• 제목/요약/키워드: Phylogenetic

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미토콘드리아 COI 유전자 서열의 다형성과 반수체형에 근거한 한국산 붉바리(Epinephelus akaara)의 유전적 구조와 계통 유연관계 (Genetic Structure and Phylogenetic Relationship of Red Spotted Grouper (Epinephelus akaara) Based on the Haplotypes and Polymorphisms of Mitochondrial COI Gene Sequences)

  • 한상현;이영돈;백혜자;오홍식;노충환
    • 생명과학회지
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    • 제24권6호
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    • pp.626-632
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    • 2014
  • 한국산 붉바리 집단에서 유전적 구조와 계통 유연관계를 mtDNA COI 유전자 서열의 다형성을 이용하여 조사하였다. COI 유전자 서열을 결정하였고 기존에 보고된 서열들과 비교하였다. 본 연구를 통해 결정된 COI 서열들은 기존에 보고된 EF607565에 대하여 99.1-99.8%의 동일성을 나타내었다. 전체 20가지의 haplotype들이 발견되었고, 한국산 붉바리 집단은 19가지의 haplotype을 나타내었다. 이들 중 Hap_03과 Hap_08은 각각 제주도와 중국-특이적인 COI 서열들을 보였다. 반면, Hap_07은 한국에서 채집된 시료들과 홍콩과 대만에서 보고된 기록 등 여러 COI 서열들을 포함하였다. COI haplotype들의 다형성에 근거한 계통 유전학적 분석을 통해 작성된 NJ tree는 Epinephelus 속 내에서 단계통적인 분지양상을 나타내었고, 이는 붉바리 집단들이 공통의 모계 선조에서 진화한 것임을 나타내었다. 또한 중국해에서 보고된 COI 서열만을 포함하였던 Hap_08은 NJ tree의 중앙부에서 위치하였고, Hap_07의 서열들과도 근연의 관계임을 보여주었다. 이 결과는 중국산 붉바리 역시 동아시아의 다른 집단들과 모계적으로 연관되어있음을 보여주었다. 결과적으로, 동아시아 붉바리 집단들은 모계적으로 연관되어있을 뿐만 아니라 공통의 진화 역사를 공유하고 있으며 여전히 동아시아 해류(Kuroshio 해류)에 의해 영향을 받는 집단이라고 할 수 있다. 본 연구는 붉바리의 유전적 구조와 계통 유연관계를 이해하는 데 도움을 줄 수 있으며, 인공증식과 산업화에 관련된 연구에 있어 중요한 역할을 담당할 것으로 기대된다.

동위효소 및 RAPD분석에 의한 한국재래종 누에계통의 계통학적 특성 (Phylogenetic Relationships and Characterization of Korean Native Silkworm Strains Based on RAPDs and Isozyme Analysis, Bombyx mori)

  • 이재만;노시갑
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제43권2호
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    • pp.59-66
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    • 2001
  • 집누에는 지리적인 특징에 의해 중국종, 일본종, 유럽종, 열대종 및 한국종으로 분류된다. 한국종계통은 품종수도 적을 뿐만 아니라 관련 연구도 미미한 실정이다. 본 연구는 한국재래종으로 추측되는 품종들을 국내 · 외로부터 수집하여 등위효소 및 체액단백질유전자와 RAPD다형분석을 실시하여 한국재래종 계통의 품종적 유연관계와 계통특성을 밝히고자 하였다. 1. 등위효소유전자의 분석결과, 몇 개의 유전자군에서 한국재래종과 타 지역종간에 유전자형 및 유전자 빈도의 차이가 명확히 나타났다. 2. RAPSD의 결과를 UPGMA법에 의해 분석한 결과, 짐누에군과 멧누에군으로 크게 구분되었으며 유전적 유사계수 0.6930을 기준으로 한국재래종, 일본종 및 중국종으로 그룹화되었다. 3. 이상의 결과를 종합하면, 한국재래종 누에계통은 하나의 지역종 원종계통으로 분류될 수 있는 명확한 유전적 특성을 가지는 것은 물론 한국종의 계통특성도 뚜렷한 것으로 확인되었다.

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서남해에서 채집된 말쥐치 (Thamnaconus modestus)와 유사종 (T. septentrionalis)의 형태 및 계통유전학적 비교 (Phylogenetic and Morphological Comparison between Thamnaconus septentrionalis and T. modestus Collected in Southwest Seashore)

  • 유태식;박기연;한경호;곽인실
    • 생태와환경
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    • 제54권3호
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    • pp.229-239
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    • 2021
  • 말쥐치는 북서태평양 해역에 분포하는 군집성 어류로 수산식품으로 이용되는 경제적 가치가 높은 어종이다. 본 연구에서는 서남해에 서식하는 국내산 말쥐치(Thamnaconus modestus)와 기존에 보고된 유사종(Thamnaconus septentrionalis)과의 형태적-유전적 특징을 비교-분석하였다. 이를 위해 서남해에서 채집한 말쥐치의 외부 형태와 골격을 관찰하고, 미토콘드리아 DNA의 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자 염기서열을 비교하여 유사종 (T. septentrionalis)과의 계통진화적 연관관계를 분석하였다. 서남해안 말쥐치의 외부 형태는 회갈색 바탕에 몸 전체에 흑갈색 무늬가 불규칙하게 산재된 패턴을 가지며 청록빛의 지느러미가 관찰되었다. 채집한 말쥐치에서 추출한 미토콘드리아DNA의 COI 유전자 분석결과 7종류의 염기서열 변이가 나타났으나 상동성이 전체적으로 98.8% 이상으로 유사성이 높게 나타났다. 또한 형태적으로 말쥐치 유사종인 T. septentrionalis COI 염기서열 비교와 계통유전학적 분석 결과, 보고된 시퀀스 중 상동성이 99%로 유전적으로 말쥐치로 보여지는 두 종(JN813099, MW485059)과 상동성 95%로 유사종으로 보이는 두 종(EF607583, KP267619)이 확인되었다. 말쥐치와 유사종은 계통유전적 분석결과 말쥐치와 유사종의 차이를 확인하였으나 형태적 특징으로 종 분류는 어려운 상태이다. 따라서 본 연구는 말쥐치의 외부 형태와 내부 골격 및 계통유전학적 정보를 제공함으로 말쥐치와 유사종(T. septentrionalis)의 분류학적 재검토를 진행하는 데 주요한 정보가 될 것이다.

한국 섬진강산 누치(Hemibarbus labeo)의 분자 계통유전학적 연구 (Molecular Phylogenetic Study of the Barbel Steed (Hemibarbus labeo) in Seomjin River of Korea)

  • 박기연;이완옥;곽인실
    • 생태와환경
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    • 제52권3호
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    • pp.221-230
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    • 2019
  • 섬진강 수계에 서식하는 누치(Hemibarbus labeo)의 미토콘드리아 DNA에서 cytochrome c oxidase subunit I(COI) 유전자를 발굴하고 누치속 Hemibarbus 및 잉어과(Cyprinidae) 내 계통유전학적인 위치를 확인하는 연구를 수행하였다. 발굴된 577 bp COI 시컨스의 다중배열 결과 섬진강산 누치들의 높은 염기서열 상동성을 보였다(99~100%). 우리나라에서 발견되는 누치속 3종에서 누치(H. labeo: HD1)와 어름치(H. mylodon)의 염기서열 유사성은 88.91%, 참마자 (H. longirostis)와는 88.81%이었다. 또한, H. maculatus, H. meditus, H. umbrifer, H. barbus는 각각 누치와의 염기서열 유사성이 98.97%, 97.20%, 96.87%, 98.85% 등으로 나타났다. 누치속 7종의 계통유전학적 분석결과 섬진강산 누치(H. labeo)들은 두개의 단계통 (clade)을 형성하는데 하나는 하동, 임실, 강진, 순창의 섬진강 누치들로만 이루어진 단계통, 다른 하나는 하동의 HD2, HD8, HD9와 국내 부산, 아산, 서울 등에서 채집 보고된 누치들과 단계통을 형성하였다. 잉어과 내 섬진강산누치(HD1)의 계통진화적 위치는 피라미(Zacco platypus)와는 진화적 거리가 0.143, 누치속 H. maculatus와는 0.006으로 나타났다. 또한 잉어과 28종 내 계통유전학적 위치는 모래무지아과(Gobioninae) 어류들이 포함된 그룹 I에 섬진강산 누치가 위치함을 확인하였다. 본 연구의 결과는 누치를 포함하는 잉어과 내 어류의 계통유전학적 비교와 환경오염에 따른 담수환경 모니터링을 위한 모델어류의 발굴연구에 주요한 유전적 정보를 제공할 것이다.

해조류 5종의 아미노산 조성 및 계통 다양성 비교 분석 (Comparative Analysis of the Amino Acid Composition and Phylogenetic Diversity of Five Seaweed Species)

  • 손승원;이혜영
    • 생명과학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.145-152
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    • 2024
  • 해조류는 풍부한 필수 영양소 공급으로 인해 귀중한 해양 자원으로 여겨지며 특히 단백질과 아미노산이 풍부하게 함유되어 있다. 한국에서는 500종 이상의 해조류가 서식하며 그 중 50종 이상이 식품용으로 이용되어 일상 식단의 중심 역할을 한다. 본 연구는 한국에서 가장 흔히 섭취되는 해조류 5종(매생이, 톳, 김, 다시마, 미역; Capsosiphon fulvescens, Hizikia fusiforme, Porphyra yezoensis, Saccharina japonica, Undaria pinnatifida)의 단백질 구성 아미노산을 분석하였다. 고성능 액체 크로마토그래피 분석 결과, 아스파르트산, 글루탐산, 알라닌, 류신이 가장 풍부한 아미노산 성분임을 알 수 있었다. 주성분 분석에서는 이 다섯 종류의 해조류가 아미노산 구성에 따라 세 개의 군집으로 분류될 수 있었고, 이는 부분적으로 계통 분류 결과와 일치하였다. 다양한 아미노산 중에서도 글루탐산, 아스파르트산, 알라닌이 구분을 주도하는 주요 아미노산이였다. 특히, 가까운 계통적 근접성을 보이는 Undaria pinnatifida와 Capsosiphon fulvescens는 뚜렷하게 유사한 아미노산 프로필을 나타내었다. 그에 비해 Porphyra yezoensis와 Saccharina japonica는 계통적 관계를 공유하더라도 다른 아미노산 구성을 보였다. Hizikia fusiforme는 두 분석 모두에서 독특한 군집으로 나타났다.

국내 재래종 밀 계통 분리와 농업형질 특성 평가 (Phylogenetic Classification and Evaluation of Agronomic Traits of Korean Wheat Landrace (Triticum aestivum L.))

  • 이유미;오세진;강성욱;최창현;이종태;조성우
    • 한국작물학회지
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    • 제69권2호
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    • pp.111-122
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    • 2024
  • 식물유전자원의 중요성이 인식되면서 지속적으로 재배되어 온 재래종에 대한 유전학적 가치가 인정되고 있다. 이 연구에서는 경남에서 수집한 국내 재래종 밀에 대한 염색체와 이삭형태 관찰, 종자특성과 농업형질 평가, 및 국내 밀 품종과의 연관관계를 확인하였다. 국내 재래종 밀 4계통의 염색체는 42개로 확인되었으며, 이삭의 형태와 길이는 국내 품종인 금강밀과 차이를 보였다. 국내 재래종 밀 계통의 종실특성은 전반적으로 금강밀의 종실에 비하여 작은 면적, 너비, 및 길이를 보였으나, KWL-3의 배의 길이는 다른 재래종 밀뿐만 아니라 금강밀 종자의 배 길이보다도 길었다. 국내 재래종 밀 계통은 금강밀에 비하여 늦은 출수기와 성숙기를 보였다. 특히, KWL-3는 짧은 간장, KWL-2는 짧은 수장, KWL-1은 적은 분얼수를 보인 반면에 영화수와 일수립수는 금강에 비하여 재래종 밀 모든 계통에서 높았다. 이러한 이유는 금강밀에 비하여 높은 재래종 밀 계통의 임실률이 영향을 미친 것으로 판단된다. 하지만 재래종 밀 계통의 종실면적, 너비, 길이, 및 두께가 작아 금강밀보다 낮은 천립중을 보였다. 향후, 종실특성의 향상은 재래종 밀 계통에 필수 조건으로 생각하며, 금강밀에 비하여 높은 영화수와 일수립수 및 임실률은 유용한 유전인자로 활용될 수 있을 것이다.