Recently, single cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology has enabled the discovery of novel or rare subtypes of cells and their characteristics. This technique has advanced unprecedented biomedical research by enabling the profiling and analysis of the transcriptomes of single cells at high resolution and throughput. Thus, scRNA-seq has contributed to recent advances in cardiovascular research by the generation of cell atlases of heart and blood vessels and the elucidation of mechanisms involved in cardiovascular development and diseases. This review summarizes the overall workflow of the scRNA-seq technique itself and key findings in the cardiovascular development and diseases based on the previous studies. In particular, we focused on how the single-cell sequencing technology can be utilized in clinical field and precision medicine to treat specific diseases.
Park, Seo-Hyoung;Kim, Tae-Hwan;Cho, Chul-Koo;Lee, Yeon-Hee
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제11권3호
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pp.524-528
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2001
The measurement of radiation response using simple and informative techniques would be of great value in studying the genetic risk following occupational, therapeutic, or accidental exposure to radiation. When patients receive radiation therapy, many suffer from side effects. Since each patient receives a different dose due to different physical conditions, it is important to measure the exact dose of radiation received by each patient to lessen the side effects. Even though several biological dosimetric systems have already been developed, there is no ideal system that can satisfy all the criteria for an idean dosimetric system, especially for low-dose radiation as used in radiation therapy. In this study, an SOS Chromotest of E. coli PQ37 was evaluated as a novel dosimeter for low-dose gamma-rays. E. coli PQ37 was originally developed to screen chemical mutagens using the SOS Chromotest-a colorimtric assay, based on the induction of ${\beta}$-galactosidase ue to DNA damage. The survival fraction of E. coli PQ37 decreased dose-dependently with an increasing dose of cobalt-60 gamma-rays. Also, a good linear correlation was found between the biological damage revealed by the ${\beta}$-galactosidase expression and the doses of gamma-rays. The expression of ${\beta}$-galactosidase activity that responded to low-dose radiation under 1 Gy was $Y=0.404+(0.089{\pm}0.3)D+(-0.018{\pm}0.16)D^2$ (Y, absorbance at 420 nm; D, Dose of irradiation) as calculated using Graph Pad In Plot and Excel. When a rabbit was fed with capsules containing an agar block embdded with E. coli PQ37 showed a linear response to the radiation doses. Accordingly, the results confirm that E. coli PQ37 can be used as a sensitive biological dosimeter fro cobalt-60 gamma-rays. To the best of our knowledge, this is the first time that a bacterium has been used as a biological dosimeter, especially for low-dose radiation.
Purpose: Several accelerated partial breast radiation (APBR) techniques have been investigated in patients with early-stage breast cancer (BC); however, the optimal treatment delivery techniques remain unclear. We evaluated the feasibility and toxicity of APBR delivered using intensity-modulated radiation therapy (IMRT) in elderly patients with stage I BC, using a novel fractionation schedule. Materials and Methods: Forty-two patients aged ${\geq}65$ years, with stage I BC who underwent breast conserving surgery were enrolled in a phase I/II study evaluating APBR using IMRT. Forty eligible patients received 40 Gy in 4 Gy daily fractions. Patients were assessed for treatment related toxicities, and cosmesis, before APBR, during, and after completion of the treatment. Results: The median age was 73 years, median tumor size 0.8 cm and the median follow-up was 54 months. The 5-year locoregional control was 97.5% and overall survival 90%. Erythema and skin pigmentation was the most common acute adverse event, reported by 27 patients (69%). Twenty-six patients (65%) reported mild pain, rated 1-4/10. This improved at last follow-up to only 2 (15%). Overall the patient and physician reported worst late toxicities were lower than the baseline and at last follow-up, patients and physicians rated cosmesis as excellent/good in 93% and 86 %, respectively. Conclusion: In this prospective trial, we observed an excellent rate of tumor control with daily APBR. The acceptable toxicity profile and cosmetic results of this study support the use of IMRT planned APBR with daily schedule in elderly patients with early stage BC.
Cationic liposomes have been actively used as gene delivery vehicles despite their unsatisfactory efficiencies because of their relatively low toxicity. In this study, we designed novel heterodimeric peptides as nonviral gene delivery systems from TAT and NLS peptides using cysteine-to-cysteine disulfide bonds between the two. Mixing these heterodimeric peptides with DNA before mixing with lipofectamine resulted in higher transfection efficiencies in MCF-7 breast cancer cells than mixing unmodified TAT, NLS, and a simple mixture of TAT and NLS with DNA, but did not show an adverse effect on cell viability. In gel retardation assays, the DNA binding affinities of heterodimeric peptides were stronger than NLS but weaker than TAT. However, this enhancement was only observed when heterodimeric peptides were premixed with DNA before being mixed with lipofectamine. The described novel transfection-enhancing peptide system produced by the heterodimerization of TAT and NLS peptides followed by simple mixing with DNA, increased the gene transfer efficiency of cationic lipids without enhancing cytotoxicity.
It's been known that overexpression of the oncoprotein Her2 (eu/ErbB2), transmembrane receptor protein, occurs in human breast cancer. Her2-positive breast cancer patients who have Her2 overexpression show less therapeutic efficacy with enhanced metathesis and increased resistance to chemotherapy. So far, a humanized monoclonal antibody against Her2 protein called Herceptin is the only drug approved by Food and Drug Administration for treatment of Her2-overexpressing breast tumors. However, antibody therapy of Herceptin may not be ideal method for therapeutic intervention of Her2 protein expression. The therapeutic intervention of Her2 protein expression may be more efficiently achieved by inhibiting the expression of Her2 gene rather than by down-regulating the Her2 protein already overexpressed. Here, we found that the interaction of two proteins of ESX (an epithelial-restricted transcription factor) and DRIP130/CRSP130/Sur2 (a Ras-linked subunit of human mediator complexes) mediates the expression of Her2 gene. The association of ESX with Sur2 is mediated by a small hydrophobic face of 8-amino acid helix in ESX, suggesting that the ESX-Sur2 interaction can be a new novel target for Her2-positive cancer. The process to develop potent ESX-Sur2 interaction inhibitors targeting for Her2-positive cancer therapeutics will be discussed.
Kim, Yong-Tae;Kim, Se-Kwon;Jeon, You-Jin;Park, Sun Joo
BMB Reports
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제47권12호
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pp.691-696
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2014
${\alpha}$-Enolase is a glycolytic enzyme and a surface receptor for plasminogen. ${\alpha}$-Enolase-bound plasminogen promotes tumor cell invasion and cancer metastasis by activating plasmin and consequently degrading the extracellular matrix degradation. Therefore, ${\alpha}$-enolase and plasminogen are novel targets for cancer therapy. We found that the amino acid sequence of a peptide purified from enzymatic hydrolysates of seahorse has striking similarities to that of ${\alpha}$-enolase. In this study, we report that this peptide competes with cellular ${\alpha}$-enolase for plasminogen binding and suppresses urokinase plasminogen activator (uPA)-mediated activation of plasminogen, which results in decreased invasive migration of HT1080 fibrosarcoma cells. In addition, the peptide treatment decreased the expression levels of uPA compared to that of untreated controls. These results provide new insight into the mechanism by which the seahorse-derived peptide suppresses invasive properties of human cancer cells. Our findings suggest that this peptide could emerge as a potential therapeutic agent for cancer.
Gastric cancer (GC) is one of the deadliest malignancies in the world. Currently, clinical treatment decisions are mostly made based on the extent of the tumor and its anatomy, such as tumor-node-metastasis staging. Recent advances in genome-wide molecular technology have enabled delineation of the molecular characteristics of GC. Based on this, efforts have been made to classify GC into molecular subtypes with distinct prognosis and therapeutic response. Simplified algorithms based on protein and RNA expressions have been proposed to reproduce the GC classification in the clinical field. Furthermore, a recent study established a single patient classifier (SPC) predicting the prognosis and chemotherapy response of resectable GC patients based on a 4-gene real-time polymerase chain reaction assay. GC patient stratification according to SPC will enable personalized therapeutic strategies in adjuvant settings. At the same time, patient-derived xenografts and patient-derived organoids are now emerging as novel preclinical models for the treatment of GC. These models recapitulate the complex features of the primary tumor, which is expected to facilitate both drug development and clinical therapeutic decision making. An integrated approach applying molecular patient stratification and patient-derived models in the clinical realm is considered a turning point in precision medicine in GC.
Kim, Kwangho;Ryu, Tae Young;Lee, Jinkwon;Son, Mi-Young;Kim, Dae-Soo;Kim, Sang Kyum;Cho, Hyun-Soo
Molecules and Cells
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제45권9호
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pp.622-630
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2022
Colorectal cancer (CRC) has a high mortality rate among cancers worldwide. To reduce this mortality rate, chemotherapy (5-fluorouracil, oxaliplatin, and irinotecan) or targeted therapy (bevacizumab, cetuximab, and panitumumab) has been used to treat CRC. However, due to various side effects and poor responses to CRC treatment, novel therapeutic targets for drug development are needed. In this study, we identified the overexpression of EHMT1 in CRC using RNA sequencing (RNA-seq) data derived from TCGA, and we observed that knocking down EHMT1 expression suppressed cell growth by inducing cell apoptosis in CRC cell lines. In Gene Ontology (GO) term analysis using RNA-seq data, apoptosis-related terms were enriched after EHMT1 knockdown. Moreover, we identified the CHOP gene as a direct target of EHMT1 using a ChIP (chromatin immunoprecipitation) assay with an anti-histone 3 lysine 9 dimethylation (H3K9me2) antibody. Finally, after cotransfection with siEHMT1 and siCHOP, we again confirmed that CHOP-mediated cell apoptosis was induced by EHMT1 knockdown. Our findings reveal that EHMT1 plays a key role in regulating CRC cell apoptosis, suggesting that EHMT1 may be a therapeutic target for the development of cancer inhibitors.
Tumors are encircled by various non-cancerous cell types in the extracellular matrix, including fibroblasts, endothelial cells, immune cells, and cytokines. Fibroblasts are the most critical cells in the tumor stroma and play an important role in tumor development, which has been highlighted in some epithelial cancers. Many studies have shown a tight connection between cancerous cells and fibroblasts in the last decade. Regulatory factors secreted into the tumor environment by special fibroblast cells, cancer-associated fibroblasts (CAFs), play an important role in tumor and vessel development, metastasis, and therapy resistance. This review addresses the development of FAP inhibitors, emphasizing the first, second, and latest generations. First-generation inhibitors exhibit low selectivity and chemical stability, encouraging researchers to develop new scaffolds based on preclinical and clinical data. Second-generation enzymes such as UAMC-1110 demonstrated enhanced FAP binding and better selectivity. Targeted treatment and diagnostic imaging have become possible by further developing radionuclide-labeled fibroblast activation protein inhibitors (FAPIs). Although all three FAPIs (01, 02, and 04) showed excellent preclinical and clinical findings. The final optimization of these FAPI scaffolds resulted in FAPI-46 with the highest tumor-to-background ratio and better binding affinity.
Background: Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) can specifically induce apoptosis limited to various cancer cells, so this reagent is considered a promising medicine for cancer therapy. TRAIL also exerts effects on non-apoptotic signals, relevant to processes such as metastasis, autophagy and proliferation in cancer cells. However, the mechanisms of TRAIL-regulated non-apoptotic signals are unclear. The purpose of this study was to investigate MADD/CXCR7 effects in TRAIL-mediated breast cancer cell migration. Materials and Methods: The ability of MADD/CXCR7 to regulate MVP signaling in TRAIL-mediated breast cancer cells migration was evaluated by transwell migration assay, quantitative RT-PCR, Western blotting and knock down experiments. Results: In this study, we found that treatment with TRAIL resulted in induced expression levels of MADD and CXCR7 in breast cancer cells. Knock down of MADD followed by treatment with TRAIL resulted in increased cell migration compared to either treatment alone. Similarly, through overexpression and knockdown experiments, we demonstrated that CXCR7 also positively regulated TRAIL-inhibited migration. Surprisingly, knock down of MADD lead to inhibition of TRAIL-induced CXCR7 mRNA and protein expression and overexpression of CXCR7 lead to the reduction of MADD expression, indicating that MADD is an upstream regulatory factor of TRAIL-triggered CXCR7 production and a negative feedback mechanism between MADD and CXCR7. Furthermore, we showed that CXCR7 is involved in MADD-inhibited migration in breast cancer cells. Conclusions: Our work defined a novel signaling pathway implicated in the control of breast cancer migration.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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