Objective: To investigate discriminating protein patterns and potential biomarkers in serum samples between pre/postoperative pancreatic cancer patients and healthy controls. Methods: 23 serum samples from PC patients (12 preoperative and 11 postoperative) and 76 from healthy controls were analyzed using matrix-assisted laser desorption and ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) technique combined with magnetic beads-based weak cation-exchange chromatography (MB-WCX). ClinProTools software selected several markers that made a distinction between pancreatic cancer patients and healthy controls. Results: 49 m/z distinctive peaks were found among the three groups, of which 33 significant peaks with a P < 0.001 were detected. Two proteins could distinguish the preoperative pancreatic cancer patients from the healthy controls. About 15 proteins may be potential biomarkers in assessment of pancreatic cancer resection. Conclusion: MB-MALDI-TOF-MS method could generate serum peptidome profiles of pancreatic cancer and provide a new approach to identify potential biomarkers for diagnosis and prognosis of this malignancy.
The detection of biomarkers is an important issue for disease diagnosis. However, many systems are not suitable to detect the biomarker itself directly. For direct detection of biomarker proteins in human serum, a new affinity-capture method using aptamers combined with the mass spectrometry was suggested. Since signals from protein samples cannot be amplified, modified chromatin immunoprecipitation (ChIP) and subsequent cross-linking with formaldehyde between aptamers and target proteins were used not to lose the captured target proteins, which allowed us to perform a harsh washing step to remove the non-specifically bound proteins. As a model system, a thrombin aptamer was used as a bait and thrombin as a target protein. Using our modified ChIP and affinity-capture method, non-specific binding proteins on the beads decreased significantly, suggesting that our new method is efficient and can be applied to developing diagnosis systems for various biomarkers.
Yoon, Seo Young;Park, Yi-Seul;Choi, Sung-Eun;Jung, Da Hee;Lee, Jin Seok
한국진공학회:학술대회논문집
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한국진공학회 2013년도 제45회 하계 정기학술대회 초록집
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pp.93-93
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2013
To make the rationale design of interface between cell and artificial surface, many studies have been controlled influencing cue which can typically be divided into two central categories: chemical cues based on modification surface chemical properties containing attractive/repulsive molecules, and physical cues that may include applied tension/stress, electrical polarization, magnetic field, and topography. Recently, researches have been focused on physical cue, especially topography. The surface topography may influence cellular responses for example, cell adhesion, cell morphology and gene expression. However, there were few systematic studies about these nanotopographical effects on neuronal developments in a feature size-dependent manner. Herein, we report a nanoscale-resolved study of nanotopographical effects on cellular adhesion and growth. In this study, we use substrates with packed glass beads by rubbing method for generating highly periodic nanotopographies with various sizes. We found that acceleration of neuritogenesis appeared only on the beads larger than 200 nm in diameter, and observed that filopodial thickness was comparable with this scale. This study is expected to be essential to elucidate the nanotopographical effect on cellular adhesion and growth.
An automatic control system is proposed and implemented for a miniaturized DNA extraction system using magnetic bead. A host-local system is employed for the accommodation of the graphical user interface and the basic control function. The functional partitioning into the local and the host system is discussed. The control functions are classified and formalized for the flexible control scenario, which is the input of the proposed system. As the proposed scenario is consists of the sequence of the user-centric actions, the user goal can be easily programmed and modified. The DNA extraction performance of the implemented system was compared with the existing silica-membrane-based method, resulting in the comparable concentration and purity of the extracted DNA. The proposed system is currently being utilized for the development of the DNA extraction system only changing scenario, without any alteration of the system.
미크론 자성비드 검출용 바이오센서에 활용하는 GMR-SV 박막을 이온빔 스퍼터링 증착법으로 glass/Ta(5.8 nm)/NiFe(5 nm)/Cu(t nm)/NiFe(3 nm)/FeMn(12 nm)/Ta(5.8 nm)의 구조를 갖도록 증착하였다. 비자성체 Cu의 두께가 3.0 nm에서 2.2 nm까지 얇아질수록 교환결합력은 증가하였고 자기저항비는 다소 감소하였다. 비자성체의 두께가 얇으면 반강자성체의 층간 교환작용이 강자성체의 고정층뿐만 아니라 자유층의 스핀배열에도 영향을 주고 있음을 확인할 수 있었다. 또한 리소그래피 공정 과정을 거쳐 GMR-SV 소자를 제작하여 미크론 자기비드를 검출하였다. 여기서 자기비드를 떨어뜨리기 전과 후의 자기저항비, 교환결합력, 보자력은 각각 0.9%, 3Oe, 2 Oe의 값을 나타내었다. 이러한 결과로 나노 단위의 바이오센서에 활용할 수 있는 가능성을 보여주었다.
수용액 중 흔적량 Cu(II)과 Pb(II)을 알긴산칼슘 비드에 흡착 농축시켜 정량하는 방법에 대해 연구하였다. 알긴산칼슘 비드는 시료용액에 일정량의 Ca(II)과 알긴산을 첨가하여 용액 내에서 형성되도록 하였다. 그리고 효율적인 흡착농축을 위해서 검토해야 할 수용액의 흡착 pH, Ca(II)의 농도, 알긴산의 양, 겔화 방지를 위한 에탄올의 농도, 흡착 평형시간과 탈착을 위해 사용하는 산의 종류 및 농도 등의 조건을 최적화하였다. 흔적량 Cu(II)과 Pb(II)이 포함된 시료 용액에 Ca(II)과 에탄올을 가한 후 용액의 pH를 5.0으로 고정하고, 알긴산을 첨가하여 알긴산칼슘 비드가 용액 내에서 형성되도록 하였다. 흡착 평형이 이루어지면 막 필터로 용액을 거르고, 걸러진 알긴산칼슘 비드를 소량의 완충용액으로 세척한 후 질산용액을 가하여 초음파 세정기에 넣고 역 분산시켰다. 역 분산을 위해 사용하는 탈착제로는 질산이 가장 좋았고, 이때 질산의 농도가 1.0 mol/L 이면 정량적으로 탈착되었다. 공존이온에 대한 방해효과를 Na(I), K(I) 및 Mg(II)에 대해 검토한 결과 Pb(II)에 대해서는 방해효과가 없었으나 과량 존재할 때 Cu(II)에 대해서는 흡광도를 감소시키는 방해를 야기하였다. 2가지 물 시료에 본 방법을 적용한 결과 $90.4{\sim}104.3%$의 회수율을 얻었으므로 수용액 중 흔적량 존재하는 Cu(II)과 Pb(II)을 분리 흡착 농축할 수 있는 효과적인 방법이라고 생각한다.
Kim, Seok-Ryel;Kim, Du-Woon;Kwon, Ki-Sung;Hwang, In-Gyun;Oh, Myung-Joo
Food Science and Biotechnology
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제17권3호
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pp.651-654
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2008
In order to enhance the efficacy of norovirus detection by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and nested PCR, this study developed a norovirus mRNA concentration method using poly oligo dT-conjugated magnetic beads. An efficient norovirus detection protocol was performed on commercial ham using 2 viral elution buffers (glycine buffer and Tris beef extract buffer) and 2 concentration solutions [polyethylene glycol (PEG) and zirconium hydroxide]. The different approaches were verified by RT-PCR and nested PCR. This method was performed on ham in less than 8 hr by artificial inoculation of serial dilutions of the virus ranging from 1,000 to 1 RT-PCR unit/mL. The viral extraction and concentration method had 10-fold higher sensitivity using the combination of Tris beef extract buffer and PEG as compared to glycine buffer and zirconium hydroxide. This method proved that RT-PCR and nested PCR have the sensitive ability to detect norovirus in commercial ham, in that norovirus was successfully detected in artificially contaminated samples at a detection level as low as 1-10 RT-PCR unit/mL. Overall, such a detection limit suggests this protocol is both quick and efficient in terms of its potential use for detecting norovirus in meat products.
Kim, Jong-Hui;Yoo, Jae Gyu;Ham, Jun-Sang;Oh, Mi-Hwa
한국축산식품학회지
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제38권4호
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pp.727-736
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2018
In this study, an immuno-magnetic bead (IMB)-based assay was developed to simultaneously detect Escherichia coli, Staphylococcus aureus, and Salmonella spp. and was tested in four animal-derived foods: beef, ham, egg, and ricotta cheese. The IMB-based assay exhibited good specificity by binding to five E. coli serotypes [capture efficiency (CE) average (avg.) 90.4%], five S. aureus strains (CE avg. 91.4%), and five Salmonella serotypes (CE avg. 95.4%) but not binding to non-target bacteria (CE<10%). Furthermore, the assay detected all three pathogens with a detection limit of 10 CFU/g without the need for enrichment or additional platforms. Since the results demonstrated that the IMB-based assay can effectively separate and enrich target bacteria from a variety of animal-derived food matrixes, the assay exhibits good specificity for potential use in providing rapid, immunological, presumptive identification of pathogenic bacteria.
광 리소그래피 공정을 이용하여 반강자성체 IrMn 층을 기반으로 하는 GMR-SV(giant magnetoresistance-spin valve) 소자 위에 ${\mu}m$ 선폭 크기의 코일을 적층하여 미크론 크기 코일을 제작하였다. GMR-SV 박막일 때와 소자 제작 후의 자기저항비와 자장감응도는 각각 4.4 %, 2.0 %/Oe와 1.6 %, 0.1 %/Oe로 나타났다. 여러 개의 $1{\mu}m$ 크기인 자성비드가 붙은 적혈구 바로 아래 위치에 놓일 소자와 10번 감은 미크론 크기 코일에 흐르는 AC 및 DC 전류 크기에 따른 자기장 분포를 유한요소법 전산모사로 분석하였다. 코일 중심인 $z=0{\mu}m$에서 주파수 20 kHz인 AC 전류가 0.1 mA에서 10.0 mA로 증가하면 이 값에 비례하여 자기장의 크기는 $30{\mu}T$에서 $3060{\mu}T$로 증가하였다. 그리고 코일 중심에서부터 $z=10{\mu}m$에서 자기장 크기는 $z=0{\mu}m$인 중심에서 보다 1/6배로 줄어들었다. 미크론 크기 코일에 흐르는 전류에 의해 생성되는 자기장은 적혈구 포획용으로 충분한 크기를 갖고 있어서 검출용 바이오센서로 활용 가능함을 확인 할 수 있었다.
대기나 물에 용해된 여러 가지 유해한 유기물을 분해하기 위한 방안으로서 다양한 광촉매 재료를 이용하려는 시도가 진행되고 있다. 하지만 광촉매 반응은, 현탁액 내에서 submicrometer 크기를 갖는 반도체재료에서 발생하므로 처리된 폐수로부터 촉매를 제거해야 하는 정제공정 (downstream process)이 필요하며, 이는 경제적인 측면에서 큰 경비를 요구하게 된다. 이를 해결 하기 위하여, 가장 우수한 광촉매 재료로 평가받는 TiO$_2$를 glass beads, sands, silica gel등의 물질에 고정시키거나, TiO$_2$를 자성 입자에 코팅시킨 형태인, 자성 광촉매입자를 응용하려는 연구가 최근 활발하게 진행되고 있다. 따라서 본 연구에서는 광촉매의 고정화와 재활용 효율을 향상시키기 위하여 TiO$_2$ 나노입자를 y-Fe$_2$O$_3$ 나노입자의 표면에 코팅하여 나노입자의 큰 비표면적을 활용하고 미세구조를 제어하여 입자간의 고정특성과 자기적 특성의 제어기술을 확립하고자 하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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