• 생명과학회지
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• 제29권2호
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• pp.248-255
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• 2019

국내 삼천포 및 서천에서 채집한 갯장어(Muraenesox cinereus)의 장내기관으로부터 분리된 미생물들의 다양성 및 특성에 관하여 조사하였다. 장내 미생물의 순수 분리를 위하여 marine agar 배지를 사용하였으며 $37^{\circ}C$에서 호기적으로 배양하였다. 순수 분리 후, 49 균주를 분리하였으며 16S rRNA 염기서열 분석 결과를 바탕으로 계통학적 분석을 실시한 결과, 3문, 13과, 14속, 34종으로 구성되어 있는 것을 확인하였다. 특히, Proteobacteria 문은 83.7%의 분포를 나타내었으며 8과, 8속, 26종으로 Aeromonadaceae, Pseudoalteromonadaceae, Shewanellaceae, Enterobacteriaceae, Morganellaceae, Moraxellaceae, Pseudomonadaceae와 Vibrionaceae로 분포하는 것을 확인하였다. 그리고 분리한 균주들이 amylase, lipase, protease와 같은 산업적으로 유용한 효소를 생산하는지 확인하기 위하여 효소 활성 평가를 실시하였으며, 39 균주가 최소 한 종류 이상의 효소 활성을 가지고 있는 것을 확인하였다. 특히 Aeromonas 속의 균주들은 테스트한 모든 효소의 활성을 나타내는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 본 연구를 통하여 분리한 미생물들의 산업적 활용 가능성을 나타내었다. 그러므로 이번 연구는 국내 유전자원 확보 및 갯장어의 장내마이크로비옴의 과학적 지식 확장에 도움이 될 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제29권1호
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• pp.84-89
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• 2019

신규 항세균물질을 탐색하는 사전조사에서 몇몇 분리균주들이 그람양성 세균과 그람음성 세균 모두에 항균활성을 보이며, 심지어 methicillin내성 Staphylococcus aureus (MRSA)에도 항균활성을 나타내었다. 이들 균주 중에서 한 균주가 표현형과 계통분석을 이용하여 특히 16S 리보좀 RNA 유전자 염기서열에 기초하여 Pseudomonas aeruginosa로 동정되었다. BCNU 1204 균주의 항균물질은 King's medium B (pH 7.0)에서 $35^{\circ}C$의 온도 조건으로 4일 배양 후 가장 최대로 생산되었다. 항균물질을 각종 유기용매로 분획한 결과, P. aeruginosa BCNU 1204의 dichloromethane (DCM)분획과 ethylacetate (EA) 분획이 그람 양성 세균에 강력한 항균활성을 보였으며, 특히 ethylacetate (EA) 분획이 methicillin내성 Staphylococcus aureus (MRSA)에 대하여 강한 항균활성을 나타내었다. Recycling preparative LC와 preparative TLC 로 활성물질 하나(분획 5-2)를 분리하여 GC-MS 분석한 결과 phenazine 화합물에 속하는 phenazine-1-carboxylic acid 로 동정하였다. 그리고 MRSA 균주에 대한 최소저해농도(minimum inhibitory concentration, MIC)가 MRSA균주인 CCARM 3089, 3090, 3091 그리고 3095 균주에 대하여 각각 $25{\mu}g/ml$, $50{\mu}g/ml$, ${\geq}25{\mu}g/ml$ 그리고 ${\geq}50{\mu}g/ml$ 임을 확인하였다. 그러므로 P. aeruginosa BCNU 1204 분리균주는 항 MRSA 항생물질을 개발하기 위한 잠재 가치가 높은 생물자원으로 기대되며, P. aeruginosa BCNU 1204 균주로부터 리더 화합물을 획득하기 위한 보다 많은 연구가 요구된다.

• 생명과학회지
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• 제29권5호
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• pp.524-529
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• 2019

엉겅퀴는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화 됨에 따라 인접국가와 국내 자생 엉겅퀴 계통을 판별 할 수 있는 기준 설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종과 해외 유래 엉겅퀴종의 기원을 판별하기 위해 엽록체에 존재하는 trnL-trnF와 MatK 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 HRM 분석 기술을 이용한 판별 마커와 그 조건을 확립하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역 또는 국가에서 서식하는 엉겅퀴 종들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권5호
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• pp.614-628
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• 2019

Objective: The inhibitory leukocyte immunoglobulin-like receptors (LILRBs) play an important role in innate immunity. The present study represents the first description of the cloning and structural and functional analysis of LILRB1 and LILRB3 isolated from two genetically disparate chicken lines. Methods: Chicken LILRB1-3 genes were identified by bioinformatics approach. Expression studies were performed by transfection, quantitative polymerase chain reaction. Signal transduction was analyzed by western blots, immunoprecipitation and flow cytometric. Cytokine levels were determined by enzyme-linked immunosorbent assay. Results: Amino acid homology and phylogenetic analyses showed that the homologies of LILRB1 and LILRB3 in the chicken line 6.3 to those proteins in the chicken line 7.2 ranged between 97%-99%, while homologies between chicken and mammal proteins ranged between 13%-19%, and 13%-69%, respectively. Our findings indicate that LILRB1 and LILRB3 subdivided into two groups based on the immunoreceptor tyrosine-based inhibitory motifs (ITIM) present in the transmembrane domain. Chicken line 6.3 has two ITIM motifs of the sequence LxYxxL and SxYxxV while line 7.2 has two ITIM motifs of the sequences LxYxxL and LxYxxV. These motifs bind to SHP-2 (protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 11) that plays a regulatory role in immune functions. Moreover, our data indicate that LILRB1 and LILRB3 associated with and activated major histocompatibility complex (MHC) class I and ${\beta}2-microglobulin$ and induced the expression of transporters associated with antigen processing, which are essential for MHC class I antigen presentation. This suggests that LILRB1 and LILRB3 are transcriptional regulators, modulating the expression of components in the MHC class I pathway and thereby regulating immune responses. Furthermore, LILRB1 and LILRB3 activated Janus kinase2/tyrosine kinase 2 (JAK2/TYK2); signal transducer and activator of transcription1/3 (STAT1/3), and suppressor of cytokine signaling 1 genes expressed in Macrophage (HD11) cells, which induced Th1, Th2, and Th17 cytokines. Conclusion: These data indicate that LILRB1 and LILRB3 are innate immune receptors associated with SHP-2, MHC class I, ${\beta}2-microglobulin$, and they activate the Janus kinase/signal transducer and activator of transcription signaling pathway. Thus, our study provides novel insights into the regulation of immunity and immunopathology.

• 환경생물
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• 제39권3호
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• pp.319-328
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• 2021

토마토반점위조바이러스(TSWV)는 고추, 토마토 등 경제적으로 중요한 작물에 심각한 피해를 주는 바이러스들 중 한 종이다. TSWV의 넓은 기주범위, 매개충인 총채벌레 방제의 어려움 및 TSWV의 효과적인 치료제가 없기 때문에, 저항성 품종을 사용하는 것이 TSWV를 예방하는 가장 효과적인 수단이 될 수 있다. 본 연구에서는 토마토에서 분리된 TSWV 분리주(SW-TO2)의 유전학적·생물학적 특성을 구명하고, 최근에 국내에서 분리된 구기자, 머위, 당귀 TSWV 분리주와 비교하였다. 순수분리된 SW-TO2는 28종의 지표식물 중 토마토를 포함한 17종에서 원형반점, 모자이크 증상 등 전신감염 증상을 보였다. SW-TO2의 유전자 계통분석 결과 국내에서 분리된 고추, 구기자 TSWV 분리주와 98~99%의 상동성을 보이며 같은 그룹에 속하였다. TSWV 저항성 평가를 위한 생물검정법을 확립하고, 시판되고 있는 고추와 토마토 품종을 대상으로 4종의 TSWV 분리주에 대한 저항성 평가를 검정하였다. TSWV 저항성 평가는 첫째, 접종엽에 괴사반점 증상이 나타나거나 병징이 없는 경우, 둘째, 상엽에 병징이 없는 경우, 셋째, 상엽을 RT-PCR 진단한 결과 음성이 나왔을 경우 등 3가지 조건이다 충족될 때 저항성으로 평가하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권9호
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• pp.1210-1217
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• 2021

Two gram-negative, catalase-positive, strictly aerobic, and white colony-forming bacteria, strains H242^T and B156^T, were isolated from soil in South Korea. Cells of strain H242^T were oxidase-positive and non-motile short rods, while those of strain B156^T were oxidase-negative and long non-motile rods. Ubiquinone-8 was identified as the sole isoprenoid quinone in both strains. C_16:0, cyclo-C_17:0, andsummed feature 3 (C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c) and phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, and diphosphatidylglycerol were identified in both strains as the major cellular fatty acids and polar lipids, respectively. The DNA G+C contents of strains H242^T and B156^T were 69.4 mol% and 69.3 mol%, respectively. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA and 92 concatenated core gene sequences revealed that strains H242^T and B156^T formed distinct phylogenic lineages from other Ramlibacter type strains. The DNA-DNA hybridization (DDH) value between strains H242^T and B156^T was 24.6%. Strains H242^T and B156^T were most closely related to Ramlibacter ginsenosidimutans BXN5-27^T and Ramlibacter monticola G-3-2^T with 98.4% and 98.6% 16S rRNA gene sequence similarities, respectively. Digital DDH values between strain H242^T and R. ginsenosidimutans and between strain B156^T and R. monticola were 23.5% and 26.1%, respectively. Phenotypic, chemotaxonomic, and molecular analyses indicated that strains H242^T and B156^T represent two novel species of the genus Ramlibacter, for which the names Ramlibacter terrae sp. nov. and Ramlibacter montanisoli sp. nov., respectively, are proposed. The type strains of R. terrae and R. montanisoli are H242^T (=KACC 21667^T=JCM 33922^T) and B156^T (=KACC 21665^T=JCM 33920^T), respectively.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권12호
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• pp.1942-1949
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• 2019

Objective: Leukocyte cell-derived chemotaxin 2 (LECT2) is associated with several physiological processes including inflammation, tumorigenesis, and natural killer T cell generation. Chicken LECT2 (chLECT2) gene was originally identified as one of the differentially expressed genes in chicken kidney tissue, where the chickens were fed with different calcium doses. In this study, the molecular characteristics and gene expression of chLECT2 were analyzed under the stimulation of toll-like receptor 3 (TLR3) ligand to understand the involvement of chLECT2 expression in chicken metabolic disorders. Methods: Amino acid sequence of LECT2 proteins from various species including fowl, fish, and mammal were retrieved from the Ensembl database and subjected to Insilco analyses. In addition, the time- and dose-dependent expression of chLECT2 was examined in DF-1 cells which were stimulated with polyinosinic:polycytidylic acid (poly [I:C]), a TLR3 ligand. Further, to explore the transcription factors required for the transcription of chLECT2, DF-1 cells were treated with poly (I:C) in the presence or absence of the nuclear factor ${\kappa}B$ ($NF{\kappa}B$) and activated protein 1 (AP-1) inhibitors. Results: The amino acid sequence prediction of chLECT2 protein revealed that along with duck LECT2 (duLECT2), it has unique signal peptide different from other vertebrate orthologs, and only chLECT2 and duLECT2 have an additional 157 and 161 amino acids on their carboxyl terminus, respectively. Phylogenetic analysis suggested that chLECT2 is evolved from a common ancestor along with the actinopterygii hence, more closely related than to the mammals. Our quantitative polymerase chain reaction results showed that, the expression of chLECT2 was up-regulated significantly in DF-1 cells under the stimulation of poly (I:C) (p<0.05). However, in the presence of $NF{\kappa}B$ or AP-1 inhibitors, the expression of chLECT2 is suppressed suggesting that both $NF{\kappa}B$ and AP-1 transcription factors are required for the induction of chLECT2 expression. Conclusion: The present results suggest that chLECT2 gene might be a target gene of TLR3 signaling. For the future, the expression pattern or molecular mechanism of chLECT2 under stimulation of other innate immune receptors shall be studied. The protein function of chLECT2 will be more clearly understood if further investigation about the mechanism of LECT2 in TLR pathways is conducted.

• 대한수의학회지
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• 제60권4호
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• pp.195-202
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• 2020

Feline calicivirus (FCV) infection results in a common upper respiratory disease associated with oral ulceration in cats. Although FCV infection has been reported in cats worldwide, the biologic and genetic features of South Korean FCV are unclear. We aimed to investigate the biological and genetic features of South Korean FCV isolates. Crandell-Rees feline kidney (CRFK) cells were used to isolate FCV from 58 organ homogenate samples. The FCV isolates were confirmed by cytopathic effects, immunofluorescence, electron microscopy, and reverse transcription polymerase chain reaction assays. Viral genetic analysis was carried out with VP2 gene and complete genomes of FCVs. Five viruses propagated in CRFK cells were confirmed to be FCVs. The FCV17D283 isolate showed the highest viral titer of 107.2 TCID50/mL at 36 h post-inoculation. Korean FCV isolates did not grow well in Vero, BHK-21, A72, or Madin-Darby canine kidney cells. The FCV17D03 and FCV17D283 isolates had the highest genetic similarity (80.1% and 86.9%) with the UTCVM-H1 and 14Q315 strains, which were isolated in the United States and South Korea in 1995 and 2014, respectively. We isolated five FCVs from cats and detected important genetic differences among them. FCV isolates did not show any virulent effects in mice.

• 식물병연구
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• 제26권4호
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• pp.283-288
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• 2020

2017년 9월 충남 예산지역의 아욱 잎에서 엽맥퇴록 및 황화 등 바이러스 증상 관찰되었다. 증상이 있는 아욱 5주에서 핵산을 추출하여 아욱엽맥투명바이러스(Malva vein clearing virus, MVCV)를 포함한 4종 바이러스 특이 프라이머를 이용하여 reverse transcription polymerase chain reaction 수행하였다. MVCV 특이 프라이머로 증폭된 total RNA 5점에서 600 bp의 분자크기를 갖는 밴드가 확인되었다. MVCV 확인하기 위하여 여기서 얻어진 PCR 산물 3개를 정제 후 direct sequencing으로 염기서열을 결정하였다. BLAST 검색 결과, 멕시코의 토마토에서 분리된 MVCV 분리주와 99%로 가장 높은 상동성을 보였다. 명아주속 식물을 이용하여 단일국부병반을 3회 분리 후 Cm1-5으로 명명하였다. Cm1, Cm3, Cm5 분리주를 23종의 지표식물에 즙액 접종하였다. Cm3 분리주는 접시꽃에 퇴록반점 및 모자이크 증상을 나타내었다. 국내 아욱 3 분리주를 포함한 6개 다른 국가 및 식물 종에서 분리된 19 MVCV 분리주들에 대한 외피 단백질 유전자의 계통학적 유연관계분석 결과, 지리적 기원 또는 병원성과는 관련되지 않았다. 본 연구는 국내 아욱에서 MVCV의 자연발생 및 3 분리주의 특성에 대한 첫 보고이다.

• 한국균학회지
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• 제48권4호
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• pp.397-405
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• 2020

느티만가닥버섯은 일본에서 가장 많이 생산하고 소비되는 버섯으로 영양학적 가치, 우수한 식감 및 저장성 때문에 국내에서도 점진적으로 생산량이 늘어나고 있다. 2018년과 2019년 사이 경남지역 느티만가닥버섯 재배농가에서 자실체 발생이 불균일하며 수량이 감소하는 피해가 확인되었다. 분리한 오염균은 균총의 전체 표면에 회색을 띠는 진녹색포자를 형성하였다. 분리 균주의 균사생장 적합온도는 25℃로 확인되었으며 비교적 느리게 자라는 특성을 보여주었다. 분리 균주는 ITS rDNA 염기서열 분석결과 Penicillium brevicompactum과 100.0%의 상동성을 나타내었고, P. brevicompactum F51로 동정 및 명명하였다. 분리 균주를 처리한 배지는 농가에서 수집된 시료와 동일하게 버섯균사의 재생을 저해하면서 발이가 46.5-71.5% 수준까지 감소되었으며, 수량은 최대 75.6%까지 감소하였다. 이러한 결과는 P. brevicompactum이 느티만가닥버섯 재배과정에서 피해를 일으킨다는 사실을 국내에서 처음 보고하는 것이다.