In this study, the phylogeny and morphology of Mycosphaerella nawae (Dothideomycetes, Ascomycota) were examined using Korean and Japanese isolates, to establish the phylogenetic relationship between M. nawae and its allied species. Korean and Japanese isolates of M. nawae were collected from circular leaf spot-diseased leaves and were confirmed based on internal transcribed spacer (ITS) sequence data. Phylogenetic analysis was conducted using multiple genes, including the ITS region, 28S rDNA, ${\beta}-tubulin$, translation elongation $factor-1{\alpha}$, and actin genes. Our results revealed that M. nawae is closely related to members of the genus Phaeophleospora but are distant from the Ramularia spp. In addition, microscopic analysis revealed pseudothecia on the adaxial and abaxial surface of overwintered diseased leaves (ODL) and only on the abaxial surface of diseased leaves. Ascospores are oval to fusiform, one-septate, tapered at both ends, $1.7{\sim}3.1{\times}8.1{\sim}14.1{\mu}m$, and were observed in ODL. Conidia are oval, guttulate, one-septate, $3.5{\sim}4.9{\times}12.8{\sim}19.8{\mu}m$, and barely discernable on 30-day cultures. To our knowledge, this is the first report on the phylogeny of M. nawae, which is closely related to the genus Phaeophleospora, especially P. scytalidii.
Percicarp anatomy of Fagophrum was examined on the basis of 12 species and two subspecies to contribute to a better understanding of specific phylogenetic relationship within genus. Examined species have a similar mature pericarp structure, but differences among the species are found with respect to whether or not sclerotic cells are present, and what kind of is the sclerotic cell shape in theexocarp. By the comparisons with pericarp anatomical structure, they are classified into three groups. First clade is composed of F. esculentum , F. esculentum ssp. ancestralis and F. homotropicum ; second clade is consisted of F. tataricum, F. tataricum ssp. potanini and Fl cymosum ; third clade is composed of f. callianthum,F. capillatum, F. gracilipes, F. leptopodum, F.lineare, F. pleioramosum, F.statice and F.urophyllum. The phylogey based on pericarp characters was considerably consistent with ones proposed by previous authors. It also suggested that pericarp characters are useful informatino for deduceing phylogenetic phylogenetic realtionship within geneus Fagopyrum. On the other hand, morphological character evolution indicated that there are tow synapomorphies in genus. There,it was suggested that these species having selfing and homostylous characters are evolved form heterostylous and ourcrossing species.
Kim, Young Ji;Jang, Jin Ho;Kim, Min Chan;Park, Young-Seok;Kim, Hye Kwon
Proceedings of the National Institute of Ecology of the Republic of Korea
/
제3권4호
/
pp.221-226
/
2022
A filarial nematode was found in a blood sample of an Anas falcata individual collected in South Korea in 2018. Phylogenetic analysis based on partial cytochrome C oxidase subunit I (COI) sequences placed the nematode as a novel genus of the family Onchocercidae and as closely related to Mansonella species, Chandlerella quiscali, and filarial nematodes recently reported in avian species. However, different phylogenetic relationship was observed in the NADH dehydrogenase subunit 5 and 12S rRNA-based phylogenetic trees, which might indicate the filarial nematode found in this study was not defined to belong to the known specific genera of the family Onchocercidae. The screening of 105 additional avian blood samples retrieved only one 12S rRNA-targeting polymerase chain reaction (PCR)-positive sample, which indicates that filarial nematode infection is rare in wild birds or that it occurs below the detection limit of PCR in blood samples. Nevertheless, considering the recent findings about ancient interactions between birds and human pathogenic filarial nematodes and their pathogenic potential in several avian species, additional exploration of novel filarial nematodes in wild birds remains necessary.
The taxonomic status and phylogenetic relationship of Opuntia monacantha Haw. f. jejuensis J. K. Kim ex Y. S. Yang (Jejubaiknyuncho), which is native to southern coast of Jeju Island, Korea was analyzed using DNA markers obtained from Korean Opuntia. Opuntia stricta Haw., O. humifusa Raf., and O. humifusa Raf. f. jeollaensis E. J. Kim and S. S. Whang, native or cultivated in Korea, have no stripes on the back of tepals and have a purple pulp, whereas O. monacantha f. jejuensis has purple stripes on the back of tepals and a greenish-yellow pulp color. Opuntia monacantha has purple stripes on both the front and back of its tepals, whereas stripes appear only on the back of tepals of O. monacantha f. jejuensis. Opuntia monacantha f. jejuensis was assigned to Elatae series in phylogenetic analysis and was found to be more closely related to O. monacantha subsp. arechavaletae (Speg.) Guiggi, compared with O. monacantha at a molecular level. Based on its phylogenetic and morphological differences from O. monacantha and O. monacantha subsp. arechavaletae, which are native or have been cultivated in Jeju areas, O. monacantha f. jejuensis was named as a new forma in this study.
Nitesh Pant;HyeongJin Noh;Won-Ho Lee;Seong Hwan Kim
Mycobiology
/
제51권2호
/
pp.109-113
/
2023
Auricularia is one of the broadly cultivated edible mushrooms in Korea. Most of the Korean Auricularia strains used for cultivation and breeding are known as A. auricula-judae. Recently, this species has been reported to belong to a species complex. Therefore, this study was carried out to genetically clarify the bred and cultivated Korean A. auricula-judae strains. The internal transcribed spacer (ITS) and IGS1 rDNA region sequences were determined from 10 A. auricula-judae strains by PCR and sequencing. Variation in the nucleotide sequence and sequence length of the two rDNA regions were found among the seven A. auricula-judae strains. A maximum-likelihood (ML) phylogenetic tree based on the ITS sequences clearly placed all the 10 Korean A. auricula-judae strains in the A. heimuer clade of the A. auriculajudae complex. A. heimuer is diverged from A. auricula-judae. An ML phylogenetic tree based on the IGS1 sequences revealed the close relationship between Korean A. heimuer strains to Chinese A. heimuer strains. But each strain could be distinguishable by the IGS1 sequence. Furthermore, progeny strains in the seven Korean strains could be differentiated from their parental strains by the IGS1 sequence based phylogenetic tree. Our results are expected to be used to complement the distinction of domestic Auricularia cultivars.
Sharma, Rekha;Pandey, A.K.;Singh, Y.;Prakash, B.;Mishra, B.P.;Kathiravan, P.;Singh, P.K.;Singh, G.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
제22권1호
/
pp.13-19
/
2009
In the present study, genetic analyses of diversity and differentiation were performed on four breeds of Indian zebu cattle (Bos indicus). In total, 181 animals belonging to Ponwar, Kherigarh, Gangatiri and Kenkatha breeds were genotyped for 20 cattle specific microsatellite markers. Mean number of alleles observed per locus (MNA) varied between 5.75 (Kenkatha) to 6.05 (Kherigarh). The observed and expected heterozygosity for the breeds varied from 0.48 (Gangatiri) to 0.58 (Kherigarh) and 0.65 (Kenkatha) to 0.70 (Kherigarh), respectively. $F_{IS}$ estimates of all the breeds indicated significant deficit of heterozygotes being 28.8%, 25.9%, 17.7% and 17.7% for Gangatiri, Ponwar, Kherigarh and Kenkatha, respectively. The $F_{ST}$ estimates demonstrated that 10.6% was the average genetic differentiation among the breeds. Nei's genetic distance DA and Cavalli- Sforza and Edwards Chord distance ($D_C$) and the phylogenetic tree constructed from these reflected the close genetic relationship of Gangatiri and Kenkatha, whereas Ponwar appears to be more distant.
The taxonomic distinctiveness and cosmopolitan distributions of the red algae $Gelidium$$crinale$ and $G.$$pusillum$ remain unclear. Both species were first described in Devon in southwestern England; namely in Ilfracome for $G.$$crinale$ and Sidmouth for $G.$$pusillum$. We analyzed mitochondrial $cox$1 and plastid $rbc$L sequences from specimens collected in East Asia, Australia, Europe and North America. In all phylogenetic analyses of $cox$1 and $rbc$L sequences, $G.$$crinale$ was distinct from congeners of the genus. The analyses also revealed a sister relationship with the $G.$$coulteri$ and $G.$$capense$ clade. Nineteen $cox$1 haplotypes were identified for $G.$$crinale$, and they were likely geographically structured. Despite the distinctiveness in both $cox$1 and $rbc$L datasets, the sister relationship of $G.$$pusillum$ in the genus was not resolved. Our $cox$1 and $rbc$L datasets indicate that $G.$$crinale$ is a cosmopolitan species, found in East Asia, Australia, Europe and North America, while the distribution of $G.$$pusillum$ is restricted to Europe and Atlantic North America. Our results suggest that infraspecific classification of $G.$$pusillum$ may be abandoned.
한국산 가시고기 (Pungitius sinensis)와 잔가시고기 (P. kaibarae) 사이의 관계를 밝히기 위하여 18s 리보좀 DNA 두 단편의 염기서열을 분석하였다. G+C pair의 비율은 잔가시고기의 개체군에서 54.85~55.15%, 가시고기에서 52.76%로 나타났다. 잔가시고기 개체군들 사이의 염기치환수는 10~18개, 가시고기와 잔가시고기 사이의 염기치환수는 165개였다. 거리지수의 값은 잔가시고기의 개체군들 사이는 0.0118~0.0195, 가시고기와 잔가시고기 개체군 사이는 0.2136~0.2306으로 나타났다. 이를 개체군간 염기서열의 분석 결과는 잔가시고기와 가시고기가 종수준으로 분화한 것을 보여주었다.
ITSI-5.8S-ITSII rDNA region was amplified from the reference strains and clinical isolates with ITS1 and ITS4 primers. These primers amplified DNA fragments of 550 bp in Microsporum audouinii and Trichophyton violaceum, 700 bp in Microsporum gypseum, Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton rubrum, and Trichophyton tonsurans, and 750 bp in Microsporum ferreugineum and Microsporum canis. The restriction enzyme patterns of PCR products digested with 13 restriction enzyme including PstI were distint among the genera, whereas identical in the same species. Examination of the ITS (Internal Transcribed Spacers)1 nucleotide sequence revealed that there was the genetic difference in each genera and species. Phylogenetic relationship among each species showed that the Trichophyton mentagrophytes was more closely related Trichophyton tonsurans than Trichophyton rubrum, and Microsporum gypseum was less related than Microsporum spp..
RT-PCR method was applied to detect and clone the nucleocapsid protein (N) gene and glycoprotein (G) gene for sequencing 5 Korean VHSV isolates from cultured olive flounder, Paralichthys olivaceus. Phylogenetic analysis was performed to investigate their relationship with the VHSV strains described previously and isolated from different geographical area. Generally, VHSV strains were separated phylogenetically according to the major geographical area of isolation: Genogroup I (American type), Genogroup Il (British Isles) and Genogroup ill (European type). This study revealed that all 5 Korean VHSV isolates were belonged to Genogroup I and closely related to Japanese Obama25 type.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.