• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제51권2호
• /
• pp.108-121
• /
• 2001

배 경 : p16 종양 억제 유전자 promoter의 aberrant methylation에 의한 불활성화가 비소세포 폐암이 발병하는 초기단계에 영향을 미치는 것으로 추측되며, DAP kinase 유전자 promoter의 hypermethylation은 유전자의 발현을 억제하여 폐암의 전이에 중요한 역할을 한다고 알려져 있다. 방 법 : 본 연구는 비소세포 폐암으로 근치적 절제술을 받은 환자 중에서 총 35 예를 대상으로 MSP률 이용하여 p16 유전자와 DAP kinase의 비정상적인 methylation의 양상을 조사하여, 폐암에서 두 유전자의 메틸화 빈도, 진단적 응용의 가능성 빛 임상적 유용성을 알고자 하였다. 결 과 : 전체 대상 35예중 p16 유전자의 aberrant methylation은 33예중 13예(39.4%)에서, DAP kinase 유전자 hypermethylation은 35예중 21예(60%)에서 확인할 수 있었다. 55 세 이상에서 p16의 aberrant methylation은 유의하게 증가되어 있었으며, DAP kinase는 병기의 진행도에 따라 발현 빈도가 증가하였으나, 통계학적 의미는 없었다. 또한 p16 유전자와 DAP kinase 유전자간의 메틸화 양상에서도 연관성은 관찰할 수 없었다. 결 론 : p16과 DAP kinase 유전자중 하나라도 비정상적인 메틸화가 발견된 경우는 전체 대상의 74.3% 로 비교적 높은 빈도로 관찰되어 폐암의 조기 진단을 위한 분자 생물학적 방법으로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제16권4호
• /
• pp.1615-1619
• /
• 2015

Background: Promoter hypermethylation mediated gene silencing of tumor suppressor genes is considered as most frequent mechanism than genetic aberrations such as mutations in the development of cancers. BRD7 is a single bromodomain containing protein that functions as a subunit of SWI/SNF chromatin-remodeling complex to regulate transcription. It also interacts with the well know tumor suppressor protein p53 to trans-activate genes involved in cell cycle arrest. Loss of expression of BRD7 has been observed in breast cancers and nasopharyngeal carcinomas due to promoter hypermethylation. However, the genetic status of BRD7 in oral squamous cell carcinomas (OSCCs) is not known, although OSCC is one of the most common among all reported cancers in the Indian population. Hence, in the present study we investigated OSCC samples to determine the occurrence of hypermethylation in the promoter region of BRD7 and understand its prevalence. Materials and Methods: Genomic DNA extracted from biopsy tissues of twenty three oral squamous cell carcinomas were digested with methylation sensitive HpaII type2 restriction enzyme that recognizes and cuts unmethylated CCGG motifs. The digested DNA samples were amplified with primers flanking the CCGG motifs in promoter region of BRD7 gene. The PCR amplified products were analyzed by agarose gel electrophoresis along with undigested amplification control. Results: Methylation sensitive enzyme technique identified methylation of BRD7 promoter region seventeen out of twenty three (74%) well differentiated oral squamous cell carcinoma samples. Conclusions: The identification of BRD7 promoter hypermethylation in 74% of well differentiated oral squamous cell carcinomas indicates that the methylation dependent silencing of BRD7 gene is a frequent event in carcinogenesis. To the best of our knowledge, the present study is the first to report the occurrence of BRD7and its high prevalence in oral squamous cell carcinomas.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제65권6호
• /
• pp.495-503
• /
• 2008

연구배경: 유전자의 후생적인 변화(epigenetic alteration)는 악성종양의 병인론에 있어서 유전자 변이와 동등한 위치를 점하고 있다. 특히 종양억제 유전자의 전사 촉진(promoter) 부위에 발생하는 비정상적인 메칠화(methylation)는 유전자의 발현을 침묵화(silencing)하고, 결과적으로 유전자의 기능 소실을 일으키게 된다. 저자들은 CpG island와 HpaII site를 가지고 있으며 암화 과정에 관여할 것으로 생각되는 유전자에 대하여 HpaII-MspI methylation microarray를 이용하여 새로운 종양억제 유전자를 발굴하고자 하였다. 방 법: 2005년 건양대학교 병원에서 수술한 비 소세포성 폐암 환자 10명에서 폐암조직과 상응하는 암 주변의 정상조직을 얻었으며, HpaII-MspI methylation microarray (Methyl-Scan DNA chip$^{(R)}$, Genomic tree, Inc, South Korea)를 이용하여 21개의 유전자에 대하여 DNA methylation profile을 분석하였다. 각각의 유전자에서 메칠화된 정도를 두 그룹에서 비교하였고, 정상 대조군으로 두 명의 젊고 건강한 기흉 환자에서 수술한 폐 조직에 대하여 methylation profile을 분석하였다. 결 과: 21개의 대상 유전자 중 10개의 유전자에서 폐암조직, 폐암 주변 정상 조직, 대조군에서 모두 공통적으로 과메칠화 되었고, 나머지 11개의 유전자 중 APC, AR, RAR-b, HTR1B, EPHA3, CFTR의 6개의 유전자에서 대조군에서 메칠화가 없으며, 폐암조직에서 폐암 주변 정상 조직에 비하여 더 빈번하게 과메칠화 되었다. 결 론: HTR1B, EPHA3, CFTR은 비소세포 폐암에서 후생적 변화로 발생하는 새로운 종양억제 유전자의 후보 유전자로서의 가능성이 있을 것으로 생각한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제56권5호
• /
• pp.465-484
• /
• 2004

배 경 : 인슐린 양 성장 인자(IGF) 결합 단백질-3(IGFBP-3)은 IGF와 결합하여 IGF의 세포 분열 촉진 및 항세포 고사 기전을 억제할 뿐 아니라 IGF와는 독립적으로 세포고사를 유도함으로써 비소세포성 폐암 세포주의 성장을 억제한다. 방 법 : 본 연구에서 저자들은 IGFBP-3 promoter의 hyper-methylation이 IGFBP-3 단백 발현에 어떠한 역할을 하는가를 연구하였다. 또한 비소세포성 폐암 세포주에서 methylation된 IGFBP-3 promoter에서 유전자 발현을 억제하는 기전을 연구하였다. 결 과 : 본 연구에 사용된 15 종의 비소세포성 폐암 세포주 중 7종 (46.7%)에서 IGFBP-3 promoter의 methylation 이 관찰되었으며, 23명의 I기 환자 검체 중 16 (69.7%), 9명의 II기 환자 검체중 7 (77.8%), 5명의 IIIA 환자 검체중 4 (80%), 6명의 IIIB 환자 검체중 4 (66.7 %), 그리고 6 명의 IV기 환자검체중 6명 모두에서 (100%) promoter 의 methylation 이 관찰되었다. 이 비소세포성 폐암 세포주에서 promoter methylation 상태는 IGFBP-3 단백 및 mRNA 발현양상과 잘 일치하였으며, IGFBP-3의 발현이 억제되었던 비소세포성 폐암 세포주들 중 일부의 세포에서 demethylating 약제인 5'-aza-2'-deoxycytidine (5'-aza-dC) 처리 후 그 발현이 회복되었다. IGFBP-3 promoter 활성도에 중요한 역할을 하는 Sp-1/Sp-3 결합 요소는 IGFBP-3 단백 발현이 억제된 비소세포성 폐암 세포주에서 methylation되어 있었으며, 이 요소의 methylation 은 Sp-1 전사 인자의 결합을 억제하였다. ChIP assay 결과에서 IGFBP-3 promoter의 methylation 상태는 Sp-1/Sp-3 결합 요소에 Sp-1, methyl-CpG binding protein-2 (MeCP2), 그리고 histone deacetylase (HDAC)의 결합에 영향을 주며, 이는 5'-aza-dC 처리에 의하여 역전 되었다. Sp-1/Sp-3 결합 요소를 포함하고 있는 IGFBP-3 promoter의 in vitro methylation은 promoter activity를 현저히 감소시켰으며 이는 MeCP2 단백을 동시에 발현 시켰을 때 더욱 억제되며 5'-aza-dC 처리시 회복되었다. 결 론 : 이러한 결과들은 IGFBP-3 promoter의 methylation이 IGFBP-3 발현을 억제하는 하나의 기전이며, HDAC의 모집을 유도함으로서 MeCP2가 IGFBP-3 발현 억제에 중요한 역할을 함을 보이는 것이다. 이런 현상은 비소세포성 폐암에서 진단 당시의 진행된 병기와도 관계가 있어 IGFBP-3 promoter의 methylation 상태가 비소세포성 폐암의 발암 기전 및 진행에 중요한 역할을 하고 있음을 보이고 있으며, 나아가 조기 진단 및 암 예방영역에서 하나의 생물학적 지표로도 사용될 수 있을 것으로 생각된다.

• Journal of Chest Surgery
• /
• 제53권1호
• /
• pp.22-27
• /
• 2020

Background: Previous studies have shown that lung cancer stem cells express CD133 and that certain cancer stem cells express cancer germline antigens (CGAs). The transcriptional regulation of CD133 is complicated and poorly understood. We investigated CD133 and CGA expression in a non-small cell lung cancer cell line. Methods: The expression levels of CD133 and CGAs (MAGE-6, GAGE, SSX, and TRAG-3) were measured in an NCI-H292 lung cancer cell line. The methylation status of the CD133 gene promoter region was analyzed. The expression levels and promoter methylation statuses of CD133 and CGAs were confirmed by treatment with the demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine (ADC). Results: After treatment with ADC, CD133 expression was no longer detected. MAGE-6 and TRAG-3 were detected before ADC treatment, while GAGE and SSX were not detected. ADC treatment upregulated MAGE-6 and TRAG-3 expression, while GAGE expression was still undetected after treatment, and only weak SSX expression was observed. GAGE expression was not correlated with expression of CD133, while the levels of expression of MAGE-6, TRAG-3, and SSX were inversely correlated with CD133 expression. Conclusion: These results showed that CD133 expression can be regulated by methylation. Thus, the demethylation of the CD133 promoter may compromise the treatment of lung cancer by inactivating cancer stem cells and/or activating CGAs.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제15권19호
• /
• pp.8441-8445
• /
• 2014

Background: Paired-like homeodomain transcription factor 2 (PITX2) is another new marker in breast carcinoma since hypermethylation at P2 promoter of this gene was noted to be associated with poor prognosis. We investigated the expression of PITX2 protein using immunohistochemistry in invasive ductal carcinoma and its association with the established growth receptors such as estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR) and human epidermal growth receptor 2 (HER2). Methods: We conducted a cross sectional study using 100 samples of archived formalin-fixed paraffin embedded tissue blocks of invasive ductal carcinoma and stained them with immunohistochemistry for PITX2, ER, PR and HER2. All HER2 with scoring of 2+ were confirmed with chromogenic in-situ hybridization (CISH). Results: PITX2 protein was expressed in 53% of invasive ductal carcinoma and lack of PITX2 expression in 47%. Univariate analysis revealed a significant association between PITX2 expression with PR (p=0.001), ER (p=0.006), gland formation (p=0.044) and marginal association with molecular subtypes of breast carcinoma (p=0.051). Combined ER and PR expression with PITX2 was also significantly associated (p=0.003) especially in double positive cases. Multivariate analysis showed the most significant association between PITX2 and PR (RR 4.105, 95% CI 1.765-9.547, p=0.001). Conclusion: PITX2 is another potential prognostic marker in breast carcinoma adding significant information to established prognostic factors of ER and PR. The expression of PITX2 together with PR may carry a very good prognosis.

• Journal of Gastric Cancer
• /
• 제6권4호
• /
• pp.227-236
• /
• 2006

목적: 유전자 메틸화는 유전자의 서열에 영향을 주지 않으면서 유전자의 발현을 억제하고 세포분열 후 그대로 보존되는 후성적 변화이다. 위암조직과 정상위조직에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin 유전자와 MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 메틸화 상태를 검사하여 위암의 발생 과정에서의 작용과 CIMP 및 Helicobacter pylori균 감염을 포함한 임상병리학적인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 위암과 정상위 신선 동결 조직 각각 36예를 대상으로 MSP (methylation-specific PCR)방법을 이용하여 메틸화 상태를 분석하였고 CIMP의 분석은 MINT1, MINT2, MINT12, MINT25, MINT31의 5개 marker를 대상으로 시행하였다. Helicobacter pylori균 감염여부는 Warthin-Starry silver 염색을 통하여 분류하였다. 결과: 위암 관련 유전자인 p14, p16, MGMT, COX-2, E-cadherin, hMLH1의 메틸화는 각각 14예(38.9%), 13예(36.1%), 8예(22.2%), 10예(27.8%), 21예(58.3%), 6예(16.7%)였다. MINT1과 MINT25의 메틸화는 위암조직에서 정상위조직에서보다 통계학적으로 유의하게 높게 관찰되었다. CIMP 양성률은 위암조직에서 44.4%로 높게 나타났으며 CIMP-H 위암은 환자의 연령과 종양크기와 연관이 있었다. CIMP 양성 위암은 p16 유전자의 메틸화와 연관이 있었고 p16 유전자의 메틸화는 조직학적으로 저분화, 미만형, 궤양형성하는 위암에서 낮게 나타났다. MINT1의 메틸화는 Helicobacter pylori균과 연관성이 있었다. 결론: 위암에서 hMLH1, p16, p14, COX-2, MGMT, E-cadherin, MINT (MINT1, 2, 12, 25, 31)의 불활성화에 DNA 메틸화가 작용함을 알 수 있었고, Helicobacter pylori균에 의한 위암발생에 MINT1의 메틸화가 연관이 있음을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
• /
• 제17권3호통권83호
• /
• pp.420-426
• /
• 2007

본 연구에서는 유전자 발현에 중요한 조절 역할을 하는 DNA 메틸화를 식이성 폴리페놀의 하나인 녹차의 대표적인 추출물 EGCG로 억제하였을 때 C2C12 myoblast 세포에 일어나는 현상을 살펴보았다. 그 결과 smooth muscle의 지표인 transgelin, smooth muscle ${\alpha}-actin$ mRNA와 단백질이 현저히 증가함을 보였고, 형태학적으로도 smooth muscle의 전형적인 모습을 보였다. 식이에 포함된 DNA 메틸화 억제제인 EGCG가 C2C12 myoblast를 smooth muscle로 분화를 유도하였으며, 암 예방 차원에서의 EGCG의 역할 외에 혈관질환과 같은 smooth muscle에 관련된 예방과 치료차원에서 EGCG의 역할이 있을 것으로 사료된다. 본 연구는 C2C12 myoblast를 smooth muscle로 유도하는 결정적인 신호전달 역할을 하는 유전자에 대한 연구는 수행하지 못하였다. 따라서 EGCG에 의해 변화되는 유전자에 대한 기전연구가 필요하다고 하겠다.

• BMB Reports
• /
• 제54권10호
• /
• pp.497-504
• /
• 2021

EGR1 (early growth response 1) is dysregulated in many cancers and exhibits both tumor suppressor and promoter activities, making it an appealing target for cancer therapy. Here, we used a systematic multi-omics analysis to review the expression of EGR1 and its role in regulating clinical outcomes in breast cancer (BC). EGR1 expression, its promoter methylation, and protein expression pattern were assessed using various publicly available tools. COSMIC-based somatic mutations and cBioPortal-based copy number alterations were analyzed, and the prognostic roles of EGR1 in BC were determined using Prognoscan and Kaplan-Meier Plotter. We also used bc-GenEx-Miner to investigate the EGR1 co-expression profile. EGR1 was more often downregulated in BC tissues than in normal breast tissue, and its knockdown was positively correlated with poor survival. Low EGR1 expression levels were also associated with increased risk of ER+, PR+, and HER2- BCs. High positive correlations were observed among EGR1, DUSP1, FOS, FOSB, CYR61, and JUN mRNA expression in BC tissue. This systematic review suggested that EGR1 expression may serve as a prognostic marker for BC patients and that clinicopathological parameters influence its prognostic utility. In addition to EGR1, DUSP1, FOS, FOSB, CYR61, and JUN can jointly be considered prognostic indicators for BC.

• 생명과학회지
• /
• 제33권9호
• /
• pp.736-745
• /
• 2023

노화란 세포 및 생리 기능이 점진적으로 손상되는 복잡한 과정이다. 알츠하이머, 동맥경화 및 갱년기와 같은 노화와 관련된 질병은 노화가 진행이 되면서 발생된다. 노화와 관련된 질환은 다양한 원인에 의해 발생된다. 그 중 유전적인 변화 없이 유전자 발현을 조절하는 후성유전의 변화는 노화, 그리고 노화와 관련된 질환의 발생에 중요한 조절자로 알려져있다. 이 리뷰에서는 후성유전의 변화가 노화 및 노화와 관련된 질병의 발전과 진행에 어떠한 역할을 하는지에 대해 서술하였다. 노화 중에 일어나는 유전적 변화의 분자적 기전과 이러한 변화가 노화와 관련된 질병에 미치는 영향, 특히 노화와 관련된 질환과 관련된 유전자 발현 양식을 조절하는 RNA 메틸화, DNA 메틸화 및 miRNA에 대해 중점적으로 초점을 맞추었다.