• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제49권3호
• /
• pp.281-284
• /
• 2011

Amebiasis is a protozoan disease caused by Entamoeba histolytica and a potential health threat in areas where sanitation and hygiene are inappropriate. Highly sensitive PCR methods for detection of E. histolytica in clinical and environmental samples are extremely useful to control amebiasis and to promote public health. The present study compared several primer sets for small subunit (SSU) rDNA and histone genes of E. histolytica cysts. A 246 bp of the SSU rDNA gene of pure cysts contained in phosphate-buffered saline (PBS) and in stool samples was successfully amplified by nested PCR, using the 1,147-246 bp primer set, of the primary PCR products which were pre-amplified using the 1,147 bp primer as the template. The detection limit of the nested PCR using the 1,147-246 primer set was 10 cysts in both groups (PBS and stool samples). The PCR to detect histone gene showed negative results. We propose that the nested PCR technique to detect SSU rDNA can be used as a highly sensitive genetic method to detect E. histolytica cysts in stool samples.

• 한국정보통신학회논문지
• /
• 제12권1호
• /
• pp.53-58
• /
• 2008

내포 병렬성을 가지는 병렬 프로그램은 동기화 없이 병행적으로 수행되는 양상으로 인하여 비결정적인 결과를 초래하는 경향이 있다. 이러한 오류를 탐지하기 위하여 다양한 시각화 기법이 이용되고 있지만, 공간의 제한성과 과다한 추상화로 인하여 직관성이 매우 저하되는 실정이다. 본 논문에서는 내포 병렬성을 가지는 복잡한 병렬 프로그램의 전역적 구조를 사용자에게 제공하는3차원 시각화 엔진을 제안한다. 제안된 시각화 엔진은 전역적 구조를 사용자에게 제공함으로서 프로그램의 이해를 용이하게 하고 효과적인 디버깅 환경을 제공한다.

• 한국멀티미디어학회논문지
• /
• 제10권9호
• /
• pp.1093-1105
• /
• 2007

본 논문에서는 XML 데이터베이스의 색인구조로 다차원 화일구조를 이용하는 다차원 타입상속 색인기법인 MD-TIX를 제안한다. 일차원 색인구조를 이용하는 기존의 XML 데이터베이스 색인기법에서는 타입상속계층과 중첩요소가 포함된 복합 형태의 질의들에 대한 처리를 잘 지원하지 못한다. MD-TIX에서는 XML 데이터베이스의 중첩요소에 대한 색인기법을 위하여 이차원 타입상속 계층 색인기법(2D-THI)을 다차원으로 확장하여 사용한다. 2D-THI는 타입상속 계층의 단순요소에 대한 색인기법으로 킷값 도메인과 타입식별자 도메인으로 구성된 이차원 도메인 공간상에서 요소들의 클러스터링을 다루는 색인기법이다. 본 논문의 MD-TIX에서는 색인된 중첩요소를 표현하는 경로상의 각 타입상속 계층마다 하나의 타입식별자 도메인을 할당하여 구성된 다차원 도메인 공간상에서 색인 엔트리들의 클러스터링을 다룬다. 따라서 HD-TIX에서는 기존의 색인기법에서 지원하기 어려운 질의의 대상 범위가 타입상속 계층상의 임의의 타입들로 제한되거나, 질의에 포함된 복합요소들의 도메인이 타입상속 계층상의 임의의 타입들로 제한되는 경우에도 잘 지원할 수 있다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제29권4호
• /
• pp.357-363
• /
• 2013

The fungus Venturia nashicola is the causal agent of scab on Asian pears. For the rapid and reliable identification as well as sensitive detection of V. nashicola, a PCR-based technique was developed. DNA fingerprints of three closely related species, V. nashicola, V. pirina, and V. inaequalis, were obtained by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Two RAPD markers specific to V. nashicola were identified by PCR, after which two pairs of sequence characterized amplified region (SCAR) primers were designed from the nucleotide sequences of the markers. The SCAR primer pairs, designated as D12F/D12R and E11F/E11R, amplified 535-bp and 525-bp DNA fragments, respectively, only from genomic DNA of V. nashicola. The specificity of the primer sets was tested on strains representing three species of Venturia and 20 fungal plant pathogens. The nested PCR primer pair specific to V. nashicola was developed based on the sequence of the species-specific 525-bp DNA fragment amplified by primer set E11F/E11R. The internal primer pair Na11F/Na11R amplified a 235-bp fragment from V. nashicola, but not from any other fungal species tested. The nested PCR assay was sensitive enough to detect the specific fragment in 50 fg of V. nashicola DNA.

• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
• /
• 제34권6호
• /
• pp.518-527
• /
• 2007

RDF 문서들은 빈번히 갱신이 발생하므로 RDF 문서간의 변경부분을 찾아내는 것은 중요한 관심사가 된다. RDF 문서 내에 공노드가 존재할 경우 변경부분을 탐지해내려면 공노드간의 매칭을 지원하는 기법이 필요하다. RDF 문서에서 공노드는 내포된 형태로 존재하며 실제 사용되는 RDF 문서 대부분이 공노드를 포함하고 있다. RDF 문서를 그래프로 모델링하면 하나의 문서는 여러 개의 트리로 나누어진다. 따라서 문서간의 변경탐지는 동일한 루트를 가지는 트리간의 최소 비용 매칭 문제로 생각할 수 있다. 본 논문에서는 공노드에 대한 레이블링 기법을 기용하여 내포된 공노드를 포함한 RDF문서의 변경탐지 기법을 제안한다. 또한 공노드가 아닌 일반 트리플들의 비교에 있어서도 효율성을 높이는 술어 그룹화와 분할 기법을 제안한다. 실험을 통해 제안한 기법이 기존의 방법보다 더 정확하며 효율적임을 보였다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
• /
• 제31권1_2호
• /
• pp.41-50
• /
• 2004

공유메모리 병렬프로그램의 디버깅을 위해서 비결정적인 수행결과를 초래하는 경합을 탐지하는 것은 중요하다. 특히, 프로그램 수행에서 가장 먼저 발생하는 최초경합은 이후에 발생하는 경합에 영향을 줄 수 있으므로 반드시 탐지되어야 한다. 이러한 최초경합을 탐지하기 위해 최초경합에 참여할 가능성이 있는 후보사건들을 수행 중에 수집하는 기존의 기법은 접근사건들을 감시하여 후보사건들을 수집하고, 그들간의 병행성 관계만을 검사하여 경합을 보고한다. 그러나 이렇게 보고된 경합은 경차들간의 영향관계가 고려되지 않으므로 최초경합임을 보장하지 못한다 본 논문에서는 내포병렬성을 가진 병렬프로그램의 수행 중에 수집된 후보사건들을 프로그램 수행 후에 각 내포수준에서 분석하여 영향 받지 않은 경합만을 보고하는 기법을 제안한다. 제안된 기법은 임의의 내포수준까지 분석하여 보고된 최초경합이 그 내포수준 까지는 영향 받지 않은 경합임을 보장하므로, 상위 내포수준에 대한 재분석이 필요 없는 효율적인 최초경합 탐지기법이다. 본 기법은 내포병렬성에서 후보사건들만 수집되면 최초경합을 탐지할 수 있으므로 기존의 기법에 비해서 현실적이고 효과적인 디버깅을 가능하게 한다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
• /
• 제9권1호
• /
• pp.75-87
• /
• 2009

본 논문에서 이미지 선명도 함수의 최적화에 의해 융합 법칙이 유도되는 새로운 이미지 융합 접근법을 제안한다. 선명도 함수에 비교하여 소스 이미지로부터 최적 블록을 통계적으로 선택하기 위하여 유전자 알고리듬이 사용되었다. 변이 연산에 의해 만들어진 유전인자들의 포격을 통해서 찾아진 재능 유전 인자를 갖는 새로운 네스티드 유전자 알고리듬을 설계하였고 구현하였다. 알고리듬의 수렴은 해석적으로, 실험적으로 그리고 통계적으로 3개의 테스트 함수를 사용하여 표준 GA와 비교하였다. 결과의 GA는 변수와 집단 크기에 불변이며, 최소 20 개체이면 시험에 충분하다는 것을 알 수 있었다. 융합 응용에서 모집단내의 각 개체는 입력 블록을 나타내는 유한한 이산 값을 갖는 개체이다. 이미지 융합 실험에 제안한 기법의 성능은 출력 품질 척도로 상호 정보량(MI)으로 특징지워진다. 제안한 방법은 C=2 입력 이미지에 대해 테스트되었다. 제안한 방법의 실험 결과는 현재의 다중 초점 이미지 융합 기법에 대한 실제적이고 매력적인 대안이 됨을 보여준다.

• 한국자원식물학회지
• /
• 제16권1호
• /
• pp.40-48
• /
• 2003

C. destructans는 인삼에서 가장 문제가 되고 있는 뿌리섞음병을 유발하는 매우 중요한 미생물이다. 현재까지 정상적인 인삼포장이나 폐포지에서도 이 병원균의 농도를 조사할 만한 방법이 없어 이를 쉽게 조사함으로서 인삼 예정지 관린시 도움을 줄 수 있는 새로운 방법이 절실이 요구되고 있다. 본 연구에서는 nested PCR이란 분자생물학적 방법을 이용하여 효과적으로 매우 낮은 농도의 C. destructans을 검출할 수 있는 방법을 개발하였다. 2개의 universal ITS primers(ITS5F와 ITS4R)을 사 용 하 여 Cylindrocarpon spp.의 rDNA로부터 ITS영역을 증폭하였다. 이어 C. destructans의 specific primer(Nest 1 과 Nest 2)을 사용하여 최적의 PCR조건으로 재증폭시켜 밴드를 확인하였다. 또한 이런 2번의 과정을 4개의 primer를 동시에 사용함으로서 한번에 확인할 수 있는 방법을 개발하였으며 이에 따른 PCR조건도 확립하였다. 따라서 본 방법에 의해서 인삼포장의 토양에서 채취된 매우 낮은 농도의 wild type C. destructans spore로부터 성공적으로 positive band을 확인함으로써 추후 인삼포장의 선정 및 4년생에서 6년까지(홍삼포) 재배기간등의 예측에 활용 될 것으로 생각된다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
• /
• 제19권1호
• /
• pp.149-156
• /
• 2014

중첩형 일반화 사례 (NGE, Nested Generalized Exemplar) 기법은 거리 기반 분류를 최적 일치 규칙으로 사용하며, 노이즈에 대한 내구력을 증가시켜 주는 동시에 모델 크기를 감소시키는 장점이 있다. NGE 학습 중 생성된 교차(cross)나 중첩(overlap) 현상은 분류성능을 저해하는 요인으로 작용한다. 따라서 본 논문은 NGE 학습 중 생성된 교차나 중첩 현상이 발생한 초월 평면에대해 상호정보가 가장 큰 구간을 분리하여, 새로운 초월평면을 구성하게 하여, 분류성능 향상시키고 초월평면의 개수를 감소시키는 기법인 DHGen(Dominant Hyperrectangle Generation) 알고리즘을 제안하였다. 제안한 DHGen은 분류성능면에서 kNN과 유사하고 NGE이론으로 구현한 EACH보다 우수함을 UCI Machine Learning Repository에서 벤치마크데이터를 발췌한 실험자료로 입증하였다.

• 한국정보통신학회논문지
• /
• 제20권3호
• /
• pp.549-557
• /
• 2016

효과적인 시각화는 일반적으로 대용량의 디버깅 정보와 프로그램의 추상적 수행모델을 표현하는 것이 중요하다. 본 논문에서는 스레드들간의 논리적 병행성 관계를 나타내는 부분순서 수행그래프를 이용하여 내포병렬성과 임계구역을 가진 OpenMP 병렬 프로그램의 수행양상과 경합정보의 효과적 디버깅을 위해서 효과적으로 제공하는 추상적 시각화 도구를 제안한다. 본 도구는 수행중 추적선택 기법으로 시각화 정보를 위한 공간적 복잡성을 줄이고, 추적된 시각화 정보에 프로그램의 내포병렬성과 임계구역 동기화를 위한 그래프 추상화를 제공하여 시각적 복잡성을 해결한다. 그래프 추상화를 통한 스레드들간의 부분순서 관계와 경합탐지 정보는 프로그램의 제어흐름과 경합의 위치를 구조적으로 파악할 수 있게 하므로 프로그램 수행의 이해와 경합 탐지 및 수정에 효과적이다.