• The Korean Journal of Ecology
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• 제17권4호
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• pp.523-531
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• 1994

Optimal conditions for the seed germination and growth of Hedyotis diffusa were studied. As photoperiod was increased from 12 hr to 24hr, the germination rate of Hedyotis diffusa was gradually increased. The photoperiod and temperature inflenced on the fermination synergistically. After the growth of 20 weeks under the natural condition (June~Oct.), the length of H. diffusa was $38.9{\pm}4.2cm$ (15.5~52.5cm), and total dry weight per $3.3m^2$ was $316.7{\pm}10.3g$. It is considered that H. diffusa could be cultivated in a part of inland. The anticancer effect of H. diffusa extract was examined. F-344 rats aged 6 weeks were divided into 3 groups and were given an I.P. of diethylnitrosamine at 200mg/kg body weight as a promoter, initially. And in two weeks after the beginnign of the experiment, group 1 was supplied iwth feed containing 0.02% 2-AAG as a promoter for 6 weeks. Group 2 was supplied with feed containing extracts of H.diffusa (0.02%) for two weeks. Group3 was supplied with only basal diet. All rats were sacrificed for partial hepatectomu, and the antipromoting effect was examined by the number 문 area per $cm^2$ of foci in river. In group 1, the number of hyperplastic nodule was $18.5{\pm}7.7$, but in group2, it was drastically reduced to $10.3{\pm}1.8$ rather thn those of group1. The total area of nodules $(mm^2)$ /whole liver $(cm^2)$ of group 1 and group2 were $19.2{\pm}7.7$ and $5.0{\pm}3.2$, respectively. These results indicate that extract of H.diffusa act as an anticancer agent at statistically significant level (p<0.001).

• BMB Reports
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• 제38권6호
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• pp.739-747
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• 2005

Full-length cDNA sequences of four novel SPATA4 genes in chimpanzee, cow, chicken and ascidian were identified by bioinformatic analysis using mouse or human SPATA4 cDNA fragment as electronic probe. All these genes have 6 exons and have similar protein molecular weight and do not localize in sex chromosome. The mouse SPATA4 sequence is identified as significantly changed in cryptorchidism, which shares no significant homology with any known protein in swissprot databases except for the homologous genes in various vertebrates. Our searching results showed that all SPATA4 proteins have a putative conserved domain DUF1042. The percentages of putative SPATA4 protein sequence identity ranging from 30% to 99%. The high similarity was also found in 1 kb promoter regions of human, mouse and rat SPATA4 gene. The similarities of the sequences upstream of SPATA4 promoter also have a high proportion. The results of searching SymAtlas (http://symatlas.gnf.org/SymAtlas/) showed that human SPATA4 has a high expression in testis, especially in testis interstitial, leydig cell, seminiferous tubule and germ cell. Mouse SPATA4 was observed exclusively in adult mouse testis and almost no signal was detected in other tissues. The pI values of the protein are negative, ranging from 9.44 to 10.15. The subcellular location of the protein is usually in the nucleus. And the signal peptide possibilities for SPATA4 are always zero. Using the SNPs data in NCBI, we found 33 SNPs in human SPATA4 gene genomic DNA region, with the distribution of 29 SNPs in the introns. CpG island searching gives the data about CpG island, which shows that the regions of the CpG island have a high similarity with each other, though the length of the CpG island is different from each other.This research is a fundamental work in the fields of the bioinformational analysis, and also put forward a new way for the bioinformatic analysis of other genes.

• 한국가축번식학회지
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• 제27권4호
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• pp.299-307
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• 2003

The effects of additions/deletions in glycosylated residues of recombinant human EPO (rhEPO) produced in CHO-K1 on their secretion were examined. hEPO cDNA was amplified from human liver mRNA and cloned into the pCR2.1 TOPO. Using overlapping-extension site-directed mutagenesis method, glycosylation sites at 24th, 38th, 83rd, and 126th were respectively or accumulatively removed by substituting its asparagine (or serine) with glutamine. To add novel glycosylation sites, 69 and 105th leucine was mutated to asparagine. Mutant and wild type rhEPO constructs were cloned into the pcDNA3 expression vector with CMV promoter and transfected into CHO cell line, CHO-K1, to produce mutant rhEPO mutant rhEPO proteins. Enzyme-linked immunosorbant assay (ELISA) and Western analysis with monoclonal anti-EPO antibody were performed using supernatants of the cultures showing transient and stable expressions respectively. Addition of novel glycosylation reduced rhEPO secretion dramatically while deletion mutants had little effect except some double deletion mutants ($\Delta$24/83 and $\Delta$38/83) and triple mutant ($\Delta$24/38/83). This fact suggests that not single but combination of changes in glycosyl groups affect secretion of rhEPO in cell culture, possibly via changes in their conformations.

• Mycobiology
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• 제38권4호
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• pp.331-335
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• 2010

In this study, we developed an efficient electroporation-mediated transformation system featuring Flammulina velutipes. The flammutoxin (ftx) gene of F. velutipes was isolated by reverse transcription-PCR. pFTXHg plasmid was constructed using the partial ftx gene (410 bp) along with the hygromycin B phosphotransferase gene (hygB) downstream of the glyceraldehydes-3-phosphate dehydrogenase (gpd) promoter. The plasmid was transformed into protoplasts of monokaryotic strain 4019-20 of F. velutipes by electroporation. High transformation efficiency was obtained with an electric-pulse of 1.25 kV/cm by using 177 transformants/${\mu}g$ of DNA in $1{\times}10^7$ protoplasts. PCR and Southern blot hybridization indicated that a single copy of the plasmid DNA was inserted at different locations in the F. velutipes genome by non-homologous recombination. Therefore, this transformation system could be used as a useful tool for gene function analysis of F. velutipes.

• Neonatal Medicine
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• 제18권1호
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• pp.42-48
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• 2011

목적: 기관지폐이형성증(bronchopulmonary dysplasia,BPD)의 발생에는 폐의 염증반응이 중요하게 작용한다. Tumor necrosis factor-$\alpha$ (TNF-$\alpha$)는 대표적인 proinflammatory cytokine으로, TNF-$\alpha$ 고생산 부위의 단일염기다형성과 BPD발생 사이의 연관성을 알아보고자 하였다. 방법: 2006년 1월부터 12월까지 서울대학교병원에서 출생하여 신생아중환자실에 입원한 재태주령 32주 미만이면서 출생체중 1,500 g 미만의 미숙아 93예를 대상으로, 실시간 중합효소연쇄반응을 이용하여, TNF-$\alpha$ 유전자 촉진자 5개 부위(-1031T/C,-863C/A, -857C/T, -308G/A, -238G/A)의 단일염기다형성을 분석하였다. 결과: BPD 군은 전체연구대상93예 중에서 38예로40.9%에 해당하였다. BPD 군에서 대조군보다 재태연령($27^{+5}{\pm}2^{+0}$ wk vs. $29^{+2}{\pm}1^{+4}$ wk, P<0.0001)과 출생체중(990${\pm}$270 g vs. 1,220${\pm}$230 g, P<0.0001)이 낮고, 신생아 호흡곤란증후군(71.1% vs. 49.1%, P=0.035) 과 동맥관개존(71.1% vs. 50.9%, P=0.052) 의 발생빈도가 높아서 두 군간의 임상적 특성에는 차이가 있었다. 그러나 TNF-$\alpha$ 유전자 단일염기다형성 분석에서는, 각각의 TNF-$\alpha$ 대립유전자의 빈도와 일배체형의 분포 모두가 BPD 군과 대조군 사이에 차이를 보이지 않았다. 결론: 한국인 조산아에서는, TNF-$\alpha$ 유전자 다형성보다는 임상적인 위험인자가 BPD 발생에 중요하게 작용하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권1호
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• pp.40-45
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• 2010

Agarose의 $\beta$-1,4결함을 분해하는 Zobellia galactanivorans 유래의 $\beta$-agarase 유전자(agaB)는 클로닝 되었고, AOX1(alcohol oxidase 1, methanol inducible) promoter 하류에 Saccharomyces cerevisiae mating factor alpha-1 secretion signal($MF{\alpha}1$)를 연결하여 $MF{\alpha}1$-AgaB를 구축하였다. 구축된 plasmid pPIC-AgaB(9 kb)를 Pichia pastoris genome에 HIS4 gene 위치에 integration하였고, colony PCR을 통해 확인하였다. Methanol 첨가 배지에서 자란 형질전환체는 iodine solution의 첨가에 의해 red halos를 보였으며, P.pastoris에서 agaB의 효율적 분비 발현을 확인하였다. SDS-PAGE와 zymographic analysis에서 $\beta$-agarase의 분자량은 약 53 kDa으로 추정되었으며, 15% 정도의 N-linked glycosylation이 일어났음을 알 수 있었다. P.pastoris GS115/pPIC-AgaB의 48시간 baffled flask culture에서 세포외 $\beta$-agarase의 활성은 각각 0.1, 0.5, 1% methanol의 유도에 의해 1.34, 1.42 그리고 1.53 units/mL의 활성을 보였다. 대부분의 $\beta$-agarase의 활성은 세포 외에서 관찰되었고, 분비효율은 98%였으며 분비시의 glycosylation에 의해 열안정성도 증가되었다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제38권2호
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• pp.145-149
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• 1999

야생주 핵다각체병 바이러스의 낮은 병원성에 대해 살충제로서의 파밤나방 핵다각체병 바이러스(Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus: SeNPV)의 병원성 향상을 꾀함과 동시에 재조합 바이러스가 다각체 내에 매립됨으로써 살충제로의 적용시 야외에서의 안정성을 확보할 수 있는 p10 유전자의 프로모터를 이용한 새로운 발현벡터를 개발하기 위하여 국내분리주 SeNPV의 p10 유전자 구조를 분석하였다. 그 결과, SeNPV p10 유전자의 프로모터와 구조유전자 부위를 포함한 545염기서열을 결정하여 기존에 보고된 SeNPV p10 유전자(Zuidema et al., 1993)와 비교한 결과 구조유전자 부위에서는 100%의 상동성을 보였으나 5` 및 3` flanking region의 4개의 염기서열에서 차이를 보였다. Southern hybridization에 의하여 SeNPV전체 genomic DNA상에서 p10 유전자는 Sph I 2.4Kb와 Cla I 4.0Kb 단편내에 각각 존재함을 확인하였으며, p10 유전자를 포함하는 이들 단편을 각각 클로닝하여 제한효소 지도를 작성한다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.301-308
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• 2013

Programmed Death-1 (PD-1)은 중요한 면역조절분자들 중 하나로 다양한 면역활성인자에 자극된 T 세포, B 세포, NKT 세포 및 대식세포에서 발현된다. Lipopolysaccaride (LPS)는 그람음성세균의 세포벽구성물질로 PD-1 발현을 유도하는 중요 면역원들 중 하나로 알려져 있다. 그러나 선천면역세포에서 PD-1 발현기전에 관한 연구는 미비한 실정이다. 본 연구에서는 LPS에 의해 자극된 Raw264.7 세포주를 대상으로 PD-1 발현 및 발현조전기전을 RT-PCR, Western Blot, 유세포분석기, ChIP assay 및 co-immunoprecipitation 방법으로 조사하였다. Raw264.7 세포주가 LPS로 자극되었을 때 PI3K 및 p38 신호전달경로를 경유하여 PD-1 발현이 크게 증가되었다. 또한 LPS 주사된 생쥐의 비장유래 대식세포에서도 PD-1 발현이 증가됨을 확인 하였다. PD-1 유전자의 프로모터 분석을 통해서 NF-${\kappa}B$ 및 IRF-1 결합부위가 PD-1 발현에 중요함을 알 수 있었다. 또한 PD-1 발현을 극대화하기 위하여 전사조절인자 NF-${\kappa}B$ 및 IRF-1의 공동활성이 필수적임을 확인하였다. 본 연구결과는 LPS 유도 생쥐패혈증모델에서 선천면역세포에 발현된 PD-1분자의 제어를 통한 질병 연구에 유용한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제16권4호
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• pp.691-698
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• 2006

본 연구에서 최근 세포내 신호전달을 매개하는 중요한 효소로써 PLD 동위효소에 대하여, $CoCl_2$가 PLD 동위효소의 활성을 증가시킨다는 사실을 밝혔으며, 중간에 매개되는 단백질로써, PLD1은 p38 MAP kinase, PKA와 $PKC-{\delta}$의 조절을 받고 PLD2는 p38 MAP kinase와 PLC의 조절을 받으므로 그 활성 기전이 각각 다르다는 사실을 확인하였다. 그리고 $CoCl_2$에 의해 생성되는 활성산소 종에 의한 염증상태가 유도될 것이라고 예상하였고 $CoCl_2$가 PLD 동위효소를 매개로 하여 염증상태에서만 특이적으로 발현되고 염증반응을 매개하는 COX-2 단백질에 어떠한 영향을 미칠 것인가를 조사하였다. 결과적으로 $CoCl_2$에 의해 PLD 효소 활성이 증가됨으로써 COX-2의 발현이 증가한다는 것을 발견하였을 뿐만 아니라 COX-2의 발현에 대하여 COX-2 promoter의 활성도 증가한다는 사실을 확인함으로써 전사수준에서의 결과도 이를 뒷받침 해 주고 있었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제6권4호
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• pp.227-236
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• 2006

목적: 유전자 메틸화는 유전자의 서열에 영향을 주지 않으면서 유전자의 발현을 억제하고 세포분열 후 그대로 보존되는 후성적 변화이다. 위암조직과 정상위조직에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin 유전자와 MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 메틸화 상태를 검사하여 위암의 발생 과정에서의 작용과 CIMP 및 Helicobacter pylori균 감염을 포함한 임상병리학적인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 위암과 정상위 신선 동결 조직 각각 36예를 대상으로 MSP (methylation-specific PCR)방법을 이용하여 메틸화 상태를 분석하였고 CIMP의 분석은 MINT1, MINT2, MINT12, MINT25, MINT31의 5개 marker를 대상으로 시행하였다. Helicobacter pylori균 감염여부는 Warthin-Starry silver 염색을 통하여 분류하였다. 결과: 위암 관련 유전자인 p14, p16, MGMT, COX-2, E-cadherin, hMLH1의 메틸화는 각각 14예(38.9%), 13예(36.1%), 8예(22.2%), 10예(27.8%), 21예(58.3%), 6예(16.7%)였다. MINT1과 MINT25의 메틸화는 위암조직에서 정상위조직에서보다 통계학적으로 유의하게 높게 관찰되었다. CIMP 양성률은 위암조직에서 44.4%로 높게 나타났으며 CIMP-H 위암은 환자의 연령과 종양크기와 연관이 있었다. CIMP 양성 위암은 p16 유전자의 메틸화와 연관이 있었고 p16 유전자의 메틸화는 조직학적으로 저분화, 미만형, 궤양형성하는 위암에서 낮게 나타났다. MINT1의 메틸화는 Helicobacter pylori균과 연관성이 있었다. 결론: 위암에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin, MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 불활성화에 DNA 메틸화가 작용함을 알 수 있었고, Helicobacter pylori균에 의한 위암발생에 MINT1의 메틸화가 연관이 있음을 알 수 있었다.