• 한국동물위생학회지
• /
• 제46권2호
• /
• pp.123-135
• /
• 2023

Feline calicivirus (FCV) is considered the main viral pathogen of feline upper respiratory tract disease (URTD). The frequent mutations of field FCV strains result in the poor diagnostic sensitivity of previously developed molecular diagnostic assays. In this study, a more sensitive real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR) assay was developed for broad detection of currently circulating FCVs and comparatively evaluated the diagnostic performance with previously developed qRT-PCR assay using clinical samples collected from Korean cat populations. The developed qRT-PCR assay specifically amplified the FCV p30 gene with a detection limit of below 10 copies/reaction. The assay showed high repeatability and reproducibility, with coefficients of intra-assay and inter-assay variation of less than 2%. Based on the clinical evaluation using 94 clinical samples obtained from URTD-suspected cats, the detection rate of FCV by the developed qRT-PCR assay was 47.9%, which was higher than that of the previous qRT-PCR assay (43.6%). The prevalence of FCV determined by the new qRT-PCR assay in this study was much higher than those of previous Korean studies determined by conventional RT-PCR assays. Due to the high sensitivity, specificity, and accuracy, the new qRT-PCR assay developed in this study will serve as a promising tool for etiological and epidemiological studies of FCV circulating in Korea. Furthermore, the prevalence data obtained in this study will contribute to expanding knowledge about the epidemiology of FCV in Korea.

• Pediatric Infection and Vaccine
• /
• 제23권3호
• /
• pp.172-179
• /
• 2016

목적: Bacillus cereus 는 암환자들에서 기회감염을 일으킬 수 있다. 2013년에서 2014년 기간 동안 삼성서울병원 소아 암 병동에서 B. cereus 균혈증의 급격한 증가가 관찰되었다. 이에 증가된 B. cereus 균혈증에 대해 분자역학적 연구를 시행하였다. 방법: 2001년 1월부터 2014년 6월까지의 기간 동안 B. cereus 균혈증이 발생한 소아 암 환자들을 확인하였다. 이번 연구에서 B. cereus 균혈증은, 오염여부와는 상관없이, 혈액배양검사에서 적어도 한번 이상 B. cereus 가 확인된 경우로 정의하였다. 획득 가능한 균주들에 대해 multilocus sequence typing (MLST) 분석을 시행하였고, 후향적 챠트 리뷰를 실시하였다. 결과: 연구 기간 동안 총 19명의 B. cereus 균혈증 환자가 확인되었다. 그러나, 2013년도에는 B. cereus 균혈증 환자가 급격하게 증가하였다. 또한, 응급실 공사 중이던 2013년 7월의 1주, 2013년 10월의 한주 동안 각각 3명의 환자가 발생하였다. 그러나 MLST 분석상 일정한 패턴이 없는, 다양한 sequence types (STs)들로 확인되었다. 2013년 이전의 5개의 균주들의 ST는 ST18, ST26, ST177, ST147-like type, ST219-like type이었고, 2013년도의 균주들의 ST는 ST18, ST73, ST90, ST427, ST784, ST34-like type, ST130-like type으로 확인되었다. 고찰: MLST 분석상 B. cereus 균주들의 다양한 ST 분포가 확인되었다. 이번 연구에서 단일 ST의 B. cereus 에 의한 균혈증 발생의 가능성은 낮아보인다.

• 미생물학회지
• /
• 제50권2호
• /
• pp.114-118
• /
• 2014

충청지역병원에서 ESBL생성 장내세균 122균주를 분리하여 Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 방법에 따라 cefotaxime과 cefotaxime/clavulanate를 이용한 combination disk test (CDT)에 의하여 항균제 감수성을 조사하고, 특이 유전자를 대상으로 multiplex PCR을 실시하여 유전형을 검출하였으며 enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR에 의해 분자 역학조사를 실시하였다. ESBL 생성 Escherichia coli 76균주와 Klebsiella pneumoniae 46균주를 CDT로 확인한 결과, ESBL 생성 E. coli의 경우 96.1%가 양성을 나타내었으며 K. pneumoniae의 경우 93.4%가 양성을 나타냈다. Multiplex PCR 결과, E. coli의 경우 CTX-M-2형이 60.5% 양성으로 나타났으며 K. pneumoniae의 경우 VEB-1형이 56.5%가 양성으로 나타났다. ERIC-PCR을 실시한 결과 E coli는 분리지역에 따라 5개의 cluster을 형성하였고 K. pneumoniae는 4개의 cluster을 형성하였다. ESBL생성 장내세균의 유전형은 임상에서 분리한 균주의 감별과 검출에 유용하였으며 ERIC-PCR의 결과는 분리지역에 따라 cluster을 형성하여 지역 간 감염 감시체계 확립에 도움이 될 것으로 사료된다.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
• /
• 제36권4호
• /
• pp.373-376
• /
• 2003

Objectives : Peripheral blood-buffy coat fractions (N=14,956) have been stored at $-70^{\circ}C$ in the headquarter of the Korean Multicenter Cancer Cohort (KMCC), since 1993. To study the future molecular etiology of cancers using specimens of the cohort, properly stored specimens are necessary, Therefore, the DNA-viability of the bully coat samples was investigated. Methods : Buffy coat fraction samples were randomly selected from various collection areas and years (N=100). The DNA viability was evaluate from the UV-absorbent ratios at 260/280nm and the PCH for $\beta$-globin was performed with genomic DNA isolated from the buffy coat. Results : PCR products were obtained from 85 and 98% of the C and H area-samples, respectively, using 50 or $100{\mu}l$ of the buffy coat. There were significant differences in the yields of the PCR-amplifications from the C and H areas (p<0.05), which was due to differences in the homogenization of the buffy coat fractions available as aliquots. The PCR-products were obtained from all of the samples (N=7) stored at the C area-local confer, but the other aliquots stored at the headquarter were not PCR-amplified, Therefore, the PCR products in almost all the samples, even including the DNA-degraded samples, were obtained. In addition, an improvement in the DNA isolation, i,e. approx. 1.6 fold, was found after using extra RBC lysis buffer. Conclusions : PCR products for $\beta$-globin were obtained from nearly all of the samples. The regional differences in the PCR amplifications were thought to have originated from the different sample-preparation and homogenization performance. Therefore, the long term-stored buffy coat species at the KMCC can be used for future molecular studies.

• 한국가금학회:학술대회논문집
• /
• 한국가금학회 2005년도 제22차 정기총회 및 학술발표회
• /
• pp.44-52
• /
• 2005

내장친화성 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 분자역학적 분석 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주의 유전자 염기서열과 아미노산 염기서열을 분석한 후 미국, 유럽, 일본, 대만과 중국 등지에서 보고된 뉴캣슬병 바이러스의 유전자와 비교분석을 실시하였다. 1949, 1982-1984, 1988-1997, 1995-2002년도에 분리된 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주 들은 각각 유전자형 III, V, VI, VII형에 속하는 것으로 나타났다. 이와 같은 결과는 다섯번의 한국 뉴캣슬병 유행기에 분리된 바이러스의 유전자형이 시대순으로 차례대로 III, V, VI, VII형으로 교체되어 왔음을 의미한다. 계통발생학적 분석 결과, 뉴캣슬병 바이러스 한국분리주중 V유전자형에 속하는 바이러스는 1970년대의 유럽 유행주와 관련성이 있는 반면, 1988년 이후 분리된 VI과 VII 유전자형의 바이러스는 일본, 대만, 중국과 같은 극동아시아의 뉴캣슬병 발생과 관련성이 높은 것으로 나타났다. 따라서 최근에는 극동아시아 유래의 VI과 VII유전자형이 한국분리주의 주류를 이루고 있으며, 이는 극동아시아 국가들간의 축산물과 사람의 교역 및 교류의 증가 때문인 것으로 보인다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제17권sup3호
• /
• pp.275-278
• /
• 2016

The membrane epithelial mucin MUC1 is expressed at the luminal surface of most simple epithelial cells, but expression is greatly increased in most breast cancers. The aims of present study were to investigate expression of the MUC1 gene and interactive affects in metastases. Whole cell RNA isolation from 50 sentinel lymph nodes (SNLs) of breast cancer patients was performed using reverse transcription and real-time PCR. All patients were diagnosed with breast cancer and without metastasis, confirmed by IHC staining. The evaluation of tumor and normal samples for expression of MUC1 gene, the results were 49.1% non-expressive and 45.3% expression (Student t, p = 0.03). Also in comparison of normal breast tissue and breast cancer SLN for MUC1 gene, MUC1 negative SLNs were 75.0% (18 samples) and MUC1 positive samples were 25.0% (6 samples). Over-expression of MUC1 gene may offer a target for therapy related to progression and metastasis in women with breast cancer.

• 생명과학회지
• /
• 제26권9호
• /
• pp.999-1006
• /
• 2016

2016년 3월, 부산 D대학 인근 음식점에서 모임을 한 후, 설사, 구토를 호소하는 환자들이 발생하였다. 역학조사팀은 설사 환자 및 해당 음식점 조리종사자에 대한 분변 검체를 수집하였고 해당 음식점 주방에서 식품용수에 대한 채수도 진행하였다. 인체 검체 42건에서 노로바이러스 16건, 아스트로바이러스 8건이 검출되었으며, 노로바이러스의 경우는 GI, GII genogoup 모두 검출되었으며, GI.3, GI.4, GII.4, GII.13, GII.17, GII.21로 6가지 다양한 유전자형의 분포를 확인하였다. 아스트로바이러스의 경우 Type 5과 Type 2의 유전자형 분포양상을 확인하였다. 또한 노로바이러스와 아스트로바이러스가 복합 감염된 3 케이스도 포함되어 있었다. 노로바이러스는 전세계적으로 GII.4형이 유행하고 있고, 최근에는 GII.17형이 출현하고 급증하는 동향에 따라 본 연구에서도 GII.17형이 가장 우세하였으며, 아스트로바이러스 경우는 국내에서 우세한 유전자형인 Type 1인 것과는 차이가 있는 사례였다. 특히, 부산지역에서 아스트로바이러스가 식중독 발생의 원인이 된 경우는 이번이 첫 사례여서 본 연구를 통하여 부산지역의 식중독 발생에 새로운 발생 양상을 파악하는 매우 특징적 결과를 얻었다.

• 생명과학회지
• /
• 제22권9호
• /
• pp.1268-1276
• /
• 2012

사람의 감염증 치료에 사용되는 carbapenem계 약제에 대한 내성균의 출현 및 확산은 감염증 치료를 제한할 뿐만 아니라 집단 발병의 원인이 될 수 있다. 이에 본 연구에서는 ${\beta}$-lactam 약제에 내성을 갖는 Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa)를 대상으로 metallo-beta-lactamase (MBL)의 유전형을 규명함으로써 내성세균의 감염증 치료지침 및 확산방지책 마련에 기초 자료를 제공하고자 하였다. 본 연구의 대상이 된 254개의 임상 검체 중에서 42주의 P. aeruginosa 를 분리하여 imipenem 혹은 meropenem에 내성을 나타내는 Hodge 변법과 EDST에서 각각 28주와 23주가 양성반응을 보였다. DNA의 염기서열 분석결과 $bla_{IMP-6}$ 유전자 보유균이 8주, $bla_{VIM-2}$ 유전자 보유균이 17주로 59.5%(25/42)가 MBL을 생성하는 것으로 나타났다. $bla_{IMP-6}$의 유전자 환경은 $bla_{IMP-6}$-qac-aacA4-$bla_{OXA-1}$-aadA1 유전자 배열을 지니고 있었다. 또한 ERIC PCR 결과 IMP-6과 VIM-2를 생성하는 일부 균주에서 역학적 연관성이 있음이 확인되었다. 본 연구에서 분리한 carbapenem계 항균제 내성 P. aeruginosa가 보유한 $bla_{IMP-6}$ 유전자는 대구지역에서 발병이 보고된 유전자의 gene cassette와 일치하는 것으로 확인되었다. 따라서 이들 세균이 지역사회에 정착하고 있고 이들을 보유한 세균에 의한 감염증 치료시 치료약제에 대한 선택압을 증가시킬 것으로 우려된다. 그러므로 항균제 내성 검사를 통하여 적절한 항균제를 선택하고, 항균제 내성균들의 출현과 확산을 막는 연구가 계속되어야 할 것으로 생각된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제57권4호
• /
• pp.341-357
• /
• 2019

Acanthamoeba, one of free-living amoebae (FLA), remains a high risk of direct contact with this protozoan parasite which is ubiquitous in nature and man-made environment. This pathogenic FLA can cause sight-threatening amoebic keratitis (AK) and fatal granulomatous amoebic encephalitis (GAE) though these cases may not commonly be reported in our clinical settings. Acanthamoeba has been detected from different environmental sources namely; soil, water, hotspring, swimming pool, air-conditioner, or contact lens storage cases. The identification of Acanthamoeba is based on morphological appearance and molecular techniques using PCR and DNA sequencing for clinico-epidemiological purposes. Recent treatments have long been ineffective against Acanthamoeba cyst, novel anti-Acanthamoeba agents have therefore been extensively investigated. There are efforts to utilize synthetic chemicals, lead compounds from medicinal plant extracts, and animal products to combat Acanthamoeba infection. Applied nanotechnology, an advanced technology, has shown to enhance the anti-Acanthamoeba activity in the encapsulated nanoparticles leading to new therapeutic options. This review attempts to provide an overview of the available data and studies on the occurrence of pathogenic Acanthamoeba among the Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) members with the aim of identifying some potential contributing factors such as distribution, demographic profile of the patients, possible source of the parasite, mode of transmission and treatment. Further, this review attempts to provide future direction for prevention and control of the Acanthamoeba infection.

• 생명과학회지
• /
• 제14권6호
• /
• pp.913-919
• /
• 2004

본 연구는 소음성 감각신경성난청 환자의 유전적 관련요인을 파악하고자 관련성이 의심되는 mitochondrial DNA의 돌연변이와 소음성 감각신경성난청과의 관련성을 조사하였다. 말초혈액 백혈구로부터 DNA를 추출한 후, mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이 유무를 관찰하기 위하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위 가 포함된 mtDNA fragment를 중합효소 연쇄반응으로 증폭하고 유전자 제한효소로 소화하여 전기영동하고 ethidium bromide 용액으로 염색하여 UV transilluminator에서 관찰하였다. 그리고, PCR 산물을 이용하여 DNA 염기서열을 분석하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부 위에서의 염기서열 분석을 실시하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위 의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이를 관찰하였다 MtDNA A3243G, A1555G, A7445G의 돌연변이를 관찰한 결과 돌연변이 부위가 포함된 fragment가 소음성 감각신경성난청 환자군, 감각신경성난청 환자군, 대조군 모두에서 증폭됨을 관찰하였다. 또한 PCR 산물을 제한효소로 처 리 한 결과에서도 mtDNA에서 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이가 일어나지 않았음을 알 수 있었다. PCR산물을 이용하여 DNA 염기서열을 분석하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위에서의 염기서열을 확인한 결과 이미 밝혀진 사람의 mtDNA 3243, 1555, 7445부 위의 염기서열과 동일한 염기서열임이 확인되었으므로 mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이가 일어나지 않았음을 확인하였다. 소음성 감각신경성난청과 mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이와는 관련이 없는 것으로 관찰되었다.