• 식물병연구
• /
• 제21권2호
• /
• pp.74-81
• /
• 2015

박과 작물에서 과일썩음병(bacterial fruit blotch)을 일으키는 Acidovorax citrulli를 종자로부터 검출하기 위한 특이적이고 민감한 nested-PCR 방법을 개발하였다. 본 연구에서는 Next Generation Sequencing을 이용하여 draft genome sequencing을 얻은 후 이를 분석하여 PCR 프라이머를 디자인하였고, 이들 프라이머의 A. citrulli에 대한 특이성을 확인하여 Ac-ORF 21F/Ac-ORF 21R의 nested PCR 프라이머를 최종 선발하였다. Ac-ORF 21F/Ac-ORF 21R는 오직 A. citrulli에서만 특이적으로 140bp 크기의 DNA를 증폭하였으며, 그 검출민감도는 1차 PCR 검출한계(10 ng genomic DNA/PCR)보다 검출한계를 10,000배 증가시켰다. 개발된 nested-PCR 방법을 통해 병원균을 인공접종한 수박 종자의 외부검사에서 $10^1cfu/ml$까지 인공 접종 한 모든 종자 시료에서 병원균을 검출하였고, 병원균을 인공접종 한 수박 종자의 내부검사에서는 병원균이 검출되지 않았다. 자연 감염 수박 종자의 외부검사에서는 10개의 반복 시료 중 2개에서, 그리고 종자 내부검사에서는 10개의 반복 시료 중 5개에서 A. citrulli를 검출하였다. 본 연구에서 개발한 nested-PCR은 특이성과 민감도가 높고 인공접종과 자연감염 수박 종자에서도 병원균의 검출이 가능하여 박과 작물의 종자로부터 A. citrulli를 검출하는데 효과적으로 사용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 농업생명과학연구
• /
• 제52권6호
• /
• pp.27-36
• /
• 2018

김치가 세계 5대 건강식품으로 선정되어 세계인의 주목을 받게 되면서 갓의 수요도 점점 증가하고 있어 다양한 갓품종의 육성이 절실히 요구되는 실정이다. 그러나 아직 품종보급 체계가 미흡하여 자가 채종에 의한 자식약세현상, 순도저하, 상품의 불균일 등의 문제점이 발생하고 있다. 본 실험에서는 갓의 F1 품종 육성체제를 갖추기 위하여 유전자원으로 수집한 갓의 순계분리와 자식계통의 육성, 웅성불임인자의 도입을 통하여 고품질의 갓을 육성하기 위하여 각 조합을 공시하여 조합능력을 검정하고(인도자사이${\times}$고흥담양)조합과 (분리 MS 유기계-MS910${\times}$일본 적자색갓 8${\times}$강화갓 9) 분리계 조합이 우수하다고 판단되어 양친으로 선발하였다. PCR(Polymerase Chain Reaction)과 염기서열 분석을 통해 CMS type을 확인해 본 결과, MS계통 MSLS와 MSLC는 갓에서 보고된 orf263, orf220 및 orf288 CMS 유전자를 미토콘드리아 DNA에 포함하고 있는 것으로 나타났다. 최종적으로 생산력검정 및 농가 실증시험을 실시하였다.

• 식물병연구
• /
• 제12권3호
• /
• pp.213-220
• /
• 2006

2003년 청송지역 농가포장에서 심한 위축증상을 나타내는 콩 시료를 채집하였다. 이 시료를 RT-PCR로 진단한 결과 콩위축바이러스, Soybean dwarf virus(SbDV-L81)에 감염된 것으로 확인되었다. 본 연구는 우리나라에서 콩위축바이러스의 발생에 관한 최초 보고이다. 이 바이러스의 추가적인 특징을 알아보기 위하여 종 특이적 프라이머를 이용한 RT-PCR로 게놈의 부분 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열은 병징 발현 유형과 매개충 특이성에 기초하여 이전에 조사된 SbDV 계통들과 비교분석하였다. ORF 2와 ORF 3 유전자사이 영역(intergenic region)과 ORF 2, ORF 3 및 ORF 4의 코팅영역에서 SbDV-L81은 황화계통(SbDV-YS and YP) 보다 위축계통(SbDV-DS and DP)과 유사한 특징을 보였다. 한편, ORF 5의 5'쪽 코딩영역은 완두수염진딧물(Acyrthosiphon pisum)이 매개충인 계통(SbDV-YP and DP)과 밀접한 관련이 있은 것으로 나타났다. SbDV-L81은 자연상태에서의 병정과 5가지 영역의 염기서열 비교결과에서 SbDV-DP 계통과 밀접한 관련이 있는 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
• /
• 제42권1호
• /
• pp.12-18
• /
• 2006

2003년부터 2004년까지 정북지역에서 발생한 설사환자로부터 17주, 돼지로부터 18주 등 총 35주의 Salmonella enterica serovar Typhimurium이 분리되었고, 분리된 균주를 대상으로 항균제 내성양상, class I integron 특성 및 pulse-field gel electrophoresis유형(PFGE 유형; pulsotype)이 조사되었다. 35주 모두가 한가지 이상의 항균제에 내성을 나타내었고, 돼지로부터 분리된 대부분의 균주는 ampicillin, chloramphenicol, streptomycin, sulfamethoxazole/trimethoprime, tetracyclin, nalidixic acid에 내성을 나타내었다. 35주를 대상으로 class I, II 및 III integron gene cassette를 검색한 결과, 설사환자로부터 분리된 17주 중 3주가 dhfrX-orfF-aadA2 integron gene cassette을 보유하였고, 돼지로부터 분리된 18주중 11주가 dhfrX-orfF-aadA2 integron gene cassette를, 1주가 aadA2 integron을 보유하였다. 그러나 35주 모두가 class 2 integron gene cassette와 class 3 integron gene cassette는 보유하지 않은 것으로 나타났다. 35주의 PEGE 유형은 5가지로 분류되었으며, 31주가 pulsotype A로 나머지 4주는 pulsotype B, C, D, E형으로 각각 나뉘어졌다. 이러한 결과로 볼 때 경북지역에서 사람과 돼지에서의 S. enterica serovar Typhimurium에 의한 살모넬라중은 몇 종류 유행주의 전파에 의한 것임을 보여줄다. dhfrX-orfF-aadA2 integron gene cassette를 보유한 13주가 pulsotype A, dhfrX-orfF-aadA2 integron gene cassette을 보유한 1주가 pulsotype B, aadA2 integron을 보유한 1주가 pulsotype E, integron을 보유하고 있지 않은 15주가 pulsotype A로 나타났다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제63권2호
• /
• pp.128-138
• /
• 2007

연구배경: INH 내성은 katG 와 inhA(ORF와 promoter)의 변이에 의한 것으로 알려져 있다. 유전자 변이는 지역적으로 종류와 빈도가 다르게 나타날 수 있는데 기존 국내의 연구보고들은 흔하다고 알려진 katG의 463 코돈만을 추적한 것들이었다. 따라서 본 연구는 국내에서 분리된 INH 내성균들의 두 유전자에서 나타날 수 있는 변이의 종류와 빈도를 확인하고자 하였다. 연구방법: 대한결핵협회 결핵연구원에서 MDR-TB로 판명된 INH 내성 결핵균 29주로부터 bead beater-phenol법으로 DNA를 추출하여 katG(2,223 bp), inhA ORF(-77~897, 975 bp) 및 inhA promoter(-168~80, 248 bp) 염기서열 결정 및 분석은 ABI PRISM 3730 XL Analyzer 및 MegAlign package를 사용하였다. 결과: 모든 균주들은 분석 표적으로 사용한 세 유전자 부위 중에서 적어도 한 개 이상의 유전자 부위에 변이가 있었다. INH 내성균은 거의 대부분(>93%) katG의 변이를 갖고 inhA 유전자 변이만 있는 경우는 드물어 INH 내성을 결정하는 중요한 요인은 katG의 변이 인 것을 확인할 수 있었다. katG 부위에서 Arg463Leu 변이와 Ser315Thr 변이가 높은 빈도(62.1% 및 55.2%)로 발견되었고, katG 완전결실과 inhA promoter-15($C{\rightarrow}T$) 변이도 일정한 빈도로 나타남을 볼 수 있었다. 그 외 inhA ORF 변이도 1주에서 1종류의 변이가 발견되었다. 결론: 기존 연구결과에서는 보고되지 않고 본 연구에서 처음으로 확인된 변이들도 14 종류나 있어서, INH 내성은 주로 katG 혹은 일부 inhA 특정 부위의 변이가 주도하지만 이들 외에도 다양한 변이가 존재한다는 것을 알 수 있었다. 이들 새로이 확인된 변이들은 염기서열 분석에 의한 INH 내성 여부 판단 시, 기존 알려진 변이 외에 보조 자료로 사용할 수 있을 것으로 생각한다.

• 미생물학회지
• /
• 제41권3호
• /
• pp.157-163
• /
• 2005

요각류 Paracyclopina nana Acetate Kinase를 클로닝하였다. 전체 open reading frame은 1,200 bp이었으며, poly(A) signal sequence가 ORF에 내재되어 있었다. 분자계통학적 분석결과 P. nana acetate kinase 유전자는 진핵생물계 곰팡이류인 Aspegillus와 같은 branch를 형성하였고, P. nana acetate kinase가 다른 원핵미생물들의 acetate kinase와는 구별되며 fungi와 같은 branch에 존재하는 것을 확인하였다. 또한, E. coli를 이용하여 원핵세포 발현벡터를 이용한 단백질 발현 유도를 통하여 P. nana acetate kinase 단백질 분자량이 약 50 kDa에 이르는 것을 확인하였다. 이 자료는 본 요각류와 다른 생물의 acetate kinase 단백질의 생화학적 특성비교에 유용하게 쓰이리라 사료된다.

• 한국균학회지
• /
• 제25권1호통권80호
• /
• pp.1-5
• /
• 1997

여름느타리버섯 균사체의 cDNA library로부터 ${\beta}-tubulin$ 유전자를 분리하여 염기서열을 분석하였다. 분리된 ${\beta}-tubulin$ cDNA유전자는 27nt의 5'-untranslation region과 1341nt의 open reading frame, 191nt의 3'-untranslation region으로 구성되어 있었다. ORF는 445개의 아미노산들로 구성되어 있으며, 동물, 식물, 사상균에서 보고된 ${\beta}-tubulin$과 80% 이상의 상동성을 보였다. 분리된 Myc7tub clone을 사용하여 Southern hybridization한 결과 여름느타리버섯에는 두 가지의 isotype ${\beta}-tubulin$이 존재할 것으로 생각된다.

• 한국균학회지
• /
• 제38권2호
• /
• pp.160-166
• /
• 2010

모델 사상성 진균 Aspergillus nidulans는 분화과정을 연구하는 진핵세포 시스템으로 사용되어 왔다. 이러한 분화과정은 매우 다양한 유전자들의 발현을 통하여 조절되며 이와 관련된 다양한 전사요소들의 기능이 연구되어 왔다. 이들 중 forkhead 유전자는 일반적으로 감수분열 및 세포주기 조절에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 왔으며 A. nidulans에서도 유사한 기능을 하리라 예상되어 왔다. 이와 관련된 연구를 위하여 A. nidulans 유전체에 존재하는 6개의 forkhead 유전자를 발견, 확보하였고, 최근에는 효모 및 다른 진균에서는 발견되지 않는 A. nidulans 특이적 forkhead 유전자인 fkhF의 구조와 기능이 분석된 바 있다. 본 연구에서는 fkhF와 매우 유사한 단백질 서열을 가지고 있는 fkhE(AN2025.3) 유전자의 기능을 분석하였다. 본 유전자의 기능을 분석하기 위해 RT-PCR을 통하여 cDNA 서열을 분석한 결과 약 3종류의 서로 다른 mRNA가 존재하는 것이 밝혀졌고 이는 alternative splicing에 의한 것으로 추정되었다. 이들 3종류의 mRNA중 한 종류만 정상적인 ORF를 가지고 있으며 조사한 전체 cDNA 발현의 61%를 차지하였다. fkhE 유전자는 718개의 아미노산을 암호화하는 하나의 ORF를 가지고 있었으며 N 말단에 보존된 forkhead 도메인을 가지고 있었다. fkhE 유전자를 제거한 유전자 제거 돌연변이 균주는 fkhF와 유사하게 고체배지에서는 무성포자의 형성이 저해되었으나 유성분화에는 별다른 영향을 미치지 않았으며 액체 진탕배양에서는 야생형과 다르게 무성포자병(conidiophore)이 형성되었다. 이러한 결과는 fkhE 유전자가 무성분화에 관련되었음을 보여준다.

• 생명과학회지
• /
• 제22권7호
• /
• pp.912-919
• /
• 2012

Carboxymethylcellulose (CM-cellulose)와 Beechwood xylan을 각각 기질로 사용하여 trypan blue를 첨가하여 제작한 Agar-LB 배지 상에서 명확한 활성환을 형성하는 균주를 cellulase와 xylanase 생산 균주로 단리하였다. 단리한 균주 유래의 16S rRNA 유전자 및 API 50 kit를 분석한 결과 Bacillus subtilis와 약 99.5%의 높은 상동성을 보였기에 본 균주를 Bacillus subtilis로 동정하여 B. subtilis NC1로 명명하였다. B. subtilis NC1 유래 cellulase와 xylanase는 CM-cellulose와 Beechwood xylan에 대하여 각각 높은 효소 활성을 보였으며, 두 효소 모두 pH 5.0과 $50^{\circ}C$의 조건하에서 가장 높은 효소 활성을 보였다. B. subtilis NC1 균주 유래 cellulase와 xylanase 유전자를 cloning하기 위하여 shot-gun cloning 방법을 이용하여 B. subtilis NC1 염색체 DNA로부터 효소 유전자를 cloning하여 유전자 배열을 규명한 결과 cellulase 유전자는 아미노산 499개를 암호화하는 1,500 bp의 open reading frame (ORF)으로 이루어져 있었으며, 아미노산 배열로부터 추정되는 분자량은 55,251 Da 이었다. 그리고, xylanase에 대한 유전자는 아미노산 422개를 암호화하는 1,269 bp의 ORF로 이루어져 있었으며 유전자 유래 아미노산 배열로부터 추정되는 단백질 분자량은 47,423 Da 이었다. 두 효소의 아미노산 배열을 이용하여 상동성을 검토한 결과 cellulase는 glycoside hydrolase family (GH) 5에 속하는 cellulase와 xylanase는 GH30에 속하는 xylanase와 높은 상동성을 나타내었다.

• 한국임상수의학회지
• /
• 제21권2호
• /
• pp.102-108
• /
• 2004

Orf virus (ORFV), a member of genus Parapoxvirus (family-Poxviridae), a causative agent of contagious ecthyma in sheep and goat leading to a condition commonly known as vesicular dermatitis. Recently, twelve goats from Iksan in Jeonbuk province were observed with clinical signs like necrotic vesicular lesions around the mucosa of mouth, nasal cavity, eye, ear, teats, abdomen and groin. Based on these clinical symptoms, contagious ecthyma infection was suspected. The skin scrapping was collected from lesions for isolation of DNA and subsequent PCR amplification of ORFV specific 235 bp region of B2L gene. All of the samples were found positive by PCR analysis. Sequencing and further phylogenetic analysis of the PCR product revealed 100% identity to Japan isolate of ORFV (Okinawa, GenBank accession number AB080769), and showed 99.6% of similarity to New Zealand strain (NZ-2, GenBank accession number U06671). It was concluded that ORFV strain detected in the present study is homologous to Japan isolate and New Zealand strain. The PCR test based on amplification of B2L gene is a highly useful tools for rapid and specific diagnosis of contagious ecthyma.