• The Plant Pathology Journal
• /
• 제33권4호
• /
• pp.362-369
• /
• 2017

White root rot disease, caused by the pathogen Rosellinia necatrix, is one of the world's most devastating plant fungal diseases and affects several commercially important species of fruit trees and crops. Recent global outbreaks of R. necatrix and advances in molecular techniques have both increased interest in this pathogen. However, the lack of information regarding the genomic structure and transcriptome of R. necatrix has been a barrier to the progress of functional genomic research and the control of this harmful pathogen. Here, we identified 10,616 novel full-length transcripts from the filamentous hyphal tissue of R. necatrix (KACC 40445 strain) using PacBio single-molecule sequencing technology. After annotation of the unigene sets, we selected 14 cell cycle-related genes, which are likely either positively or negatively involved in hyphal growth by cell cycle control. The expression of the selected genes was further compared between two strains that displayed different growth rates on nutritional media. Furthermore, we predicted pathogen-related effector genes and cell wall-degrading enzymes from the annotated gene sets. These results provide the most comprehensive transcriptomal resources for R. necatrix, and could facilitate functional genomics and further analyses of this important phytopathogen.

• 미생물학회지
• /
• 제54권1호
• /
• pp.77-78
• /
• 2018

포도상구균(Staphylococcus aureus)은 그람양성이고 구형의 박테리아로 Firmicutes 문에 속하며, 피부나 호흡기 감염 그리고 식중독의 주요 감염원 중에 하나이다. 포도상구균을 감염시키는 박테리오파지는 포도상구균 감염에 효과적인 처방으로 쓰일 수 있다. 본 연구에서는 충청남도에 위치한 가축 농장의 오수에서 분리된 포도상구균 박테리오파지 SA7 균주의 유전체 초안을 분석하였다. 본 균주는 G + C 비율이 34.1%이며, 34,730 bp 로 구성된 dsDNA 를 지니고 있었다. 염색체에서 53 개의 단백질 코딩 유전자가 확인되었으며, 이 중 23 개의 유전자는 BLASTp 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 나머지는 가설 단백질 혹은 보존 단백질이었다.

• Mycobiology
• /
• 제47권2호
• /
• pp.200-206
• /
• 2019

Allelic differences in A and B mating-type loci are a prerequisite for the progression of mating in the genus Pleurotus eryngii; thus, the crossing is hampered by this biological barrier in inbreeding. Molecular markers linked to mating types of P. eryngii KNR2312 were investigated with randomly amplified polymorphic DNA to enhance crossing efficiency. An A4-linked sequence was identified and used to find the adjacent genomic region with the entire motif of the A locus from a contig sequenced by PacBio. The sequence-characterized amplified region marker $7-2_{299}$ distinguished A4 mating-type monokaryons from KNR2312 and other strains. A BLAST search of flanked sequences revealed that the A4 locus had a general feature consisting of the putative HD1 and HD2 genes. Both putative HD transcription factors contain a homeodomain sequence and a nuclear localization sequence; however, valid dimerization motifs were found only in the HD1 protein. The ACAAT motif, which was reported to have relevance to sex determination, was found in the intergenic region. The SCAR marker could be applicable in the classification of mating types in the P. eryngii breeding program, and the A4 locus could be the basis for a multi-allele detection marker.

• 미생물학회지
• /
• 제54권4호
• /
• pp.465-467
• /
• 2018

퇴비로부터 분리한 Niabella ginsenosidivorans $BS26^T$ 균주의 유전체서열을 분석하였다. 균주 $BS26^T$의 유전체는 G + C 비율이 44.48%이며, 4,800개의 유전자와 4,704개의 단백질 코딩 유전자, 85개의 위유전자 그리고49개의 RNA유전자를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으면 그 크기는 5,627,734 bp였다. 균주 $BS26^T$는 인삼사포닌의 당 분해에 관여하는 여러 타입의 글라이코시다제 유전자를 가지고 있었다. 이러한 유전체 분석은 주요 진세노사이드 전환에 관여하는 유전자 특징을 이해하는데 큰 기여가 되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제63권6호
• /
• pp.1411-1422
• /
• 2021

Lactobacillus acidophilus is a gram-positive, microaerophilic, and acidophilic bacterial species. L. acidophilus strains in the gastrointestinal tracts of humans and other animals have been profiled, but strains found in the canine gut have not been studied yet. Our study helps in understanding the genetic features of the L. acidophilus C5 strain found in the canine gut, determining its adaptive features evolved to survive in the canine gut environment, and in elucidating its probiotic functions. To examine the canine L. acidophilus C5 genome, we isolated the C5 strain from a Korean dog and sequenced it using PacBio SMRT sequencing technology. A comparative genomic approach was used to assess genetic relationships between C5 and six other strains and study the distinguishing features related to different hosts. We found that most genes in the C5 strain were related to carbohydrate transport and metabolism. The pan-genome of seven L. acidophilus strains contained 2,254 gene families, and the core genome contained 1,726 gene families. The phylogenetic tree of the core genes in the canine L. acidophilus C5 strain was very close to that of two strains (DSM20079 and NCFM) from humans. We identified 30 evolutionarily accelerated genes in the L. acidophilus C5 strain in the ratio of non-synonymous to synonymous substitutions (dN/dS) analysis. Five of these thirty genes were associated with carbohydrate transport and metabolism. This study provides insights into genetic features and adaptations of the L. acidophilus C5 strain to survive the canine intestinal environment. It also suggests that the evolution of the L. acidophilus genome is closely related to the host's evolutionary adaptation process.

• 미생물학회지
• /
• 제55권3호
• /
• pp.289-292
• /
• 2019

Lachnospiraceae bacterium KGMB03038 (=KCTC 15821)은 건강한 한국인의 대변 시료로부터 분리된 Lachnospiraceae과, Clostridia 강, Firmicutes 문에 속하는 신속 균주이다. 본 연구에서는 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 KGMB03038 균주의 유전체를 해독하고 분석하였으며 그 결과, 47.8% G + C 함량을 가진 3,334,474 bp 길이의 완전한 하나의 유전체 컨티그를 얻었다. 이 유전체는 3,099개의 단백질 암호화 유전자와 12개의 rRNA 유전자, 54개의 rRNA 유전자, 그리고 4개의 ncRNA 유전자를 포함하고 있다. 이 유전체 분석 결과, KGMB 03038 균주가 탄수화물의 가수화와 아미노산의 생합성에 관련되어 있는 중요 유전자들을 가지고 있음을 확인하였다.

• 미생물학회지
• /
• 제55권3호
• /
• pp.274-277
• /
• 2019

본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Ruminococcus sp. KGMB03662 균주를 분리하고 유전체서열을 PacBio Sequel 플랫폼을 사용하여 분석하였다. 염색체의 크기는 2,707,502 bp로 G + C 구성 비율은 43.09%, 총 유전자수는 2,484개, 단백질 코딩 유전자는 2,367개, rRNA는 14개 및 tRNA는 53개로 구성되었다. 본 유전체로부터 가수분해효소, 지방산생합성 및 대사와 항생제생합성 및 내성 관련 유전자를 확인하였다. 이러한 유전체의 분석은 KGMB03662 균주가 사람의 건강 및 질병에 관여할 것으로 여겨진다.

• 공업화학
• /
• 제17권1호
• /
• pp.37-43
• /
• 2006

원수의 pH, 응집제의 주입량, 희석배수에 따라 알루미늄계 응집제(Alum, PACS, PACC)의 원수내 인과 탁질의 제거효과를 고찰하였다. 저탁도(20 NUT) 및 적정 pH 6~9하에서 알류미늄계 응집제간의 탁도 제거율의 차이는 뚜렷하게 나타나지 않았다. 그러나 인의 제거율에 있어서는 20~40 ppm의 주입량에 대해서 응집제의 염기도가 증가할수록 감소함을 알 수 있었다. Alum (0%)>PACS (45~50%)>PACC (70%), 고탁도(100 NUT) 하에서는 고분자 응집제인 PACS와 PACC의 응집성능이 단분자 응집제인 Alum보다 뛰어남을 알 수 있었다. 20 NUT의 저탁도에서 직접 주입한 경우와 비교해서, 500~2000배로 희석한 Alum의 경우에는 응집효율의 감소가 나타났으나 희석된 응집제의 체류시간이 증가함에 따라 탁도 및 인의 제거율이 증가하는 경향을 나타내주었다. 반면에 희석된 PACC의 경우에는 분산도의 증가에 기인한 응집성능의 향상이 나타났으나 희석된 응집제의 체류시간이 증가함에 따라 응집효율의 감소가 나타났다. 100 NTU의 고탁도 조건하에서는 Alum과 PACC를 희석하여 주입시 모두 응집성능이 향상됨을 알 수 있었다.

• 상하수도학회지
• /
• 제34권5호
• /
• pp.323-334
• /
• 2020

Adsorption by granule activated carbon(GAC) is recognized as an efficient method for the removal of perfluorinated compounds(PFCs) in water, while the poor regeneration and exchange cycles of granule active carbon make it difficult to sustain adsorption capacity for PFCs. In this study, the behavior of PFCs in the effluent of wastewater treatment plant (S), the raw water and the effluents of drinking water treatment plants (M1 and M2) located in Nakdong river waegwan watershed was monitored. Optimal regeneration and exchange cycles was also investigated in drinking water treatment plants and lab-scale adsorption tower for stable PFCs removal. The mean effluent concentration of PFCs was 0.044 0.04 PFHxS g/L, 0.000 0.00 PFOS g/L, 0.037 0.011 PFOA g/L, for S wastewater treatment plant, 0.023 0.073 PFHxS g/L, 0.000 0.00 PFOS g/L, 0.013 0.008 PFOA g/L for M1 drinking water treatment plant and 0.023 0.073 PFHxS g/L, 0.000 0.01 PFOS g/L, 0.011 0.009 PFOA g/L for M2 drinking water treatment plant. The adsorption breakthrough behaviors of PFCs in GAC of drinking water treatment plant and lab-scale adsorption tower indicated that reactivating carbon 3 times per year suggested to achieve and maintain good removal of PFASs. Considering the results of mass balance, the adsorption amount of PFCs was improved by using GAC with high-specific surface area (2,500㎡/g), so that the regeneration cycle might be increased from 4 months to 10 months even if powdered activated carbon(PAC) could be alternatives. This study provides useful insights into the removal of PFCs in drinking water treatment plant.

• 미생물학회지
• /
• 제54권4호
• /
• pp.448-452
• /
• 2018

제주도 성산리 앞 바다 속 해면체로부터 분리한 Bacillus safensis KCTC 12796BP의 유전체를 분석하였다. 그 결과 3,935,874 bp의 환형 염색체와 36,690 bp의 plasmid 염기 서열을 확인하였다. 염색체는 G + C 함량이 41.4%로 75개의 위유 전자를 포함한 3,980개의 코딩 서열을, plasmid는 G + C 함량이 37.3%로 36개의 코딩 서열을 포함하고 있었다. 염색체 코딩 서열 중에는 81개의 tRNA 유전자, 24개 rRNA 유전자와 1개의 tmRNA 유전자가 있었다. 또한 포자 생성에 필요한 30개의 유전자, 포자피를 지령하는 16개의 유전자, 그리고 발아에 필요한 20개의 유전자도 발견되었다. 이외에 협막 다당체 생합성에 필요한 유전자와 편모 생합성 및 주화성에 필요한 유전자, 그리고 염 내성에 필요한 glycine-choline betaine 수송체에 관한 유전자도 존재하였다. 무엇보다도 항알러지활성을 보이는 이차대사산물 seongsanamide의 생합성을 지령하는 비리보좀성 펩타이드 합성효소 유전자를 확인할 수 있었다.