The QTL(quantitative traits loci) linkage mapping of Hanwoo (Korean Cattle) chromosome 6 for daily gain and marbling score was performed using 378 individuals from 18 paternal half-sib families in Hanwoo. Hanwoo chromosome 6 were mapped to total length of 394.2 cM between 28 microsatellite loci using 36 microsatellite primers of BTA 6 linkage group. The QTL analysis for daily gain in Hanwoo showed 8 microsatellite loci (BM3026-5.66, EL03-5.58, BM4311-5.29, ILSTS035-4.50, BMS1242-4.37, BM1329-3.67, BM415-3.11, BMS2460-3.03) in larger than LOD score 3.0. Based on the QTL analysis for marbling score, LOD scores of 12 microsatellite loci (BM415-8.88, BM3026-7.15, ILSTS093-5.45, ILSTS035-4.91, EL03-4.69, BMS690-4.52, BM1329-4.43, BMS511-3.74, BMS1242-3.66, BMS518-3.65, BM4311-3.41, BMC4203-3.36) were found larger than 3.0.
The viviparous germination (VG) with lodging caused the yield reduction and quality deterioration in rice. We carried out the evaluation of VG tolerance (on the 40th day after heading) and mapping QTLs associated with VG tolerance using the recombinant inbred lines (M/G RILs) from a cross between Milyang 23 (japonica/indica) and Gihobyeo (japonica). The VG rates of Milyang 23 and Gihobyeo were 0.0 and 7.0%, respectively. The averaged VG rate of 162 M/G RILs was 7.7%, and their range was from 0.0 to 50.9%. Of the 162 RILs, 144 lines were tolerant less than 10%, and 18 lines were susceptible more than 10%. Using the M/G RIL Map, three QTLs associated with the viviparous trait were detected on chromosome 2 (qVG 2-1 and qVG 2-2) and 8 (qVG 8). qVG 2-1 was linked to RM 32D and RZ 166, and had LOD score of 2.97. qVG 2-2 was tightly linked to E13M59.119-Pl and E13M59.M003-P2, and showed higher LOD score of 3.41. qVG 8 was linked to RM33 and TCT116, and had LOD score of 2.67. The total phenotypic variance explained by the three QTLs was about 24.4% of the total variance in the population. The detection of new QTLs associated with VG tolerance will provide important informations for the seed dormancy, low temperature germination, or comparative genetics.
Ji-Hun Kim;Jae-Ryoung Park;Yoon-Hee Jang;Eun-Gyeong Kim;Kyung-Min Kim
한국작물학회:학술대회논문집
/
한국작물학회 2022년도 추계학술대회
/
pp.279-279
/
2022
Rice is 34% of the world's population used as a staple food. But the world population is increasing. Food security is not well protected. Improving cultivar development can address food security. Quantitative trait locus (QTL) mapping is a statistical analysis using both phenotypic and genotypic dates. The purpose of QTL mapping is to determine a gene. Increasing grain size is a way to increase yield in rice. Grain size-related genes were mapped using CNDH population obtained by cross-breeding Cheongcheong (Indica) and Nagdong (Japonica) through anther culture. Grain harvested from experimental field of Kyungpook National University in Gunwi in 2021. Genes related to grain length were detected between RM5964-RM12285, RM20924-RM20967 in chromosome 1, 7. LOD score is 5.88 and 5.6. Genes related to grain width was detected between RM289-RM18130 in chromosome 5. LOD score is 4.57. Genes related to grain length/width ratio were detected between RM5459-RM3482, RM5699-RM1211 and RM3838-RM3381 in chromosome 1, 2, 5. LOD score is 3.75, 3.14 and 3.41. 4 genes was detected in chromosome 1 and 2 genes was detected in chromosome 2 and 7 genes was detected in chromosome 5. 2 genes related to grain shape and quality were detected. 4 genes related to grain length were detected. 4 genes related to grain size were detected. 1 gene related to grain size and weight was detected. 2 genes related to grain length and weight were detected. By finding the gene related to grain size, it provides food to people threatened by food security and solves the food shortage.
Amyotrophic lateral sclerosis(ALS) is a progressive neurologic disorder resulting from the degeneration of upper and lower motor neurons, and is inherited in 10% of cases. About 20% of familial ALS, clinically indistinguishable from sporadic ALS, is caused by mutations of Cu/Zn superoxide dismutase on chromosome 21q22.21 inherited as an autosomal dominant trait. We now report a new locus in the non-SOD1 dominantly inherited ALS. We screened a large ALS family with 11 affected individuals and one obligate gene carrier with genome-wide ABI polymorphic markers using the ABI 377 automated system. No evidence of linkage was obtained with the autosomal markers. We next screened this family with X chromosome markers as there was no evidence of male-to-male tran-smission of the disease. Linkage was established with several X chromosome markers with a lod score up to 3.8; almost the maximum possible score in this family. Our finding imply that a gene for the dominant expression of a neuronal degeneration is coded on X chromosome and raise the question of the role of X-linked genes that escape inactivation in this pathogenesis. More importantly, our finding that a gene causing ALS is localized on X-chromosome has direct investigational relevance to sporadic ALS, where epidemiological studies show male gender predominance(1.3:1) and earlier onset in men by 5-10 years.
LOD scores related to marbling scores and permutation test have been applied for the purpose detecting quantitative trait loci (QTL) and we selected a considerable major locus BM4311. K-means clustering, for the major DNA marker mining of BM4311 microsatellite loci in Hanwoo chromosome 6, has been tried and five traits are divided by three cluster groups. Then, the three cluster groups are classified according to six DNA markers. Finally, bootstrap test method to calculate confidence intervals, using resampling method, has been adapted in order to find major DNA markers. It could be concluded that the major markers of BM4311 locus in Hanwoo chromosome 6 were DNA marker 100 and 95 bp.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
/
제18권1호
/
pp.175-184
/
2007
LOD scores and a permutation test for detecting and locating quantitative trait loci (QTL) from the Hanwoo economic trait have been described and we selected a considerable major BMS1167 locus for further analysis. K-means clustering analysis, for the major DNA marker mining of BMS1167 microsatellite loci in Hanwoo chromosome17, has been tried and three cluster groups divide four traits. The three cluster groups are classified according to eight DNA marker bps. Finally, we employed the bootstrap test method to calculate confidence intervals using the resampling method to find major DNA markers. We conclude that the major marker of BMS1167 locus in Hanwoo chromosome17 is only DNA marker 100bp.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
/
제18권4호
/
pp.1103-1113
/
2007
LOD scores and a permutation test for detecting and locating Quantitative trait loci(QTL) from the Hanwoo economic trait have been described and we selected a considerable major BMS941 locus. K -means clustering analysis of eight markers in BMS941 and four traits resulted in three cluster groups. Finally, we applied the bootstrap test method to calculate confidence intervals for finding major DNA markers. We conclude that the major markers of BMS941 locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 85bp and 105bp.
Quantitative trait loci (QTLs), which were related to the ability of callus induction and plant regeneration in seed culture of rice, were analyzed using a mapping population from a cross between the rice cultivars 'Samgang' (tongil type) and 'Nagdong' (japonica). A tongil type rice cultivar, 'Samgang' showed lower frequency (20%) of plant regeneration than that (35%) of japonica rice, 'Nagdong'. Transgressive segregations were observed for the ability of callus induction and plant regeneration from the seed-derived calli of 58 doubled haploid (DH) lines. The ability of plant regeneration of 58 doubled haploid lines showed a continuous distribution with comparatively wide range (10.0 to 66.7%) of variation. Composite interval mapping analysis was used to identify the QTLs controlling callus induction and plant regeneration ability. Four significant QTLs, qCWS6, qCWS8, qCWS9 and qCWS11, associated with callus weight per seed were detected on chromosomes 6, 8, 9, and 11 with LOD values of 3.30, 2.60, 2.70 and 2.43, explaining 36% of the total phenotypic variation. Three significant QTLs, qPR1, qPR6, and qPR11, for the ability of plant regeneration were located on chromosome 1, 6, and 11 at LOD score of 2.25, 2.15 and 2.55, accounting for 24 % of the total phenotypic variation. The present study should be useful for improving the efficiency of plant regeneration in tissue culture of indica rice by means of marker-assisted selection.
한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
/
pp.91-91
/
2017
Drought is the most serious abiotic stress limiting rice production. However, little progress has been made in the genetic analysis of drought tolerance, because it is a complex trait controlled by a number of genes and affected by various environmental factors. In here, we screened 218 rice genetic resources for drought tolerance at vegetative stage and selected 32 highly drought tolerant varieties in greenhouse. Under rain-fed conditions, Grain yield of Nagdong was decreased by 53.3% from 517 kg/10a to 241 kg/10a when compare to irrigation condition. By comparison, grain yield of Samgang was decreased by 23.6% from 550 kg/10a to 420 kg/10a. The variety Samgang exhibited strong drought tolerance and stable yield in rain-fed conditions and was selected for further study. To identify QTLs for drought tolerance, we examined visual drought tolerance (VDT) and relative water content (RWC) using a doubled haploid (DH) population consisted of 101 lines derived from a cross between Samgang (a drought tolerance variety) and Nagdong (a drought sensitive variety). Three QTLs for VDT were located on chromosomes 2, 6, and 11, respectively, and explained 41.8% of the total phenotypic variance. qVDT2, flanked by markers RM324 and S2016, explained 8.8% of the phenotypic variance with LOD score of 3.3 and an additive effect of -0.6. qVDT6 was flanked by S6022 and S6023 and explained 12.7% of the phenotypic variance with LOD score of 5.0 and an additive effect of -0.7. qVDT11, flanked by markers RM26765 and RM287, explained 19.9% of the phenotypic variance with LOD score of 7.1 and an additive effect of -1.0. qRWC11 was the only QTL for RWC to be identified; it was in the same locus as qVDT11. qRWC11 explained 19.6% of the phenotypic variance, with a LOD score of 4.0 and an additive effect of 9.7. To determine QTL effects on drought tolerance in rain-fed paddy conditions, seven DH lines were selected according to the number of QTLs they contained. Of the drought tolerance associated QTLs, qVDT2 and qVDT6 did not affect tiller formation, but qVDT11increased tiller number. Tiller formation was most stable when qVDT2 and qVDT11 were combined. DH lines with both of these drought tolerance associated QTLs exhibited the most stable tiller formation. These results suggest that qVDT11 is important for drought tolerance and stable tiller formation under drought stress condition in field.
A human-specific retroposon SINE-R.C2 has been derived from a human endogenous retrovirus HER V-K 10. It is absent in the genome of nonhuman primates and present within the third intron of the human C2 gene that is located in the class III region of the major histocompatibility complex. In the present study, we determined the regional location of the human C2 gene. The analysis of the Genebridge 4 radiation hybrid mapping panel using PCR amplification located the C2 gene between D6S1422 (10.1 cR) and CHLC.GATA4A03 (21.3) with a lod score of>3.0. This allowed us to localize C2 gene on the human chromosome 6 band p21.31.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.