• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권10호
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• pp.1496-1511
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• 2015

The study aimed to compare the necrotic enteritis (NE)-induced transcriptome differences between the spleens of Marek's disease resistant chicken line 6.3 and susceptible line 7.2 co-infected with Eimeria maxima/Clostridium perfringens using RNA-Seq. Total RNA from the spleens of two chicken lines were used to make libraries, generating 42,736,296 and 42,617,720 usable reads, which were assembled into groups of 29,897 and 29,833 mRNA genes, respectively. The transcriptome changes were investigated using the differentially expressed genes (DEGs) package, which indicated 3,255, 2,468 and 2,234 DEGs of line 6.3, line 7.2, and comparison between two lines, respectively (fold change ${\geq}2$, p<0.01). The transcription levels of 14 genes identified were further examined using qRT-PCR. The results of qRT-PCR were consistent with the RNA-seq data. All of the DEGs were analysed using gene ontology terms, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database and the DEGs in each term were found to be more highly expressed in line 6.3 than in line 7.2. RNA-seq analysis indicated 139 immune related genes, 44 CD molecular genes and 150 cytokines genes which were differentially expressed among chicken lines 6.3 and 7.2 (fold change ${\geq}2$, p<0.01). Novel mRNA analysis indicated 15,518 novel genes, for which the expression was shown to be higher in line 6.3 than in line 7.2 including some immune-related targets. These findings will help to understand host-pathogen interaction in the spleen and elucidate the mechanism of host genetic control of NE, and provide basis for future studies that can lead to the development of marker-based selection of highly disease-resistant chickens.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제19권2호
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• pp.141-149
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• 2015

"G protein-coupled receptor 40" (GPR40), a receptor for long-chain fatty acids, mediates the stimulation of glucose-induced insulin secretion. We examined the profiles of differential gene expression in GPR40-activated cells treated with linoleic acid, and finally predicted the integral pathways of the cellular mechanism of GPR40-mediated insulinotropic effects. After constructing a GPR40-overexpressing stable cell line (RIN-40) from the rat pancreatic ${\beta}$-cell line RIN-5f, we determined the gene expression profiles of RIN-5f and RIN-40. In total, 1004 genes, the expression of which was altered at least twofold, were selected in RIN-5f versus RIN-40. Moreover, the differential genetic profiles were investigated in RIN-40 cells treated with $30{\mu}M$ linoleic acid, which resulted in selection of 93 genes in RIN-40 versus RIN-40 treated with linoleic acid. Based on the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway (KEGG, http://www.genome.jp/kegg/), sets of genes induced differentially by treatment with linoleic acid in RIN-40 cells were found to be related to mitogen-activated protein (MAP) kinase- and neuroactive ligand-receptor interaction pathways. A gene ontology (GO) study revealed that more than 30% of the genes were associated with signal transduction and cell proliferation. Thus, this study elucidated a gene expression pattern relevant to the signal pathways that are regulated by GPR40 activation during the acute period. Together, these findings increase our mechanistic understanding of endogenous molecules associated with GPR40 function, and provide information useful for identification of a target for the management of type 2 diabetes mellitus.

• 정보과학회 논문지
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• 제44권4호
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• pp.383-391
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• 2017

빅데이터 시대가 도래 하면서 시맨틱 데이터의 양이 빠른 속도로 증가하고 있다. 이러한 대용량 시맨틱 데이터에서 의미 있는 암묵적 정보를 추론하기 위해서 지식 사용자의 경험적 지식을 기반으로 작성된 SWRL(Semantic Web Rule Language) 규칙들을 활용하는 많은 연구가 진행되고 있다. 그러나 기존의 단일 노드의 추론 시스템들은 대용량 데이터 처리에 한계가 있고, 다중 노드 기반의 분산 추론 시스템들은 네트워크 셔플링으로 인해 성능이 저하되는 문제점들이 존재한다. 따라서 본 논문에서는 기존 시스템들의 한계를 극복하고 보다 효율적인 분산 추론 방법을 제안한다. 또한 네트워크 셔플링을 최소화 할 수 있는 데이터 파티셔닝 전략을 소개하고, 점증적 추론에서 사용되는 추가된 새로운 데이터의 선별과 추론 규칙의 순서결정으로 추론 과정을 최적화 할 수 있는 방법에 대해 설명한다. 제안하는 방법의 성능을 측적하기 위해 약 2억 트리플로 구성된 WiseKB 온톨로지와 84개의 사용자 정의 규칙을 이용한 실험에서 32.7분이 소요되었다. 또한 LUBM 벤치 마크 데이터를 이용한 실험에서 맵-리듀스 방식에 비해 최대 2배 높은 성능을 보였다.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제34권5호
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• pp.465-475
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• 2007

인터넷 이용의 확산과 함께 많은 사용자들이 자신의 일상을 글이나 사진, 만화와 같은 형태로 표현하여 과거의 기억을 반추하거나, 다른 사람과 공유하는 데 사용한다. 본 논문에서는 사용자의 일상 행동과 감정이 표현된 특이성 목록을 활용하여 다양한 만화를 생성함으로써 사용자의 기억이 쉽게 회상되고 공유될 수 있도록 하였다. 우선 각 특이성 별로 정의된 우선순위와 연관성을 바탕으로 중요 특이성을 선택하여 만화 시나리오를 구성하고, 생성된 시나리오를 스토리 온톨로지를 통해 보정한다. 다음 보정된 시나리오의 각 특이성과 만화 이미지 사이의 유사도를 계산하여, 각 특이성에 어울리는 만화 컷이 조합된다. 마지막으로 다양한 만화 생성을 위해 날씨, 야경, 과장, 애니메이션과 같은 효과들을 적용하였다. 생성된 만화의 다양성을 측정하기 위해 사용 시나리오와 사용성 평가를 통해 제안하는 방법을 평가하였다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제62권2호
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• pp.141-158
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• 2020

Skin is a major thermoregulatory organ in the body controlling homeothermy, a critical function for climate adaptation. We compared genes expressed between tropical- and temperate-adapted cattle to better understand genes involved in climate adaptation and hence thermoregulation. We profiled the skin of representative tropical and temperate cattle using RNA-seq. A total of 214,754,759 reads were generated and assembled into 72,993,478 reads and were mapped to unique regions in the bovine genome. Gene coverage of unique regions of the reference genome showed that of 24,616 genes, only 13,130 genes (53.34%) displayed more than one count per million reads for at least two libraries and were considered suitable for downstream analyses. Our results revealed that of 255 genes expressed differentially, 98 genes were upregulated in tropically-adapted White Fulani (WF; Bos indicus) and 157 genes were down regulated in WF compared to Angus, AG (Bos taurus). Fifteen pathways were identified from the differential gene sets through gene ontology and pathway analyses. These include the significantly enriched melanin metabolic process, proteinaceous extracellular matrix, inflammatory response, defense response, calcium ion binding and response to wounding. Quantitative PCR was used to validate six representative genes which are associated with skin thermoregulation and epithelia dysfunction (mean correlation 0.92; p < 0.001). Our results contribute to identifying genes and understanding molecular mechanisms of skin thermoregulation that may influence strategic genomic selection in cattle to withstand climate adaptation, microbial invasion and mechanical damage.

• Animal Bioscience
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• 제34권5호
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• pp.922-930
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• 2021

Objective: Tibetan pigs, predominantly originating from the Tibetan Plateau, have been subjected to long-term natural selection in an extreme environment. To characterize the metabolic adaptations to hypoxic conditions, transcriptomic and proteomic expression patterns in the livers of Tibetan and Yorkshire pigs were compared. Methods: RNA and protein were extracted from liver tissue of Tibetan and Yorkshire pigs (n = 3, each). Differentially expressed genes and proteins were subjected to gene ontology and Kyoto encyclopedia of genes and genomes functional enrichment analyses. Results: In the RNA-Seq and isobaric tags for relative and absolute quantitation analyses, a total of 18,791 genes and 3,390 proteins were detected and compared. Of these, 273 and 257 differentially expressed genes and proteins were identified. Evidence from functional enrichment analysis showed that many genes were involved in metabolic processes. The combined transcriptomic and proteomic analyses revealed that small molecular biosynthesis, metabolic processes, and organic hydroxyl compound metabolic processes were the major processes operating differently in the two breeds. The important genes include retinol dehydrogenase 16, adenine phosphoribosyltransferase, prenylcysteine oxidase 1, sorbin and SH3 domain containing 2, ENSSSCG00000036224, perilipin 2, ladinin 1, kynurenine aminotransferase 1, and dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1. Conclusion: The findings of this study provide novel insight into the high-altitude metabolic adaptation of Tibetan pigs.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권8호
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• pp.1084-1094
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• 2019

Objective: The aim of this study was to select the candidate genes affecting meat quality and preliminarily explore the related molecular mechanisms in the Mashen pig. Methods: The present study explored genetic factors affecting meat quality in the Mashen pig using RNA sequencing (RNA-Seq). We sequenced the transcriptomes of 180-day-old Mashen and Large White pigs using longissimus dorsi to select differentially expressed genes (DEGs). Results: The results indicated that a total of 425 genes were differentially expressed between Mashen and Large White pigs. A gene ontology enrichment analysis revealed that DEGs were mainly enriched for biological processes associated with metabolism and muscle development, while a Kyoto encyclopedia of genes and genomes analysis showed that DEGs mainly participated in signaling pathways associated with amino acid metabolism, fatty acid metabolism, and skeletal muscle differentiation. A MCODE analysis of the protein-protein interaction network indicated that the four identified subsets of genes were mainly associated with translational initiation, skeletal muscle differentiation, amino acid metabolism, and oxidative phosphorylation pathways. Conclusion: Based on the analysis results, we selected glutamic-oxaloacetic transaminase 1, malate dehydrogenase 1, pyruvate dehydrogenase 1, pyruvate dehydrogenase kinase 4, and activator protein-1 as candidate genes affecting meat quality in pigs. A discussion of the related molecular mechanisms is provided to offer a theoretical basis for future studies on the improvement of meat quality in pigs.

• 생명과학회지
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• 제23권11호
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• pp.1325-1335
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• 2013

특수 목적견(구조견, 군견, 안내견 및 탐지견)은 집중력, 소유욕, 대담성 등을 기반으로 한 훈련시험을 통해 선별된다. 최근 특수견으로서의 특수한 능력 및 품성에 대해 유전적인 정보가 중요한 인자로 다뤄지고 있다. 본 연구에서는 특수견으로서의 개의 특수한 능력 및 품성과 관련된 유전자들의 분자적인 특징을 고찰하고자 하였다. 이전 연구에서 보고된 24개의 유전자(AR, BDNF, DAT, DBH, DGCR2, DRD4, MAOA, MAOB, SLC6A4, TH, TPH2, IFT88, KCNA3, TBR2, TRKB, ACE, GNB1, MSTN, PLCL1, SLC25A22, WFIKKN2, APOE, GRIN2B, PIK3CG)를 선택하여 품성, 후각, 운동 및 학습능력 관련 유전자, 네 가지 카테고리로 분류하였다. 본 연구에서는 생물학적인 기법을 이용하여 이 유전자들의 염색체상의 위치, 유전자들 간의 네트워크를 통한 상호관계를 조사하였으며, 어떤 생물학적 기능과 관련이 있는지 Gene Ontology 분석과 데이터베이스를 기반으로 in silico 발현 양상을 살펴보았다. 또한 이전 연구를 통하여 품성 관련 유전자들의 다양한 유전적 다형성에 대한 보고를 조사하였다. 본 연구는 특수 견으로서 주요하게 고려되는 개의 고유한 능력 및 품성 관련된 유전자에 대해 분자적 특징을 제시하고 있다. 이 후보 유전자들은 개의 특수한 표현형과의 관계를 밝힐 수 있는 연구의 기초자료로서 이용될 수 있을 뿐만 아니라 핵심적인 유전인자로 응용되어 신속하고 정확한 특수견 선발에 기여할 수 있을 것으로 전망된다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제17권1호
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• pp.23-33
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• 2016

현재의 스마트 조명은 센서를 통해 사용자의 행위와 위치를 판별한 후 현재 상황에 적합한 조명 환경이 서비스되도록 구성되어 있다. 이러한 센서 기반의 상황인식 기술은 현재까지 단일 사용자만을 고려할 뿐 여러 사용자들의 다양한 상황 발생과 충돌을 해석하기 위한 연구는 미흡하다. 기존 연구에서는 상황충돌을 해결하기 위한 방법론으로 퍼지이론 및 ReBa 등의 알고리즘을 사용해 왔다. 이는 사용자들이 위치한 공간을 여러 영역으로 구분한 후 각 구역별로 서비스를 제공함으로써 발생 가능한 상황충돌의 기회를 회피할 뿐 개인 선호도 기반의 상황충돌 해석이 가능한 맞춤형 서비스 유형으로 볼 수 없다. 본 논문에서는 여러 사용자에게 다양한 상황이 동시 발생되어 서비스 충돌에 직면할 때, 상황의 유형에 따라 부여된 우선순위를 기준으로 서비스를 결정하는 우선순위 기반 다중 상황충돌 해석이 가능한 LED 조명제어시스템을 제안한다. 본 연구에서는 주거환경을 'Living Room', 'Bed Room', 'Study Room', 'Kitchen', 'Bath Room'의 5개 구역으로 구분하고 여러 명의 사용자를 대상으로 각 구역 내에서 발생 가능한 상황들을 'exercising', 'doing makeup', 'reading', 'dining', 'entering' 등 총 20가지로 정의한다. 시스템은 온톨로지 기반 모델을 이용하여 사용자의 다양한 상황을 정의하고 규칙기반의 룰 및 추론엔진을 통해 사용자 중심의 조명환경을 서비스한다. 또한 동일 공간 및 동일 시점에 사용자들 간의 다양한 상황충돌 이슈를 해결하기 위해 사용자 집중력이 요구되는 상황을 최우선으로 정하고, 동일한 우선순위를 가진 상황일 경우 시각적 편안함을 차선으로 순위를 부여하여 충돌 발생 시 서비스 선택의 기준으로 활용한다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제14D권2호
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• pp.265-272
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• 2007

본 논문에서는 BPEL 기법에 OWL-S 기법을 도입하는 혼합기법을 사용하여 자동화된 웹 서비스 조합시스템을 구현한다. BPEL 기법은 에러 처리나 트랜잭션 관리와 같은 비즈니스 환경에서 요구되는 실질적인 전체 기능을 지원하고 있으나, 주된 단점은 정적 조합 기법으로써 서비스 선택 및 워크플로우 관리가 사전에 수동으로 이루어져야만 한다. 반면에, OWL-S 기법은 자동적인 웹 서비스 발견 및 통합을 실현하기 위해 기계 가독형으로 웹 서비스 기능을 묘사할 수 있는 메카니즘, 즉 온톨로지(ontology)를 사용한다. 이에 따라 호환 가능한 웹 서비스들 간의 동적 통합이 가능하고, 웹 서비스 조합 실행 시에 웹 서비스 발견이 가능하다. 그러나 이러한 기법은 아직 연구 중에 있으며, 실제 적용을 위해서는 BPEL의 상용기법이 요구된다. 본 연구에서는 BPEL4WS와 OWL-S 혼합 시스템인 SemanticBPEL의 구조를 설계하고 웹 서비스 탐색 및 통합 알고리즘을 제안한다. 특히 SemanticBPEL 시스템은 오픈 소스 툴들을 기반으로 구현되었으며, 기존에 개발되어 있는 다양한 BPEL 시스템들과 기능을 비교하여 그 우수성을 보여주고 있다.