• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.295-300
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• 2004

본 연구는 도체성적을 보유하고 있는 제 31차, 32차 한우 후보종모우 집단 228두를 선발하여 DNA를 분리 정제 후 exon 2에 위치한 bovine leptin gene 염기서열 가운데 특정 염기서열을 갖는 2좌위의 primer를 합성하여 PCR 수행 후 PCR-product를 이용하여 2 종류의 제한효소 Kpn 2 I, Msp I 으로 반응시킨 후 두 가지 형태의 대립 유전자를 검정하여 경제형질과의 관련성을 분석하였다. PCR-RFLP를 통하여 얻어진 leptin gene의 유전자형 빈도는 Kpn2 I의 경우 C 유전자 빈도(0.25)보다 T 유전자 빈도(0.75)가 높게 나타났으며 Msp I으로 처리한 경우 M 유전자 빈도(0.35)보다 m 유전자 빈도(0.65)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제형질과의 관련성을 분석한 결과 제한효소 Kpn2 I으로 처리한 경우 도체율에서 CT 유전자형과 CC 유전자형 사이에 유의적 차이가 나타났으며(P < 0.05), Msp I의 경우 도체중 Mm 유전자형과 mm 유전자형 사이에 통계적 유의성이 나타났다(P < 0.05).

• 대한두경부종양학회지
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• 제12권2호
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• pp.169-176
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• 1996

결핵의 진단은 특징적 병리조직양상, 항산균 염색에 의한 균 증명과 M. tuberculosis균 배양으로 이루어지나 형태적으로는 결핵이 의심되더라도 항산균이 조직표본이나 도말에서 검출되지 않거나 M. tuberculosis가 배양되지 않아 정확한 원인적 진단이 불가능할 경우가 많다. 이에 저자들은 경부 결핵성 임파선염으로 적출되어 보내어진 경부 임파선 조직의 신선한 조직이나 통상적으로 처리되어 제작된 파라핀 블록을 이용하여 M. tuberculosis에 특수한 반복성 DNA sequence인 IS986를 표적으로 한 primers을 사용하여 nested PCR방법을 이용하여 예민도가 높은 M. tuberculosis 검출로 빠른 시간 내에 결핵을 진단하고자 본 연구를 실시하였다. 최근 유전자 기술의 진보로 M. tuberculosis의 여러 항원들의 유전자가 클론화되고 그 염기 배열이 밝혀졌으며 이에 저자들은 결핵의 확진을 위하여 파라핀 포매조직을 대상으로 nested PCR에 의한 188bp의 DNA를 증폭한후 증폭한 DNA분절의 염기 배열을 결정한 후 Bst UI와 Hha I 효소를 이용한 소화과정을 거친 후 restriction fragment length polymorphism(RFLP)을 은염색에 의해 그 패턴에 의해 M. tuberculosis를 확인하고 또한 다른 종의 Mycobacteria를 배제시킬 수 있었다. 본 방법은 1$\sim$2일에 끝나며, 방사선물질을 사용하지 않으면서도 감도 및 특이성이 우수하여 일반 병리실힘실에서도 M. tuberculosis를 포함한 각종 항산균의 신속한 검출법으로 손쉽게 사용할 수 있다고 생각되어 이에 보고하였다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제28권1호
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• pp.37-43
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• 2004

본 연구는 319두의 서로 다른 품종에서 PSE육을 생산하는 PSS 돼지 출현빈도를 조사하였다(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). PCR-RFLP법을 이용하여 돼지의 모근을 DNA sample로 사용하여, PCR로 증폭된 유전자는 Cfo I 제한 효소로 절단하여 종돈에 존재하는 ryanodine receptor (RYR 1) 돌연변이 유전자의 출현빈도를 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 모근에서 추출한 DNA를 주형으로 한 Primary PCR을 수행한 결과 ryanodine receptor 유전자 중 659bp의 증폭산물을 얻었으며, second PCR을 수행한 결과에서는 522 bp의 증폭산물을 얻었다. 이 증폭산물은 porcine ryanodine receptor 유전자의 exon 영역 중 PSS를 유발하는 point mutation(C\longrightarrowT; Arg\longrightarrowCys) 부분을 포함하고 있으므로 Cfo I 제한효소에 의해 분석될 수 있으며, agarose gel 전기영동에 의하여 세 가지의 유전자형으로 분류할 수 있다. 정상 homotype(NN)은 두 개의 DNA band(439, 83bp)로 나타나며, 열성 homotype(nn)은 552 bp의 단일 밴드로 출현한다. 그리고 세 개의 밴드(522, 439 그리고, 83 bp)는 heterotype(Nn)의 잠재성 돼지로 표현된다. Yorkshire종에서는 정상돼지가 98.00%로 나타났으며, hetero 돼지는 2.00% 그리고, PSS돼지는 출현하지 않았다. Landrace 돼지에서는 정상돼지가 87.64%로 나타났으며, hetero 돼지와 PSS패지가 각각 11.24와 1.12%로 나타났으나, Duroc종에서는 정장돼지(NN)만이 출현하였다. 대립 유전자 빈도는 Yorkshire종은 정상 N유전자가 0.990의 비율로 나타났으며, 열성 n 유전자는 0.010의 비율로 출현하였으며, Landrace종에서는 N유전자와 n유전자가 각각 0.933과 0.067의 빈도로 출현하였으며, Duroc종에서는 N 유전자의 빈도가 1.000의 빈도로 나타났으나, n유전자의 빈도는 0.000의 빈도로 나타났다. 3품종 집단 모두에서 Hardy-Weinberg 법칙과 일치하여 유전적 평형을 이루고 있었다.

• 한국식품과학회지
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• 제34권6호
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• pp.1134-1139
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• 2002

Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter는 분류학적으로 동일한 rRNA superfamily Ⅵ로 식중독 이외에도 위궤양, 위암, 유산 및 신경 장애를 유발한다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter를 오염된 식품 등에서 선택적으로 검출하기 위해 PCR, multiplex-PCR, RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 기법을 이용하였다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter의 16S rRNA를 target으로 하는 CHA primer를 사용하여 동일한 PCR product의 검출할 수 있었다. C. jejuni와 C.coli를 A. butzleri와 H. pylori로부터 선택적으로 검출하기 위해 fla A gene을 target으로 하는 pg3, p50을 사용하였으며, A. butzleri는 23S rRNA를 target으로 하는 Arco2, Butz를 이용했다. 또한 H. pyloyi는 isocitrate dehydrogenase gene을 target으로 하는 icd1, icd2를 사용하였고, C. jejuni는 ceuE gene을 target으로 하는 JEJ1, JEJ2를 이용하여 효과적으로 분리검출이 이루어졌다. 또한 제한효소 Dde I 을 사용하여 PCR-RFLP를 통해 C. jejuni, C. coli를 A. butzleri, H. pylori로부터 분리할 수가 있었다. 따라서 이러한 primer를 이용하여 C. jejuni, C. coli, A. butzleri, H. pylori가 함께 오염되었을 때 각각 균주의 선택적인 검출이 가능할 것이다.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.218-225
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• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제19권9호
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• pp.1328-1332
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• 2009

고래회충유충증은 해산어류에 기생하는 고래회충과(family Anisakidae)에 속하는 선충류 유충에 의한 질병으로 유충의 직접적인 위장관내 침입으로 인한 병변과 더불어 유충의 분비 배설물에 의한 알레르기 질환도 유발될 수 있다. 고래회충유충증은 A. simplex를 비롯하여 Contracaecum, Pseudoterranova, Hysterothylacium 등의 유충에 의해 야기될 수 있으나 이들에 대한 형태학적 감별 진단은 유충의 형태적 유사성으로 인하여 매우 어려운 경우가 많다. 이러한 형태학적 진단의 어려움을 극복하고 분자생물학적 감별진단 방법을 확립하기 위하여 A. simplex, Contracaecum type A. type C' 및 Goezia 유충을 숭어, 도다리, 고등어, 아나고, 참돔 등 5종의 어류에서 분리하였다. 각각의 유충으로부터 분리한 18S rDNA를 PCR로 증폭한 후 Taq 1, Hinf I, Hha I, Alu 1, Dde I, Hae III, Sau 96I, Sau 3AI 등 8종의 제한효소를 사용하여 PCR-RFLP를 시행하였다. PCR product의 크기는 약 2.0 Kb였으며 Hinf l, Alu 1, Hha I, Dde 1 및 Hae III로 A. simplex와 Contracaecum type C'을 구분할 수 있었다. 그러나 Contracaecum type A의 경우에는 Taq I, Hinf I, Alu I 및 Dde I의 경우에는 2가지 패턴으로 나타났으며 이들 가운데 일부는 A. simplex, Contracaecum type C', 및 Goezia와 동일한 분석 패턴을 보이기도 하였다. Goezia는 사용한 8개의 제한 효소 모두에서 A. simplex 및 Contracaecum type A 및 type C'과 각기 다른 양상을 보였다. 이러한 결과로 18S rDNA PCR-RFLP 방법은 A. simplex와 Contracaecum type C'의 감별 진단에 유용한 것으로 밝혀졌으며, Contracaecum type A의 분류에는 제한적으로 사용되어야 함은 물론 형태학적 분류 기준에 대한 재검토가 뒤따라야 할 것으로 사료되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권5호
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• pp.633-640
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• 2008

소의 모색 발현에 결정적인 역할을 수행하며 Extension 좌위에 암호화되어 있는 melanocortin- 1 receptor(MC1R) 유전자형을 변형된 염기서열이 증폭되게 제작된 이중 mismatch primer 쌍을 이용하여 PCR-RFLP 방법으로 분석하였다. 증폭된 PCR 절편들은 MC1R 유전자에서 모색 표현형과 직접적으로 연관되어 있어 중요하게 다루어지고 있는 세 가지 대립인자들(ED, E+, e)로 MspI-과 AluI-RFLP에 의해 성공적으로 구분되었다. MC1R 유전자형의 분포를 조사한 결과 제주흑우는 세 가지 대립인자가 모두 출현하였고, 황－적모색의 한우와 호피문의 칡소에서는 흑모색우성 대립인자 ED가 출현하지 않았다. 반면, 우성흑모색으로 알려진 두 소 품종 Holstein과 Angus는 ED 대립인자의 빈도가 96% 이상으로 조사되었다. 한우×Holstein F1과 한우×Angus F1은 모두 ED/e의 유전자형을 나타내었고, 표현형은 전신 흑색으로 확인되었다. 본 연구에서 고안한 이중 mismatch primer 쌍을 이용한 MC1R 유전자 증폭 절편에 대한 MspI-과 AluI-RFLP 조합은 소의 품종 특성 규명과 품종 식별에서 매우 중요한 유전자 표지인자 중 하나인 MC1R 유전자의 세 가지 대립인자를 식별하는 데 유용한 실험기법이 될 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권3호
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• pp.599-606
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• 2004

Gram-positive antagonistic bacilli were isolated from agricultural soils for possible use in biocontrol of plant pathogenic fungi, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani, and/or Pythium ultimum. Among the 65 antagonistic Gram-positive soil isolates, 22 strains were identified as Bacillus species by 16S rDNA sequence analyses. Four strains, including DF14, especially exhibited multiple antagonistic properties against the three damping-off fungi. Genotypic properties of the Bacillus isolates were characterized by rapid molecular fingerprinting methods using repetitive extragenic palindromic-PCR (REP-PCR), ribosomal intergenic spacer-length polymorphisms (RIS-LP), 16S rDNA PCR-restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP), and strain-specific PCR assays. The results indicated that the REP-PCR method was more valuable than the RIS-LP and 16S rDNA PCR-RFLP analyses as a rapid and reliable approach for bacilli typing and identification. The use of strain-specific primers designed based on 16S rDNA sequence comparisons enabled it to be possible to selectively detect a strain, DF14, which is being used as a biocontrol agent against damping-off fungi.

• 한국응용곤충학회지
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• 제48권4호
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• pp.547-551
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• 2009

팥나방(Matsumuraeses phaseoli)과 어리팥나방(M. falcana)은 유사한 종으로 작물에 상이한 피해를 주고 있다. 그러나 형태적 특징만으로 이 두 동소적 유사종을 쉽게 구분하기 어렵다. 본 연구는 이 두 종을 뚜렷하게 판별할 수 분자마커를 개발했다. 두 종의 시토크롬 옥시다아제-I의 부분(약 500 bp) 염기서열이 밝혀졌다. 이를 바탕으로 두 종을 구분하는데 이용될 수 있는 판별 제한효소인 Rsa I이 선발되었고 PCR-RFLP를 통해 입증되었다.

• 농업과학연구
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• 제32권1호
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• pp.53-61
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• 2005

한국의 소 사육 농가에서 유전병을 monitoring 하는 체계가 현재 존재하지 않기 때문에 정확히 한우에서 어떤 유전병이 존재하는지 알 수가 없는 실정이다. 최근에 일본에서는 흑모화우에 존재하는 유전병을 제거하기 위해 많은 노력을 들이고 있다. 본 연구는 일본의 흑모화우에 존재하는 유전병인 Band 3와 CHS의 존재 유무를 혈연관계가 없는 한우 22개체를 이용하여 PCR-RFLP 방법으로 확인하였다. 비록 한우에서 Band 3와 CHS 유전병을 가진 개체는 나오지 않았으나 본 연구에서 확립된 방법을 한우 보증 종모우와 후보 종모우에서 확인하여 유전병을 가진 유전자가 다음 세대로 전달되는 것을 막을 필요성이 있다.