• 제목/요약/키워드: Local Alignment

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타일 정렬을 이용한 이미지 검색 알고리즘 (Image Search Algorithm with Tile Alignment)

  • 박웅;전호윤;신종우;전명재;조환규
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2004년도 가을 학술발표논문집 Vol.31 No.2 (2)
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    • pp.712-714
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    • 2004
  • 인터넷상의 대부분 이미지 검색엔진들은 이미지의 실제 내용보다는 이미지 파일명이나 부가적인 색인과 같은 문자 정보에 의존하여 이미지 검색을 하고 있다. 한편 이미지의 색상 정보를 비교에 사용하는 RGB 히스토그램 방법은 수행시간은 짧지만 형태는 고려하지 않기 때문에 높은 정확도는 기대하기 어렵다. 본 논문에서는 이미지의 실제 내용을 비교하여 비정형의 복잡한 물체를 검색하는 새로운 이미지 검색 알고리즘을 제안한다. 제안하는 알고리즘은 이미지의 색상과 형태 정보를 담은 타일 서열을 local alignment 알고리즘으로 정렬하여 이미지 검색을 한다 비정형 물체인 음식 사진을 사용한 실험에서 기존의 방법 RGB 히스토그램을 이용한 방법보다 월등히 향상된 정확도를 나타내었다.

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IEEE 802.11n 기반 MIMO-IC의 간섭정렬 성능평가 (Evaluation of Interference Alignment for MIMO-IC based on IEEE 802.11n)

  • 배인산;윤희석;김재명
    • 한국위성정보통신학회논문지
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    • 제8권4호
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    • pp.47-52
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    • 2013
  • 본 논문에서는, 기존에 연구되었던 간섭정렬 기법들은 주로 레일레이 채널 환경에서 분석이 이뤄졌다. 간섭정렬 기법은 크게 Iterative-method와 Linear-method로 구분되어 지며, Iterative-method는 반복이라는 제약이 있지만 채널정보가 적게 드는 장점이 있다. Linear-method은 광역 채널 정보(global channel info)가 필요하지만 반복에서 자유로우며 비교적 성능이 우수하다. 이 논문에서는 기존의 간섭정렬 기법들을 실외 환경의 레일리에 패이딩 채널과 실내 환경인 IEEE 802.11n 채널에 적용함으로써 성능을 비교하고자 한다.

재귀적 지역정렬을 이용한 프로그램 표절 탐색 (Source code Plagiarism Detection with Recursive Local Alignments)

  • 전명재;이평준;조환규
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (A)
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    • pp.946-948
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    • 2004
  • 지역정렬(local alignment)과 전체정렬(global alignment)로 대표되는 정렬 문제는 전산학 분야의 전형적인 문제로, 두 서열의 전체적인 또는 부문적인 유사성(similarity)을 찾아 주기 위한 방법이다. 특히 정렬은 두 문자열에서 유사하게 나타나는 유사 서브스트링을 찾아내는 문제라든가 근래의 생물정보학에서 두 DNA시퀀스간의 유사도를 판별하는 문제 등에서 매우 중요란 기법이다. 본 논문에서는 두 서열들을 유사하게 매칭 시켜 주는 기존의 정렬 방법을 응용, 변형하여 C, C++. JAVA등으로 짜여진 프로그램 소스들의 유사도를 측정하는 방법을 제시하였다. 실제로 이런 프로그램 소스의 표절은 대학교육 수업과정 등에서 빈번하게 발생되는 문제점으로서 본 논문에서는 프로그램 소스표절을 검사, 탐지할 수 있는 방법론 및 구체적인 프로그램과 그 결과를 제시하고 있다. 아울러 두 프로그램간의 유사성을 비교하기 위해 기존의 지역정렬 방법을 보다 효율적으로 적절히 변형시키는 방법을 제시하고 있다.

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Banded Smith-Waterman 알고리즘을 이용하여 정규화된 부분배치를 찾는 새로운 알고리즘 (A new algorithm for finding normalized local alignment using handed Smith-Waterman algorithm)

  • 김상태;심정섭;박희진;박근수;박현석;서정선
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2001년도 가을 학술발표논문집 Vol.28 No.2 (1)
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    • pp.592-594
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    • 2001
  • 두 문자열의 부분배치(local alignment)를 찾는 대표적인 알고리즘인 Smith-Waterman 알고리즘(SW 알고리즘)은 정규화된 최적부분배치를 찾지 못하는 단점이 있다. 최근에 fractional programming 기법을 이용하여 여러 번의 SW 알고리즘을 수행함으로써 정규화된 최적부분배티를 찾는 알고리즘이 제시되었지만 이는 매우 많은 시간이 걸린다. 본 논문에서는 fractional programming 기법을 이용하여 정규화된 최적부분배치를 찾는 알고리즘에, 완전매치(Exact Match)을 이용한 휴리스틱 기법인 Banded SW 알고리즘을 적용하여, 낮은 오차를 가지면서 실용적으로 매우 빠른 정규화된 최적부분배치를 찾는 알고리즘을 제시하고 이 알고리즘과 제시하고 이 알고리즘과 기존의 알고리즘을 직접 구현하여 실험한 결과를 비교 분석한다.

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Local chaining 알고리즘의 단점 및 개선 방법 (Improving Weaknesses of Local Chaining Algorithms)

  • 이선호;박근수
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (A)
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    • pp.976-978
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    • 2004
  • Chaining 알고리즘은 주어진 match 정보로부터 좋은 match 조합을 찾아내는 일종의 alignment 알고리즘으로 유전체 서열을 비교하는데 다양하게 응용되고 있다. 특히 서열 전체를 비교하는 대신 부분 서열을 비교할 때 사용할 수 있는 local chaining 알고리즘이 제안되었는데 본 논문은 이 기본적인 알고리즘이 Smith-waterman 알고리즘과 유사하며 따라서 비슷한 단점을 가지고 있음을 지적한다. 그리고 이를 해결하기 위해 X-drop과 정규화 된 정수를 고려하는 두 가지 기법을 적용하고 실험을 통해 개선 효과를 보인다.

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도로의 최적노선대 선정방법 비교 연구 (Comparative Study on Determining Highway Routes)

  • 김관중;장명순
    • 한국도로학회논문집
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    • 제8권4호
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    • pp.159-179
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    • 2006
  • 도로의 구조 시설기준에 관한 규칙과 국도의 노선계획 설계지침에 준하여 실행되는 현행 노선선정방법과, 컴퓨터 발전과 함께 국내외에서 연구되고 있는 선형최적화 모형식으로 사례연구 구간의 도로 노선을 선정하여 노선 특성을 비교 분석해본 결과, 현행 노선선정방법은 단계별, 구간별로 순차적인 노선선정이 이루어지는 국지적 최적을 추구하나, 선형 최적화 모형식 선정방법은 모든 설계요소가 동시에 고려된 체계최적(System Optimal)의 노선탐색 능력이 있는 것으로 분석되었다. 또한 선형최적화 모형에서 기존 설계공종별 실제공사비로 비용함수를 보정하여 노선을 선정한 결과 현실에 부합되게 설계되었으며, 경제성이 높은(B/C=1.66) 대안 노선이 탐색되었다. 선형최적화 설계모형은 터널 종단에서 종단 경사가 변화하는 등 보완될 점이 있음에도 타당성조사와 기본설계단계에서 노선선정 도구로서 설계시간 및 비용단축, 다양한 대안 노선의 검토 등의 많은 장점을 지니고 있음이 확인되었다.

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Generating Pylogenetic Tree of Homogeneous Source Code in a Plagiarism Detection System

  • Ji, Jeong-Hoon;Park, Su-Hyun;Woo, Gyun;Cho, Hwan-Gue
    • International Journal of Control, Automation, and Systems
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    • 제6권6호
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    • pp.809-817
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    • 2008
  • Program plagiarism is widespread due to intelligent software and the global Internet environment. Consequently the detection of plagiarized source code and software is becoming important especially in academic field. Though numerous studies have been reported for detecting plagiarized pairs of codes, we cannot find any profound work on understanding the underlying mechanisms of plagiarism. In this paper, we study the evolutionary process of source codes regarding that the plagiarism procedure can be considered as evolutionary steps of source codes. The final goal of our paper is to reconstruct a tree depicting the evolution process in the source code. To this end, we extend the well-known bioinformatics approach, a local alignment approach, to detect a region of similar code with an adaptive scoring matrix. The asymmetric code similarity based on the local alignment can be considered as one of the main contribution of this paper. The phylogenetic tree or evolution tree of source codes can be reconstructed using this asymmetric measure. To show the effectiveness and efficiency of the phylogeny construction algorithm, we conducted experiments with more than 100 real source codes which were obtained from East-Asia ICPC(International Collegiate Programming Contest). Our experiments showed that the proposed algorithm is quite successful in reconstructing the evolutionary direction, which enables us to identify plagiarized codes more accurately and reliably. Also, the phylogeny construction algorithm is successfully implemented on top of the plagiarism detection system of an automatic program evaluation system.

제한된 프로그램 소스 집합에서 표절 탐색을 위한 적응적 알고리즘 (An Adaptive Algorithm for Plagiarism Detection in a Controlled Program Source Set)

  • 지정훈;우균;조환규
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제33권12호
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    • pp.1090-1102
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    • 2006
  • 본 논문에서는 대학생들의 프로그래밍 과제물이나 프로그래밍 경진대회에 제출된 프로그램과 같이 동일한 기능을 요구받는 프로그램 소스 집합들에서 표절행위가 있었는지를 탐색하는 새로운 알고리즘을 제시하고 있다. 지금까지 보편적으로 사용되어 온 대표적인 알고리즘은 부분 스트링간의 완전 일치를 통한 Greedy-String-Tiling이나 두 스트링간의 지역정렬(local alignment)을 이용한 유사도 분석이 주된 방법론이었다. 본 논문에서는 해당 프로그램 소스의 집합에서 추출된 키워드들의 빈도수에 기반한 로그 확률값을 가중치로 하는 적응적(adaptive) 유사도 행렬을 만들어 이를 기반으로 주어진 프로그램의 유사구간을 탐색하는 새로운 방법을 소개한다. 우리는 10여개 이상의 프로그래밍 대회에서 제출된 실제 프로그램으로 본 방법론을 실험해 보았다. 실험결과 이 방법은 이전의 고정적 유사도 행렬(match이면 +1, mismatch이면 -1, gap이면 -2)에 의한 유사구간 탐색에 비하여 여러 장점이 있음을 알 수 있었으며, 제시한 적응적 유사도 행렬을 보다 다양한 표절탐색 목적으로 사용할 수 있음을 알 수 있었다.

Physical modeling of dust polarization spectrum by RAT alignment and disruption

  • Lee, Hyeseung;Hoang, Thiem
    • 천문학회보
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    • 제46권2호
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    • pp.38.1-38.1
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    • 2021
  • Dust polarization depends on the physical and mechanical properties of dust, as well as the properties of local environments. To understand how dust polarization varies with grain mechanical properties and the local environment, in this paper, we model the wavelength-dependence polarization of starlight and polarized dust emission by aligned grains by simultaneously taking into account grain alignment and rotational disruption by radiative torques (RATs). We explore a wide range of the local radiation field and grain mechanical properties characterized by tensile strength. We find that the maximum polarization and the peak wavelength shift to shorter wavelengths as the radiation strength U increases due to the enhanced alignment of small grains. Grain rotational disruption by RATs tends to decrease the optical-near infrared polarization but increases the ultraviolet polarization of starlight due to the conversion of large grains into smaller ones. In particular, we find that the submillimeter (submm) polarization degree at 850㎛(P850) does not increase monotonically with the radiation strength or grain temperature (Td), but it depends on the tensile strength of grain materials. Our physical model of dust polarization can be tested with observations toward star-forming regions or molecular clouds irradiated by a nearby star, which have higher radiation intensity than the average interstellar radiation field. Finally, we compare our predictions of the P850-Td relationship with Planck data and find that the observed decrease of P850 with Td can be explained when grain disruption by RATs is accounted for, suggesting that interstellar grains unlikely to have a compact structure but perhaps a composite one. The variation of the submm polarization with U (or Td)can provide a valuable constraint on the internal structures of cosmic dust

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Apache Spark을 이용한 병렬 DNA 시퀀스 지역 정렬 기법 구현 (Implementation of Parallel Local Alignment Method for DNA Sequence using Apache Spark)

  • 김보성;김진수;최도진;김상수;송석일
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제16권10호
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    • pp.608-616
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    • 2016
  • Smith-Waterman(SW) 알고리즘은 DNA 시퀀스 분석에서 중요한 연산 중 하나인 지역 정렬을 처리하는 알고리즘이다. SW 알고리즘은 동적 프로그래밍 방법으로 최적의 결과를 도출할 수 있지만 수행시간이 매우 길다는 문제가 있다. 이를 해결하기 위해서 다수의 노드를 이용한 병렬 분산 처리 기반의 SW 알고리즘이 제안되었다. Apache Spark을 기반으로 하는 병렬 분산 DNA 처리 프레임워크인 ADAM에서도 SW 알고리즘을 병렬로 처리하고 있다. 하지만, ADAM의 SW 알고리즘은 Smith-Waterman 이 동적프로그래밍 기법이라는 특성을 고려하지 않고 있어 최대의 성능을 얻지 못하고 있다. 이 논문에서는 ADAM의 병렬 SW 알고리즘을 개선한다. 제안하는 병렬 SW 기법은 두 단계에 걸쳐 실행된다. 첫 번째 단계에서는 지역정렬 대상인 DNA 시퀀스를 다수의 파티션(partition)으로 분할하고 분할된 각 파티션에 대해서 SW 알고리즘을 병렬로 수행한다. 두 번째 단계에서는 파티션 각각에 대해서 독립적으로 SW를 적용함으로써 발생하는 오류를 보완하는 과정을 역시 병렬로 수행한다. 제안하는 병렬 SW 알고리즘은 ADAM을 기반으로 구현하고 기존 ADAM의 SW와 비교를 통해서 성능을 입증한다. 성능 평가 결과 제안하는 병렬 SW 알고리즘이 기존의 SW에 비해서 2배 이상의 좋은 성능을 내는 것을 확인하였다.