• 실천공학교육논문지
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• 제15권2호
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• pp.321-330
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• 2023

본 논문에서는 특정 도메인의 온톨로지 구성에 필요한 용어 간의 다양한 관계를 추출하여 자동으로 온톨로지를 생성하는 방법을 제안하고자 한다. 추출된 관계를 온톨로지의 구조에 공리 집합으로 인코딩하여 온톨로지로 구성한다. 효율적으로 해결하기 위해 집합의 검색 공간을 정수 프로그래밍 문제로 표현하며, 최적화를 위해 별로 도움이 되지 않는 규칙은 제거하는 단순한 축소를 사용하여 행렬을 감소시킨다. 결론적으로 본 논문에서는 주어진 데이터를 이용하여 패턴을 일반화하고, 유용한 패턴을 유지하면서 검색 공간을 줄이는 방법을 제시하며, 구조화된 온톨로지로 구성하는 알고리즘을 적용하여 추출된 관계를 이용해 자동으로 효율적인 온톨로지로 생성하는 방법을 제안한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제80권1호
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• pp.77-82
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• 2017

Background: Delayed hypersensitivity plays a large role in the pathogenesis of tuberculous pleural effusion (TPE). Macrophages infected with live Mycobacterium tuberculosis (MTB) increase the levels of adenosine deaminase2 (ADA2) in the pleural fluid of TPE patients. However, it is as yet unclear whether ADA2 can be produced by macrophages when challenged with MTB antigens alone. This study therefore evaluated the levels of ADA2 mRNA expression, using monocyte-derived macrophages (MDMs) stimulated with MTB antigens. Methods: Purified monocytes from the peripheral blood mononuclear cells of healthy volunteers were differentiated into macrophages using granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) or macrophage colony-stimulating factor (M-CSF). The MDMs were stimulated with early secretory antigenic target protein 6 (ESAT6) and culture filtrate protein 10 (CFP10). The mRNA expression levels for the cat eye syndrome chromosome region, candidate 1 (CECR1) gene encoding ADA2 were then measured. Results: CECR1 mRNA expression levels were significantly higher in MDMs stimulated with ESAT6 and CFP10, than in the unstimulated MDMs. When stimulated with ESAT6, M-CSF-treated MDMs showed more pronounced CECR1 mRNA expression than GM-CSF-treated MDMs. Interferon-${\gamma}$ decreased the ESAT6- and CFP10-induced CECR1 mRNA expression in MDMs. CECR1 mRNA expression levels were positively correlated with mRNA expression of tumor necrosis factor ${\alpha}$ and interleukin 10, respectively. Conclusion: ADA2 mRNA expression increased when MDMs were stimulated with MTB antigens alone. This partly indicates that pleural fluid ADA levels could increase in patients with culture-negative TPE. Our results may be helpful in improving the understanding of TPE pathogenesis.

• Investigative Magnetic Resonance Imaging
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• 제13권1호
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• pp.31-39
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• 2009

목적 : 본 연구는 PRF(Proton Resonance Frequency)를 이용한 MR 온도감시 영상에서 시간 해상도를 keyhole방법 적용으로 향상시키고자하였다. 제시된 keyhole방법과 기존 온도영상 방법 사이의 비교를 위해 온도 값에 대한 RMS(Root Mean Square) 오차와 SNR(Signal to Noise Ratio)을 비교하였다. 대상 및 방법 : PRF 방법과 GRE(Gradient Recalled Echo)를 이용하여 MR 온도영상을 구현하였으며 장비로는 임상용 1.5T MRI 장치를 이용하였다. 인체모사 조직인 2% 한천 젤 팬텀과 돼지 근육조직으로 실험을 수행하였다. 2.45GHz대역의 마이크로파 발생장치로 MR호환 동축 슬롯 안테나를 구동하여 MRI장치 내에서 대상 조직과 팬텀을 5분간 가열하였다. 가열 직후 10분 동안에 순차적으로 MR 원 데이터를 획득하였다. 획득된 원 데이터는 PC로 전송되어 전체 위상을 부호화하여 얻은 원 데이터의 바깥영역과 K-space의 중앙 영역을 각각 128, 64, 32, 16으로 위상부호화된 데이터로 keyhole영상을 재구성하였다. 256개로 전체 부호화된 자체-참조 온도영상과 RMS 오차를 비교하였으며, zero-filling 영상과 SNR비교를 하였다. 결과 : keyhole 온도 영상에서 위상부호화 수가 128, 64, 32, 16으로 줄어들수록 RMS 오차로 산출한 온도의 차이가 0.538, 0.712, 0.786, 0.845$^{\circ}C$ 만큼 증가하였으나 SNR 값은 keyhole의 위상부호화 수가 줄어도 유지되었다. 결론 : 본 연구는 고정된 매트릭스 크기에 keyhole 방법 적용을 이용하여 온도 감시에서의 시간해상도 증가와 SNR 값을 유지하는 결과를 도출하여 성공적인 적용을 보여 주었다. 본 연구를 기반으로 한 다음 연구에서는 최적화된 변수를 이용한 keyhole 방법 적용으로 최소 온도 오차의 실시간 MR 온도 감시가 가능할 것이라 예상된다.

• 전자공학회논문지CI
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• 제47권6호
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• pp.1-7
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• 2010

이 논문은 BCH (Bose-Chaudhuri-Hocquenghem) 코드 기반의 멀티미디어 핑거프린팅의 새로운 구현 알고리즘을 나타낸다. 공모자 검출의 평가는 n-1명 까지 이루어진다. 제안된 알고리즘에서, 사용된 공모공격은 논리조합(AND, OR 그리고 XOR) 과 평균화 계산(Averaging)이다. 핑거프린팅 코드의 생성 단계는 다음과 같다. 1, BIBD {7,4,1} 코드는 생기행렬로 생성된다. 2. BIBD 코드와 BCH 코드를 결합한 새로운 인코딩 방법에서, 두 종류의 코드들은 BCH 엔코딩 처리에 의해서 핑거프린팅 코드가 된다. 3. 단계 2에서 생성된 코드는 핑거프린팅 코드가 되며 BCH {15,7}코드와 유사한 특성을 갖는다. 4. 단계 3의 핑거프린팅 코드로, 공모자 검출을 위한 공모 코드북을 만든다. 실험을 통하여 공모자 검출비는 AND 공모에서 86.6%, OR 공모에서 32.8%, XOR 공모에서 0% 그리고 평균화 공모에서 66.4%임을 각각 확인하였다. 또한 XOR 공모는 전체 공모자를 검출할 수 없는 반면에, 평균화 공모는 n-1명의 공모자를 검출 하고 OR 공모는 k명의 공모자를 검출할 수 있었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권4호
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• pp.2269-2272
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• 2013

Matrix metalloproteinases (MMPs) degrade various components of the extracellular matrix and functional polymorphisms in encoding genes may contribute to genetic susceptibility to many cancers. Up to now, associations between MMP-7 (-181A>G) and digestive system cancer risk have remained inconclusive. To better understand the role of the MMP-7 (-181A>G) genotype in digestive cancer development, we conducted this comprehensive meta-analysis encompassing 3,518 cases and 4,596 controls. Overall, the MMP-7 (-181A>G) polymorphism was associated with higher digestive system cancer risk on homozygote comparison (GG vs. AA, OR=1.21, 95% CI = 1.12-1.60) and in a dominant model (GG/GA vs. AA, OR=1.16, 95% CI =1.03-1.46). On subgroup analysis, this polymorphism was significantly linked to higher risks for gastric cancer (GG vs. AA, OR=1.22, 95% CI = 1.02-1.46; GA vs. AA, OR=1.82, 95% CI =1.16-2.87; GG/GA vs. AA, OR=1.13, 95% CI =1.01-1.27; GG vs. GA/AA, OR= 1.25, 95% CI = 1.06-2.39. We also observed increased susceptibility to colorectal cancer and esophageal SCC in both homozygote (OR = 1.13, 95% CI = 1.06-1.26) and heterozygote comparisons (OR = 1.45, 95% CI = 1.11-1.91). In the stratified analysis by controls, significant effects were only observed in population-based studies (GA vs. AA, OR=1.16, 95% CI=1.08-1.50; GA/AA vs. GG, OR=1.10, 95% CI=1.01-1.72). According to the source of ethnicity, a significantly increased risk was found among Asian populations in the homozygote model (GG vs. AA, OR=1.40, 95% CI=1.12-1.69), heterozygote model (GA vs. AA, OR=1.26, 95% CI=1.02-1.51), and dominant model (GG/GA vs. AA, OR=1.18, 95% CI=1.08-1.55). Our findings suggest that the MMP-7 (-181A>G) polymorphism may be a risk factor for digestive system cancer, especially among Asian populations.

• 미생물학회지
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• 제34권1_2호
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• pp.64-68
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• 1998

한국에서 분리된 전염성 조혈괴저바이러스(infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV)인 IHNV-PRT의 특성을 규명하기 위하여 IHNV-PRT의 matrix 단백질인 M1 및 M2를 암호화하고 있는 cDNA를 클로닝하여 이들의 염기서열을 분석하였다. M1은 693 bp 크기의 open reading frame을 포함하였으며 이로부터 230개의 아미노산으로 구성된 25.9 kDa의 분자량을 가진 단백질이 합성될 수 있다. M2는 588 bp 크기의 open reading frame을 지니고 있으며 195개의 아미노산으로 구성된 21.9 kDa의 분자량을 지닌 단백질이 합성될 수 있다. IHNV-PRT의 M1과 M2의 아미노산 서열을 외국에서 분리된 IHNV들과 비교 분석한 결과 M1은 92-93%, M2는 97%의 상동성을 보였다. 이러한 사실은 IHNV의 M 단백질 유전자들은 IHNV의 strain에 관계없이 매우 보존되어 있음을 나타내준다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제33권1호
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• pp.1-8
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• 2005

Since Anton van Leeuwen­hoek first observed a surface-associated multicellular structure of bacterial cells in the 17th century, it has been shown to exhibit an ability to form a biofilm by numerous bacterial species. The biofilm formation is composed of distinct developmental stages, which include an attachment/adhesion of a single cell, a proliferation toward monolayered coverage, a propagation to aggregated microcolony, a maturation to 3-dimensional structure, and subsequently a local degradation. Investigation to identify the essential factors for bacterial biofilm formation has been performed via classical genetic approaches as well as recently developed technologies. The initial stage requires bacterial motility provided by a flagellum, and outermembrane components for surface signal interaction. Type IV-pilus and autoaggregation factors, e.g., type I-fimbriae or Ag43, are necessary to reach the stages of monolayer and micro colony. The mature biofilm is equipped with extracellular polymeric matrix and internal water-filled channels. This complex architecture can be achieved by differential expressions of several hundred genes, among which the most studied are the genes encoding exopolysaccharide biosyntheses and quorum-sensing regulatory components. The status of our knowledge for the biofilms found in humans and natural ecosystems is discussed in this minireview.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권4호
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• pp.571-578
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• 2007

A monoclonal antibody (mab) against the antimicrobial sulfamethazine was prepared and characterized by an indirect competitive enzyme-linked immunosorbent assay (IC-ELISA). Sulfamethazine in the range of 0.2 and 45ng/ml could be determined with the mab by IC-ELISA. cDNAs encoding a variable heavy chain and variable light chain of the mab were cloned to produce recombinant antibodies using phage display technology. Following phage rescue and three rounds of panning, a single-chain variable fragment (scFv) antibody with high sulfamethazine-binding affinity was obtained. ELISA analysis revealed that scFv antibody and parent mab showed similar, but not identical, characteristics. The $IC_{50}$ value by IC-ELISA with scFv antibody was 4.8ng/ml, compared with 1.6ng/ml with the parent mab. Performances of the assays in the presence of milk matrix were compared; the mab-based assay was less affected than the scFv-based assay. Sixty milk samples were analyzed by mab-based IC-ELISA, and four samples were sulfamethazine positive; these results were favorably correlated with those obtained by HPLC.

• 한국통신학회논문지
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• 제31권10C호
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• pp.1000-1010
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• 2006

본 논문은 DCT(Discrete Cosine Transform) 기반의 움직임 예측 및 보상을 위한 새로운 연산 아키텍처를 제안한다. 기존 방식들의 경우 연산 시간의 단축을 위하여 2차원 DCT 계수의 희소성을 충분히 활용하지 못하고 있다. 본 논문에서는 DCT 영역에서의 효율적인 움직임 예측을 위한 재귀 방정식을 유도하고, 이를 바탕으로 PE로 구성된 WAP를 개발한다. 또한, 재귀 방정식을 이용하여, 움직임 예측된 영상이 저주파 성분부터 고주파 성분까지 다양한 주파수 대역을 갖는 것이 가능함을 보인다. WAP는 아키텍처의 수정 없이 로그형 탐색이나 3단계 탐색과 같은 다양한 움직임 예측 알고리즘들을 수행할 수 있으며, 이러한 특성들은 비디오 부호화와 복호화에 필요한 전력 소모를 줄이기 위하여 이용될 수 있다. 본 논문에서 제안한 WAP 아키텍처는 계산의 복잡도와 연산 시간을 효과적으로 감소시키며, SAD기준을 이용한 DCT 영역에서의 움직임 예측 및 보상 방식은 SAD 또는 SSD 기준을 이용한 공간 영역에서의 움직임 예측 및 보상 방식보다 높은 PSNR과 압축률을 제공함을 보여준다.

• Molecular & Cellular Toxicology
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• 제3권2호
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• pp.137-144
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• 2007

The mechanism of cytotoxicity of doxifluridine, a prodrug fluorouracil (5-FU), has been ascribed to the misincorporation of fluoropyrimidine into RNA and DNA and to the inhibition of the nucleotide synthetic enzyme thymidylate synthase. Increased understanding of the mechanism of 5-FU has led to the development of strategies that increases its anticancer activity or predicts its sensitivity to patients. Using GeneChip?? Rhesus Macaque Genome arrays, we analyzed gene expression profiles of doxifluridine after two weeks repeated administration in cynomolgus monkey. Kegg pathway analysis suggested that cytoskeletal rearrangement and cell adhesion remodeling were commonly occurred in colon, jejunum, and liver. However, expression of genes encoding extracellular matrix was distinguished colon from others. In colon, COL6A2, COL18A1, ELN, and LAMA5 were over-expressed. In contrast, genes included in same category were down-regulated in jejunum and liver. Interestingly, MMP7 and TIMP1, the key enzymes responsible for ECM regulation, were overexpressed in colon. Several studies were reported that both gene reduced cell sensitivity to chemotherapy-induced apoptosis. Therefore, we suggest they have potential as target for modulation of 5-FU action. In addition, the expression of genes which have been previously known to involve in 5-FU pathway, were examined in three organs. Particularly, there were more remarkable changes in colon than in others. In colon, ECGF1, DYPD, TYMS, DHFR, FPGS, DUT, BCL2, BAX, and BAK1 except CAD were expressed in the direction that was good response to doxifluridine. These results may provide that colon is a prominent target of doxifluridine and transcriptional profiling is useful to find new targets affecting the response to the drug.