국내 생명과학 관련 문헌정보는 PubMed와 같은 세계적인 의학 관련 문헌정보 서비스 목록에 8종 정도가 포함되어 있으며, 국내에 있는 문헌정보들도 여러 기관 산하 여러 개의 데이터베이스로 흩어져 있는 실정이다. 이에 생명과학 관련 연구정보의 신속한 획득을 위해 생명과학 관련 문헌정보를 하나로 통합하여 서비스하는 것이 필요하다는 바이오인포매틱스 센터 홈페이지 이용자들의 요구로 Open Access가 가능한 생명과학 관련 문헌정보를 수집하여 메타데이터 레지스트리를 구축하고 이용자들에게 서비스하고자 한다. 또한 생명과학 관련 주제별 Open Archiving Community를 구성하여 그 운영을 통한 연구자들 간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나 발표자료, 연구 노트, 연구보고서 등의 최신의 연구정보를 공유할 수 있도록 생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 시스템을 설계하고 구현하였다.
Yoon, Kyung Ju;Kim, Kyeong Mi;Boo, Ga Hun;Miller, Kathy Ann;Boo, Sung Min
ALGAE
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제29권1호
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pp.15-25
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2014
The number of species of non-native and invasive marine algae is growing, with concomitant public concern about native ecosystems and coastlines. Gelidium vagum, recently introduced from northeast Asia to Europe and North America, commonly occurs from the intertidal to subtidal zones in Korea, China, and Japan. To investigate the level of genetic diversity of native populations, we analyzed mitochondrial cox1 and cob from 108 specimens of G. vagum from Korea, China, eastern Russia, including from the Netherlands and USA. The haplotype network of individual and cox1 + cob datasets revealed no genetic structure in local populations, suggesting genetic flow between Korean populations. Our results corroborate a typical pattern of genetic diversity for introduced species, with low levels in introduced populations and high levels in native populations. All haplotypes were shared between the Netherlands and USA, but not between Korea and the Netherlands / USA except cox1. Additional sampling will identify donor populations in native northeast Asian waters. This is the first report of the utility of the mitochondrial coding cob sequences in red algae.
본 연구에서는 고등학교 생물 I, '유전' 단원에서 Keller의 ARCS 전략 중, 특히 "주의집중"과 "만족감" 요소를 적용한, 의미 망 프로그램(Semantic Network Program)을 활용한 수업이 학생들의 학업성취도와 학습동기 향상에 미치는 효과를 분석하는 것을 연구의 목적으로 삼았다. 연구대상은 고등학교 2학년 실험집단 및 통제집단의 124명으로 구성되었고, 사전검사로 학업성취도 검사, 학습동기검사, 그리고 의미망 형성 검사를 실시한 후, 4주간에 걸쳐 6차시 동안 실험집단에게는 ARCS 전략 중 주의집중 전략을 적용한 의미망 프로그램을 활용한 유전 수업과 만족감 전략에 따른 의미망 제작 활동을, 통제집단에게는 교과서 중심의 강의식 수업을 처치하였다. 수업 처치에 따른 사후 검사 결과 동기전략을 적용한 의미망 프로그램을 활용한 수업은 강의식 수업보다 '주의집중과 만족감'을 높여 학생들의 인지구조에 새로운 지식을 효과적으로 연결시켜 생물 학업성취도를 향상시켰고(p<.001), 학생들의 유전관련 새로운 개념 형성에도 효과적인 것으로 나타났다(p<.001). 또한 본 연구에서 적용한 수업은 학생들이 생물 개념들을 구조지식으로 조직하여 이해함으로써, 기억효과를 높여 학습내용의 파지(retention)에 효과적이었다(p>.05). 실험집단의 심층면담 결과에서는 동기전략을 적용한 의미망 프로그램을 활용한 수업은 유전과 관련된 영상자료의 연결(link)로 호기심을 유발하여 주의집중이 잘 되었고, 직접 의미망을 제작해 봄으로써, 학습내용이 오랫동안 기억에 남아 문제해결에 효과적이었다는 긍정적인 반응을 보였다. 본 연구의 결과는 앞으로 고등학교 생물 I, '유전'단원에 대한 다양한 수업 전략을 모색하는데 의미있는 시사점을 제공해 줄 수 있을 것이다.
Feng, Yaping;Syrkin-Nikolau, Judith A.;Wurtele, Eve S.
Interdisciplinary Bio Central
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제5권1호
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pp.1.1-1.8
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2013
High quality publicly-available transcriptomic data representing relationships in gene expression across a diverse set of biological conditions is used as a context network to explore transcriptomics of the CNS. The context network, 18367Hu-matrix, contains pairwise Pearson correlations for 22,215 human genes across18,637 human tissue samples1. To do this, we compute a network derived from biological samples from CNS cells and tissues, calculate clusters of co-expressed genes from this network, and compare the significance of these to clusters derived from the larger 18367Hu-matrix network. Sorting and visualization uses the publicly available software, MetaOmGraph (http://www.metnetdb.org/MetNet_MetaOm-Graph.htm). This identifies genes that characterize particular disease conditions. Specifically, differences in gene expression within and between two designations of glial cancer, astrocytoma and glioblastoma, are evaluated in the context of the broader network. Such gene groups, which we term outlier-networks, tease out abnormally expressed genes and the samples in which this expression occurs. This approach distinguishes 48 subnetworks of outlier genes associated with astrocytoma and glioblastoma. As a case study, we investigate the relationships among the genes of a small astrocytoma-only subnetwork. This astrocytoma-only subnetwork consists of SVEP1, IGF1, CHRNA3, and SPAG6. All of these genes are highly coexpressed in a single sample of anaplastic astrocytoma tumor (grade III) and a sample of juvenile pilocytic astrocytoma. Three of these genes are also associated with nicotine. This data lead us to formulate a testable hypothesis that this astrocytoma outlier-network provides a link between some gliomas/astrocytomas and nicotine.
Park, Hye-Seo;Kim, Eun-Hee;Sung, Yoon-Hui;Kang, Mi-Ran;Chung, In-Kwon;Cheong, Chae-Joon;Lee, Weon-Tae
Bulletin of the Korean Chemical Society
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제25권4호
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pp.539-544
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2004
The ability of protoberberine alkaloids, berberine and berberrubine, to act as topoisomerase II poisons is linked to the anti-cancer activity. Minor alterations in structure have a significant effect on their relative activity. Berberine, which has methoxy group at the 19-position, is significantly less potent than berberrubine. Several observations support non-specific binding to HP14 by the berberine: (i) nonspecific upfield changes in $^1H$ chemical shift for protons of the berberine; (ii) the broadening of imino protons of HP14 upon binding of the berberine; (iii) very small increases in duplex melting temperature in the presence of the berberine. Our results reveal that substitution of a hydroxyl group to a methoxy group on the 19-position, thereby converting the berberrubine to the berberine is associated with a non-specific DNA binding affinity and a reduced topoisomerase II poisoning. The presence of a bulky 19-methoxy substituent decreases intercalating properties of berberine and makes it inactive as topoisomerase II poison.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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