• 생명과학회지
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• 제14권1호
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• pp.115-120
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• 2004

민자주방망이버섯은 우수한 식용버섯으로 세계적으로 분포하고 있는 종이다. 민자주방망이버섯과 5가지 송이과버섯 종들의 유전적인 변이와 분류학적 관계를 RAPD에 의해 분석 하였다. RAPD에 15가지 random primer를 사용하였다. 버섯들의 유전적 거리는 UPCMA를 사용하여 측정하였고 계통유전학적 유연관계는 neighnor-joining (NJ) 방법을 사용하여 분석하였다. PCR에 의하여 증폭된 RAPD 절편들은 100bp에서 1600 bp이었다. Nei-Li의 유전적 거리는 228개의 DNA밴드를 사용하여 계산하였고 이를 바탕으로 계통유전학적 계통수를 만들었다. 민자주방망이버섯, 자주방망이버섯 아재비, 가랑잎애기버섯, 밀버섯, 만가닥버섯, 졸각버섯의 유전적 변이 는 각각 0∼21.3%, 21.2∼28.0%, 15.4∼23.0%, 14.0∼21.8%, 16,5∼34.6%, 12.4∼27.4%이였다. CI (Consistency index), RI (Retention index), HI (Homoplasy inedx)의 값은 각각 0.5217, 0.5769, 0.5156이었다. 또한 NJ tree로 두 그룹을 만들 수 있었다. 유전적 거리는 민자주방망이버섯과 자주방망이버섯아재비보다 민자주방망이버섯과 밀버섯이 더 가까웠다.

• 생명과학회지
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• 제24권6호
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• pp.626-632
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• 2014

한국산 붉바리 집단에서 유전적 구조와 계통 유연관계를 mtDNA COI 유전자 서열의 다형성을 이용하여 조사하였다. COI 유전자 서열을 결정하였고 기존에 보고된 서열들과 비교하였다. 본 연구를 통해 결정된 COI 서열들은 기존에 보고된 EF607565에 대하여 99.1-99.8%의 동일성을 나타내었다. 전체 20가지의 haplotype들이 발견되었고, 한국산 붉바리 집단은 19가지의 haplotype을 나타내었다. 이들 중 Hap_03과 Hap_08은 각각 제주도와 중국-특이적인 COI 서열들을 보였다. 반면, Hap_07은 한국에서 채집된 시료들과 홍콩과 대만에서 보고된 기록 등 여러 COI 서열들을 포함하였다. COI haplotype들의 다형성에 근거한 계통 유전학적 분석을 통해 작성된 NJ tree는 Epinephelus 속 내에서 단계통적인 분지양상을 나타내었고, 이는 붉바리 집단들이 공통의 모계 선조에서 진화한 것임을 나타내었다. 또한 중국해에서 보고된 COI 서열만을 포함하였던 Hap_08은 NJ tree의 중앙부에서 위치하였고, Hap_07의 서열들과도 근연의 관계임을 보여주었다. 이 결과는 중국산 붉바리 역시 동아시아의 다른 집단들과 모계적으로 연관되어있음을 보여주었다. 결과적으로, 동아시아 붉바리 집단들은 모계적으로 연관되어있을 뿐만 아니라 공통의 진화 역사를 공유하고 있으며 여전히 동아시아 해류(Kuroshio 해류)에 의해 영향을 받는 집단이라고 할 수 있다. 본 연구는 붉바리의 유전적 구조와 계통 유연관계를 이해하는 데 도움을 줄 수 있으며, 인공증식과 산업화에 관련된 연구에 있어 중요한 역할을 담당할 것으로 기대된다.

• 한국양봉학회지
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• 제33권4호
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• pp.227-237
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• 2018

The majority parasitic bee mites of Thailand in genus Tropilaelaps are infesting colonies of native bees (Apis dorsata) and introduced bees (A. mellifera). The investigation aims to study morphological and genetic variation of Tropilaelaps mites infected different hosts. Adult mites were collected from honey bee brood throughout Thailand. Traditional and geometrical morphometrics were measured on photograph by using TPS program. Additional, COI gene variations were examined by PCR-RFLP and nucleotides sequencing. Tree of mites relationships were constructed by NJ and MP assumptions. Morphometric results indicated T. mercedesae were major species infesting on A. dorsata and A. mellifera. Mophological variation represented at anal and epigynial plate, which the shape of the anal plate apex margin has been key character to identify between T. mercedesae (bell to blunt shape) and T. koenigerum (pear shape). However, the discriminant analysis suggested that geometric results were potential to classify Thai Tropilaelaps populations from different hosts better than traditional morphometric. Otherwise, PCR-RFLP clearly detected the site of Dra I and Xba I digestion of Thai Tropilaelaps morphotypes. The COI sequences of T. koenigerum were founded infesting only A. dorsata in Thailand and four sequences that related to the Thai T. mercedesae morphotypes. The NJ and MP tree were clearly classified Thai Tropilaelaps species which were suggested both from morphological and molecular analysis. This information might be basically of taxonomic status, but this should have implication for controlling these mites in Thailand and other countries.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권7호
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• pp.921-926
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• 2012

In order to protect the genetic resource of native horse breeds, the genetic diversity of mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop of three native horse breeds in western China were investigated. Forty-three 600 bp mtDNA D-loop sequences were analyzed by PCR and sequencing techniques, 33 unique haplotypes with 70 polymorphic sites were detected in these horses, which account for 11.67% of 600 bp sequence analyzed, showing the abundant genetic diversity of the three native horse breeds in western China. The Neighbour-Joining (NJ) phylogenetic tree based on 247 bp of 43 D-loop sequences demonstrated the presence of seven major lineages (A to G), indicating that the three native horse breeds in western China originated from multiple maternal origins. Consistent with the front, the NJ phylogenetic tree based on 600 bp of mtDNA D-loop sequences of 43 Chinese western native horses and 81 sequences of six horse breeds from GenBank indicated that the three horse breeds had distributed into the seven major lineages (A to G). The structure of the phylogenic tree is often blurred because the variation in a short segment of the mitochondrial genome is often accompanied by high levels of recurrent mutations. Consequently, longer D-loop sequences are helpful in achieving a higher level of molecular resolution in horses.

• 식물분류학회지
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• 제35권3호
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• pp.161-174
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• 2005

한국산 반하속 식물의 종간 및 종내 집단간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였으며, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300 bp에서 2,500 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 7개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 70개의 유효한 polymorphic band makers를 확인하였고, Nei-Li의 유전적 거리지수를 이용하여 분석하였다. 또한 이러한 자료에 근거하여 종내 개체군 군집에 대한 UPGMA 유집분석 및 NJ tree를 도출하였다. 반하의 지역별 개체군 집단간에는 각각 낮은 유전적 거리지수 수준에서 유집되어 전반적으로 개체군간 유연관계가 밀접한 것으로 조사되었다. 반하는 지역별 개체군에 따라 잎의 형태와 꽃의 색에 따른 형태학적 변이 및 체세포염색체수의 세포학적 변이 패턴을 다양하게 보이고 있어 이는 생육지의 다양성에 의해 나타난 형질분화의 차이로 추정된다. 이런 특성은 반하의 분화속도를 빠르게 하는 주요 원인으로 판단된다. 본 연구를 통해 볼 때 새로운 종은 반하속에 속하는 분류군으로 제주도와 일본의 반하 개체군과 매우 가까운 유연관계를 형성하고 있는 것으로 밝혀졌다. RAPD 분석은 한국산 반하속 식물종의 종간 및 종내 개체군 집단간의 유연관계 파악에 매우 유용한 실험적 접근방법임을 보여주었다.

• Plant Resources
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• 제8권2호
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• pp.135-144
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• 2005

RAPD analysis was performed to discuss the taxonomic status and phylogenetic relationships among the tribe Forsythieae and related groups. Two hundred and eighteen scorable polymorphic bands were detected from fourteen oligonucleotide primers. From the results of RAPD analysis by Nei and Li's genetic distance, each individuals of Abeliophyllum distichum showed high genetic relationships with ranging from 0.085 to 0.301, also the genus Forsythia showed from 0.042 to 0.655 among the species and populations. But, Abeliophyllum and Forsythia showed distinct dissimilarity, ranging from 0.610 to 1.258. And genetic differences among the population of Forsythia were 0.042 in F. koreana, 0.275 in F. saxatilis, 0.275 in F. ovata, 0.279 in F. nakaii, and 0.249 in F. viridissima. The UPGMA phenogram of tribe Forsythieae based on the results of RAPD analysis were presented that Abeliophyllum is distinct genus different from Forsythia. NJ tree which applied as the outgroups Fontanesia and Jasminum was derived, and it showed that tribe Forsythieae might be a monophyletic group. The genus Fontanesia was showed as sister group of tribe Forsythieae. Among the populations of taxa in Forsythia, F. koreana and F. saxatilis were more closely related, and F. ovata and F. nakaii were very closely related to F.japonica. And Fontanesia was the sister group of tribe Forsythieae.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권4호
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• pp.471-476
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• 2007

Little is known about the origin and genetic diversity of swamp buffaloes in China. To obtain more knowledge on genetics of the water buffalo in China, the complete mitochondrial D-loop sequences of 30 samples from 6 native types were investigated. The results revealed 12 mitochondrial haplotypes with 50 polymorphic sites. Among these polymorphic sites, there were 49 transitions and 1 transversion. The average nucleotide diversity and haplotype diversity estimated from mtDNA D-loop region in 6 Chinese water buffalo types were 0.00684 and 0.798, respectively, showing rather abundant mitochondrial genetic diversity. The Neighbor-Joining (NJ) tree of mtDNA of Chinese water buffaloes was constructed according to the 12 haplotypes. The NJ tree indicated two lineages being designated lineage A and lineage B, in which lineage A was predominant, and lineage B was at low frequency. The new lineage B was first discovered and defined in 6 Chinese water buffalo types. These results showed that two different maternal lineages were involved in the origin of domestic swamp buffaloes in China and the lineage B was probably an introgression from Southeast Asian buffaloes.

• 생명과학회지
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• 제22권3호
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• pp.293-297
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• 2012

분자 운동 단백질은 신경세포 내의 세포체에서 특정 목적지까지 소포를 이동시키는데 관여한다. 오징어의 거대 축삭은 간단한 제거조작으로 축삭을 분리 가능하기 때문에 신경세포내 물질이동기전 연구의 좋은 모텔로 활용 가능하다. 이전연구에서 오징어 거대축삭의 소포들은 미세소관을 따라 이동하는 키네신 항체에 의하여 운반됨이 확인되었다. 본 연구는 오징어 뇌에 존재하는 키네신들을 크로닝하고, 분리된 유전자의 분석을 행하기 위하여 키네신 운동 도메인에서 잘 보존된 아미노산 배열에 해당되는 영역에 DNA primer을 이용하여 새로운 6종류의 키네신을 분리하였다. 오징어의 키네신들과 생쥐의 키네신들의 motor 영역의 아미노산분석에서 보존된 영역이 존재하며, Maximum Parsimony (MP) 방법, Neighbor-Joining (NJ) 방법, Minimum Evolution (ME) 방법, 그리고 Maximum likelihood (ML) 방법을 기초로 한 계통분석에서 생쥐의 키네신과 높은 상동성을 나타내었으며, 또한 계통수에서도 높은 상관관계가 확인되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권12호
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• pp.1696-1700
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• 2005

Five China native cattle breeds have been characterized by using 10 microsatellite DNA markers. The studied populations can be divided into five groups: Luxi cattle, Nanyang cattle, Jinnan cattle, Qinchuan cattle and Yanbian cattle. Allele frequencies were calculated and used for the characterization of the breeds and the study of their genetic relationships. Heterozygosity, polymorphism information content, the effective number of alleles was calculated. Nei' standard genetic distance (1978) was calculated and used for a neighbor-joining tree construction. NJ tree showed that Luxi cattle, Nanyang cattle, Jinnan cattle and Qinchuan cattle are closely related, whereas Yanbian cattle are clearly distinct from other four populations. The genetic relationship of five breeds corresponds to their history and geographic origins. This work analyzes the recent origin of these populations and contributes to the knowledge and genetic characterization of China native breeds.

• 한국어류학회지
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• 제21권4호
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• pp.291-298
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• 2009

한국, 중국, 일본, 대만 등 동아시아에 분포하는 피라미속 (Zacco) 어류에 대한 mitochondrial cytochrome b gene의 염기서열 분석을 통해 분자계통학적 유연관계를 조사하였다. MP tree 분석 결과, 한국산 참갈겨니와 갈겨니 집단은 모두 단계통군을 형성하고 있었으나 생물분포구계의 남한아 지역에 분포하는 참갈겨니와 갈겨니 집단은 일본산 갈겨니와 유전적으로 유사하게 분석되었다. 또한 한국산 피라미 집단은 일본산 피라미와 유전적 친화성을 보였으나, 중국산 피라미는 끄리와 분자계통학적 유연관계를 형성하였다. 참갈겨니의 한강집단은 동해 중북부에 서식하는 집단과 유전적으로 유사하였고, 갈겨니의 동진강과 영산강 집단은 유전적 동일 집단, 동진강과 섬진강 집단은 유전적 유사집단으로 여겨졌다. NJ tree 분석을 통해 피라미 집단은 참갈겨니와 갈겨니 및 Z. sieboldii 집단과는 오래전에 공동조상으로부터 분화되었고, Z. sieboldii의 조상으로부터 참갈겨니와 갈겨니가 분기진화한 것으로 추정되었다. 또한 중국에 서식하는 피라미는 한국산 피라미 집단과 상당한 유전적 차이를 보였을 뿐만 아니라 끄리속 어류와 분자계통수를 형성하고 있어 추후 동물지리학적 분포 및 피라미속 어류에 대한 계통분류학적 논의가 요구된다.