• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권12호
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• pp.1701-1707
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• 2005

This study deals with the characterization of porcine PIK3C3 and association tests with quantitative traits. PIK3C3 belongs to the class 3 PI3Ks that participate in the regulation of hepatic glucose output, glycogen synthase, and antilipolysis in typical insulin target cells such as those in the such as liver, muscle system, and fat. On the analysis of full-length mRNA sequence, the length of the PIK3C3 CDS was recorded as 2,664 bps. As well, nucleotide and amino acid identities between human and pig subjects were 92% and 99%, respectively. Five SNPs were detected over 5 exons. We performed genotyping by using a SNP C2604T on exon24 for 145 F$_2$ animals (from a cross between Korean native boars and Landrace sows) by PCR-RFLP analysis with Hpy8I used to investigate the relationship between growth and fat depot traits. In the total association analysis, which doesn' consider transmission disequilibrium, the SNP showed a significant effect (p<0.05) on body weight and carcass fat at 30 weeks of age as well as a highly significant effect (p<0.01) on back fat. In an additional sib-pair analysis, C allele still showed positive and significant effects (p<0.05) on back fat thickness and carcass fat. Moreover, the effects of C allele on the means of within-family components for carcass fat and back fat were estimated as 2.76 kg and 5.07 mm, respectively. As a result, the SNP of porcine PIK3C3 discovered in this study could be utilized as a possible genetic marker for the selection of pigs that possess low levels of back fat and carcass fat at the slaughter weight.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권16호
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• pp.6871-6876
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• 2015

Background: The meningeal hemangiopericytoma (MHPC) is a vascular tumor arising from pericytes. Most intracranial MHPCs resemble meningiomas (MNGs) in their clinical presentation and histological features and may therefore be misdiagnosed, despite important differences in prognosis. Materials and Methods: We report 8 cases of MHPC and 5 cases of MNG collected from 2007 to 2011 from the Neuro-Surgery and Histopathology departments. All 13 samples were re reviewed by two independent pathologists and investigated by immunohistochemistry (IHC) using mesenchymal, epithelial and neuro-glial markers. Additionally, we screened all tumors for a large panel of chromosomal alterations using multiplex ligation probe amplification (MLPA). Presence of the NAB2-STAT6 fusion gene was inferred by immunohistochemical staining for STAT6. Results: Compared with MNG, MHPCs showed strong VIM (100% of cases), CD99 (62%), bcl-2 (87%), and p16 (75%) staining but only focal positivity with EMA (33%) and NSE (37%). The p21 antibody was positive in 62% of MHPC and less than 1% in all MNGs. MLPA data did not distinguish HPC from MNG, with PTEN loss and ERBB2 gain found in both. By contrast, STAT6 nuclear staining was observed in 3 MHPC cases and was absent from MNG. Conclusions: MNG and MHPC comprise a spectrum of tumors that cannot be easily differentiated based on histopathology. The presence of STAT6 nuclear positivity may however be a useful diagnostic marker.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제80권2호
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• pp.159-168
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• 2017

Background: Streptomycin (SM) is recommended by the World Health Organization (WHO) as a part of standard regimens for retreating multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) cases. The incidence of MDR-TB in retreatment cases was 19% in Thailand. To date, information on SM resistance (SMR) gene mutations correlated to the SMR of Mycobacterium tuberculosis Thai isolates is limited. In this study, the mutations in rpsL, rrs, gidB, and whiB7 were investigated and their association to SMR and the lineage of M. tuberculosis were explored. Methods: The lineages of 287 M. tuberculosis collected from 2007 to 2011 were identified by spoligotyping. Drug susceptibility profiles were evaluated by the absolute concentration method. Mutations in SMR genes of 46 SM-resistant and 55 SM-susceptible isolates were examined by DNA sequencing. Results: Three rpsL (Lys43Arg, Lys88Arg, and Lys88Thr) and two gidB (Trp45Ter and Gly69Asp) mutations were present exclusively in the SM resistant M. tuberculosis. Lys43Arg rpsL was the most predominant SMR mutations (69.6%) and prevailed among Beijing isolates (p<0.001). No SMR-related mutation in was found rrs. The combination of rpsL and gidB mutations provided 76.1% sensitivity for detecting SMR in M. tuberculosis Thai isolates. whiB7 was not responsible for SMR in SM resistant isolates lacking rpsL and rrs mutations. The significance of the three gidB mutations, 276A>C, 615A>G, and 330G>T, as lineage signatures for Beijing and EAI were underscored. This study identified 423G>A gidB as a novel sub-lineage marker for EAI6-BGD1. Conclusion: Our study suggested that the majority of SMR in M. tuberculosis Thai isolates were responsible by rpsL and gidB polymorphisms constantly providing the novel lineage specific makers.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권3호
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• pp.419-427
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• 2016

There is a high association of heat shock on the alteration of energy and lipid metabolism. The alterations associated with thermal stress are composed of gene expression changes and adaptation through biochemical responses. Previous study showed that Angelica gigas Nakai (AGN) root extract promoted adipogenic differentiation in murine 3T3-L1 preadipocytes under the normal temperature condition. However, its effect in heat shocked 3T3-L1 cells has not been established. In this study, we investigated the effect of AGN root hot water extract in the adipogenic differentiation of murine 3T3-L1 preadipocytes following heat shock and its possible mechanism of action. Thermal stress procedure was executed within the same stage of preadipocyte confluence (G0) through incubation at $42^{\circ}C$ for one hour and then allowed to recover at normal incubation temperature of $37^{\circ}C$ for another hour before AGN treatment for both cell viability assay and Oil Red O. Cell viability assay showed that AGN was able to dose dependently (0 to $400{\mu}g/mL$) increase cell proliferation under normal incubation temperature and also was able to prevent cytotoxicity due to heat shock accompanied by cell proliferation. Confluent preadipocytes were subjected into heat shock procedure, recovery and then AGN treatment prior to stimulation with the differentiation solution. Heat shocked preadipocytes exhibited reduced differentiation as supported by decreased amount of lipid accumulation in Oil Red O staining and triglyceride measurement. However, those heat shocked preadipocytes that then were given AGN extract showed a dose dependent increase in lipid accumulation as shown by both evaluation procedures. In line with these results, real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) and Western blot analysis showed that AGN increased adipogenic differentiation by upregulating heat shock protection related genes and proteins together with the adipogenic markers. These findings imply the potential of AGN in heat shock amelioration among 3T3-L1 preadipocytes through heat shock factor and proteins augmentation and enhanced adipogenic marker expression.

• 한국어병학회지
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• 제17권3호
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• pp.159-169
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• 2004

2003년 5월과 2003년 10월동안에 제주도내 5개소의 넙치 종묘배양장에서 초기 먹이로 공급 되어지는 동물성 플랑크톤인 rotifer와 20-30일령 넙치 자어에서 장관백탁증 원인균으로 알려진 V. ichthyoenteri를 분리하기 위해 실험한 결과 총 71개의 Vibrio sp. 분리가 되었고, 생화학적 동정결과 2개의 그룹에서 24개의 V ichthyoenteri가 동정 되었다. V. ichthyoenteri의 신속한 검출을 위한 종특이적 primer를 V. ichthyoenteri(KCCM 40870)ISR의 특이적인 서열을 이용하여 제작하였다. V. ichthyoenteri를 포함한 20종의 Vibrio속 균주의 genomic DNA와 18group 분리균주 genomic DNA를 PCR한 결과 V. ichthyoenteri 만의 특이적인 band가 생성됨을 알 수가 있다. 따라서 V. ichthyoenteri(KCCM 40870) ISR의 서열로 제작한 primer가 넙치 자치어에 발병하는 장관백탁증 원인균인 Vibrio ichthyoenteri의 신속한 검출과 정확한 동정을 할 수 있는 molecular marker로 이용할 수 있음을 확인하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제30권4호
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• pp.343-354
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• 2014

Rice blast disease caused by Magnaporthe oryzae is one of the most serious diseases of cultivated rice (Oryza sativa L.) in most rice-growing regions of the world. In order to investigate early response genes in rice, we utilized the transcriptome analysis approach using a 300 K tilling microarray to rice leaves infected with compatible and incompatible M. oryzae strains. Prior to the microarray experiment, total RNA was validated by measuring the differential expression of rice defense-related marker genes (chitinase 2, barwin, PBZ1, and PR-10) by RT-PCR, and phytoalexins (sakuranetin and momilactone A) with HPLC. Microarray analysis revealed that 231 genes were up-regulated (>2 fold change, p < 0.05) in the incompatible interaction compared to the compatible one. Highly expressed genes were functionally characterized into metabolic processes and oxidation-reduction categories. The oxidative stress response was induced in both early and later infection stages. Biotic stress overview from MapMan analysis revealed that the phytohormone ethylene as well as signaling molecules jasmonic acid and salicylic acid is important for defense gene regulation. WRKY and Myb transcription factors were also involved in signal transduction processes. Additionally, receptor-like kinases were more likely associated with the defense response, and their expression patterns were validated by RT-PCR. Our results suggest that candidate genes, including receptor-like protein kinases, may play a key role in disease resistance against M. oryzae attack.

• 식물조직배양학회지
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• 제25권1호
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• pp.13-19
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• 1998

Electroporation을 이용한 형질전환 연구에서 원형질체 대신 체세포 배발생 세포를 이용하여도 DNA가 도입될 수 있음을 이미 보고한 바 있다. 본 연구는 배발생 세포 내로 DNA를 도입하기 위한 electroporation의 최적 조건, 즉 전압과 capacitance 수준, promoter 종류, DNA 농도, 저온처리효과 등을 구명하며, 처리에 따른 DNA의 전입 현상을 이해하고 전기충격후의 생장과 분화 정도를 조사하고자 수행되었다. 들잔디 미숙배를 2,4-D가 2 mg/L 함유된 MS배지에서 배양하여 배발생 캘러스를 유도하였고, 동일 조성의 액체배지에 진탕배양하여 조직 electroporation에 적합한 현탁배양 세포괴를 증식할 수 있었다. 100-400 V의 전압과 10-1980 $\mu\textrm{F}$의 capacitance 수준에서 세포괴를 35S-gusA 조성을 갖는 운반체 DNA와 함께 electroporation 하였을 때, 전반적으로 DNA가 도입되었음을 표지유전자 gusA의 transient 발현을 통하여 확인하였으며, 200-300 V 전압과 330-800 $\mu\textrm{F}$ capacitance 수준이 보다 효과적인 경향을 보였다. 처리시 온도는 큰 영향을 미치지 않았으며, 6 $\mu\textrm{g}$/mL 이상의 DNA 농도에서는 GUS 발현이 양호하였다. 배발생 캘러스 세포주들은 모두 DNA가 도입 되었으나 비 배발생 캘러스 세포주는 11개중 하나에서만 도입이 확인되었다. Electroporation시 전기충격후 20, 40시간 후에 DNA를 첨가하여도 gusA가 발현됨에 따라 전기충격이 세포막의 침투성을 장시간 변화시킴으로써 DNA가 전이될 수 있는 것임을 확인할 수 있었다. GusA의 promoter로 CaMV 35S외에 Actl과 Ubil의 활성을 비교한 바, 35S에 비해 각각 7배, 5배의 활성을 나타내었다. Electroporation 처리후 세포괴의 배양실험에서 100-400 V의 전압과 10-l980 $\mu\textrm{F}$ capacitance의 전 처리 범위에서 캘러스의 지속적인 생장과 함께 식물체 재분화가 일어났다.

• 응용통계연구
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• 제21권1호
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• pp.19-33
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• 2008

연속 형질(quantitative trait)에 영향을 미치는 유전자를 알아내기 위해 형제 쌍의 자료를 수집하여, 주로 이용되는 Haseman과 Elston (1972)의 최소제곱 회귀검정법으로 분석하는데 이는 단일 형질에 대한 분석법이다. 현실적으로 여러 형질들이 복잡하게 단일유전자 좌위(single locus)와 연관되어 있어 함께 수집하게 되는 경우에는, 이러한 연관된 여러 형질을 동시에 분석하는 유전연관성 검정법(linkage test)이 절실히 필요한 실정이다. Amos 등 (1990)은 주성분(principal component) 선형모형을 이용하여 Haseman과 Elston (1972)방법을 둘 이상의 형질의 다변량 분석법으로 확장시켰다. 그러나 이 검정방법은 통계량의 분포를 알 수 없기에 아직 제 1종 오류가 제대로 통제되지 못하는 문제를 가지고 있다. 본 논문에서는 이러한 다변량 형질 자료의 연관성검정에 있어 단일변량에 대한 비모수 추세검정법을 다변량 자료에 대한 분석법으로 확장시킨 통계량을 사용할 것을 제안한다. Amos 등 (1990)이 제안한 방법과 다변량 추세검정 통계량을 모의실험으로 생성한 연속형 형질자료에 적용하였을 때, 다변량 추세검정 통계량은 Amos 등 (1990) 방법에서의 여러 문제점이 발생되지 않을 뿐만 아니라 모의실험에서 제 1종 오류가 정해진 유의수준에 가까운 것을 확인하였고, 검정적이 더 높음을 볼 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제34권3호
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• pp.120-125
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• 1998

pNPG는 염색체 1번의 동원체 왼편에 위치하는 npgA1을 상보할 수 있는 genomic DNA를 포함하는 플라스미드인데 Aspergillus nidulans의 형질전환율을 현저히 증가시키는 특징을 보여주었다. 이 플라스미드로 형질전환시켰을 때 $Trp^+$형질전환체 모두가 $Npg^+$이었고 이들 중에 불완전 형질전환체는 전혀 형성되지 않았다. pNPG를 제한효소 PstI으로 절단하여 얻어진 10.4 kb 절편내에 형질전환율을 증가시키는 DNA서열이 존재함을 확인하고 pILJ16의 PstI site에 재조합하여 pKJH10.4라 명명하였다. pKJH10.4에 의한 A. nidulans의 형질전환율은 pILJ16 보다 대략 200배 이상 증가하였다. pKJH10.4에 의한 형질전환체를 비선택적 조건에서 배양하였을 때 $Arg^+$무성생식포자의 약 80%이상이 $Arg^-$로 복귀됨으로써 플라스미드가 매우 불안정함을 보여주었다. argB2 지표와 다른 종류의 연관된 유전자 지표를 지니는 플라스미드로 형질전환하였을 경우 비선택적 조건에서 argB2 지표가 결손될 때 연관된 다른 지표도 항상 함께 결손되는 현상을 보여주었다. 이 결과는 이 플라스미드에 의한 형질전환체의 불안정성이 염색체로 삽입되었다가 절제되어 나오기 때문이기보다는 염색체 밖에서 자가 복제하기 때문임을 시사한다. 형질전환율을 증가시키는 최소한의 DNA절편은 EcoRI-HaeIII 4.9 kb 절편이었으며 PvuII-EcoRI 2.2 kb 절편은 플라스미드의 불안정성과 관련이 있었다. 이러한 결과들을 종합해 볼 때 형질전환율을 증가시키는 새로운 DNA 서열의 특성이 ANS1 보다는 AMA1과 유사하였으므로 AMA2라 명명하였다.

• 한국가금학회지
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• 제40권2호
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• pp.147-155
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• 2013

본 연구는 육계에서 비타민 C와 E의 첨가 급여가 소포체(ER) 스트레스 및 지방 및 포도당대사 연관 유전자들의 발현에 미치는 영향을 살펴보고자 실시하였다. 육계에 비타민 첨가 급여 후 5주령에 닭의 간을 취하여 유전자들의 발현을 real-time PCR로 비교 분석하였다. 육계의 비타민 C 및 E 첨가 급여는 HSP70, HSP90 및 HMGCR 스트레스 마커 유전자들의 발현을 감소시켰다. ER 스트레스 관련 유전자들 또한 스트레스 마커 유전자들과 마찬가지로 비타민 처리에 의하여 대조구에 비하여 낮은 발현 양상을 보여줌으로서, 대표적 스트레스 마커 유전자들과 더불어 세포 내 ER stress도 영향을 받을 수 있음을 보여 주었다. 육계의 비타민 첨가 급여는 대조구에 비하여 지방대사 연관 유전자들의 발현이 비타민 첨가구에서 감소함에 따라 지방대사에도 영향을 미치고 있음을 보여주었다. 비타민의 첨가 유무와 관계없이 간세포 내부로 포도당을 운반하는 운반체인 GLUT 단백질들의 발현에는 큰 영향을 주지 못하였다. 본 연구의 결과는 육계에 사료 내 비타민 C 또는 E의 첨가급여가 닭의 스트레스 정도를 완화시킬 수 있으며, 또한 지방합성 대사에도 영향을 미칠 수 있음을 세포 수준의 관련 유전자들의 분석을 이용하여 검증할 수 있음을 보여 주었다.