• Mycobiology
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• 제50권1호
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• pp.79-85
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• 2022

Strawberries are a popular economic crop, and one of the major plantations and exporting countries is Korea in the world. The Fusarium oxysporum species complex (FOSC) is a soil-borne pathogen with genetic diversity, resulting in wilt disease in various crops. In Korea, strawberries wilt disease was first reported in the 1980s due to the infection of FOSC, causing significant economic damage every year. The causal agent, F. oxysporum f. sp. fragariae, is a soil-borne pathogen with a characteristic of FOSC that is difficult to control chemically and mutates easily. This study obtained genetic polymorphism information that was based on AFLP, of F. oxysporum f. sp. fragariae 91 strains, which were isolated from strawberry cultivation sites in Gyeongsangnam-do and Chungcheongnam-do, and compared strains information, which was the isolated location, host variety, response to chemical fungicide, and antagonistic bacteria, and mycelium phenotype. As a result, AFLP phylogeny found that two groups were mainly present, and group B was present at a high frequency in Gyeongsangnam-do. Group B proved less sensitive to tebuconazole than group A through Student's t-test. In addition, the fractions pattern of AFLP was calculated by comparing the strain information using PCA and PERMANOVA, and the main criteria were separated localization and strawberry varieties (PERMANOVA; p< 0.05). And tebuconazole was different with weak confidence (PERMANOVA; p< 0.10). This study suggests that the F. oxysporum f. sp. fragariae should be continuously monitored and managed, including group B, which is less chemically effective.

• 생태와환경
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• 제53권2호
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• pp.148-155
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• 2020

본 연구는 wadeable stream (1차~4차 하천)을 대상으로 보의 유·무에 따른 어류군집의 차이를 분석하였다. 하천의 규모에 따른 차이를 분석하기 위해서 하천차수로 구분하여 보의 유·무가 어류군집에 영향을 미치는지를 파악하였으며, 3차와 4차 하천에서 어류군집의 차이가 확인되었다(P<0.005, PERMANOVA). 보의 유·무에 따라 총 출현 종수, 총 출현 개체수, 종 풍부도와 같은 요인들이 차이를 나타냈으며, 외래종, 고유종, 보호종 개체수의 경우 차이를 나타내지 않았다. SIMPER 분석을 통해서 어류군집 차이에 주로 기여하는 종을 분석한 결과 해당 차수의 하천에 우점적으로 나타나는 피라미(Zacco platypus), 참갈겨니(Zacco koreanus), 돌고기(Pungtungia herzi)와 같은 보편종으로 확인되었다(contribution>5%). 이들 종은 모두 보가 있는 지점에서 평균 상대풍부도가 높게 나타났으며, 보로 인해 변화된 환경이 이들 종에 대해서 주요 서식처를 제공하는 것으로 판단되었다. 본 연구는 전국 범위에서 보가 어류군집에 미치는 영향을 분석하여 경향성을 제시하였으며, 이러한 결과는 향후 보의 관리를 위한 연구에 효과적으로 활용할 수 있을 것이다.

• 한국어류학회지
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• 제34권3호
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• pp.201-207
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• 2022

전체 418개체의 참조기를 분석하였고, 전장의 범위는 12.0~27.5 cm였으며, 평균 전장은 19.6 cm였다. 참조기의 주먹이생물은 어류로 46.5%의 상대중요도지수비를 차지하였고 그 다음으로 난바다곤쟁이류가 우점하였다. 성장에 따른 먹이생물의 변화에 유의한 차이가 나타났는데, 성장하면서 어류의 섭식율은 증가하지만 새우류의 비율은 감소하였다. 계절적 변화는 여름과 가을의 고수온기와 겨울과 봄의 저수온기와 유의한 차이가 나타났다. 계절적 변화를 다변량분산분석(PERMANOVA)을 통해 분석한 결과, 계절에 따른 유의한 변화가 나타났다.

• 생태와환경
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• 제51권2호
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• pp.149-159
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• 2018

습지 유형에 따른 어류군집 특성을 파악하고 이를 통해 관리 전략을 마련하기 위해 경상남도에 위치한 29개의 습지 (하천형 20개소, 호수형 9개소)를 대상으로 조사를 실시하였다. 조사결과 하천형 습지에서는 평균(${\pm}SD$) $10.3{\pm}4.8$종이, 호수형 습지에서는 평균 $9.1{\pm}4.1$종이 출현하였으며, 출현 종수의 차이는 확인되지 않았다(Mann-Whitney U test, P>0.05). 반면 두 습지 유형의 어류군집을 구성하는 종들은 통계적으로 유의한 수준의 차이를 보였으며(PERMANOVA, Pseudo-F=2.9555, P=0.007), 각 유형의 어류군집에 가장 크게 기여하는 종은 참갈겨니(하천형, 28.51%)와 블루길 (호수형, 23.21%)로 확인되었다 (SIMPER). 지점별 어류군집을 활용한 NMDS 분석결과 총 3개의 그룹(하천형, 호수형, 기타)으로 구분되어 기존의 유형 구분과 차이를 확인할 수 있었다. 현재 습지 관리는 멸종위기종을 중심으로 한 일원화된 방법이 제시되고 있으나, 본 연구에 의하면 습지 유형별 어류군집에 있어서 차이가 있기 때문에 고유종, 외래종, 주요 기여종에 대한 정보를 활용한 관리방법이 마련되어야 한다. 또한 현재 지형을 기반으로 한 습지의 유형 분류가 이루어지고 있으나 일부 습지의 유형에 대한 분류가 모호한 경우가 확인되었으며, 이에 대해 생물상 분석을 통한 보완이 이루어질 필요가 있다. 본 연구는 두 개의 습지 유형에 대한 분석결과로 한계가 있기 때문에 향후 모든 유형의 습지를 대상으로 연구를 실시하여 각 습지의 유형을 대변할 수 있는 세부적인 관리 방법 마련이 이루어져야 할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제31권10호
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• pp.922-928
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• 2021

본 연구는 우리나라 전통 장류인 된장과 청국장의 미생물 분포와 시료간의 미생물학적 차이에 대해 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 이용하여 분석하였다. α-diversity 분석 결과 된장에서 종 추정치와 풍부도가 통계학적으로 유의한 수준으로 높은 것으로 나타났다. 세균 분포를 분석한 결과 문 수준에서 Firmicutes가 된장에서 97.02%, 청국장에서 99.67%를 차지하여 공통적으로 가장 우점하는 것으로 나타났으며, 속 수준에서는 된장과 청국장에서 Bacillus가 각각 71.70%, 59.87%를 차지하여 가장 우점하는 것으로 확인되었다. 된장과 청국장의 미생물 분포에 차이가 있는지 분석하기 위해 PERMANOVA 분석을 수행한 결과 된장과 청국장의 미생물 분포에 통계학적으로 유의한 수준으로 차이가 나는 것으로 나타났다. 각 된장과 청국장 미생물 군집을 대표하는 biomarker를 분석하기 위해 LEfSe분석을 수행한 결과 된장에서 Bacillus subtilis, Tetragenococcus halophilus, Clostridium arbusti가 상대적으로 많이 분포하였으며, 청국장에서는 Bacillus thermoamylovorans, Enterococcus faecium, Lactobacillus sakei가 상대적으로 많이 분포하는 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 콩을 주원료로 하는 우리나라 대표 전통장류인 된장과 청국장의 시료별 유사성과 차이점에 대한 미생물 분포를 정의하고 전통장류의 생화학적, 생리학적 특성과 미생물 분포의 상관관계를 규명하기 위한 기초 연구자료로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제32권10호
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• pp.803-811
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• 2022

우리나라 전통 콩 발효식품은 탄수화물을 주식으로 하는 한국인의 식생활에 중요한 단백질 급원임에도 불구하고 콩 발효식품의 미생물 다양성과 군집 구조에 대해서는 거의 알려진 바가 없다. 본 연구는 16S rDNA 유전자 서열 분석 기반의 차세대 염기서열 분석법을 이용하여 한국 전통 발효식품인 된장과 간장의 미생물 군집 구조를 밝히고자 하였다. Alpha-diversity 분석 결과 미생물 다양성 지표인 Shannon과 Simpson에서 된장과 간장의 미생물 다양성에 통계학적인 차이가 있는 것으로 나타났으나, 종 풍부도 지표인 ACE, CHAO, Jackknife에서는 차이가 없는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 분포 분석 결과 된장과 간장의 공통적인 우점균은 Firmicutes로 나타났으나, 속 수준에서의 미생물 분포를 분석한 결과 된장에서 Bacillus, Kroppenstedtia, Clostridium, Pseudomonas가 간장보다 높은 비율을 차지하고 있는 것으로 나타났으며, 간장에서는 Tetragenococcus, Chromhalobacter, Lentibacillus, Psychrobacter와 같은 호염성 또는 내염성 세균이 된장보다 높은 비율을 차지하는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 군집구조에 통계학적인 차이가 있는지 확인하기 위해 paired-PERMANOVA 분석을 수행하였으며, 그 결과 통계학적으로 매우 유의한 수준의 차이가 있는 것으로 나타났다. 된장과 간장의 미생물 군집구조 차이에 큰 영향을 미치는 biomarker를 분석하기 위해 LEfSe 분석을 수행하였으며, 그 결과 Bacillus와 Tetragenococcus가 된장과 간장의 미생물 군집 구조에 차이를 나타내는 biomarker로 분석되었다.

• 한국어류학회지
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• 제34권2호
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• pp.102-112
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• 2022

본 연구는 위내용물 분석과 안정동위원소(δ¹³C and δ¹⁵N) 분석을 통하여 우리나라 동해 북부 연안에 출현하는 명태(Gadus chalcogrammus)와 대구(G. macrocephalus)의 종내 및 종간 먹이자원 분할을 조사하였다. 두 종은 중층성 육식성 어종으로 명태는 저서성 및 중층성 갑각류를 주로 섭식하였고, 대구는 어류를 주로 섭식하였다. 위내용물 분석 결과에 대한 Non-metric multidimensional scaling (nMDS) ordination과 permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA)은 두 종의 종내 및 종간 먹이조성의 차이와 먹이자원 분할을 보여줬다. 안정동위원소 분석 결과 δ¹⁵N 값은 종간 유사하였지만, δ¹³C 값은 대구가 높은 값을 나타내어 두 종간 생태지위 차이를 보여줬다. 명태는 체장 증가에 따라 큰 체장군에서 새우류와 두족류를 더 많이 섭식하는 먹이 전환을 나타냈지만, 대구는 체장군 간 먹이조성이 유사하였다. 안정동위원소 분석에서도 체장군 간 차이를 보였는데, 두 종의 큰 체장군은 작은 체장군에 비해 더 높은 δ¹⁵N 값을 나타낸다. 결론적으로 본 연구는 명태와 대구의 위내용물 분석과 안정동위원소 분석을 통하여 종내 및 종간 먹이 차이와 생태지위 분할의 증거를 보여줬다.

• 생명과학회지
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• 제32권12호
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• pp.1005-1012
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• 2022

본 연구는 한라마 출생시와 이유기의 분변 미생물 조성과 다양성 차이에 대해 16S 앰플리콘시퀀싱 데이터 분석을 통해 수행하였다. 출생시에 Proteobacteria (35.7%)가, 이유기에는 Firmicutes (45.6%)가 문 수준에서 가장 우점하는 미생물로 확인되었다. 속 수준에서는 출생시에 Escherichia (19.7%), Clostridium (14.0%)가 우점종으로 관측되었으며, 이유기에는 Fibrobacter (6.6%)가 가장 높게 분포하고 있었다. 다양성(α-diversity) 분석 결과 이유기에 풍부도와 균등도 지표들이 통계적으로 유의한 수준에서 높게 나타났다. PCoA 분석을 수행한 결과 출생시와 이유기 미생물 군집 특성(β-diversity)은 속 수준과 종 수준에서 두개의 그룹으로 명확히 구분되었다. 미생물 분포에 대한 통계적 유의성 검증을 위해 세 가지 Jensen-Shannon, Bray-Curtis, Unifrac의 distance metric를 이용해 PERMANOVA 분석을 수행한 결과 통계적 유의성(q<0.001)을 보이며 조성 차이가 있었다. 출생시와 이유기 특성을 대표하는 미생물 마커 선발을 위해 LEfSe 분석을 수행하였다. 속 수준에서 출생시에 장내 질환을 유발할 가능성이 있는 Escherichia, Bacteroides, Clostridium, Methylobacterium 등이 우점하였으며, 이유기에는 섬유소 분해에 관여하는 Fibrobacter가 상대적으로 많이 분포하였다. 본 연구를 통해 승용마로 가치가 높은 한라마의 출생시와 이유기의 미생물 조성 및 다양성 차이에 대한 결과를 제시하였으며 성장단계별 질병예방 및 영양소 흡수에 관여하는 미생물 구명을 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.205-217
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• 2024

Brown rot disease, caused by Monilinia spp., poses a significant threat to pome and stone fruit crops globally, resulting in substantial economic losses during pre- and post-harvest stages. Monilinia fructigena, M. laxa, and M. fructicola are identified as the key agents responsible for brown rot disease. In this study, we employed the amplified fragment length polymorphism (AFLP) method to assess the genetic diversity of 86 strains of Monilinia spp. isolated from major stone fruit cultivation regions in South Korea. Specifically, strains were collected from Chungcheong, Gangwon, Gyeonggi, Gyeongsang, and Jeolla provinces (-do). A comparative analysis of strain characteristics, such as isolation locations, host plants, and responses to chemical fungicides, was conducted. AFLP phylogenetic classification using 20 primer pairs revealed the presence of three distinct groups, with strains from Jeolla province consistently forming a separate group at a high frequency. Furthermore, M. fructicola was divided into three groups by the AFLP pattern. Principal coordinate analysis and PERMANOVA were applied to compare strain information, such as origin, host, and fungicide sensitivity, revealing significant partition patterns for AFLP according to geographic origin and host plants. This study represents the utilization of AFLP methodology to investigate the genetic variability among M. fructicola isolates, highlighting the importance of continuous monitoring and management of variations in the brown rot pathogen.

• Entomological Research
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• 제48권6호
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• pp.490-498
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• 2018

Ruspolia differens (Serville) (Orthoptera: Tettigoniidae) is a highly valued edible grasshopper species in Africa. However, the effects of plant diets on lipid content and fatty acid composition of R. differens are not well understood. We tested the effects of four diets on the total lipid content and fatty acid composition of R. differens. Sixth instar nymphs of R. differens were reared on one, and mixtures of two, three, and six natural plant inflorescences. Individuals collected from the field constituted a control treatment. We extracted lipids and analyzed the fatty acid methyl esters using gas chromatography-mass spectrometry. We analyzed if the total lipid content, body weight, and fatty acid composition differed among diets and between the sexes using two-way ANOVAs and a PERMANOVA model, respectively. The total lipid content and weight of R. differens did not differ among the diets. The nine common fatty acids were palmitic (mean across treatments, 26%), oleic (22%), palmitoleic (18%), linoleic (13%), stearic (7%), myristic (6%), myristoleic (4%), ${\alpha}$-linolenic (2%) and arachidic acid (1%). The composition of fatty acids and the proportion of essential fatty acids significantly differed among the diets. The proportion of essential fatty acids was highest in the control treatment (21%) but low in less diversified (one to three feed) diets (12-13%). This study demonstrates that the fatty acid composition in R. differens can be influenced through diet. Thus, with dietary manipulations, using local plants in Africa, it is possible to produce R. differens with preferred high quality essential fatty acids for human consumption.