• 대한의생명과학회지
• /
• 제24권2호
• /
• pp.94-101
• /
• 2018

Tuberculosis (TB) is infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis (MTB) infection. It is known that not only the property of microorganism but also the genetic susceptibility of infected patients is controlled. Interleukin 2 (IL-2) is a cytokine belonging to type 1 T helper (Th1) activity. In addition, IL-2, when infected with MTB, binds IL-2 receptor and promotes T cell replication and is involved in granuloma formation. The aim of this study was to investigate the genetic polymorphisms of the IL-2 receptor gene in tuberculosis patients and normal individuals. We analyzed 22 SNPs in three genes using the genotype data of 443 tuberculosis cases and 3,228 healthy controls from the Korea Association Resource for their correlation with tuberculosis case. IL2RA, IL2RB, and IL2RG genes were genotyped of 16, 4, and 2 SNPs, respectively. Among three genes, only IL2RA gene polymorphisms showed statistically significant association with tuberculosis case. 6 SNPs with high significance were identified in the IL2RA gene. In addition, the linkage disequilibrium (LD) structure of IL2RA gene was confirmed. SNP imputation of IL2RA gene was performed, it was confirmed that more SNPs were significant between case and control. If we look at the results of IL2RA gene analysis above, we can see that genetic polymorphism in the gene expressing $IL-2R{\alpha}$ will regulate the expression level of $IL-2R{\alpha}$, and the change in the immune system involved in $IL-2R{\alpha}$. In this study, genetic polymorphism that may affect host immunity suggests that susceptibility to tuberculosis may be controlled.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제62권4호
• /
• pp.438-448
• /
• 2020

This study was performed to increase the accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) predictions for domestic pigs using single-breed and admixed reference populations (single-breed of Berkshire pigs [BS] with cross breed of Korean native pigs and Landrace pigs [CB]). The principal component analysis (PCA), linkage disequilibrium (LD), and genome-wide association study (GWAS) were performed to analyze the population structure prior to genomic prediction. Reference and test population data sets were randomly sampled 10 times each and precision accuracy was analyzed according to the size of the reference population (100, 200, 300, or 400 animals). For the BS population, prediction accuracy was higher for all economically important traits with larger reference population size. Prediction accuracy was ranged from -0.05 to 0.003, for all traits except carcass weight (CWT), when CB was used as the reference population and BS as the test. The accuracy of CB for backfat thickness (BF) and shear force (SF) using admixed population as reference increased with reference population size, while the results for CWT and muscle pH at 24 hours after slaughter (pH) were equivocal with respect to the relationship between accuracy and reference population size, although overall accuracy was similar to that using the BS as the reference.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제19권9호
• /
• pp.851-857
• /
• 2009

We developed and characterized 36 polymorphic microsatellite markers for the oyster mushroom (Pleurotus ostreatus). In total, 169 alleles were identified with an average of 4.7 alleles per locus. Values for observed ($H_o$) and expected ($H_E$) heterozygosities ranged from 0.027 to 0.946 and from 0.027 to 0.810, respectively. Nineteen loci deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Significant (P<0.05) excess heterozygosity was observed at nine loci. Linkage disequilibrium (LD) was significant (P<0.05) between pairs of locus alleles. Cluster analysis revealed that five species of genus Pleurotus made a distinct group, and the individual cultivars were grouped into major five groups from G-1 to G-5. The diverse cultivars of P. ostreatus were discriminated and the other four species revealed a different section in the UPGMA tree. These microsatellite markers proved to be very useful tools for genetic studies, including assessment of the diversity and population structure of P. ostreatus.

• Molecular & Cellular Toxicology
• /
• 제5권2호
• /
• pp.160-164
• /
• 2009

Notch signaling plays a crucial role in development of the nervous system. Neurodevelopmental hypothesis on etiology of schizophrenia has been implicated. The aim of this study is to determine whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) of Notch homolog 4 (Drosophila) (NOTCH4) gene are associated with schizophrenia. This study included 283 schizophrenia patients diagnosed according to DSM-IV and 301 normal control subjects. Control subjects without history of psychiatric disorders were recruited. Four missense SNPs [rs915894 (exon 3, Lys117Gln), rs2071282 (exon 4, Pro204Leu), rs422951 (exon 6, Thr320Ala), and rs17604492 (exon 18, Gly942Arg)] of NOTCH4 gene were genotyped by the direct sequencing method. Multiple logistic regression models (codominant, dominant, and recessive models) were employed to evaluate odds ratio, 95% confidence interval, and p value. For analysis of genetic data, SNPStats, Haploview, HapAnalyzer, SNPAnalyzer, and Helixtree programs were also used. Of 4 SNPs, rs2071282 was weekly associated with schizophrenia in two alternative models (codominant model, P=0.049; dominant, P=0.041). However, these associations were not significant after Bonferroni correction. At 4 SNPs, one linkage disequilibrium (LD) block was made. This block consisted of rs915894 and rs2071282. In haplotype analysis, AC haplotype was weakly associated with schizophrenia (dominant, P=0.04). This association was disappeared after Bonferroni correction. Our result shows possibility that some SNPs of NOTCH4 gene may be weekly associated with development of schizophrenia in Korean population. However, replication result by other population will be needed.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제26권6호
• /
• pp.780-787
• /
• 2013

The objective of this study was to investigate single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the bovine nephroblastoma overexpressed (NOV) gene and to evaluate whether these polymorphisms affect carcass traits in the Korean cattle population. We resequenced to detect SNPs from 24 unrelated individuals and identified 19 SNPs within the full 8.4-kb gene, including the 1.5-kb promoter region. Of these 19 SNPs, four were selected for genotyping based on linkage disequilibrium (LD). We genotyped 429 steers to assess the associations of these four SNPs with carcass traits. Statistical analysis revealed that g.7801T>C and g.8379A>C polymorphisms in the NOV gene were associated with carcass weight (p = 0.012 and 0.008, respectively), and the g.2005A>G polymorphism was associated with the back fat thickness (BF) trait (p = 0.0001). One haplotype of the four SNPs (GGTA) was significantly associated with BF (p = 0.0005). Our findings suggest that polymorphisms in the NOV gene may be among the important genetic factors affecting carcass yield in beef cattle.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제52권1호
• /
• pp.9-16
• /
• 2010

본 연구는 지방산합성의 완성에 관여하는 소 FASN (Fatty acid synthase) 유전자내의 g.11280G>A (Silent), g.13125T>C (Exon24-His1390Tyr)와 g.17924G>A (Exon39-Thr2158Ala) 단일염기 변이들이 한우집단 925 두를 대상으로 도체형질과의 연관성 분석, 연관불균형의 정도 및 반수체형의 분석을 위하여 수행하였다. g.11280G>A 변이의 연관성분석에 있어서는 도체중, 등지방두께 및 육량지수에 유의성이 있는 것으로 관찰되었으며 g.17924G>A변이 역시 연관성분석에서 도체중에 유의성이 있는 것으로 나타났다(P<0.05). 하지만 g.13125T>C 변이는 한우집단에서 형질과의 유의적인 연관성을 관찰 할 수 없었다. 또한 g.11280G>A, g.13125T>C와 g.17924G>A 변이들에 대한 연관불균형(Linkage disequilibrium) 분석을 한 결과 g.11280G>A와 g.13125T>C 두변이에 대한 r-square=0.177로 나타났으며 D'=0.568 로 관측되었다. 또한 g.13125T>C와 g.17924G>A 두 변이들은 r-square = 0.207로 나타났으며 D'=0.607로 나타났으며 g.11280G>A와 g.17924G>A 변이들은 r-square = 0.101으로 나타났으며 D'=0.920으로 관찰되었다. 연관불균형 유의수준(r-square>0.1, D'>0.500)에 따라 계산된 반수체형 총 7개중 그 빈도가 0.05 이상인 중요한 반수체형은 4개(-GCG- [0.378], -ATG- [0.301], -GTA- [0.191], -ACG- [0.063])를 선별하여 연관성분석을 실시하였다. FASN 반수체형 1번(-GCG-), 반수체형 2번(-ATG-)와 반수체형 4번 (-ACG-)는 한우집단에서 형질과의 유의적인 연관성을 관찰 할 수 없었으나 FASN 반수체형 3번(-GTA-)은 도체중과 연관성을 보였다(P=0.0327). 염색체상 반수체형 -GTA-.구조를 가지지 않은 동형접합체(0-copies)인 개체의 도체중은 354.70+3.58로 나타났으며, 반수체형 -GTA- 구조를 하나만 가지는 이형접합체(1-copies) 347.63+4.84으로 관찰되었으며 0-copies인 동형접합체보다 현저히 낮은 도체중을 나타내었다. 또한 반수체형 -GTA- 구조를 가지는 동형접합체(2-copies)인 개체는 22두가 나타났으며 도체중은 351.01+4.18로 0-copies 인 동형접합체 보다 낮은 도체중을 나타내었다. 이상의 결과는 소 FASN 유전자내의 g.11280G>A, g. 13125T>C와 g.17924G>A 변이들은 육질 뿐만 아니라 육량에도 관여하는 것으로 사료되며, FASN 유전자내의 g.11280G>A와 g.17924G>A 두 개의 단일염기변이는 한우개량사업소의 씨숫소의 유전자 마커를 통한 도움 선발(marker assisted selection, MAS)에 이용 될 수 있을 것이며 일반농가에서도 송아지 생산을 위한 암소 선발에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
• /
• 제20권1호
• /
• pp.103-112
• /
• 2010

페메트렉시드(pemetrexed, $alimta^{(R)}$)는 중피종(mesothelioma)과 비소세포폐암 (non-small cell lung cancer)을 비롯한 다양한 암종에서 엽산(folate) 대사과정에 관여하는 대사물질의 활성을 억제하여 항암효능을 나타낸다. 다중표적 항암제 (multitargeted antifolate)인 pemetrexed는 엽산의 세포내 주요 이동통로인 reduced folate carrier(RFC)를 통해 세포 내로 유입된 후 folylpolyglutamate synthetase (FPGS)에 의해 폴리글루타민산염(polyglutamate) 유도체로 활성되고 thymidylate synthase (TS)와 dihydrofolate reductase (DHFR)를 표적하는 것으로 알려져 있다. 조직형이 서로 다른 비소세포폐암 세포주를 선정하여 pemetrexed의 대사과정에 관여하는 유전자들의 단일염기서열 다형성을 조사하고, mRNA와 단백질의 발현 정도를 비교하여 pemetrexed의 세포독성 효과와의 상관성을 분석하였다. 4개의 비소세포폐암 세포주인 A549, PC14, HCC-1588과 H226에서 RFC, FPGS, TS와 DHFR의 유전형을 조사하였다. Pemetrexed의 약물의 감수성을 알아보기 위해 real-time PCR과 Western blot 방법으로 mRNA 발현과 단백질 발현 정도를 비교하였고, SRB 법으로 약물에 대한 세포독성 효과를 측정했다. PC14 세포주와 H226 세포주에서는 약물처리 전 RFC와 FPGS의 mRNA 발현이 높은 것으로 나타났고, $IC_{50}$값이 각각 $0.08{\pm}0.01\;uM$과 $0.07{\pm}0.01\;uM$로 pemetrexed에 대한 감수성이 높은 것을 알 수 있었다. A549 세포주에서 TS의 유전형이 2R/2R일 때 mRNA발현이 증가하고 pemetrexed의 약물 저항성과 관련이 있었다. 반면, TS의 유전형이 3R/3R로 나타난 H226에서는 mRNA 발현이 낮은 것을 알 수 있었지만 pemetrexed의 높은 감수성과 관련이 있었다. 세포주 모두에서 pemetrexed 약물처리 후 DHFR의 mRNA 발현은 약물처리 전보다 낮아지는 경향을 보였지만 단백질 발현은 오히려 증가하는 상반된 결과를 보였다. 또한 DHFR 프로모터에 위치한 -1726C>T, -1188A>C SNP는 서로 연쇄 불평형 상태(linkage disequilibrium, LD)에 있었다. 연구결과에서 pemetrexed의 세포독성 효과는 약물 대사과정에 관여하는 여러 분자들의 유전형과 발현 정도에 의해 결정되는 것을 알 수 있었고, 다양한 분석결과를 토대로 항암효능을 평가하는 것이 필요하다고 생각된다.

• 생명과학회지
• /
• 제20권10호
• /
• pp.1498-1504
• /
• 2010

Calpastatin (CAST)은 calpain의 억제제 역할을 하는 유전자이며 BTA7에 위치하고 있다. Calpain을 억제하는 CAST 유전자 내 다형성이 육질의 연도에 영향을 미치고 있는 것이 알려져 있다. 또한 여러 연구를 통해 calpain 시스템은 일반 골격근의 성장에 중요한 역할을 하는 것으로 보고되었다. 따라서 본 연구는 한우 집단의 CAST 유전자 내 변이 지역을 탐색하여 경제형질과의 연관성을 분석하기 위하여 실시하였다. CAST 유전자(Accession no. NC_007305) 단일염기변이지역을 탐색 결과 총 5개의 변이(109749T/C, 116151G/A, 109737G/A, 109823T/C, 109926G/A) 지역이 탐색 NCBI에 등록되어 있지 않은 새로운 변이로 본 연구를 통해 탐색되었다. 한우집단 내에서 탐색된 총 5개의 SNP를 대상으로 연관불균형(LD, Linkage disequilibrium) 분석을 수행하였다. 변이들 간의 연관불균형(LD) 정도가 가장 낮은 수준에 있는 2개의 변이지역(109926G/A와 116151G/A, $r^2$=0.038)을 대상으로 경제형질과의 연관성 분석을 실시한 결과 등심단면적(109926G/A, p<0.05)과 18개월령 체중(116151G/A, p<0.05)에서 유의적인 연관성이 검출 되었다. CAST유전자는 도축 후 숙성과정에서 고기의 연도를 증가시키는데 영향을 미칠 뿐만 아니라 가축의 성장에도 깊은 연관성이 있으며, 본 연구를 통해 CAST 유전자 내 변이는 성장 관련 형질과의 연관성이 유의적인 것으로 확인되었다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제49권4호
• /
• pp.345-349
• /
• 2017

당뇨병은 대사 증후군 및 심혈관 질환을 비롯한 다양한 건강상의 부작용과 관련이 있다. 또한 당뇨병의 증가로 사회 및 의학적 관심이 증가하고 있다. 제 2 형 당뇨병의 특징 중 하나는 혈당이 증가한다는 것이다. 공복 혈당치는 가장 기본적이고 널리 사용되는 당뇨병의 지표이다. TLR4 발현은 심장에서 비교적 높다. 그러나 공복 시 혈당과 TLR4의 관련성에 대한 연구가 있었다. 한국인에서 TLR4 유전자와 공복 시 혈당의 단일 염기 다형성(SNP)의 관련성을 알아 보았다. 서울시에서 총 994 명을 대상으로 TLR4 SNP를 이용한 연구를 실시했다. 공복 시 혈당과 관련하여 TLR4 유전자 영역은 연쇄 불균형으로 나타 났으며 유전자의 범위가 매우 크기 때문에 여러 개의 LD 블록으로 보였다. TLR4 유전자의 SNP는 평균 공복 시 혈당과 관련이 있었다(p<0.01). 공복 시 혈당과 관련 크기는 p-value를 $-log^{10}$의 값으로 하였다. rs1329067의 minor allele frequency는 16.4%였고 AA 유전자형을 가진 사람들은 GG 유전자형을 가진 사람들 보다 공복 시 혈당이 높았다. 이 연구는 TLR4의 유전 적 변이가 한국 성인의 혈당 수치에 영향을 미친다는 것을 암시한다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제54권1호
• /
• pp.1-8
• /
• 2012

본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발(Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A>T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이만 $r^2$-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G (Arg236His)와 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G (Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A (His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A (Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G (Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G (Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.