 다른 개체가 서로 같은 유전자형을 가질 짝확률은 $0.36{\times}10^{-9}$으로 추정되었다. 따라서 10종의 선정된 유전 표지는 한국재래돼지 집단에서 적정 신뢰도를 제공할 수 있는 개체 식별 시스템을 설정할 수 있을 것으로 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권4호
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• pp.491-500
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• 2005

한우의 생산이력제에 활용 가능한 20종의 microsatellite marker를 선정하고 다형성지수, F-통계량, 동일개체 출현확률, 친자감별 확률 및 유전적 거리지수 등을 MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API-CALC 및 PHYLIP 프로그램 등을 연계적으로 활용하여 추정하였다. Heter- ozygosity 추정치에 근거하여 선발한 11개의 microsatellite(TGLA53, TGLA227, ETH185, TGLA122, BM4305, INRA23, ILSTS013, BMS1747, BM2113, BM2113, BL1009와 ETH3)는 Applied Biosystems사의 StockMakersTM와 비교하여 100배 정도의 동일개체 출현확률이 낮아 한우의 생산이력제 적용에 보다 효율적인 것으로 나타났다. 또한 DA 유전적 거리지수와 pairwise-FST 추정치를 활용하여 근접지역의 농장간 근연관계의 정도를 파악할 수 있는 자료로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국버섯학회지
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• 제17권4호
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• pp.171-178
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• 2019

본 연구에서는 한국에서 개발한 23개의 양송이 품종과 42개의 도입품종의 유전적 다양성과 집단 구조를 SSR 마커를 이용하여 분석하였다. 양송이 품종의 N_A는 약 13, H_O는 약 0.59, HE는 약 0.74, PIC값은 약 0.71 이었다. 양송이 품종은 군집분석에 의하여 3개의 Group으로 구분되었고 다양한 국가의 품종으로 구성된 Group2의 다양성이 높았으며, 구조분석에 의하여 2개의 subpopulation으로 구분되었고, 품종의 수가 많은 Pop2의 다양성이 높았다. 한국의 양송이 품종들은 주로 Group 3에 분포하고, subpopulation 간 분포에는 큰 차이를 보이지 않았다. 본 연구의 결과는 양송이의 육종소재의 개발, 다양성 확보 등과 같은 품종의 개발과정에 이용될 수 있을 것이다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제44권4호
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• pp.637-643
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• 2020

Background: Ginseng (Panax ginseng Meyer) is one of the world's most valuable medicinal plants with numerous pharmacological effects. Ginseng has been cultivated from wild mountain ginseng collections for a few hundred years. However, the genetic diversity of cultivated and wild ginseng populations is not fully understood. Methods: We developed 92 polymorphic microsatellite markers based on whole-genome sequence data. We selected five markers that represent clear allele diversity for each of their corresponding loci to elucidate genetic diversity. These markers were applied to 147 individual plants, including cultivars, breeding lines, and wild populations in Korea and neighboring countries. Results: Most of the 92 markers displayed multiple-band patterns, resulting from genome duplication, which causes confusion in interpretation of their target locus. The five high-resolution markers revealed 3 to 8 alleles from each single locus. The proportion of heterozygosity (H_e) ranged from 0.027 to 0.190, with an average of 0.132, which is notably lower than that of previous studies. Polymorphism information content of the markers ranged from 0.199 to 0.701, with an average of 0.454. There was no statistically significant difference in genetic diversity between cultivated and wild ginseng groups, and they showed intermingled positioning in the phylogenetic relationship. Conclusion: Ginseng has a relatively high level of genetic diversity, and cultivated and wild groups have similar levels of genetic diversity. Collectively, our data demonstrate that current breeding populations have abundant genetic diversity for breeding of elite ginseng cultivars.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제57권2호
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• pp.5.1-5.8
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• 2015

Background: Korean native chicken (KNC) is a well-known breed due to its superior meat taste. This breed, however, owing to a low growth rate, has a high market price. In order to overcome this disadvantage, the National Institute of Animal Science (NIAS) in Korea developed a commercial KNC breed, named Woorimatdag version 2 (WM2), an upgraded version of the Woorimatdag (WM1) breed and the WM2 was created by crossing the KNC with meat type breeds. This study aims to discriminate between WM2 and other chicken breeds using microsatellite (MS) markers. Methods: A total of 302 individuals from eight Korean chicken populations were examined. The genetic diversity and population structure analysis were investigated using Cervus, API-CALC, STRUCTURE, PowerMarker programs. Results: Based on heterozygosity and polymorphic information content (PIC) values, 30 MS markers were initially selected from 150 markers. The identified average number of alleles (Na), expected heterozygosity, and PIC values for the WM2 samples were 7.17, 0.741, and 0.682, respectively. Additionally, the paternity of individuals was assigned with a success rate of greater than 99% using 12 markers, the best minimum number of markers. The 12 selected markers contained heterozygosity and PIC values above 0.7 and probability of identity values around zero. Using these markers, the determined probability of identity (PI), $PI_{half-sibs}$, and $PI_{sibs}$ values were 3.23E-33, 5.03E-22, and 8.61E-08, respectively. Conclusions: WM2 is well differentiated with respect to other chicken breeds based on estimated genetic distances. The results presented here will contribute to the identification of commercial WM2 chicken in the market.

• Genes and Genomics
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• 제40권12호
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• pp.1319-1329
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• 2018

SSRs were successfully isolated from the Perilla crop in our current study, and used to analyze Perilla accessions from East Asia. Analyses of the clear genetic diversity and relationship for Perilla crop still remain insufficient. In this study, 40 new simple sequence repeat (SSR) primer sets were developed from RNA sequences using transcriptome analysis. These new SSR markers were applied to analyze the diversity, relationships, and population structure among 35 accessions of the two cultivated types of Perilla crop and their weedy types. A total of 220 alleles were identified at all loci, with an average of 5.5 alleles per locus and a range between 2 and 10 alleles per locus. The MAF (major allele frequency) per locus varied from 0.229 to 0.943, with an average of 0.466. The average polymorphic information content (PIC) value was 0.603, ranging from 0.102 to 0.837. The genetic diversity (GD) ranged from 0.108 to 0.854, with an average of 0.654. Based on population structure analysis, all accessions were divided into three groups: Group I, Group II and the admixed group. This study demonstrated the utility of new SSR analysis for the study of genetic diversity and population structure among 35 Perilla accessions. The GD of each locus for accessions of cultivated var. frutescens, weedy var. frutescens, cultivated var. crispa, and weedy var. crispa were 0.415, 0.606, 0.308, and 0.480, respectively. Both weedy accessions exhibited higher GD and PIC values than their cultivated types in East Asia. The new SSR primers of Perilla species reported in this study may provide potential genetic markers for population genetics to enhance our understanding of the genetic diversity, genetic relationship and population structure of the cultivated and weedy types of P. frutescens in East Asia. In addition, new Perilla SSR primers developed from RNA-seq can be used in the future for cultivar identification, conservation of Perilla germplasm resources, genome mapping and tagging of important genes/QTLs for Perilla breeding programs.

• 한국가금학회지
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• 제42권1호
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• pp.77-86
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• 2015

닭은 전체 염기서열의 길이가 포유류에 비해 3분의 1 정도로 비교적 작은 유전체를 가지고 있기 때문에 인간의 주요한 단백질 공급원으로써의 중요성뿐 아니라, 동물의 형질연관 유전자 연구 및 발생유전학적 연구에 좋은 모델 동물이다. 따라서 본 연구에서는 한국재래닭 이용성을 증대시키는 목적으로 한국재래닭의 유전적 구조를 이해하고, 다양한 응용연구의 토대를 마련하기 위하여 131개의 microsatellite (MS) 마커와 8개의 SNP 마커 유전자형을 이용하여 한국재래닭의 유전적 연관지도를 작성하였다. 그 결과, 한국재래닭의 유전 연관지도의 총 길이는 2729.4 cM으로 확인되었고, 연관지도 작성에 사용된 각 마커 간의 거리는 평균 19.64 cM으로 계산되었다. 모든 마커의 유전적 거리와 물리적 거리의 순서는 GGA8의 ADL0278과 MCW0351의 물리적 거리의 순서가 바뀐 결과만 제외하고, 이전의 연구결과와 매우 유사한 결과를 나타내었다. 또한 macrochromosome과 microchromosome의 재조합률을 비교해 본 결과, macrochromosome이 microchromosome보다 3.7배 크게 나타나, 이전에 보고와 유사한 결과를 나타내었다. 유전 연관지도의 암수에 따른 차이에서는 GGA1, 7, 13, 27의 네 개의 염색체에서 암, 수의 성별에 따른 차이를 나타내었다. 각 마커의 평균 대립유전자 수와 이형접합도(Hexp), 다형성(PIC) 수치는 각각 5.5, 0.63, 0.58로 유전적 지도를 작성하기에 충분하 다형성을 가진 것을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 한국재래닭의 유전적 구조를 이해하고, 유전체 QTL 연구와 같은 응용연구에 기초자료로써 유용하게 사용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제16권4호
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• pp.626-631
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• 2006

밀양 토종개의 일반적인 특징을 구명할 수 있는 기초자료를 확보하고자 밀양 토종개 44두를 대상으로 형태학적 특징 및 microsatellite DNA형의 유전적 다양성의 출현빈도에 기초한 유전적인 특징을 조사한 결과 밀양 토종개의 체고는 43-55 cm(평균 49.5 cm)로서 수캐는 44-55 cm(평균 50.3 cm), 암캐는 43-52 cm(평균 48.1 cm)로 나타났고 체장은 45-60 cm(평균 54.3 cm)로서 수캐는 45-60 cm(평균 55.9 cm), 암캐는 45-57 cm(평균 52.6 cm)였다. 또한 가슴둘레는 수캐가 51-64 cm(평균 59.2 cm), 암캐는 50-62 cm(평균 56.3 cm)로 측정되었다. 머리의 형태는 정면에서 보았을 때 44두 모두에서 역삼각형 형태를 가지고 있었으며, 눈의 모양은 삼각형 형태가 40두(90.9%)였고 초승달 모양이 4두(9.1%)로 관찰되었다. 모색은 백색이 41두(93.2%), 황색이 3두(6.8%)로 나타나 두 색깔을 가지고 있었다. 혀와 발톱의 색깔은 전 두수에서 각각 연분홍색과 분홍색이 관찰되었고 항문의 색깔은 연한 흑색이 40두(90.9%), 연분홍색이 4두(9.1%)로 나타났다. 그리고 귀의 형태는 전 두수가삼각형의 곧게 서 있는 형태였으며, 꼬리의 형태는 반말린 꼬리가 25두(56.8%)로 가장 많았고 선꼬리(장대꼬리)가 15두(34.1%), 말린 꼬리가 4두(9.1%)로 나타났다. 15개의 marker로 분석한 microsatellite DNA 다형의 유전자 빈도에 기초하여 heterozygosity, PIC 그리고 PE를 분석한 결과 대립유전자의 수는 $2{\sim}14$개(평균 6.13개)로 검출되었으며 expected heterozygosity와 PIC는 각각 $0.455{\sim}0.863$ (평균 0.635), $0.348{\sim}\;0.837$(평균 0.570)으로 나타났고 PEZ 10, PEZ 13, PEZ 17, FHC 2054의 marker는 PIC 0.7이상으로 관찰되었다. PE 1은 $0.101{\sim}\;0.548$으로서 15개 marker를 조합시 0.9895, PE 2는 $0.174{\sim}\;0.710$으로서 전체 조합시 0.9996으로 나타났다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.772-781
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• 2013

본 연구의 목적은 상추(Lactuca sativa)의 expressed sequence tag(EST)로부터 simple sequence repeat(SSR) 마커를 개발하고, 개발된 EST-SSR 마커를 이용하여 상추의 3가지 야생종의 유전자원 9점과 61개의 유통품종을 식별하는 것이다. NCBI 데이터베이스로부터 총 81,330개의 상추 EST를 대상으로 SSR을 탐색하였고, 총 4,229개의 SSR을 발견하였다. SSR의 반복 motif 중 trinucleotide(59.12%, 2,500개)가 가장 많았고, 그 다음으로 dinucleotide(29.70%, 1,256개), hexanucleotide(6.62%, 280개) 순의 분포를 나타내었다. EST로부터 총 474개의 EST-SSR primers를 개발하였고, 이 중 267개의 primer를 9점의 유전자원과 61품종에 대한 유전적 다양성 평가에 활용하였다. 267개의 마커 중 47개의 EST-SSR 마커가 7개 품종 내에서 다형성을 보였으며, 이 중 다형성 정도와 반복 재현성 및 밴드의 선명성을 고려하여 26개의 EST-SSR 마커를 선발하였다. 최종 선발된 26개의 SSR 마커를 이용하여 70개 공시재료를 분석한 결과 대립유전자 수는 총 127개였으며, 최소 2개에서 9개의 분포를 나타내었으며 마커당 평균 대립유전자 수는 4.88개를 나타내었다. PIC평균값은 0.542로 나타났으며, 0.269-0.768의 범위를 나타내었다. 70개 공시재료의 유전적 거리는 0.05-0.94로 나타났으며, 유사도 지수 0.34를 기준으로 할 때 7개의 주요 그룹으로 나누어졌다. 26개의 EST-SSR 마커를 이용한 유전적 다양성 분석 결과 9점의 유전자원과 61개의 유통품종이 마커의 유전자형에 의해 모두 식별이 되었다. 본 연구를 통해 신규 개발된 EST-SSR 마커는 상추의 품종식별과 구별성, 균일성, 안정성 검정에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.