• 한국산학기술학회논문지
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• 제18권12호
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• pp.466-472
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• 2017

본 연구의 목적은 곰팡이 28S rDNA 염기서열의 메타분석을 통하여 반추위 곰팡이의 다양성을 조사하는데 있다. 'rumen'과 'ruminal'이 반추위 곰팡이 유래 염기서열들을 회수하기 위한 검색어로 사용되었다. 2016년 9월부로 모든 28S rDNA 염기서열이 보관되어 있는 Ribosomal Database Project(RDP, http://rdp.cme.msu.edu) 데이터베이스에서 반추위 곰팡이 유래 28S rDNA 유전자 염기서열(n=165)을 획득하였다. 총 165개의 염기서열은 분류학상의 '문(phylum)'인 Ascomycota, Neocallimastigomycota 및 Basidiomycota로 분류되었고, 165개의 염기서열 중에서 각각 109개, 48개, 8개의 염기서열을 차지하였다. Ascomycota 염기서열은 식물병원성곰팡이나 마이코톡신을 생성하는 곰팡이를 포함하고 있는 '속(genus)' Pseudonectria, Magnaporthe, Alternaria, Cochliobolus, Cladosporium 및 Davidiella로 분류되었다. 또한, Basidiomycota 염기서열은 식물병원성곰팡이를 포함하고 있는 '속(genus)' Thanatephorus와 Cryptococcus로 분류되었다. 뿐만 아니라, Neocallimastigomycota 염기서열의 경우 섭취된 조사료의 주요 구조탄수화물을 분해하는 '속(genus)' Cyllamyces, Neocallimastix, Anaeromyces, Caecomyces, Orpinomyces, Piromyces로 분류되었다. 본 연구는 처음으로 28S rDNA 염기서열의 메타분석을 통해 반추위 곰팡이 다양성에 대한 정보를 통합적으로 제공하였다. 본 연구의 결과는 향후 반추위 곰팡이 연구에 대한 방향을 제공할 것이고, 새로운 분석도구 개발에 응용될 수 있을 것이다.

• Ocean and Polar Research
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• 제23권2호
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• pp.109-119
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• 2001

영광원전 주변 해역의 조간대에 서식하는 중형저서생물의 군집 조성은 여름 (6월)과 가을 (10월)의 두 시기, 각 조사 지선의 각 조사정점에서 모두 총 18개의 분류군이 출현하였다. 두 계절 모두 각 조사 지선에서 개체수나 서식 비율에 있어 선충류가 가장 높게 나타났지만 영광원전의 배출구 주변에 위치한 조사 지선 A, B의 경우는 일반적인 해역에서의 값보다는 현저하게 낮은 값을 보였다. 또한, 우점하는 분류군의 하나이며 환경의 변화에 민감한 저서성 요각류의 경우도 조사 지선 A, B의 경우 현저하게 낮게 나타났고, 그 다음 우점하는 분류군도 갯지렁이나 패충류 등이 차지하여 다른 일반 해역과의 상이점을 보였다. 조사 지선 C의 경우만 개체수나 출현 분류군에 있어서 일반적인 천해계의 값을 보였다. 수평 분포에 있어서도 조사 지선 A, B의 경우는 전반적으로 조간 대 상 중부 지역에서 서식밀도가 높게 나티났고, 원전의 배수구와 가장 멀리 떨어진 조사지선 C의 경우에서는 상부에서 하부로 갈수록 개체수가 증가하는 경향을 나타냈다. 크기별 개체수에 있어서는 체 크기 0.125 mm에 들어가는 크기의 생물들이 높게 나타났다. 두 계절에 있어서 중형저서동물이 퇴적물 내에서 수직 분포를 보면, 전반적으로 표층 0${\sim}$1cm에 가장 높은 서식밀도를 보이고 퇴적물내의 깊이가 깊어감에 따라 서서히 감소하는 경향을 보였다. 각 분류군에 있어서는 분류군별로 수직 분포의 차이를 나타냈다. 유사한 환경을 나타내는 다른 조간대 갯벌과의 비교에선 조사 지선 A, B의 경우는 극히 불안정한 서식 환경임을 보여주었다.

• 대한환경공학회지
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• 제35권12호
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• pp.953-959
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• 2013

본 연구는 도시 인공호수에서 서식하는 큰입배스 위 내용물 분석을 통해 먹이 다양성에 따른 성장 특성과 수생동물 군집 특성을 조사하였으며 대상호수는 국내에서 가장 큰 도시 인공호수 중 하나인 일산호수에 대하여 실시하였다. 큰입배스의 길이와 무게의 관계에 따라 Zone III(생태 구역)에서의 체중증가속도가 다른 Zone보다 더 빠른 것으로 나타났다. 어류 총 16종 및 9종이 각각 Zone III 및 Zone I, II(인공 구역)에서 관찰되어 Zone III의 어류의 종다양성이 Zone I, II에 비해 높았다. 상대중요성지수(IRI)는 Zone III에서 Zone I, II에 비해 더 다양하였으며, 공복율을 고려할 때 먹이 스트레스는 Zone I, II에서 더 심각한 것으로 나타났다. 어류의 군집분석 결과, 피라미 Zacco platypus가 우점종인 것으로 나타났고, 긴몰개 Squalidus gracilis majimae와 밀어 Rhinogobius brunneus는 Zone III에서만 풍부하게 발견되었다. Zone I, II에서 나타난 먹이종의 낮은 다양성을 고려할 때, 소금쟁이류 Heteroptera와 같은 절지동물문은 Zone I, II에서 Zone III에 비해 큰입배스의 위 속에서 상대적으로 높은 비율로 관찰되었다. 본 연구에 의해 큰입배스의 위 내용물 분석과 같은 간접적인 평가에 의해 수생동물 군집의 특성을 파악하는 것이 가능한 것으로 나타났다.

• 한국유기농업학회지
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• 제28권2호
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• pp.235-250
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• 2020

작물 재배 방법이 토양의 미생물 군집 특성과 화학성에 미치는 영향을 검토하였다. 이를 위해서 다섯 곳의 고추 관행 재배지와 다섯 곳의 유기농 재배지 토양을 채취한 후, 16S rRNA 유전자 기반의 파이로시퀀싱 기법으로 미생물 군집을 조사하였다. 분석 결과 총 22개의 세균 문으로 구성되었으며 Proteobacteria 문(33.0 ± 5.7%), Actinobacteria 문(19.9 ± 9.7%) 및 Firmicutes 문(13.6 ± 5.0%)이 우점하였고, 이들은 전체 상대풍부도의 66%를 차지하였다. 고추 관행 재배지와 유기농 재배지의 미생물 군집 분포를 비교했을 때 전반적으로 서로 다른 군집 특성을 나타내었다. 또한 관행 재배 토양에서는 Actinobacteria 문과 Chloroflexi 문이 상대적으로 풍부하였고, 유기 재배 토양에서는 Proteobacteria 문과 Firimicutes 문이 상대적으로 풍부하였다. 특히 Streptomyces 속과 Bacillus 속의 상대풍부도는 관행 재배 토양과 유기 재배 토양 간에 상당한 차이를 보였다. 또한 토양 화학 성에 의하여 세균 군집 변화가 관찰되었는데, Proteobacteria 문의 Rhizobiales 목과 Actinobacteria 문의 Streptomyces 속은 pH에 의해 세균 군집이 바뀌었고, Firimicutes 문의 Bacillus 속은 유기물 함량에 의해 군집 분포가 바뀌었다. 본 연구결과는 재배관리에 따른 토양의 물리-화학성의 변화가 미생물 군집 분포에 뚜렷하게 관련(p<0.05)되어 있다는 것을 보여주었다.

• 한국물환경학회지
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• 제31권6호
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• pp.665-679
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• 2015

Yearly mean temperature in the 29 lakes surveyed ranges from 12.6 (Suncheon) to 13.9℃ (Mokpo), the lowest in −2.7℃ (January) and the highest in 25.9℃ (July). Monthly mean the amount of rainfall recorded the highest of 336.7 mm in August and the lowest with 4.9 mm in January. A total of 424 species of phytoplankton were identified. They were 157 Chlorophyceae, 161 Bacillariophyceae, 39 Cyanophyceae, and 67 other algal taxa. The phytoplankton diversity were low in stream type reservoirs such as Guemho, Youngsan and Youngam. The population density of phytoplankton ranged from 19 to 53,161 cells/ml. Annual mean of total zooplankton abundance in 45 sites was 369±827 ind./L (n=180). Rotifers were the most common taxa and their relative abundance was high (65~77%). The benthic microinvertebrate fauna of 10 reservoirs of Jeonnam province were 71 species of 61 genera of 44 families of 16 orders of 7 classes of 4 phyla. Aquatic insects of Phylum Arthropoda were 50 species of 44 genera of 28 families of 6 orders. The number of individuals was 6,132. Diptera was highiest (41.3%), and Ephemeroptera (31.0%), Trichoptera (17.5%), Anellida (3.8%), Mollusca (3.3%), Crustacea (0.4%). Large hydrophytes were identified 32 taxa, 2 varieties 30 species 26 genera and 20 families. Especially, Jijung and Juam lakes require management such as physical remove of this ecosystem disturbance field plants. Fishes were identified total 44 taxa, such as 25 Cyprinidae (56.8%), 8 Cobitidae (17.0%), 3 Gobiidae (6.4%), 2 Bagridae (4.3%), 2 Osmeridae (4.3%), 2 Odontobutidae (4.3%), 2 Centrachidae (4.3%), 1 Siluridae (2.1%), and 1 Centropomidae (2.1%). A pale chub was dominant species (18.9%).

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.393-402
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• 2014

천연염색폐수시설 폐수의 세균 군집분석을 위해 배양 가능한 세균을 분리하는 방법과 비배양 방법인 denaturing gradient gel electrophoresis 방법을 이용하였다. 3개의 폐수 공정단계로부터 분리된 104개(폐수유입수, 48균주; 접촉포기조, 25균주; 침전조, 31균주) 균주들의 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 104개의 분리균들은 Proteobacteria 문이 가장 많은 비율을 차지 하였으며, Actinobacteria, Firmicutes 와 Bacteriodetes 등 4개 문에 속했다. DGGE profile중 각 시료의 우점 군집을 대표하는17개의 band를 선택하여 부분 염기서열 분석 결과 분리균과 동일한 4개의 문에 속했다. 배양기법을 이용한 결과와 배양하지 않고 분석하는 방법인 DGGE결과 모두 Proteobacteria 문이 우점하였으며 Alphaproteabacteria강이 높은 비율을 차지하였다. 천연염색 폐수처리시설의 세균 군집들은 인간을 비롯한 동식물의 기생균, 다당류와 난분해성 화합물을 분해하는 세균 그리고 세포외 다당을 형성하는 세균들이 우점하고 있음을 알 수 있었다.

• 생태와환경
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• 제33권3호통권91호
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• pp.230-243
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• 2000

1995년까지 우리 나라의 주요 하천을 대상으로 하여 출판된 논문에서 저서성 대형무척추 동물의 주요 분류군 출현현황을 종합적으로 고찰하고 인공신경회로망을 이용하여 유형분석을 하였다. 한강 수계의 11개 지류를 포함한 총 27개 하천에서 5문 10강 26목 108과 571종이 보고되었으며 주로 파리류, 하루살이류, 날도래류, 강도래류, 딱정벌레류, 잠자리류, 빈모류, 복족류 등이 출현하였고 주요 출현분류과는 Ephemerellidae, Baetidae, Heptageniidae, Hydropsychidae, Chironomidae, Hirudinae, Tubificidae, Perlodidae 등이었다. 하천의 군집구성은 환경교란 정도에 따라 세 그룹으로 나뉘어졌고 환경교란에 따라 군집의 종풍부도가 영향을 받았으며 Ephemeroptera, Plecoptera, Trichoptera, Diptera 및 Diptera 내의 Chironomidae에서는 환경교란이 클수록 종풍부도가 많이 감소되었다. 반면 Chironomus속은 교란이 커질수록 종풍부도가 증가되었다. 전 자료를 대상으로 코호넨망에 입력하여 유형화하였을 때 일차적으로 한강, 낙동강, 섬진강 등 주요 수계에 따라 군집이 묶여졌고 다음으로 환경교란에 따라 무리화 되었다. 비교적 청정하거나 오염이 심한 곳의 군집은 비교적 무리화가 잘된 반면 중간 정도로 오염된 곳은 세부군집으로 묶여져 흩어져 나타났다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제28권2호
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• pp.188-193
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• 2013

Aphanizomenon flos-aquae는 시아노박테리아 일종이며 anatoxin-a, saxitoxin, neosaxitoxin 등의 독소를 생산할 수 있어 국내에서는 식품원료로 사용이 금지되어있다. 전통적으로 시아노박테리아는 사상체 넓이, 세포 크기, 분열방법, 세포형태, 가스주머니의 존재유무 등의 형태학적 특징에 의한 분류가 가능하다. 그러나 가스주머니 혹은 무성포자와 같은 특징은 주변 환경 또는 생장조건에 따라 차이가 있으며 경우에 따라 소실되기도 한다. 따라서 PCR에 의한 Aph. flos-aquae를 함유하는 기능식품을 검출할 수 있는 분석법을 개발하였다. 프라이머를 설계하기 위하여 유전자은행(www.ncbi.nlm.nih.gov)에 등록되어있는 Aph. flos-aquae, 스피루리나의 16S rRNA 염기서열을 이용하였으며, 비교 및 분석에는 BioEdit ver. 7.0.9.0 프로그램을 사용하였다. 최종적으로 클로렐라, 스피루리나, 녹차, 시금치로부터 Aph. flos-aquae를 검출할 수 있는 AFA-F1/AFA-R1(363 bp) 프라이머를 최종 선정하였다. 그리고 상기 프라이머는 Aph. flos-aquae가 각각 1% 함유 되도록 제조된 클로렐라, 스피루리나 제품에서 모두 혼입여부의 확인이 가능함을 확인하였다.

• 한국환경농학회지
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• 제39권1호
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• pp.65-74
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• 2020

BACKGROUND: Soil carbon sequestration has been investigated for a long time because of its potential to mitigate the greenhouse effect. No- or reduced tillage, crop rotations, or cover crops have been investigated and practiced to sequester carbon in soils but the roles of soil biota, particularly microorganisms, have been mostly ignored although they affect the amount and stability of soil organic matters. METHODS AND RESULTS: In this study we analyzed the organic matter and microbial community in organically cultivated corn field soils where no-tillage (NT) or conventional tillage (CT) had been practiced for about three years. The amounts of organic matter and recalcitrant carbon pool were 18.3 g/kg dry soil and 4.1 g C/kg dry soil, respectively in NT soils, while they were 12.4 and 2.5, respectively in CT soils. The amounts of RNA and DNA, and the copy numbers of bacterial 16S rRNA genes and fungal ITS sequences were higher in NT soils than in CT soils. No-tillage treatment increased the diversities of soil bacterial and fungal communities and clearly shifted the bacterial and fungal community structures. In NT soils the relative abundances of bacterial phyla known as copiotrophs, Betaproteobacteria and Bacteroidetes, increased while those known as oligotrophs, Acidobacteria and Verrucomicrobia, decreased compared to CT soils. The relative abundance of a fungal phylum, Glomeromycota, whose members are known as arbuscular mycorrhizal fungi, was about two time higher in NT soils than in CT soils, suggesting that the higher amount of organic matter in NT soils is related to its abundance. CONCLUSION: This study shows that no-tillage treatment greatly affects soil microbial abundance and community structure, which may affect the amount and stability of soil organic matter.

• 한방비만학회지
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• 제19권2호
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• pp.97-105
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• 2019

Objectives: We investigated differences between the tracheostomized and the non-tracheostomized stroke patients through microbiological analysis for the purpose of preliminary explorations of full-scale clinical research in the future. Methods: We collected tracheal aspirates samples from 5 stroke patients with tracheostomy and expectorated sputum samples from 5 stroke patients without tracheostomy. Genomic DNA from sputum samples was isolated using QIAamp DNA mini kit. The sequences were processed using Quantitative Insights into Microbial Ecology 1.9.0. Alpha-diversity was calculated using the Chao1 estimator. Beta-diversity was analyzed by UniFrac-based principal coordinates analysis (PCoA). To confirm taxa with different abundance among the groups, linear discriminant analysis effect size analysis was performed. Results: Although alpha-diversity value of the tracheostomized group was higher than that of the non-tracheostomized group, there was no statistically significant difference. In PCoA, clear separation was seen between clusters of the tracheostomized group and that of the non-tracheostomized group. In both groups, Bacteroidetes, Proteobacteria, Fusobacteria, Firmicutes, Actinobacteria were identified as dominant in phylum level. In particular, relative richness of Proteobacteria was found to be 31% more in the tracheotomized group (36.6%) than the non-tracheostomized group (5.6%)(P<0.05). In genus level, Neisseria (24%), Prevotella (17%), Streptococcus (13%), Fusobacteria (11%), Porphyromonas (7%) were identified as dominant in the tracheostomized group. In the non-tracheostomized group, Prevotella (38%), Veillonella (20%), Neisseria (9%) were genera that found to be dominant. Conclusions: It is meaningful in that the tracheostomized group has been identified a higher rate of microbiotas known as pathogenic in respiratory diseases compared to the non-tracheostomized group, confirming the possibility that the risk of opportunity infection may be higher.