• 제목/요약/키워드: Linked Reads

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차세대 도서관 목록의 이용자 서평에 관한 고찰 (A Study on the User-contributed Reviews for the Next Generation Library Catalogs)

  • 윤정옥
    • 한국문헌정보학회지
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    • 제46권2호
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    • pp.115-132
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    • 2012
  • 이 연구의 목적은 차세대 도서관 목록에서 이용자 서평 기능의 이용 현황 및 서지레코드에서 연결될 수 있는 외부 정보원의 이용자 서평의 영향 가능성을 살펴보는 것이다. 2012년 2월 16일부터 4월 4일 사이에 2010년에 출간된 열권의 책을 대상으로 WorldCat에서 소장도서관, 이용자 서평, 태그 및 독서 리스트의 현황 및 변동 추이, 그리고 서지레코드에 연결된 Amazon.com과 GoodReads.com의 이용자 서평 현황을 살펴보았다. WorldCat에서 아직 이용자 참여 기능의 활용도는 매우 낮았으며, 이용자 서평보다는 태그나 독서 리스트를 통한 참여가 더 많았다. 같은 책들에 대한 아마존과 굿리즈의 이용자 서평 참여도는 매우 높았고, 아마존에서 한 권의 책과 관련된 이용자 서평 사례 분석은 이용자 참여 기능이 왜곡될 수 있는 가능성을 암시하였다. 아직은 초기 단계인 도서관 목록에 대한 이용자 참여 기능의 확산 및 안정화 추이의 지속적 관찰, 그리고 이 기능이 이용자의 자료 선택에 미치는 영향의 심층적, 체계적 분석이 필요하다.

Birth of an 'Asian cool' reference genome: AK1

  • Kim, Changhoon
    • BMB Reports
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    • 제49권12호
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    • pp.653-654
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    • 2016
  • The human reference genome, maintained by the Genome Reference Consortium, is conceivably the most complete genome assembly ever, since its first construction. It has continually been improved by incorporating corrections made to the previous assemblies, thanks to various technological advances. Many currently-ongoing population sequencing projects have been based on this reference genome, heightening hopes of the development of useful medical applications of genomic information, thanks to the recent maturation of high-throughput sequencing technologies. However, just one reference genome does not fit all the populations across the globe, because of the large diversity in genomic structures and technical limitations inherent to short read sequencing methods. The recent success in de novo construction of the highly contiguous Asian diploid genome AK1, by combining single molecule technologies with routine sequencing data without resorting to traditional clone-by-clone sequencing and physical mapping, reveals the nature of genomic structure variation by detecting thousands of novel structural variations and by finally filling in some of the prior gaps which had persistently remained in the current human reference genome. Now it is expected that the AK1 genome, soon to be paired with more upcoming de novo assembled genomes, will provide a chance to explore what it is really like to use ancestry-specific reference genomes instead of hg19/hg38 for population genomics. This is a major step towards the furthering of genetically-based precision medicine.

A novel de novo mosaic mutation in PHEX in a Korean patient with hypophosphatemic rickets

  • Yang, Misun;Kim, Jinsup;Yang, Aram;Jang, Jahyun;Jeon, Tae Yeon;Cho, Sung Yoon;Jin, Dong-Kyu
    • Annals of Pediatric Endocrinology and Metabolism
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    • 제23권4호
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    • pp.229-234
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    • 2018
  • X-linked hypophosphatemic rickets is caused by loss-of-function mutations in PHEX, which encodes a phosphate-regulating endopeptidase homolog. We report a 26-year-old man with X-linked hypophosphatemic rickets who showed decreased serum phosphate accompanied by bilateral genu valgum and short stature. He had received medical treatment with vitamin D (alfacalcidol) and phosphate from the age of 3 to 20 years. He underwent surgery due to valgus deformity at the age of 14 and 15. Targeted gene panel sequencing for Mendelian genes identified a nonsense mutation in PHEX (c.589C>T; p.Gln197Ter) and a mosaic pattern where only 38% of sequence reads showed the variant allele. This mutation was not found in his mother, who had a normal phenotype. This is a case of a sporadic nonsense mutation in PHEX and up to date, this is the first case of a mosaic mutation in PHEX in Korea.

Tristram Shandy: A Sentimental Journey Riding a Hobbyhorse

  • Lee, Hye-Soo
    • 영미문화
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    • 제10권2호
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    • pp.209-230
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    • 2010
  • This paper reads Tristram Shandy around the issue of hobbyhorse, Sterne's main contribution to novelistic techniques as well as his insightful understanding of the modern condition. First, Sterne represents his characters according to the principle of hobbyhorse, declaring "I will draw my uncle Toby's character from his HOBBY-HORSE." Gradually distancing himself from the Juvenalian satiric mode as well as Henry Fielding's grand narrative and Samuel Richardson's psychological realism, as is seen in the early episode of Yorick's death, Sterne suggests that the best way to represent his characters lies in describing their hobbyhorses. Sterne's foregrounding of hobbyhorse is linked with his embrace of madness as part of the modern identity. He accepts that hobbyhorse-riding, a quirky and mad habit of mind or behavior, is indispensable for some people, like Uncle Toby, to survive and get along with their otherwise unbearable lives. Uncle Toby's hobbyhorse of waging mock battles in the bowling green saves him from the perplexing real world of language and sexuality, while the fictionality of his hobbyhorsical world is exposed by Widow Wadman. Since a hobbyhorse is by definition a world of private pleasure and eccentricity, sentimentalism comes along to bridge the two virtually incommensurable hobbyhorsical world in place of linguistic communication. Yet if Tristram Shandy fully stages sentimentalism, a cardinal part of hobbyhorse riding, it also offers an awareness of it, which is a significant development in the cult of sentimentalism in the eighteenth century. Tristram Shandy performs a version of sentimental journey where each character rides his hobbyhorse and the reader is invited to ride his/her own hobbyhorse.

Alaska 툰드라 토양의 깊이 및 해동 영향에 따른 미생물 군집과 토양 유기 탄소 분해 특성 (Characterization of microbial communities and soil organic carbon degradation associated with the depth and thawing effects on tundra soil in Alaska)

  • 박하주;김덕규;박현;이방용;이유경
    • 미생물학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.365-374
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    • 2016
  • 고위도에서의 온도 상승은 $0.6^{\circ}C$/10 년으로, 이는 토양 유기 탄소에 대한 미생물의 분해 활성 증가를 유도한다. 게다가, 분해된 토양 유기 탄소는 이산화탄소 또는 메탄 같은 온실가스로 전환, 방출되어 기후 변화를 가속화시킨다. 따라서, 토양 유기 탄소 분해와 관련된 미생물의 다양성 및 기능 이해를 위한 토양 해동 모델 연구가 필요하다. 이러한 연구를 위하여 Alaska Council의 두 깊이의 토양(SPF와 PF라 각각 명명한 30-40와 50-60 cm 깊이의 토양)을 $0^{\circ}C$에서 108일 동안 배양하였다. 환경 모사 실험 동안 pyrosequencing을 수행하였고, metagenome을 분석하여 총 111,804개의 미생물 sequence를 얻었다. 이 중, 574-1,128개의 세균 operational taxonomic unit (OTU)과 30-57개의 고세균 OTU를 확인하였다. 토양 배양에 따라 두 토양 모두에서 Crenarchaeota phyla의 상대적 분포가 증가하였으며, Actinobacteria와 Firmicutes phyla의 분포가 SPF와 PF에서 각각 크게 증가하였다. 추출한 토양 유기 탄소에 대한 무게 측정 및 gel permeation chromatography를 통해, 환경 모사 실험이 진행되는 동안 토양 유기 탄소의 주요 구성 성분인 부식산(humic acids)이 중합화(humification)되는 것을 확인하였다. 결론적으로, 냉대 툰드라 동토의 해동은 Crenarchaeota, Actinobacteria 및 Firmicutes phyla의 증가를 야기시키며, 미생물에 의한 토양 유기 탄소 분해 및 이용을 야기시키는 것으로 예측된다.

감각적 읽기 매체를 활용한 만2세의 그림책 (Exploring Picture Book Reding Ecperiences of 2-Year-Olds Using Sensuous Reading Media)

  • 남기원;이수정
    • 문화기술의 융합
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    • 제9권3호
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    • pp.359-370
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    • 2023
  • 본 연구는 감각적 읽기 매체를 활용한 만2세 그림책 읽기 경험이 영아에게 어떤 의미가 있는지를 분석하여 의미있는 읽기를 통한 언어능력 지원 방안을 제안하는데 목적이 있다. 본 연구를 위해 만35개월 남아를 선정하였고, 자료수집은 가정에서의 참여관찰 및 현장기록노트 중심으로 이루어졌으며 질적으로 분석하였다. 본 연구에서는 2021년 3월 20일부터 4월 30일까지 약 2개월간 연구대상이 그림책을 탐색하며 놀이하는 시간을 모두 녹화하여 자료를 수집하였다. 녹화 시간은 약 20시간이고 수집된 자료를 및 현장기록을 전사한 자료는 A4 용지 108페이지이다, 연구결과는 만2세 영아의 감각적 읽기 매체를 활용하여 그림책 읽기 경험을 통해 새로운 매체를 탐색하기, 비슷한 매체와 비교 탐색하기, 매체를 활용한 그림책 읽기에 몰입이 흐름이 나타났으며. 또한 스스로 책을 선택하고 읽는 주도적 읽기의 출현, 읽기 매체를 활용한 탐색, 일상생활 속 그림책과 연계된 놀이로 변화되어가는 것을 알 수 있었다. 이는 감각적 읽기 매체를 활용한 만2세의 그림책 읽기 경험이 영아의 읽기 경험에 유의미함을 시사하는 결과로 볼 수 있다.

Identification and functional prediction of long non-coding RNAs related to oxidative stress in the jejunum of piglets

  • Jinbao Li;Jianmin Zhang;Xinlin Jin;Shiyin Li;Yingbin Du;Yongqing Zeng;Jin Wang;Wei Chen
    • Animal Bioscience
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    • 제37권2호
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    • pp.193-202
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    • 2024
  • Objective: Oxidative stress (OS) is a pathological process arising from the excessive production of free radicals in the body. It has the potential to alter animal gene expression and cause damage to the jejunum. However, there have been few reports of changes in the expression of long noncoding RNAs (lncRNAs) in the jejunum in piglets under OS. The purpose of this research was to examine how lncRNAs in piglet jejunum change under OS. Methods: The abdominal cavities of piglets were injected with diquat (DQ) to produce OS. Raw reads were downloaded from the SRA database. RNA-seq was utilized to study the expression of lncRNAs in piglets under OS. Additionally, six randomly selected lncRNAs were verified using quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) to examine the mechanism of oxidative damage. Results: A total of 79 lncRNAs were differentially expressed (DE) in the treatment group compared to the negative control group. The target genes of DE lncRNAs were enriched in gene ontology (GO) terms and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) signaling pathways. Chemical carcinogenesis-reactive oxygen species, the Foxo signaling pathway, colorectal cancer, and the AMPK signaling pathway were all linked to OS. Conclusion: Our results demonstrated that DQ-induced OS causes differential expression of lncRNAs, laying the groundwork for future research into the processes involved in the jejunum's response to OS.