• 한국자원식물학회지
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• 제20권3호
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• pp.242-246
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• 2007

This study was conducted to produce the transgenic plant of rice. We obtained Agrobacterium AGL1 harbaring pCambial 300 vector with HPT gene. We carried out PCR analysis of 22 ea putative transgenic rice to investigate transformed lines. The 3 ea transgenic lines were detected insertion of HPT gene. Transgenic lines selected from PCR analysis were performed by Southern blot. From Southern blot, we obtained that two transgenic lines detected single band. We are going to study the method improving of cotransformation as well as transformation efficiency in rice.

• 대한소아치과학회지
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• 제25권2호
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• pp.292-303
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• 1998

The arbitrary primer polymerase chain reaction(AP-PCR) and Southern blot restriction fragment length polymorphism(RFLP) were used to genotype the cariogenic pathogen S. mutans in children. Following the morphologic chracteristics of colony on selective medium for S. mutans, total genomic DNA from 155 strains was extracted by conventional methods. Among 155 strains, 143 strains (92.3%) were confirmed S. mutans by PCR with dexA gene and 114 strains were used in this study. Three random sequence 10-base oligonucleotide primers were chosen for AP-PCR. The amplified DNA products were separated electrophoretically in a 2% agarose gel containing ethidium bromide and the banding patterns were compared among different strains. For RFLP analysis, DNA was digested with EcoRI and BamHI, separated on a 0.7 % agarose gel and transferred to a nylon membrane. The membrane was probed with a previously characterised 1.6 kilobases (kb) DNA fragment cloned from gtf B gene of S. mutans. The probe was labeled with isotope[$^{32}P-{\alpha}CTP$], and hybridized fragments were detected with intensifying screen. AP-PCR produced 4-8 DNA bands in the 0.25-10 kb regions and distinguished 9, 10 or 12 genotypes, depending on the specific primer used. Southern blot RFLP analysis revealed 2 hybridization patterns consisting of 1 DNA fragments 450, 500 bp. These results indicate that AP-PCR is more discriminative method for genotyping of S. mutans.

• 생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.358-367
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• 1999

Thirty strains of methicillin resistant Staphylococcus aureus were obtained from the clinical isolates. In order to investigate the pursuit of the pathogens of nosocomial infection, these strains were studied for antibiotic sensitivity as well as its resistant pattern. Among the methods of hybridization which directly confirm the specific antibiotic resistant genes by means of the recently developed specific probe DNA, dot blot hybridization and southern blot hybridization were performed and these two methods were compared in their sensitivity and specificity. Strains that is sensitive to cephalothin to the subject of methicillin resistant Staphylococcus aureus were in 43%. Those that are sensitive to cefoperazone and cefuroxime were 26% and 23%, respectively. In case of MIC, MIC50 of cefoperazone was 8 $\mu\textrm{g}$/$m\ell$, and MIC90 was 128 $\mu\textrm{g}$/$m\ell$ to be the lowest. As the results of plasmid DNA electrophoresis, most of methicillin resistant Staphylococcus aureus strains had more than 4 plasmids. These plasmids digested by BamHI, methicillin resistant Staphylococcus aureus is distributed as 10 fragments with the size of 65 kb to 1.5 kb. Dot blot hybridization were performed to examine the existence of mecA gene to show the detection rate of 50%. Southern blot hybridization were done to see if DNA bands which amplify the activity of digoxigenium-labeled probe by PCR were actually PCR products of mecA gene and it showed the detection rate of 53%. It can be concluded that the southern blot hybridization seemed to be better in sensitivity and specificity when it is compared with the results of dot blot hybridization.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제30권2호
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• pp.143-149
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• 2003

This experiment was carried out to confirm the stability of bar gene introduced into petunia plant through Agrobacerium-mediated transformation. Twenty-five transgenic plants T$_{0}$ plants, back cross (BC$_1$) populations to wild type and F$_1$plants between different T$_{0}$ plants were prepared, and polymerase chain reaction(PCR), PCR-Southern blot analysis, and field test with 0.1% Basta treatment were done. The results of PCR, PCR-Southern blot hybridization, and field test indicated that NPTII and bar gene introduced into the genome of petuina plants were stably transmitted to their progenies, and conferred the plants resistance to herbicide, Basta.sta.

• Plant Breeding and Biotechnology
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• 제5권4호
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• pp.269-281
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• 2017

With the continual development of genetically modified (GM) crops, it has become necessary to develop detailed and effective molecular characterization methods to select candidate events from a large pool of transformation events. Relative to traditional molecular analysis methods such as the polymerase chain reaction (PCR) and Southern blot hybridization, next generation sequencing (NGS) technology for whole-genome sequencing of complex crop genomes had proven comparatively useful for in-depth molecular characterization. In this study, four transformation events, including one in Bacillus thuringiensis (Bt)-resistant rice, one in resveratrol-producing rice, and two in beta-carotene-enhanced soybeans, were selected for molecular characterization. To merge NGS analysis and Southern blot-hybridization results, we confirmed the transgene insertion sites, insertion construction, and insertion numbers of these four transformation events. In addition, the read-coverage depth assessed by NGS analysis for inserted genes might provide consistent results in terms of inserted T-DNA numbers in case of complex insertion structures and highly duplicated donor genomes; however, PCR-based methods can produce incorrect conclusions. Our combined method provides an effective and complete analytical approach for whole-genome visual inspection of transformation events that require biosafety assessment.

• 한국작물학회지
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• 제38권3호
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• pp.275-282
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• 1993

본 연구는 한국 옥수수의 $\alpha$-amylase의 유전자 클로닝을 주된 목표로 하여 수행되었다. 이를 위하여 여러 식물체의 $\alpha$-amylase 염기서열로 부터 잘 보존된 부분을 참고로 oligonucleotlde probe 및 PCR primer를 설계, 합성하고, 옥수수의 유묘로부터 전체 RNA를 분리하여 northern blot analysis를 통하여 확인한 다음, 이로부터 첫 번째 가닥 cDNA를 만든 후, 여기서 얻은 RNA : DNA hybrid를 주형으로 한 polymerase chain reaction을 통하여 길이 가 약 500bp되 는 PCR 산물을 얻었다. 이를 클로닝하기 위해 pUC19을 클로닝 백터로 사용하여 재조합 플라스미드인 $\ulcorner$pZM$\alpha$'$\lrcorner$를 만들었다. 합성 probe를 이용, Southern blot analysis한 결과, $\ulcorner$pZM$\alpha$'$\lrcorner$가 옥수수 mRNA로 부터 증폭된 DNA의 일부분을 갖고 있음을 확인하였으며, 그 길이는 PCR 산물과 같은 500bp가량 되는 것으로 나타났다.

• 식물조직배양학회지
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• 제28권2호
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• pp.87-90
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• 2001

배추 유래의 cytosolic glutathione reductase 유전자 (BcGR1)의 지속적 발현과 형질전환 식물체의 oxidative stress에 대한 내성과의 관계를 분석하기 위하여, BcGR1 유전자를 CaMV 35S promoter의 하류에 연결한 다음, 담배에 형질전환하였다. PCR 및 Southern blot 분석을 통하여 BcGR1 유전자가 정상적으로 삽입된 32 계통의 T$_{0}$ 식물체를 선발하였다. Northern blot 분석 결과, 도입된 유전자가 형질 전환 식물체 내에서 항상적으로 발현된다는 것을 확인하였으며, 도입 유전자의 copy number와 발현량 사이에는 정의 상관관계를 보이지 않았다.

• 대한의생명과학회지
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• 제5권1호
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• pp.101-107
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• 1999

젖소 면역결핍 바이러스 (BIV)는 젖소에게 여러 가지 면역결핍증후군을 야기하는 렌티 바이러스 (역전사효소 바이러스의 아군)로서 국내에서는 이에 대한 연구나 보고가 진행된 바 없다. 본 연구에서는 BIV가 다른 젖소의 역전사효소 바이러스인 젖소 백혈병바이러스 (BLV)와 동시 감염되고 (50%정도)있는 점을 착안해 우선 대구.경북지역의 소의 BLV감염실태를 조사해 BLV가 감염된 젖소를 대상으로 BIV 감염상태를 알아보았다. 먼저 10회에 걸쳐 젖소와 황소 248마리의 혈액을 채취 해 BLV와 BIV의 숙주세포가 되는 말초혈액 단핵구 (peripheral blood monocytes, PBMC)를 분리하고, 이를 이용해 DNA중합효소 연쇄반응 (PCR)과 Southern blot분석법을 통해 BLV와 BIV의 존재여부를 조사하였다. 그 결과 조사대상 젖소의 66.9% (81/121) 이상이 BLV에 감염되어 있음을 PCR 검사를 통해 알 수 있었으며, 이는 Southern blot법으로 재차 확인되었다. 이 결과는 종래에 보고된 대구경북지역에서의 BLV 감염율인 27~30%보다 2배 이상 높은 수치로서, (1) 우리가 사용한 방법들 (PCR & Southern blot법)이 분자생물학적 연구방법인 관계로 고도의 특이성 (specificity)을 지녔기 때문이며 (2) 지난 10년간 조사 대상지역인 대구 경북지역 내에서 젖소들에게 지속적으로 BLV감염이 증가하였기 때문으로 본다. 한편 이들 BLV positive PBMC의 chromosomal DNA를 사용해 BIV의 검출을 시도한 바, lot 3C샘플은 BLV에 100%감염되어 있음과 동시에 그 일부가 BIV에 감염되어 있음을 PCR 방법을 통하여 확인할 수 있었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제4권2호
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• pp.113-120
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• 1998

국내에서 채집한 진드기의 라임병 및 ehrlichiosis 원인체 보균 상태를 조사하기 위하여 총 516마리 (Ixodes spp. 22마리 , Haemaphysalis spp. 494마리)의 ixodid 진드기를 봄과 가을에 걸쳐 강원도 고산지대 일원에서 채집하였다. 수집한 진드기에서 DNA를 추출·정제한 후 추출한 DNA를 template로 이용하여, Borrelia burgdorferi sensu lato 및 Ehrlichia spp.에 특이하게 반응하도록 제작한 primer를 이용한 중합효소연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)을 실시하였으며, 이 결과를 oligonucleotide probe를 사용한 southern blotting을 통하여 다시 확인하였다. 총 516마리의 진드기중 B. burgdorferi sensu lato DNA 양성인 진드기는 68 (13.2%)마리 (B. burgdorferi sensu stricto, 2； B. afzelii, 1; B. garinii, 33； B. tanukii, 8； B. turdae, 4)로 나타났으며 이 중 37 (7.2%)마리의 진드기는 southern blot analysis에서도 양성으로 확인되었다. 또한 101 (19.2%)마리의 진드기가 Ehrlichia spp.에 대한 PCR에서 양성이었으나, 이들 중 25 (4.8%)마리만이 southern blot analysis에서 양성으로 확인되었다. 그러나 사람의 병인체로 추정되는 human granulocytic ehrlichiosis (HGE) agent DNA를 보균한 진드기는 확인되지 않았다. 한편 라임병균과 ehrlichiosis원인체를 동시에 보균한 것으로 밝혀진 진드기가 3마리에서 (0.6%) 확인되어, 국내에서도 진드기 교상시 이들 두 가지 열성질환이 동시에 감염될 가능성이 있는 것으로 사료됨으로 진드기 매개성 열성질환에 대한 적절한 진단법 등을 보다 체계적으로 연구하여야 할 것으로 판단된다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제25권4호
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• pp.267-274
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• 2005

고온 내성 오차드그라스를 개발하기 위하여, 재조합 DgP23 유전자에 CaMV 35S 프로모터를 붙여 발현벡터를 제작, Agrobacterium 형질전환 방법으로 오차드그라스 형질전환체를 생산하였다. Genomic DNA를 분리하여 PCR 및 Southern blot 분석을 실시한 결과, PCR 분석에서 DgP23 유전자의 DNA band가 관찰되었고, Southern blot 분석에서도 X-ray film 상에 hybridization signal이 관찰되어, 오차드그라스 genome에 DgP23 유전자의 도입이 확인되었으며, wild type 및 empty vector control에서는 DNA band 및 hybridization signal이 관찰되지 않았다. 또한 RT-PCR 및 이들 산물의 Southern blot 분석 결과, DgP23 유전자의 정상적인 발현이 확인되었다. 형질전환 오차드그라스를 온실 및 포장에서 재배하며 생육특성을 조사한 결과, 비형질전환체와 비교하여 형태적 차이는 나타내지 않았다. 실험실 조건에서 고온내성을 조사한 결과, 고온내성이 확인되지 않았기 때문에 형질전환 종자를 생산하여 포장조건에서 고온내성을 검정할 계획이며, 재배시험에서는 내성이 강한 개체를 선발할 수 있을 것으로 예상된다.