• 제목/요약/키워드: Molecular polygon

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GPU 기반의 효율적인 거대 분자의 실시간 렌더링 기법 (An Efficient Real-Time Rendering of Large Molecular Models based on GPU)

  • 이준;박성준;김지인
    • 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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    • 제11권3호
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    • pp.19-22
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    • 2005
  • 정보생물학 분야에 있어서 분자 구조를 3차원으로 렌더링하여 보여주는 것은 매우 중요한 작업이다. 특히 분자의 표면 렌더링은 분자의 3차원 구조 분석 등에 중요하게 사용된다. 그러나 분자 표면 렌더링을 수행하기 위해서는 많은 양의 폴리곤이 필요하게 된다. 특히 대장균 바이러스와 같은 분자량이 많은 거대 분자를 자연스럽게 렌더링 하기 위해서는 고가의 그래픽 전용 워크스테이션을 사용해야 한다. 본 논문에서는 저렴한 일반 PC 급 시스템에서도 거대 분자를 무리 없이 렌더링 할 수 있는 효율적인 알고리즘을 제안하였다. 제안하는 알고리즘은 높은 속도와 좋은 화질을 유지할 수 있는 Hybrid Point & Polygon 렌더링 기법이다. 이 알고리즘은 계층적인 자료구조인 옥트리(Octree)를 사용하였으며 최적의 성능을 내기 위하여 GPU가 작업을 처리한다. 제안된 알고리즘의 성능 평가는 일반 PC급에서 수행되었으며 특히 그래픽 카드 2개를 병렬로 연결하여 높은 성능을 낼 수 있는 SLI(Scalable Link Interface) 환경에서 평가를 수행하였다.

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거대 분자의 효율적인 렌더링 기법 (Effective rendering of large molecular models)

  • 이준;박성준;김지인
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 가을 학술발표논문집 Vol.32 No.2 (2)
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    • pp.241-243
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    • 2005
  • 정보생물학 분야에 있어서 분자 구조를 3차원으로 렌더링하여 보여주는 것은 매우 중요한 작업이다. 특히 분자의 표면 렌더링은 분자 구조를 분석 하는데 필요한데, 렌더링을 하는데 있어서 폴리곤이 많이 필요하게 된다. 특히 분자량이 많은 거대 분자를 3차원으로 렌더링 하기 위해서는 고가의 그래픽 전용 워크스테이션을 사용하게 된다. 본 논문에서는 저렴한 일반 PC 급 시스템에서도 거대 분자를 렌더링 할 수 있는 알고리즘을 제안 하였다. 제안하는 알고리즘에는 옥트리(Octree)를 전처리로 사용한 Hybrid Point & Polygon 렌더링 기법을 적용 하였다. 각 렌더링 과정은 최적의 성능을 내기 위하여 GPU가 작업을 처리한다.

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Solvent Effect on the Nature of the Metallamacrocycles Formed: Formation of Octanuclear and Dodecanuclear Manganese Metalladiazamacrocycles

  • John, Rohith P.;Lee, Kyung-Jin;Lee, Kyung-Jae;Park, Mi-Ra;Lah, Myoung-Soo
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제28권11호
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    • pp.2009-2014
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    • 2007
  • The aminolysis of diphenyl thiophosphinic chloride (2) with substituted anilines in acetonitrile at 55.0 oC is investigated kinetically. Kinetic results yield large Hammett ρX (ρnuc = ?3.97) and Bronsted βX (βnuc = 1.40) values. A concerted mechanism involving a partial frontside nucleophilic attack through a hydrogen-bonded, four-center type transition state is proposed on the basis of the primary normal kinetic isotope effects (kH/kD = 1.0-1.1) with deuterated aniline (XC6H4ND2) nucleophiles. The natural bond order charges on P and the degrees of distortion of 42 compounds: chlorophosphates [(R1O)(R2O)P(=O)Cl], chlorothiophosphates [(R1O)(R2O)P(=S)Cl], phosphonochloridates [(R1O)R2P(=O)Cl], phosphonochlorothioates [(R1O)R2P(=S)Cl], chlorophosphinates [R1R2P(=O)Cl], and chlorothiophosphinates [R1R2P(=S)Cl] are calculated at the B3LYP/ 6-311+G(d,p) level in the gas phase.

생물학적 패턴의 건축적 적용에 관한 연구 (A Study on the Architectural Application of Biological Patterns)

  • 김원갑
    • 한국실내디자인학회논문집
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    • 제21권2호
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    • pp.35-45
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    • 2012
  • The development of digital media made the change of architectural paradigm from tectonic to the surface and pattern. This means the transition to the new kind of materiality and the resurrection of ornament. This study started as an aim to apply biological pattern to architectural design from the new perception of pattern. Architectural patterns in the early era appeared as ladders, steps, chains, trees, vortices. But since 21st century, we can find patterns in nature like atoms and molecular structures, fluid forms of dynamics and new geometrical pattern like fractal and first of all biological patterns like viruses and micro-organisms, Voronoi cells, DNA structure, rhizomes and various hybrids and permutations of these. Pattern became one of the most important elements and themes of contemporary architecture through the change of materiality and resurrection of ornament with the new perception of surface in architecture. One of the patterns that give new creative availability to the architectural design is biological pattern which is self-organized as an optimum form through interaction with environment. Biological patterns emerge mostly as self-replicating patterns through morphogenesis, certain geometrical patterns(in particular triangles, pentagons, hexagons and spirals). The architectural application methods of biological patterns are direct figural pattern of organism, circle pattern, polygon pattern, energy-material control pattern, differentiation pattern, parametric pattern, growth principle pattern, evolutionary ecologic pattern. These patterns can be utilized as practical architectural patterns through the use of computer programs as morphogenetic programs like L-system, MoSS program and genetic algorithm programs like Grasshoper, Generative Components with the help of computing technology like mapping and scripting.

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