• Journal of Veterinary Science
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• 제21권2호
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• pp.22.1-22.9
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• 2020

Rabid raccoon dogs (Nyctereutes procyonoides koreensis) have been responsible for animal rabies in South Korea since the 1990s. A recombinant rabies vaccine strain, designated as ERAGS, was constructed for use as a bait vaccine. Therefore, new means of differentiating ERAGS from other rabies virus (RABV) strains will be required in biological manufacturing and diagnostic service centers. In this study, we designed two specific primer sets for differentiation between ERAGS and other RABVs based on mutation in the RABV glycoprotein gene. Polymerase chain reaction analysis of the glycoprotein gene revealed two DNA bands of 383 bp and 583 bp in the ERAGS strain but a single DNA band of 383 bp in the field strains. The detection limits of multiplex reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) were 80 and 8 FAID₅₀/reaction for the ERAGS and Evelyn-Rokitnicki-Abelseth strains, respectively. No cross-reactions were detected in the non-RABV reference viruses, including canine distemper virus, parvovirus, canine adenovirus type 1 and 2, and parainfluenza virus. The results of multiplex RT-PCR were 100% consistent with those of the fluorescent antibody test. Therefore, one-step multiplex RT-PCR is likely useful for differentiation between RABVs with and those without mutation at position 333 of the RABV glycoprotein gene.

• 식물병연구
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• 제17권1호
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• pp.52-58
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• 2011

우리나라에서 주로 재배되는 십자화과 작물(상추, 콜라비, 무, 배추, 양배추)의 종자 전염 병원균 중에서 세균성 병원균 Xanthomonns campestris pv. campestris(Xcc)와 바이러스 병원균 Lettuce Mosaic Virus(LMV)를 종자에서 동시검출하기 위한 One-step multiplex RT-PCR을 개발하였다. 각각의 병원균을 특이적으로 증폭시키는 병원균 검출용 프라이머 2종(Xcc-F/R, LMV-F/R)을 primerblast 프로그램을 이용하여 제작하였고 이들 프라이머 세트는 프라이머간 또는 병원균 cDNA간의 간섭없이 특이적으로 타겟 병원균만을 검출하였다. PCR을 이용한 병원균의 검출 최소 민감도는 1 ng이었다. 십자화과 작물중에서 유통 중인 콜라비 10품종, 상추 50품종, 무 20품종, 배추 20품종 그리고 양배추 20품종에 대한 종자 감염 병원균 검출을 위한 One-step multiplex RT-PCR 수행 결과, LMV는 전체 120품종 중에서 39품종에서 검출되었고, Xcc는 2개 품종에서 검출되었다. 그리고 50품종의 상추 종자 시료 중에 8품종의 시료에서 LMV와 Xcc가 동시 검출되었다.

• 식물병연구
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• 제17권1호
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• pp.44-51
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• 2011

우리나라에서 주로 재배되는 가지과작물의 종자 전염 병원균 중에서 세균성 병원균 Xanthomonns campestris pv. vesicatoria(Xcv), Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), Erwinia carotovora subsp. carotovora (Ecc)와 바이러스 병원균 Pepper mild mottle virus (PMMoV) and Tobacco mild green mosaic virus (TMGMV)를 종자로부터 동시검출하기 위한 One-step Multiplex RT-PCR을 개발하였다. 각각의 병원균을 특이적으로 증폭시키는 병원균 검출용 프라이머 15세트를 primer-blast 프로그램을 이용하여 제작하였고 각각의 병원균을 특이적으로 검출할 수 있는 5세트의 프라이머 세트(Cmm-F/R, Ecc-F/R, Xcv-F/R, PMMoV-F/R, TMGMVF/R)를 선발하였다. 이들 프라이머 세트는 프라이머간의 또는 병원균 cDNA간의 간섭없이 타겟 병원균만을 검출하였다. 가지과 작물 중에서 유통 중인 고추종자 20품종과 토마토종자 10품종에 대한 종자 감염 병원균 검출을 위한 PCR을 수행한 결과, 2개 품종의 토마토종자에서 Ecc가 검출되었고 4개 품종의 고추종자에서도 Ecc가 검출되었다. 특히 고추 종자에선 Ecc가 검출된 4개 품종 외에 1개 품종에서 PMMoV, TMGMV가 동시 검출되었다. 이로 인해 개발된 One-step multiplex RT-PCR은 서로 간섭 현상 없이 병원균을 효율적으로 검출할 수 있음을 보여 주었다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제27권2호
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• pp.90-101
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• 2020

목적: 급성 위장염의 대부분의 경우 원인 병원체가 확인되지 않는다. 최근 들어 발달한 multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) 검사는 장염 병원체 검출에 도움을 줄 수 있다. 이 연구는 multiplex RT-PCR을 이용해, 소아 장염환자에서 병원체의 역학을 조사하고자 하였다. 방법: 2015년 5월부터 2018년 6월까지 대한민국 서울의 2차병원에서 급성 위장염으로 진단받은 소아 환자의 대변에서 병원체를 확인하기 위해 multiplex RT-PCR 검사를 시행하였다. 결과: 바이러스 병원체에 대한 1,366개의 대변 검체 중, 483개(35.3%)에서 1개 이상의 병원체가 분리되었다. A군 로타바이러스는 106건(7.8%)에서 확인되었으며, 양성률은 3.0% (8/263)에서 16.7% (48/288)까지 매년 증가했다(P<0.001). 노로바이러스 GII는 가장 흔한 바이러스성 병원체였고(263/1366, 19.3%), 3년간 양성률은 증가하지 않았다. 세균성 병원체에 대한 304개의 대변 검체 중 캄필로박터(32/304, 10.5%)는 가장 흔한 세균성 병원체였으며, 그 다음으로 Clostridium difficile (toxin B) (22/304, 7.2%), 살모넬라균(17/304, 5.6%)이었다. 이 균들의 양성률은 연구기간 동안 증가하지 않았다. 결론: 로타바이러스 백신 도입 이후 노로바이러스 GII가 소아 장염에서 주요한 병원체였지만, 연구기간 동안 로타바이러스 감염 환자가 증가했고, 특히 2018년에는 급증했다. 따라서 새로운 로타바이러스 균주의 등장 가능성을 포함한 추가 연구가 필요하다. 캄필로박터는 소아 세균성 장염의 주요 원인이며, 적절한 치료를 위해 이 균의 임상적 특성을 고려하고 지속적 감시가 필요하겠다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권2호
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• pp.117-122
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• 2015

캐놀라(canola)는 식용유 및 바이오 에너지 생산을 위해 전 세계적으로 널리 재배되는 작물이다. 캐놀라의 수요가 증가하면서 유전자변형 캐놀라에 대한 중요성이 높아짐에 따라 LM 캐놀라 재배면적이 해마다 증가하고 있다. 국내에서는 상업적으로 활용되는 캐놀라를 100% 전량 수입에 의존하고 있으며, 이에 따라 비의도적으로 유출 가능성이 있는 수입 LM 캐놀라의 안전관리 및 생태계 위해성 평가가 요구된다. 본 연구에서는 국내 수입 승인 유통 LM 캐놀라 5개 이벤트(Topas 19/2, Rf3, Ms8, RT73, T45)의 명확한 검출을 위한 동시증폭 검출법(multiplex PCR)을 확립하고자 하였다. PCR 반응 조건은 5개 LM 이벤트가 동시에 명확히 검출되는 최적 primer 농도 및 반응 조건을 통해 Topas 19/2 (95 bp), Rf3 (139 bp), Ms8 (250 bp), RT73 (317 bp), T45 (378 bp)의 서로 다른 생성물 크기로 명확히 구분되도록 하였다. 최적 primer 농도는 반응액 최종농도 0.3~1.0 pmol로 primer 쌍 마다 각각 다른 cocktail을 만들었고, PCR 반응 조건은 $95^{\circ}C$ 5분 반응 후, $95^{\circ}C$ 15초, $55^{\circ}C$ 20초 20회 반응하고, 다시 $95^{\circ}C$ 15초, $60^{\circ}C$ 20초 20 회 반응하였을 때 최적 검출이 이루어졌다. 본 연구의 결과로 제시된 multiplex PCR 검출 조건은 국내 수입 유통 LM 캐놀라의 자연환경 모니터링을 위한 검출에 있어 소요되는 연구인력, 비용 및 시간을 보다 효율적으로 개선할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
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• pp.232-234
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• 2003

• The Plant Pathology Journal
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• 제27권1호
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• pp.44-52
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• 2011

Field surveys were conducted in 45 stone fruit orchards in seven districts of Isparta Province located in western Mediterranean region of Turkey important for stone fruit production. Leaf samples were collected from 175 trees showing virus-like symptoms. These samples were first tested by ELISA for five different RNA viruses including Apple mosaic ilarvirus (ApMV), Prunus necrotic ringspot ilarvirus (PNRSV), Prune dwarf ilarvirus (PDV), Plum pox potyvirus (PPV), Apple chlorotic leafspot trichovirus (ACLSV). While no ApMV and PPV infection was found, 46, 24 and 16 samples were tested positive for PDV, ACLSV and PNRSV, respectively, in ELISA showing about 45% of symptomatic trees in the region were infected with at least one of these viruses. In addition, it was found that nine sweet cherry trees were mixed infected with two or three of these viruses and PDV with an infection rate of 26.3% was the most widespread virus in symptomatic trees in western Mediterranean region. Thirty samples were selected and tested by a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) for simultaneous detection of these viruses. While PPV was not detected, more than half of the tested 20 samples were individually or mixed infected with ApMV, ACLSV, PNRSV and PDV. The mRT-PCR results were confirmed by detection of these viruses individually in some of the field samples using RT-PCR with primes specific to each virus. Comparison of ELSA and mRT-PCR results of 30 samples showed that numbers of infected and mixed infected samples as well as infection and mixed infection rates were significantly higher in RT-PCR (20 and 66.7%) than in ELISA (14 and 46.7%). The results confirm that mRT-PCR is more sensitive than ELISA.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권2호
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• pp.317-322
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• 2019

Gastroenteritis with diarrhea is one of the most infectious diseases in the world following respiratory infections. Notably, diarrhea-causing viruses (DVs) cause more than 70% of such cases. In this study, 3,065 stool specimens from patients with diarrhea (median age, 1.1 years; range, 0.0-91.1 years), who were admitted to the DanKook University Hospital, were examined using multiplex reverse transcription PCR (mRT-PCR). The target viruses were astrovirus (AstV), enteric adenovirus (EAdV), group A rotavirus (RotV), norovirus GI (NoV-GI), and norovirus GII (NoV-GII). The mRT-PCR results were analyzed based on various factors such as seasonality, age, presence of co-infection, and analyzed trends. The detection rate of the DVs during the study period was found to be 30.8% (n = 943/3,065). When the detection rate was analyzed monthly, the DV detection rate was found to be highest between December to January. Of the detected DVs, NoV-GII was the most common, accounting for 45.5% of the detected viruses (n = 446/980). Notably, 86.5% (n = 848/980) of the pathogens were detected in individuals who were less than 5 years of age. During the study period, NoV-GII and RotV showed alternating trends. In addition, both the number and rate of co-infections increased.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.125-138
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• 2024

Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV) is a member of the Alphaflexiviridae family that causes yellow vein clearing symptoms on citrus leaves. A total of 118 leaf samples from nine regions of six provinces in Korea were collected from various citrus species in 2020 and 2021. Viral diagnosis using next-generation sequencing and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) identified four viruses: citrus tristeza virus, citrus leaf blotch virus, citrus vein enation virus, and CYVCV. A CYVCV incidence of 9.3% was observed in six host plants, including calamansi, kumquat, Persian lime, and Eureka lemon. Among the citrus infected by CYVCV, only three samples showed a single infection; the other showed a mixed infection with other viruses. Eureka lemon and Persian lime exhibited yellow vein clearing, leaf distortion, and water-soak symptom underside of the leaves, while the other hosts showed only yellowing symptoms on the leaves. The complete genome sequences were obtained from five CYVCV isolates. Comparison of the isolates reported from the different geographical regions and hosts revealed the high sequence identity (95.2% to 98.8%). Phylogenetic analysis indicated that all the five isolates from Korea were clustered into same clade but were not distinctly apart from isolates from China, Pakistan, India, and Türkiye. To develop an efficient diagnosis system for the four viruses, a simultaneous detection method was constructed using multiplex RT-PCR. Sensitivity evaluation, simplex RT-PCR, and stability testing were conducted to verify the multiplex RT-PCR system developed in this study. This information will be useful for developing effective disease management strategies for citrus growers in Korea.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.150.1-150
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• 2003

A single-step multiplex reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay was developed for the simultaneous detection of five cucurbit-infecting viruses： cucumber mosaic virus (CMV), watermelon mosaic virus 2 (WMV2), zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), and kyuri green mottle mosaic virus (KGMMV). The multiplex RT-PCR provides a simple and rapid method for detecting various viruses in cucurbit plants, which will help diagnose many cucurbit plants at a time.