• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권1호
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• pp.109-117
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• 2020

Cre recombinase is widely used to manipulate DNA sequences for both in vitro and in vivo research. Attachment of a trans-activator of transcription (TAT) sequence to Cre allows TAT-Cre to penetrate the cell membrane, and the addition of a nuclear localization signal (NLS) helps the enzyme to translocate into the nucleus. Since the yield of recombinant TAT-Cre is limited by formation of inclusion bodies, we hypothesized that the positively charged arginine-rich TAT sequence causes the inclusion body formation, whereas its neutralization by the addition of a negatively charged sequence improves solubility of the protein. To prove this, we neutralized the positively charged TAT sequence by proximally attaching a negatively charged poly-glutamate (E12) sequence. We found that the E12 tag improved the solubility and yield of E12-TAT-NLS-Cre (E12-TAT-Cre) compared with those of TAT-NLS-Cre (TAT-Cre) when expressed in E. coli. Furthermore, the growth of cells expressing E12-TAT-Cre was increased compared with that of the cells expressing TAT-Cre. Efficacy of the purified TAT-Cre was confirmed by a recombination test on a floxed plasmid in a cell-free system and 293 FT cells. Taken together, our results suggest that attachment of the E12 sequence to TAT-Cre improves its solubility during expression in E. coli (possibly by neutralizing the ionic-charge effects of the TAT sequence) and consequently increases the yield. This method can be applied to the production of transducible proteins for research and therapeutic purposes.

• 디지털융복합연구
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• 제12권3호
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• pp.141-147
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• 2014

확산모형은 시장의 예측이나 그 방법론의 연구를 위해 마케팅에서 광범위하게 다뤄졌을 뿐 아니라, 경제학에서도 다양하게 활용되어 왔다. 특히 Bass 모형은 Rogers의 혁신확산 및 수명주기이론을 간단한 수리적 모형으로 표현할 수 있기에 혁신적 신제품의 채택과 확산을 설명하는데 널리 활용되었다. 그럼에도 불구, 확산모형은 '산업의 쌀' 이라 일컬어지는 반도체의 수요예측에 일부 선도적 연구를 제외하고는 활용된 바 없다. 이에 Bass 모형에서 진일보한 비선형회귀 접근법 확산모형을 활용, 전력반도체 중 전기전자기구의 필수 스위치로 채택되는 MOSFET의 수요를 추정하여 수명주기를 예측하고 그 과정을 설명함으로써 산업관계자는 물론 반도체와 전기전자산업 정책입안자에게 중요한 시사점을 전달하고자 한다.

• 한국통신학회논문지
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• 제40권1호
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• pp.88-95
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• 2015

본 논문은 비선형적 최소제곱법을 위한 효율적인 위치추정기법 연구를 하였다. 비선형적 최소제곱 방식은 선형적 최소제곱 방식에 비해 정확도가 높으며 거리 오차에 대해서 보다 강인한 추세를 보이지만 회기적인 방법을 취하기 때문에 계산 량이 매우 많아지는 단점이 있다. 본 논문에서는 비선형적 최소제곱 위치 추정 방식인 Newton method와 Levenberg-Marquardt 방식을 이용하였을 때 추정 위치 정확도와 복잡도 간의 기회비용 관점에서 효율적인 알고리즘을 제시하여 계산 량을 줄이면서 성능 열화를 방지할 수 있는 기법을 제시하였다. 시뮬레이션 결과로 추정 위치 정확도와 회기(iteration) 횟수를 구하고 선형적 방식의 위치 추정 성능, 기존의 비선형적 방식, 제안한 방식에 대해 비교 분석하여 제안한 알고리즘을 검증하였다.

• 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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• 한국수정란이식학회 2004년도 제4회 발생공학 국제심포지움 및 학술대회
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• pp.81-82
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• 2004

• BMB Reports
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• 제45권9호
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• pp.521-525
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• 2012

In addition to its pivotal role in neuronal survival, PI3K/Akt signaling is integral to neuronal differentiation and neurite outgrowth. However, the exact role of Akt in neuronal differentiation is still controversial. Here, we found that nuclear expression of CA-Akt resulted in unusual rapid neurite outgrowth and overexpression of KD-Akt caused multiple dendrite growth without specific axon elongation. Moreover, microarray data revealed that the expression of FOXQ1 expression was about 10-fold higher in cells with nuclear, active Akt than in control cells. Quantitative real-time PCR analysis showed that mRNA levels were upregulated in NLS-CA-Akt cells as compared to KD or EV cells. Furthermore, our FACS analysis demonstrated that overexpression of NLS-CA-Akt accumulate cells in the G1 phase within 24 h, fitting with the rapid sprouting of neuritis. Thus, our data implied that at least in this early time frame, the overexpression of nuclear, active Akt forced cells into neurite development through probably FOXQ1regulation.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제8권1호
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• pp.19-25
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• 1980

난산균의 효율적인 보존문제로서 Lactobacillus bulgaricus NLS-4를 사용하여 동결 및 동결건조법이 이 균주의 생존도 및 활성도에 미치는 영향을 조사하였다. 동결 및 동결건조처리 후 전반적인 생존도 및 활성도는 저하되나 초발미생물농도를 높여준 경우 모두 증대되어 동결시에는 최고 생존도 및 활성도가 각각 46％ 및 0.25％ lactic acid였고 동결건조 시에는 22％ 및 0.29％ lactic acid였다. 동결 및 동결건조 처리전 보호물질로서 각각 10％ glycerol과 G. C. G. S. 현탁용액을 첨가한 경우 대조군인 10% skim milk를 첨가한 경우보다 생존도 및 활성도가 증가하여 동결시에는 최고 생존도 62％, 최고 비교활성도 95％를 나타냈고 동결건조시에는 각각 79％, 126%를 나타냈다. 결론적으로는 미생물농도가 생존도 및 활성도를 높이기 위한 가장 중한 인자임을 알 수 있었고 보호물질의 첨가도 효과적임을 알 수 있었다.

• 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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• 한국방송공학회 2011년도 추계학술대회
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• pp.349-352
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• 2011

모바일 IPTV는 이동통신망을 이용하여 방송서비스를 제공한다. 이동통신망을 통해 원활하게 방송서비스를 제공하기 위해서는 극복해야 할 기술적인 장벽이 몇 가지 존재한다. 그 중 하나로, 사용자가 기지국과 기지국 사이를 이동하는 경우 통신망은 연속적으로 서비스를 제공하기 위해 상대 기지국에 사용자의 정보를 전달하는 핸드오버 절차가 수행된다. 핸드오버 절차가 수행되면 시간의 지연이 발생하는데, 시간 지연은 방송 품질에 영향을 미칠 수 있다. 따라서 핸드오버의 발생에 따른 성능 분석은 원활한 방송 서비스를 제공하는데 있어 필수적인 과정으로 볼 수 있다. 본 논문은 핸드오버 성능을 분석하기 위하여 기본적인 무선 액세스 네트워크의 기능이 이미 구현되어 있는 NLS(Network-level Simulator)를 이용한 모의실험 방법을 제시한다. 하지만, 성능 분석에 필요한 기능이 모두 NLS에 포함되어 있지는 않다. 따라서 본 논문에서는 NLS 중 하나인 QualNet을 이용하여 핸드오버 성능 분석에 필요한 기능을 구현하는 방법을 예로 설명한다. 성능은 핸드오버 지연시간과 지연시간의 CDF(Cumulative Distribution Function) 로서 나타낸다.

• Experimental and Molecular Medicine
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• 제50권12호
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• pp.6.1-6.10
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• 2018

Bmal1 is one of the key molecules that controls the mammalian molecular clock. In humans, two isoforms of Bmal1 are generated by alternative RNA splicing. Unlike the extensively studied hBmal1b, the canonical form of Bmal1 in most species, the expression and/or function of another human-specific isoform, hBmal1a, are poorly understood. Due to the lack of the N-terminal nuclear localization signal (NLS), hBMAL1a does not enter the nucleus as hBMAL1b does. However, despite the lack of the NLS, hBMAL1a still dimerizes with either hCLOCK or hBMAL1b and thereby promotes cytoplasmic retention or protein degradation, respectively. Consequently, hBMAL1a interferes with hCLOCK:hBMAL1b-induced transcriptional activation and the circadian oscillation of Period2. Moreover, when the expression of endogenous hBmal1a is aborted by CRISPR/Cas9-mediated knockout, the rhythmic expression of hPer2 and hBmal1b is restored in cultured HeLa cells. Together, these results suggest a role for hBMAL1a as a negative regulator of the mammalian molecular clock.

• 대한핵의학회지
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• 제37권5호
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• pp.288-300
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• 2003

목적: ${H_2}^{15}O$ PET의 정량화를 위하여 1-조직 구획모델이 쓰이며, 뇌혈류와 조직/혈액 분배계수를 구하기 위하여 nonlinear least squares (NLS) 방법이 사용되나 계산 시간이 긴 등의 문제로 파라미터를 각화소마다 구해야 하는 파라메트릭 영상 구성에는 적합하지 않다. 이 연구에서는 이와 같은 NLS 문제점을 극복하여 파라메트릭 영상을 빠르게 구성하기 위하여 제안된 파라미터 추정 알고리즘들을 구현하고, 이 방법들의 통계적 신뢰도와 계산의 효율성을 비교하였다. 대상 및 방법: 이 연구에서 이용한 방법들은 linear least squares (LLS), linear weighted least squares (LWLS), linear generalized least squares (GLS), linear generalized weighted least squares (GWLS), weighted integration (WI), 그리고 model-based clustering method (CAKS)이다. 노이즈 정도에 따른 각 파라메트릭 영상법의 정확성 및 통계적 신뢰성을 알아보기 위하여 Zubal 뇌모형(brain phantom)으로부터 동적 PET 영상을 모사하고 포아송노이즈를 더한 후 각 파라메트릭 영상 구성 방법을 적용하였다. 또한 정상인 16명에 대하여 얻은 실제 자료에 대하여 이 방법들을 적용하고 결과를 비교하였다. 결과: 뇌혈류와 분배계수에 대한 평균 오차는 방법에 따라 크게 다르지 않았으며 모든 방법이 뇌혈류 및 분배계수 추정에 있어 무시할 만한 바이어스를 보였다. 파라메트릭 영상의 정성적 특성 또한 유사하였으나 CAKS 방법의 계산 속도가 월등하여 NLS 방법의 약 1/500, LLS 방법의 약 1/25의 계산시간을 보였다. 결론: 뇌혈류 파라메트릭 영상 구성을 위한 빠른 파라미터 추정 알고리즘들 중에 보다 개선되어 제안된 LWS, GLS, GLWS, CAKS 방법들이 단순하고 빠른 LLS, WI 방법들에 비하여 통계적 신뢰성을 크게 향상시키지는 못하나 CAKS 방법은 계산 시간을 유의하게 단축시키므로 가장 적합한 파라메트릭 영상 구성방법이라 할 수 있을 것이다.

• KSBB Journal
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• 제24권4호
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• pp.403-409
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• 2009

본 연구에서는 H2AX의 생리학적인 기능 및 분자세포 생물학적 기전 해석에 대한 보다 명확한 정보를 제시하고자, H2AX 관련 단백질들을 literature review 및 생물정보학적인 기술을 이용하여 최적의 결합 단백질체를 40개를 예측하곤 이들 가운데 상호작용 가능성이 높은 BRCA1와 BARD1 단백질을 선별하여 in vitro 결합실험을 통해 이를 증명하였다. 이들 두 가지의 유전자를 발굴하여, 클로닝하였다. 클로닝된 유전자를 이용하여 두 가지 단백질을 발현 및 정제하였으며, 단백질들의 자체적인 구조에 의한 결합능력을 판단하기 위해 in vitro binding assay법을 실시하였다. 단백질의 구조적 안정과 비특이적 결합을 억제하는 detergent만이 포함된 상태에서, 구조학적 및 물리학적 상호 결합의 유무를 판정할 수 있게 하였으며, BRCA1과 BARD1은 모두 H2AX에 결합함을 확인하였다. 이런 실험결과를 바탕으로 각각의 단백질에 대해 H2AX와의 최적 결합 부위를 알아내기 위해 각 유전자의 domain을 생물정보학적으로 분석하였다. 이에 RING domain, NES, NLS 및 BRCT domain에 해당하는 유전자 부분을 새로 클로닝하여, 다시 in vitro 결합실험 및 실험결과에 대한 literature review를 통한 분석을 실시한 결과, H2AX는 BRCA1의 NLS, BARD1의 BRCT domain 부분과 결합하는 것을 확인하였다. H2AX에 대한 BRCA1과 BARD1과의 결합은 DNA repair에 있어 BRCA1의 NLS와 BARD1의 BRCT domain을 통해 H2AX foci의 관련 세포 신호전달 기전에 중요한 역할을 하여 전체적으로 genomic stability에 영향을 미칠 가능성이 농후할 것으로 사료된다.