• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권4호
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• pp.289-297
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• 2021

본 연구에서 multiplex PCR과 real-time PCR을 이용하여 창난젓의 원료를 감별할 수 있는 새로운 판별법을 개발하였다. 명태와 가이양의 종 특이 프라이머를 디자인하고, 명태와 가이양의 genomic DNA를 template로 single PCR과 multiplex PCR을 실시하였다. PCR을 실시한 결과, single PCR에서 명태(297 bp)와 가이양(132 bp)에 해당하는 PCR 밴드를 확인하였으며 교차 반응이 일어나지 않는 것을 확인하였다. Multiplex PCR에서 명태와 가이양 사이에 교차반응 없이 증폭이 일어나는 것을 확인하였다. Real-time PCR 결과, 명태 종 판별 프라이머에서 명태의 Ct 평균값은 20.765±0.691, 가이양 시료에서 Ct 평균값은 35.719±1.828이었으며, 가이양 종 판별 프라이머에서 명태 시료의 Ct 평균값은 35.996±1.423, 가이양 시료의 Ct 평균값은 20.096±0.793으로 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성에서 유의한 차이가 나타났다. 이러한 결과를 바탕으로 시중에서 판매되는 7개 제품을 multiplex PCR 및 real-time PCR로 확인하였으며, 모든 시료에서 유효한 결과를 확인하였다. 본 연구에서 제작된 명태와 가이양에 대한 종 특이적 프라이머는 가공된 젓갈 시료의 원료의 판별 가능하며, 이러한 결과는 식품안전관리에 기여할 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제34권1호
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• pp.43-49
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• 2016

Emulsion PCR (ePCR) has recently gained interest in the areas of food safety and biotechnology owing to its highly specific and sensitive performance in the amplification of target DNA. To facilitate the applications of ePCR to food safety and biotechnology, this paper describes the principles of ePCR and the factors that should be considered in designing ePCR. In addition, current research and applications related to ePCR are discussed.

• 미생물학회지
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• 제40권2호
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• pp.167-171
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• 2004

효과적인 원위치 중합효소 연쇄반응 (In situ PCR)을 위해서는 증폭된 PCR 산물의 세포외 유출을 감소시켜야 한다. 이를 위한 한 방법으로 거대분자 PCR 산물을 합성시키기 위한 5'쪽에 서로 상보적인 꼬리서열을 가진 프라이머(꼬리 프라이머; tailed primer)가 사용되었으나 많은 PCR 횟수로 인해 시간의 낭비와 세포조직의 형태보존성이 저하되는 문제가 발생하였다. 따라서 PCR 조건을 가능한 최적화시키고, 최소의 PCR 횟수로써 세포외 유출을 막을 수 없는 방법이 필요하게 되었다. 이러한 방법의 일환으로 꼬리 프라이머를 이용하여 PCR 튜브 속에서 목표 핵산없이 프라이머 중합체(primer polymers)의 형성을 유도하였고, 이를 유리 슬라이드위에 고정시킨 Molt/LAV 세포들에 처리하여 20 회의 짧은 시간에서도 적절한 탐침을 할 수 있게 되었다. 이로 인해 프라이머 중합체의 원위치 중합효소 연쇄반응에서의 사용가능성을 타진하였다.

• 대한환경공학회지
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• 제29권8호
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• pp.904-908
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• 2007

병원성 원생동물인 지아디아 람블리아는 수인성 질병을 야기하는 주요 원인이 되고 있다. 본 연구는 PCR 및 RT-PCR 기법을 적용하여 한강본류 하천수 시료에서 사람감염성 종인 지아디아 람블리아를 동정하고, 활성 여부를 판별하여 현 표준시험방법을 보완하고자 하였다. PCR과 RT-PCR에는 지아디아의 복부 흡반 구성 유전자를 증폭하는 giardin primer를 사용하였으며, DNA/RNA 추출 및 PCR/RT-PCR 과정에서의 민감도 검사를 수행한 결과, 1포낭까지 검출가능한 것으로 나타났다. 또한 한강본류 및 유입지천 시료 48점에 적용하여 면역형광항체법과 PCR 및 RT-PCR 방법을 비교하였다. 면역형광항체법을 이용한 현미경관찰 결과 48개 시료의 지아디아 총포낭수의 평균 농도는 6.3 cysts/10 L이었고 양성율은 62.5%였으며, 속빈 포낭을 제외한 지아디아의 평균 농도는 4.5 cysts/10 L이었고 양성율은 52.1%였다. PCR 수행결과 48개 시료 중 24개(50%)의 시료에서 지아디아 람볼리아가 검출되었으며, RT-PCR 수행결과 10개(21%) 시료가 살아있는 G. lamblia를 포함한 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 PCR/RT-PCR 기법이 지아디아 포낭을 저농도로 포함하고 있는 하천수 시료에 적용가능하며 원생동물 표준시험방법을 보완하여 종(species) 및 활성에 대한 정보를 제공할 수 있을 것으로 결과되었다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2001년도 추계학술발표대회
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• pp.204-205
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• 2001

본 실험에서는 우유에 존재하는 특정미생물을 PCR 에 의해 검출하기 위한 시료 전처리 방법을 비교 하였다 . PCR 혼합물 내에 우유의 함량이 높아지면 PCR이 저해됨을 알 수 있으며 SDS lysis 처리를 한 후의 PCR 효율이 가장 좋았다.

• 한국동물위생학회지
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• 제37권4호
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• pp.253-261
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• 2014

Porcine circovirus disease (PCVD) is a major problem of swine industry worldwide, and diagnosis of PCV2, causal agent of PCVD, has been doing in clinical laboratories of pig disease by polymerase chain reaction (PCR) methods. But the PCR analyses have a serious problem of misdiagnosis by contamination of DNA, in particular, from carryover contamination with previously amplified DNA or extracted DNA from field samples. In this study, an uracil DNA glycosylase (UNG)-based direct PCR (udPCR) without DNA extraction process and DNA carryover contamination was developed and evaluated on PCV2 culture and field pig samples. The sensitivity of the udPCR combined with dPCR and uPCR was same or better than that of the commercial PCR (cPCR) kit (Median diagnostics, Korea) on PCV2-positive serum, lymph node and lung samples of the pigs. In addition, the udPCR method confirmed to have a preventing ability of mis-amplification by contamination of pre-amplified PCV2 DNA from previous udPCR. In clinical application, 170 pig samples (86 tissues and 84 serum) were analysed by cPCR kit and resulted in 37% (63/170) of positive reaction, while the udPCR was able to detect the PCV2 DNA in 45.3% (77/170) with higher sensitivity than cPCR. In conclusion, the udPCR developed in the study is a time, labor and cost saving method for the detection of PCV2 and providing a preventing effect for DNA carryover contamination that can occurred in PCR process. Therefore, the udPCR assay could be an useful alternative method for the diagnosis of PCV2 in the swine disease diagnostic laboratories.

• 대한약침학회지
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• 제12권1호
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• pp.13-20
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• 2009

Objective : This study developed species-specific PCR and PCR-RFLP to detect the adulteration of Fel ursi products with cattle and pig bile juices. Methods : All the primers for PCR and PCR-RFLP in this study were designed based on nucleotide sequences of cytochrome b genes in the mitochondria. Results : The species-specific PCR amplified a DNA fragment of 214, 214, 295, and 167 bp from Fel ursi product, bear fur, cattle bile juice, and pig bile juice, respectively. The survey using the speciesspecific PCR indicated that some of commercial Fel ursi products were adulterated with cattle and pig bile juices. PCR-RFLP using the restriction endonucleases, HaeIII and HinfI enabled differentiation among Fel ursi product, cattle bile juice, and pig bile juice. Bear furs from two animals showed variations in PCR-RFLP patterns with HaeIII. Discussion : The detection methods of the species-specific PCR and PCR-RFLP could be useful in eliminating adulterated Fel ursi products from the market.

• Genomics & Informatics
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• 제19권3호
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• pp.34.1-34.6
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• 2021

Digital PCR (dPCR) is the third-generation PCR that enables real-time absolute quantification without reference materials. Recently, global diagnosis companies have developed new dPCR equipment. In line with the development, the Lab On An Array (LOAA) dPCR analyzer (Optolane) was launched last year. The LOAA dPCR is a semiconductor chip-based separation PCR type equipment. The LOAA dPCR includes Micro Electro Mechanical System that can be injected by partitioning the target gene into 56 to 20,000 wells. The amount of target gene per wells is digitized to 0 or 1 as the number of well gradually increases to 20,000 wells because its principle follows Poisson distribution, which allows the LOAA dPCR to perform precise absolute quantification. LOAA determined region of interest first prior to dPCR operation. To exclude invalid wells for the quantification, the LOAA dPCR has applied various filtering methods using brightness, slope, baseline, and noise filters. As the coronavirus disease 2019 has now spread around the world, needs for diagnostic equipment of point of care testing (POCT) are increasing. The LOAA dPCR is expected to be suitable for POCT diagnosis due to its compact size and high accuracy. Here, we describe the quantitative principle of the LOAA dPCR and suggest that it can be applied to various fields.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권5호
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• pp.788-797
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• 2001

The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.55-63
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• 2000

PCR을 이용한 임상가검물 중에서 보편화된 객담 이외에 미량의 각종 체액과 임상에서 많이 실시하지 않는 파라핀 포매 조직에서의 결핵균 검출을 실험하여 그 활용 가능성을 규명하고자 하였다. 임상가검물인 체액 65예는 항산성 염색과 배양검사, PCR을 실시하였고, 파라핀 포매 조직 50예는 항산성 염색과 병리조직학적 진단, PCR을 실시하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 본 실험 검체 중 임상가검물인 체액에서 항산성 염색 음성인 검체 중 12.1%,배양검사에서 음성인 검체 중 3.7%에서 PCR 양성의 결과를 보였고, 파라핀 포매 조직에서는 항산성 염색 음성인 검체 중 20.0%에서 PCR양성의 결과를 얻어 PCR이 민감도와 특이도가 높음을 확인할 수 있었다.