• 한국식품영양과학회지
• /
• 제29권4호
• /
• pp.606-614
• /
• 2000

Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) 기술을 이용하여 국내 식품으 로부터 분리한 Listeria sp. 분리균주에 대한 DNA polymorphism을 분석하고 유연환계를 비 교하며, 유용 marker를 개발할 목적으로 10가지 10-mer primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과 5개의 primer(OPA-01, OP-26-01, OP-26-02, OPB-01, OP-26-10)가 선별되었고, 76개 의 DNA 단편이 증폭되었다. 이 중 OPA-01과 OP-26-10 promer에 의한 약 1.5 kb와 0.7 kb의 증폭 band는 모든 Listeria 분리균에서 관찰할수 있었으나, 이 증폭된 DNA 단편은 Listeria sp.에만 특이적인 것은 아니었다. NTSYS 프로그램을 이용해서 Listeria sp. 분리구 간의 유전적 유연관계를 알아본 결과 7개의 cluster로 나누어졌고 유사도는 대체로 0.54~ 0.93사이였으며, 특히, No.3과 No.20은 93%로 가장 높은 유사도를 나타내었고, No.7과 No.24 또는 No.7과 No.45는 54%로 가장 낮은 유사도를 나타내었다. 이러한 결과는 RAPS 기술을 이용하여 쉽게 Listeria sp.를 subspecies로 분류할 수 있음을 시사하였다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제38권3호
• /
• pp.137-144
• /
• 2000

The genetic relationship of six Lactobacillus strains and five laboratory isolated form fermented milk were determined by a random amplified polymorphic DNA(RAPD)-Polymease chan reaction (PCR) method. With 42 random primers. the result were analyzed by using the NTSYS-PC software for phenetic analysis. it revealed that all tested bacteria were divided into three distinct clusters. The clusters implied three subgenuses existed for the genus Lactobacillus, which were previously proposed by Rogosa and Sharpe. From the results, it was also possible to determine that the isolated Lactobacillus strains from fermented milk were grouped into L. acidophilus or L. bulgaricus. Interestingly. the three tested L. casei strains were divided into different clusters implying different subgenuses, i.e., Thermobacterium (L. casei YIT 9018) and Streptobacterium(L. casei CHR. Hansen and L.casei ATCC 4646). According to the distance matrix generated by an UPGMA program, the isolated bacteria LT01 and LT02 were determined as a subspecies of L. bulgaricus. The HK01, HK02 and HK03 were very closely related to either L. acidophilus or L. case YIT 9018. Hence, RAPD-PCR appears to be a very practical method to determine the genetic relationships of the Lactobacillus species and to characterize the unknown Lactobacillus strains at the subspecies level.

• 한국환경과학회지
• /
• 제20권4호
• /
• pp.551-554
• /
• 2011

The production of the sharp-toothed eel by commercial catch off waters of Korea is annually declined after 1978. This study was carried out to obtain the stock management of the sharp-toothed eel using the PCR-aided RFLP method. The mtDNA COI gene was amplified using species-specific primers and PCR product was observed to 700 bp. Amplified DNA fragments were treated with six kinds of restriction enzymes (BaeHI, EcoRI, PstI, Ksp22, HinfI and HaeIII). The treatment of HaeIII showed a distinct PCR product between Yeosu/Jinhae/Jeju/Goseoung and Jangheung/Haenam populations that were observed from 300 to 400 bp in reference to 100 bp molecular marker. However, DNA fragment within populations had an identical pattern. The phylogenetic homology is 82% between two populations inferred from RFLP PCR product pattern using NTsysPC ver. 2.1. The use of HaeIII plays an important role in discriminating populations. It is thought that adults after over-wintering in the southern part of Jeju migrate to the Yeosu, Jinhae and Goseoung regions to spawn instead of to southwestern waters. Individuals within populations showed a relatively active genetic mixing and migration regardless of geography. However, the genetic ancestor of Jangheung and Haenam populations is appeared to be more adjacent to China or Japan than Jeju.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
• /
• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
• /
• pp.130-130
• /
• 2003

Gummy stem blight pathogen is very difficult not only to monitor the inoculum levels prior to host infection, and also it is destructive and hard to control in field condition. We have applied RAPD technique to elucidate the genetic diversity of the genomic DNA of Didymella bryoniae and also to generate specific diagnostic DNA probe useful for identification and detection. The 40 primers produced clear bands consistently from the genomic DNA of twenty isolates of Didymella bryoniae, and two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers. The combined data from 273 bands was analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYS-PC (Version 1.80) to generate a dendrogram. At the distance level of 0.7, two major RAPD groups were differentiated among 20 strains. RAPD group (RG) I included 8 isolates from watermelon except one isolate from melon. RAPD group (RG) IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon.. In amplification experiment with SCAR specific primer RG1F-RG1R resulted in a single band of 650bp fragment only for 8 isolates out of 20 isolates that should be designated as RAPD Group 1. However, same set of experiment done with RGIIF-RGIIR did not result in any amplified product.. Our attempts to detect intraspecific diversity of ITS region of rDNA by amplifying ITS region and 17s rDNA region for 20 isolates and restriction digestion of amplified fragment with 12 enzymes did not reveal polymorphic band. In order to develop RAPD markers for RGIV specific primer, a candidate PCR fragment( ≒1.4kb) was purified and Southern hybridized to the amplified fragment RGIV isolates. This promising candidate probe recognized only RGIV isolates

• 원예과학기술지
• /
• 제17권3호
• /
• pp.352-354
• /
• 1999

꽃도라지(Eustoma grandiflorum) 조직배양시 발생한 5개의 변이체와 모본을 이용하여 PCR 반응으로 나타난 RAPDs 밴드 형태로 유전적인 변이 유무를 확인하려고 하였다. 6개의 분류군은 엽수, 옆모양, 줄기직경, 초장 그리고 옆면적과 같은 형태적인 특징이 달랐다. 실험한 20개의 임의 primers 중에서 모본과 변이체에서 모두 밴드를 나타낸 5개 PCR 반응에서 증폭밴드는 총 34개였으며 64.7%의 다형성을 나타냈다. 밴드의 유무를 코드화하여 NTSYS-PC (ver. 1.5)분석으로 나타난 변이체들의 유전적인 거리값의 차이가 변이체인 5개체와 정상 식물체간 비유사성 계수는 0.72에서 0.91로 밀접한 유사성을 나타냈으며 거리값이 0.79에서 두 그룹으로 나뉘어졌기 때문에 변이체의 형태적인 차이와 거의 일치되는 유전적인 차이를 나타냈다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제30권3호
• /
• pp.221-226
• /
• 2003

Genetic variation of Perilla germplasms was investigated using RAPD markers. Forty-two Perilla frutescens lines and cultivars collected form locals were subjected to RAPD analysis using 220 primers. Among them only 13 primers showed polymorphic bands and these 13 primers provided a total of 144 bands, consist of 115 polymorphic and 29 monomorphic ones. The polymorphic bands were subjected to phylogenetic analysis using UPGMA and maximum parsimony (MP) methods. In the UPGMA method, similarity coefficiency of 42 Perilla frutescens lines and cultivars ranged from 0 to 0.7842. The dendrogram of 42 lines and cultivars obtained through UPGMA method resulted in two major groups, and the similar clustering pattern was found by MP method, suggesting Perilla germplasms utilized in this study truly can be divided into two major groups. Although the two major groups were consistent roughly with their phenotypes (under of node, weight of 1,000 grains, and oil content), in detail, much inconsistency also was present.

• 한국잠사곤충학회지
• /
• 제45권1호
• /
• pp.18-24
• /
• 2003

한반도에 서식하는 멧누에나방의 서식지역에 따른 유전적 변이와 집누에나방과의 종간 유연관계를 조사하였다. 멧누에나방의 isozyme 및 체액단백질을 대상으로 유전자 빈도를 조사한 결과, 조사지역 중 경북 칠곡과 경남 진주집단 사이의 유전적 유사도가 가장 높았으며, 경남 진주와 강원 고성집단 사이에서 가장 낮게 나타났다. 그러나 서식집단 상호간의 유사도는 매우 높았다. 한국산 멧누에나방과 집누에나방의 isozyme 유전자형은 대부분이 동일하게 발현되었으나, 집누에나방의 한국종에서만 발현된다고 알려진 Bes의 B형, Amy-hc의 F형, Ict-E의 n형 및 Ict-h의 M형과 S형 등의 유전자형이 한반도에 서식하는 멧누에나방에서 발현되었다. 따라서, 한반도 내에서 멧누에나방의 서식지역간 유전적 변이는 인정되지 않으며, 지금까지는 고려되지 않았던 집누에 한국종과 한국산 멧누에나방의 종간 유연관계에 대해 새로운 의문이 야기된다.

• 방사선산업학회지
• /
• 제5권4호
• /
• pp.347-352
• /
• 2011

In order to identify the genetic relationship analysis by acute and chronic gamma irradiation, Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) were irradiated with 200 Gy of gamma-rays using gamma-irradiator (3,000 Ci; Nordion, Canada) and gamma-phytotron (400 Ci; Nordion, Canada) for acute and chronic irradiation, respectively. Genetic relationship among two acute gamma-irradiated plants (A1 and A24) and three chronic gamma-irradiated plants (C1W, C2W, C3W) were analyzed using the amplified fragment length polymorphism (AFLP) technique compared with each non-irradiated plant. A total of 28 EcoRI and MseI primer combinations were used to screen 8 treatments by the ABI3130 capillary electrophoresis system. Amplified products by 28 primer sets showed 1,679 bands with an average of 51 bands per primer combination. Out of the total bands scored, 1,164 fragments were polymorphic bands, with different alleles existing among the treatments. The cluster analysis was performed using the UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic) in the computer program NTSYS-pc. In clustery analysis, acute gamma-irradiation showed higher genetic variation compared with chronic gamma-irradiation.

• 한국균학회지
• /
• 제27권4호통권91호
• /
• pp.256-273
• /
• 1999

ATCC(American Type Culture Collection)에서 분양 받은 2균주를 포함하여 1989년부터 1995년 사이에 국내 11개 장소에서 채집된 번데기동충하초(Cordyceps militaris) 72균주를 대상으로 기주적 지리적 근연관계에 따른 균주간 변이도를 관찰하고자 균사체의 배양적 특징 및 불완전세대 관찰과 DNA 분석에 의해 분류동정을 행하였다. 균사의 배양특성을 조사한 결과 균사의 자라는 모양, 속도, 색택 등에 있어서 균주간에 차이가 나타남이 관찰되었다. 번데기동충하초의 불완전 세대를 관찰한 결과 분생자경이 분지하며 윤생으로 형성되는 Verticillium속으로 동정되었으며 포자의 모양은 구형을 띠는 것으로 나타나 형태적으로는 각 균주간의 별 다른 차이를 발견할 수 없었다. 공시균주 중 인공자실체 형성이 우수하였던 두 균주(C18, C738)를 선택하여 단포자분리를 행하였으며 여기서 분리된 단포자균주 56균주와 공시균주 72균주를 대상으로 RAPD를 행하였다. RAPD에서 나타난 균주간 변이도를 NTSYS program을 사용하여 UPGMA 분석방법으로 phonogram을 작성한 결과 단포자 균주내의 평균 유전적 거리는 0.207로 나타났으며 단포자 분리를 행하였던 두 균주에 따라 각각 A그룹(C18)과 B그룹(C738)으로 나누어짐이 확인되었다. 두 그룹의 평균 유전적 거리는 각각 0.150(A group)과 0.163(B group)으로 나타났으며 그룹간 평균 유전적 거리는 0.221로 나타났다. 공시균주간에는 크게 그룹으로 나누어지는 경향이 관찰되지 않았으며 이들의 평균 유전적 거리는 0.330으로 나타나 본 실험에서 사용된 번데기동충하초(C. militaris)의 균주 간에는 33%의 유전적 변이가 있음이 확인되었다.고, SF4와 LF4는 처리군 중에 유의적으로 가장 낮은 값을 나타내었다. 총균수와 젖산균수의 변화는 용존 $CO_{2}$함량 변화와 유사한 경향을 나타내었다. SF4, LF4, SF15는 관능검사 결과 발효가 지연되어 풋내와 짠맛이 높게 평가되었고 탄산미는 낮게 평가되었다. LF25는 관능검사 결과 다른 처리군에 비해 신맛과 이취가 유의적으로 높게 평가되었다. $15^{\circ}C$에서 24시간 발효시킨 나박김치 (LF15)와 $25^{\circ}C$에서 12시간 발효시킨 나박김치(SF25)는 탄산미와 관계가 있는 용존 $CO_{2}$함량이 저장 12일까지 지속적으로 증가하였으며, 관능검사 결과 저장 기간 동안 다른 처리군에 비해 풋내와 이취가 적으면서 탄산미가 높게 평가되어 $15^{\circ}C$에서 24시간 발효(LF15)와 $25^{\circ}C$에서 12시간 발효(SF25)가 적합한 초기 발효 조건으로 생각된다. 이러한 연구 결과를 통해 물김치류인 동치미나 열무 물김치도 초기 발효 조건에 따라 이화학적, 미생물학적 및 관능적 특성에 많은 차이가 있을 것이므로 이에 대한 연구가 필요하다고 사료된다.화점에서 시판되고 있는 계란 총 446개에 대해서도 동일한 절차와 방법으로 조사하였던바, 재래시장에서 구입했던 계란의 난각부분(Egg-shell)에서만 가금티푸스(fowl Typhoid)의 병원체인 S. gallinarum이 1주$(0.2\%)$만이 분리되었고, 기타 세균으로서는 대장균군이 역시 난각에서 가장 높은 빈도로 분리되었고, 난황(Yolk)에서는 극히 낮은 수준의 세균오염도를 보였다. 다양한 동물종유래 S. aureus

• 한국작물학회지
• /
• 제51권3호
• /
• pp.259-268
• /
• 2006

1. 자포니카 벼 114 계통에 대해 다양성과 근연관계를 확인하고자 MITE 중에서 mPing family를 이용하여 MITE-TD 기법으로 분석하여 품종간의 다양성 정도를 산출한 결과 마커들의 PIC 값이 $0.293{\sim}0.499$ 범위로 나타났다. 2. 두 개의 mPing primer와 selective primer인 BfaI+G 와 BfaI+C의 조합을 이용하였을 때, 공시계통인 114개의 자포니카 벼 전체를 구분할 수 있었다. 3. NTSYS-pc를 이용한 근연관계 분석 결과, 유사계수의 범위는 0.802에서 부터 0.081까지였고, 자포니카 벼 114 품종은 크게 5 개의 그룹으로 분류되었다. 4. 8 개의 MITE-AFLP marker 연관분석을 밀양 23호/합천앵미 3호 조합 RIL을 이용하여 실시한 결과, 이들은 염색체 l번, 2번, 4번, 5번, 7번 그리고 9번에 각각 위치함을 확인하였다.