• The Korean Journal of Ecology
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• 제27권3호
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• pp.161-164
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• 2004

본 실험에서는 Thuja 속 7종(Thuja orientalts, T. orientalis 'Avrea Nana', T. orientalis cv. compacts, T. occidentalis, T. occidentalis 'Boothii', T. occidentalis 'Pumila', T. occidentalis 'Tiny Tim')의 침엽에 함유된 monoterpenenoids를 GC-MS로 분석하여 종간을 비교하였다. 분석결과 총 30종류의 성분이 검출되었는데 그 중 α-pinene, camphene, sabinene, myrcene, limonene, bonyl aetate, γ-terpinene, α-terpinenyl acetate는 7종 식물모두에서 검출되었다. Thuja속 7종에서 추출된 monoterpenenoids는 종간에 차이가 나타났으며 Thuja orientalis 'Avrea Nana'(11 Compounds)는 가장 작은 성분이 나타났고 Thuja occidentalis 'Pumila'(26 Compounds)는 가장 많은 종류의 성분이 검출되었다. 검출된 성분을 토대로 종간의 유사성을 PAUP(Phylogenetic Analysis Using Parsimony) 프로그램으로 분계분석을 하였다. 분계도는 4가지 형태가 나타났고 Thuja occidentalis와 Thuja occidentalis 'Boothii'가 가장 유사한 유연관계를 보였다.

• 한국패류학회지
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• 제21권2호
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• pp.147-161
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• 2005

백합 상과의 계통분류학적 유연관계를 알아보기 위하여 14 종의 이치 아강 이매패류와 3 종의 익형 아강 패류를 대상으로 28S rRNA의 일부 염기서열을 분석한 뒤 GenBank에 등록된 관련 종들의 염기서열을 취득하여 PAUP 프로그램을 이용하여 최대 절약분석을 실시한 결과 다음과 같은 결과를 얻었다. 분석된 1,480 개의 형질 (gap 포함) 중 560 개의 형질이 parsimony 결과 informative하였다. 하나의 가장 절약적인 분지도를 구했을 경우 전체 분지의 길이는 2765였고 consistency index (Cl) = 0.4843, homoplasy index (Hl) = 0.5157, Retention index (Rl) = 0.6291 로 나타났다. 동일 종 표본, Corbicula fluminea와 Sinonovacula constricts의 경우 각각 3.1%, 1.2%의 차이를 보였다. Pitarinae-Cyclininae-Meretrinae가 하나의 분지를 이루고 있었고, Samaranginae-Chioninae-Dorsininae가 다른 하나의 분지를 이루고 있었다.

• 생명과학회지
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• 제14권6호
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• pp.938-950
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• 2004

한국해역에 분포하는 멸치의 유전학적 특성을 연구하기 위하여 미토콘드리아 12S 리보좀 RNA 유전자배열 (339 bp)을 분석하였다. 황해남부, 제주연안, 남해동부 등 3지역의 시료로 부터 총 35 mtDNA의 haplotype을 구하였다. 황해남부에서 채집된 멸치의 AN8T103은 PAUP 분석에서 $0.2-4.1\%$로 분리되는 독립적인 계통을 보이므로서 다른 연구해역으로부터 유입된 개체군인 것으로 보이나 금후 추가연구가 필요하다. AN8T103을 제외한 유전자 다양성은 $0.3-3.8\%$로서 개체군 내 염기다양성은 0.015(황해), 0.013(제주도), 0.015(남해)로 나타났다. 암컷유전자이동은 상당히 높았으며(Nm=25.5-36.44), 지역간 유전자거리(FST)는 유의한 차를 보이지 않았다$(P>0.01)$. 이러한 결과는 한국해역에 서식하는 멸치가 지리적으로 무작위 분산된 개체군임을 암시한다.

• 생명과학회지
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• 제12권6호
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• pp.821-834
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• 2002

알렉산드륨 적조생물의 리보소옴 알엔에이 유전자의 ITS1, 2 및 5.8S부위를 대상으로 종간 혹은 종내의 유전적 다양도를 조사하기 위하여 지리적으로 격리된 33 스트레인 유전자의 염기서열를 비교했다. 진해만에서 분리된 AT-2, AT-6, AT-10, AT-A, AT-B 5클론은 일본종 OFX151-A과 동일한 유전자임을 발견했다. ITS부위에서 가장 짧은 종은 A. margalefi로 481 bp이며 가장 긴 종은 A. affine으로 528 bp로 나타났다. ITS1과 ITS2 염기서열에 대한 상호관계는 역으로 나타낸 반면에, G＋C 함량에 대한 상호관계는 플러스로 나타났다. 유전적 변이율은 0.3% (1 bp)에서 53% (305 bp)였다. A. tamarense과 가장 적게 유전적 변이율을 보인 종은 A. fundyense(1.2-2.3% ＝ 6-12 bp)인 반면에, A. catenella와는 큰 변이율 (19.8% ＝ 102 bp)을 보였고, A. catenella와 A. fundyense은 19.7% 상이하였다. 알렉산드륨 적조생물의 bootstrap은 약하게 지지되는 데도 불구하고, A. catenella 분리종은 독립적인 그룹으로 형성하여 상호간에는 강력한 bootstrap 값은 PAUP과 NJ 분석에서 보였다. A. cohorticula와 A. frateculus 적조생물은 항상 sub-group 내에서 높은 bootstrap을 가졌다. 결론적으로 ITS부위의 염기서열 분석은 알렉산드륨 적조생물의 집단내 혹은 집단간의 계통분류을 밝히는데 유용한 것으로 보였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권4호
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• pp.277-282
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• 1997

만손열두조충과 북미열두조충 (Spirometra mansonoides)의 형태 차이점은 성숙편절의 자궁의 형대 가 전자근 차곡차곡 쌓인 꼴이고 후자는 알과벳 씨자 (C)형태이라는 점이다 이 비슷한 명태의 두 종 의 조충이 유전학적으로는 얼마나 차이가 있는지를 알기 위하여 중합효소연쇄반응-마디길이여러꼴 분석법(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis)을 이용하여 유전 형질을 비교하였다. 충체로부터 285리넓솜 리보핵산 (285 rDNA), 사립체 cytochlmsc 산화 효소 아단위 I (mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1, mCOI) 및 리보솜 내부 전사된 영역 1 (ribosomal internal transcribed spacer 1, ITSI)에 대한 중합효소반응 산물을 구하였다. 이 산를은 Msp I. Hue III, Alu I, Cfo I, Rsc I의 4 염기 제한 효소로 잘라서, 전기영동하여 길과를 PAUP 3.1.1을 이용하여 분석 하였다. 285 리보솜 리보핵산과 리보솜 내부 전사된 영역 1 유진자에서는 두 충체 가 동일 한 분류가지에 묶였고 홀로서기수 (bootstrap number)는 94, 100이었다. 사립체 cytochrome c 산 화효소 아단위 1에서는 다른 분류가지에 묶였고 홀로서기수가 74이었다. 위 결과로 투 조충이 같은 조상에서 유래함과 진화 단계에서 매우 가까운 위치에 있음을 알 수 있었다.

• The Korean Journal of Ecology
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• 제24권6호
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• pp.359-364
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• 2001

Regional variations of Dictyostelid cellular slime molds were examined using molecular data. The intertranscribed spacer regions including the 5.8S ribosomal DNA of 2 species(D. purpureum, P. violaceum) of Cellular Slime Molds were sequenced and analyzed. Among 13 strains of D. purpureum and 12 strains of P. violaceum analyzed, each two strains were obtained from ATCC and the others were isolated from the forest soils in Korea. The sequences of the 5.8S ribosomal DNA were conserved among the strains of the same species, but unexpectedly highly variable among species. A high level of genetic diversity was found which was best resolved at the genus/species level as well as the family level by sequence data from the ITS 1 and ITS 2 regions. According to the sequence alignments by CLUSTAL X and the phylogeographic analyses by PAUP, 12 strains of P. violaceum were divided into three groups among which there were no difference of the morphological characteristics. Among 13 strains of D. purpureum, genetic variations were related to two morphological types, the temperate and subtropical type. There was no variation pattern according to geography in Korea, but there were some variations between Korea and other countries.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제45권3호
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• pp.181-190
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• 2007

The phylogenie relationships existing among 14 parasitic Platyhelminthes in the Republic of Korea were investigated via the use of the partial 28S ribosomal DNA (rDNA) D1 region and the partial mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (mCOI) DNA sequences. The nucleotide sequences were analyzed by length, G + C %, nucleotide differences and gaps in order to determine the analyzed phylogenie relationships. The phylogenie patterns of the 28S rDNA D1 and mCOI regions were closely related within the same class and order as analyzed by the PAUP 4.0 program, with the exception of a few species. These findings indicate that the 28S rDNA gene sequence is more highly conserved than are the mCOI gene sequences. The 28S rDNA gene may prove useful in studies of the systematics and population genetic structures of parasitic Platyhelminthes.

• Animal cells and systems
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• 제3권1호
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• pp.79-87
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• 1999

Mitochondrial DNA (mtDNA) from 54 specimens of the blue mussel (Mytilus edulis) species complex sampled from the southern coast of Korea was assayed for polymorphism with a portion of the COIII gene (336 bp). Fifteen haplotypes were found. PAUP, one-step networks, and PHYLIP analyses revealed the presence of two clearly differentiated mitochondrial clades (termed clades B and E), separated by 3.6% of minimum sequence divergence. The distribution pattern of the species appears to be consistent with category II of the phylogeographic pattern sensu (Avise et al., 1987): the presence of two discontinuous and distinct mtDNA genotypes in the same geographic region. This unusual mitochondrial polymorphism was explained by the presence of the Mediterranean species, M. galloprovincialis, possessing mtDNA of both M. galloprovincialis and M. edulis.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제30권3호
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• pp.221-226
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• 2003

Genetic variation of Perilla germplasms was investigated using RAPD markers. Forty-two Perilla frutescens lines and cultivars collected form locals were subjected to RAPD analysis using 220 primers. Among them only 13 primers showed polymorphic bands and these 13 primers provided a total of 144 bands, consist of 115 polymorphic and 29 monomorphic ones. The polymorphic bands were subjected to phylogenetic analysis using UPGMA and maximum parsimony (MP) methods. In the UPGMA method, similarity coefficiency of 42 Perilla frutescens lines and cultivars ranged from 0 to 0.7842. The dendrogram of 42 lines and cultivars obtained through UPGMA method resulted in two major groups, and the similar clustering pattern was found by MP method, suggesting Perilla germplasms utilized in this study truly can be divided into two major groups. Although the two major groups were consistent roughly with their phenotypes (under of node, weight of 1,000 grains, and oil content), in detail, much inconsistency also was present.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제7권2호
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• pp.181-189
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• 2003

We describe here the complete nucleotide sequence and the exon-intron structure of the luciferase gene of the firefly, Pyrocoelia rufa. The luciferase gene of the P. rufa firefly consisted of six introns and seven exons coding for 548 amino acid residues. From the translational start site to the end of last exon, however, the genomic DNA length of the P. rufa luciferase gene from the Korean and Chinese samples spans 1,968 bp and 1983 bp, respectively, and 3 amino acid residues were different to each other. Additionally, we also analyzed mitochondrial cytochrome oxidase I(COI) gene of the Chinese P. rufa fireflies. Analysis of DNA sequences from the mitochondrial COI protein-coding gene revealed 4 mitochondrial DNA sequence-based haplotypes with a maximum divergence of 0.7％. With the 20 P. rufa haplotypes found in Korea, phylogenetic analyses using PAUP and PHYLIP subdivided the P. rufa into three clades, termed clades A and B for the Korean sample, and clade C for the Chinese sample.