• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제13권7호
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• pp.3511-3532
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• 2019

Coverage-guided fuzzing is an efficient solution that has been widely used in software testing. By guiding fuzzers through the coverage information, seeds that generate new paths will be retained to continually increase the coverage. However, we observed that most samples follow the same few high-frequency paths. The seeds that exercise a high-frequency path are saved for the subsequent mutation process until the user terminates the test process, which directly affects the efficiency with which the low-frequency paths are tested. In this paper, we propose a fuzzing solution, ER-Fuzz, that truncates the recording of a high-frequency path to influence coverage. It utilizes a deep learning-based classifier to locate the high and low-frequency path transfer points; then, it instruments at the transfer position to promote the probability low-frequency transfer paths while eliminating subsequent variations of the high-frequency path seeds. We implemented a prototype of ER-Fuzz based on the popular fuzzer AFL and evaluated it on several applications. The experimental results show that ER-Fuzz improves the coverage of the original AFL method to different degrees. In terms of the number of crash discoveries, in the best case, ER-Fuzz found 115% more unique crashes than did AFL. In total, seven new bugs were found and new CVEs were assigned.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제31권1호
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• pp.15-26
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• 1998

p53 돌연변이 여부에 따른 유방암의 위험 인자를 찾아내고, p53 유전자 돌연변이가 유방암 발생에 관여하는 기전을 알아보기 위하여, 1993년 1월부터 1994년 11월 사이에 서울중앙병원에서 유방암으로 진단 받고 수술을 받은 환자 81명과, 이들과 연령, 거주 지역,교육 수준, 그리고 폐경 상태 등에 따라 1:1 혹은 1:2로 짝지은 대조군 121명을 대상으로, 임신력과 중요 영양소 및 총 칼로리 섭취량, 그리고 기타 유방암 관련 요인, p53 유전자 돌연변이 여부, 돌연변이 유형 등을 확인하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 유방암 환자 81명중에 돌연변이가 관찰된 예는 25예(30.9%)였다. 이중에서 염기 치환이 20예(24.63%)로서 전이와 변위가 각각 10예(12.3%)였다. 전이 중에는 'C to T' 전이가 8예(9.9%), 'G to A'와 'A to G'는 각각 1예(1.2%)에 불과하였다. 변위는 'C to G'와 'G to T'가 각각 4예(4.9%)였고,'A to T'와 'T to A'가 각각 (1.2%)였다. 삽입과 탈락은 각각 4예(4.9%)와 1예(1.2%)였다. 전체 환자군과 전체 대조군 사이의 비교에서 분만횟수가 증가할수록 유방암의 대응비는 유의하게 감소하는 경향을 보였으며, 열량, 지방 및 단백질의 섭취량이 증가할수록 유방암의 위험도가 유의하게 증가하였다. p53 돌연변이 양성 환자군과 그 대조군 사이의 비교에서 지방과 단백질의 섭취량이 증가할수록 유방암의 위험도가 증가하였으나, 분만횟수증가는 유방암 위험도에 유의한 영향을 미치지 않았다. p53의 돌연변이가 확인되지 않은 경우에도 분만횟수 증가는 유의하지 않았으며, 식이요인 중에는 단백질만이 의미 있는 위험인자로 나타났다. 식이요인에 의한 유방암의 위험도 증가는 p53돌연변이가 존재하는 경우에 특히 두드러지게 나타났다. 이러한 결과는 식이 요인이나 그와 관련된 내분비적 요인에 의하여 p53 변이가 유발되고 이 변이가 유방 세포 암발생의 첫 단계로 작용하거나, 혹은 p53의 변이가 다른 유전자의 변이에 뒤 이어서 발생하는 촉진인자(promoter)로 작용할 수 있음을 시사하는 소견이다.

• 생물정신의학
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 2019

Psychiatric disorder as dysfunctional behavioural syndrome is a paradoxical phenomenon that is difficult to explain evolutionarily because moderate prevalence rate, high heritability and relatively low fitness are shown. Several evolutionary genetic models have been proposed to address this paradox. In this paper, I explain each model by dividing it into selective neutrality, mutation-selection balance, and balancing selection hypothesis, and discuss the advantages and disadvantages of them. In addition, the feasibility of niche specialization and frequency dependent selection as the plausible explanation about the central paradox is briefly discussed.

• 말소리와 음성과학
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• 제13권4호
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• pp.89-100
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• 2021

본 연구는 변성 과정의 남성 음역대 특성을 살펴보기 위해 변성이전(21명), 변성(16명), 변성이후(20명) 단계에 있는 57명의 남성을 대상으로 활창과 축약된 발성범위 프로파일(voice range profile, VRP)을 사용하여 음역대를 비교하였다. 또한 측정방법별로 진성구와 가성구 VRP의 차이를 비교하였다. 연구 결과, 평균기본주파수(F0)는 변성이전>변성>변성이후 순이었고, 최고기본주파수(F0max), 기본주파수범위(F0range), 최대음성강도(Imax) 및 음성강도범위(Irange)는 변성 단계에서 가장 낮았으며, 가성구가 진성구에 비해 높았다. 또한 대부분의 변수에서 활창이 축약된 VRP에 비해 높았으나 차이는 유의하지 않았다. 본 연구를 통해 변성 단계에 있는 남성은 변성기의 일시적인 후두의 해부학적 및 생리학적 변화로 인해 성대 진동이 불안정하게 됨으로써 음역대 또한 다른 연령대와 다른 양상을 보임을 알 수 있었다. 이와 더불어 활창을 이용한 VRP와 축약된 VRP 모두 검사자가 숙련된 경우에 임상에서 모두 사용하기에 적합하며, VRP 측정 시 가성구 외에도 진성구 범위까지 측정해야 한다는 사실을 확인하였다.

• 한국작물학회지
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• 제26권4호
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• pp.318-323
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• 1981

대두의 돌연변이육종을 함에 있어서 돌연변이기의 효율적인 선발법을 확립하기 위하여 M_1세대의 초장 및 주당종자수와 M_2세대의 돌연변이 출현과의 관계 그리고 M_1 식물체의 키메라에 대해 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 30kR의 감마선을 종자에 처리하였을 때 M_1초장의 분포는 무처리에 비해 45-68% 감소되는 개체가 전체의 63.7%를 차지하였으며 이 범위에 속하는 집단내에서 엽녹소변이는 71.4%, 가시적 형태변이가 62.3%를 차지하였다. 2. M_1주당종자수는 6-15개인 개체가 전체의 58.9%를 차지하였고 이때 엽녹소변이는 55.3%, 가시적 형태변이는 63.4%를 차지하였다. 3. M_1 집단에서 초장과 주당종자수는 통계적으로 유의한 정의 상관이 있었다. 4. M_1의 초장의 장해가 심하고 주당종자수가 적을 수록 M_2에서 가시적 형태변이의 출현율이 높았으며 반대로 엽녹소변이는 초장장해가 적고 주당종자수가 많을수록 변이출현율이 높은 경향이었다. 5. 변이가 일어난 M_2 family의 변이의 sector 크기는 M_1주당종자수 적을수록 크게 나타났다. 6. 엽녹소변이를 대상으로 M_1식물체의 꼬투리별로 돌연변이의 출리양상을 보면 식물체의 부위별로 일정한 경향이 없이 임의로 발생하였다. 7. 대두의 돌연변이육종을 효율적으로 수행하기 위해서는 종자에 고선량의 방사선을 처리할 것과 M_1의 주당종자수가 적은 개체를 수확하여 M_2에서 집단으로 양성할 것을 추천한다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제22권1호
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• pp.15-21
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• 1997

인체 T-림프구에서 감마선과 대표적 화학 독성물질인 pentachlorophenol(PCP)의 돌연변이 효과를 hypoxanthine phosphoribosyl transferase(hprt) 유전자의 돌연변이 빈도로써 측정하였다. 감마선은 $^{137}$Cs원을 사용하여 세포의 초기배양 시기에 0-3.0 Gy를 조사하였고, PCP는 세포의 초기배양시 최종농도 0-100 ppm으로 24시간 투여하였다. 돌연변이세포는 6-thioguanine을 처리 하에 세포가 성장하는 능력으로 분류하였다. 방사선에 의한 돌연변이빈도는 1.0 Gy, 2.0 Gy와 3.0 Gy 선량에서 대조군보다 약40%, 400%와 750% 증가하였고 0.2 Gy와 0.5 Gy의 선량에서는 유의성 있는 변화가 없었다. PCP를 15 ppm, 25 ppm 그리고 50 ppm을 처리하였을 때 대조군보다 각각 30%, 90% 및 520%정도 증가하였다.

• 한국동물학회지
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• 제39권3호
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• pp.231-238
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• 1996

여러 종류의 폐암과 췌장암 세포주를 배양하여 DNA를 분리하였다. 분리한 DNA는 PCR(Polymerase Chain Reaction)로 증폭하여 염기 서열화를 시행하여 K-ras와 p53 유전자들의 돌연변이 종류. 빈도 및 가능한 관계에 대하여 조사하였다. 연구한 암세포주 중 약 81%가 종양 유전자 K-ras와 암 억제 유전자 p53 중 적어도 하나의 돌연변이를 가지고 있었으며 두 유전자 각각에 대해서는 암 세포주 중 약 54.5%에서 돌연변이가 나타났다. 발견된 돌연변이의 종류는 1개의 세포주에 발견된 넌센스 돌연변이 이외에는 모두 미스센스 돌연변이가 일어났으며 2개의 세포주에서 일어난 염기 삽입이외에는 모두 염기 치환이 일어났다. 현재까지 p53 코돈 중 ras와 동시에 돌연변이가 일어난다고 보고된 코돈 이외에도 p53 코돈 164-165과 248이 K-ras와 동시에 돌연변이가 발생하였고, p53 유전자의 돌연변이의 위치에 관계없이 K-ras 유전자에서는 exon 1. 코돈 12개에서 돌연변이가 발생하였다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제17권1호
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• pp.37-40
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• 2014

Purpose: Crigler-Najjar syndrome type II (CN-2) is characterized by moderate non-hemolytic unconjugated hyperbilirubinemia as a result of severe deficiency of bilirubin uridine diphosphate-glucuronosyltransferase (UGT1A1). The study investigated the mutation spectrum of UGT1A1 gene in Korean children with CN-2. Methods: Five Korean CN-2 patients from five unrelated families and 50 healthy controls were enrolled. All five exons and flanking introns of the UGT1A1 gene were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and the PCR products were directly sequenced. Results: All children initially presented with neonatal jaundice and had persistent indirect hyperbilirubinemia. Homozygous p.Y486D was identified in all five patients. Three patients had an associated homozygous p.G71R and two a heterozygous p.G71R. The allele frequency of p.Y486D and p.G71R in healthy controls was 0 and 0.16, respectively. No significant difference in mean serum bilirubin levels was found between homozygous carriers of p.G71R and heterozygous carriers. Conclusion: The combination of homozygous p.Y486D and homozygous or heterozygous p.G71R is identified. The p.Y486D and p.G71R can be screened for the mutation analysis of UGT1A1 in Korean CN-2 patients.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제37권1호
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• pp.21-28
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• 2018

CRISPR/Cas9 gene editing system is an efficient method to mutation in a sequence specific manner. Here we report the direct transfection of the Cas9 nuclease and gene specific guide RNA can be used in BM-N cell line derived from Bombyx mori ovarian tissue to enfeeble function of endogenous gene in vitro. We have used gene editing system to negative regulation components of major signaling cascade, the Toll pathway, which controls B. mori resistance to microbe infections, such as fungi and gram positive bacteria. We demonstrate that the $I{\kappa}B-like$ protein Cactus may controls the activation of transcription factors such as Rel A and Rel B. The direct transfection of Cas9 nuclease and Cactus-specific guide-RNA complex may be used in BM-N cells to disrupt the function of endogenous genes in vitro. A mutation frequency of 30-40% was observed in the transfected cells, and various mutations caused the target region. Moreover, RT-PCR analysis revealed that Cactus gene was down regulated after these mutations. More importantly, mutation of BmCactus stimulated expression of lysozyme, moricin, and lebocin genes. These results suggest that the CRISPR/Cas9 systems are expected to efficiently induce site-specific mutations and it was possible to produce antimicrobial peptide through the gene editing.

• Genomics & Informatics
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• 제15권1호
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• pp.48-50
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• 2017

Tumor tissues from biopsies or surgery are major sources for the next generation sequencing (NGS) study, but these procedures are invasive and have limitation to overcome intratumor heterogeneity. Recent studies have shown that driver alterations in tumor tissues can be detected by liquid biopsy which is a less invasive technique capable of both capturing the tumor heterogeneity and overcoming the difficulty in tissue sampling. However, it is still unclear whether the driver alterations in liquid biopsy can be detected by targeted NGS and how those related to the tissue biopsy. In this study, we performed whole-exome sequencing for a breast cancer tissue and identified PTEN p.H259fs*7 frameshift mutation. In the plasma DNA (liquid biopsy) analysis by targeted NGS, the same variant initially identified in the tumor tissue was also detected with low variant allele frequency. This mutation was subsequently validated by digital polymerase chain reaction in liquid biopsy. Our result confirm that driver alterations identified in the tumor tissue were detected in liquid biopsy by targeted NGS as well, and suggest that a higher depth of sequencing coverage is needed for detection of genomic alterations in a liquid biopsy.