• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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• 제33권1호
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• pp.12-31
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• 2006

n-gram 기반 역색인 구조는 언어 중립적이고 에러 허용적인 장점들로 인해 일부 아시아권 언어에 대한 정보 검색이나 단백질과 DNA의 sequence의 근사 문자열 매칭에 유용하게 사용되고 있다. 그러나, n-gram 기반의 역색인 구조는 색인의 크기가 크고 질의 처리 시간이 오래 걸린다는 단점들을 가지고 있다. 이에 본 논문에서는 n-gram 기반 역색인의 장점을 그대로 유지하면서 색인의 크기를 줄이고 질의 처리 성능을 향상시킨 2단계 n-gram 역색인(간단히 n-gram/2L 역색인이라 부른다)을 제안한다. n-gram/2L 역색인은 n-gram 기반 역색인에 존재하던 위치 정보의 중복을 제거한다. 이를 위해 문서로부터 길이 m의 m-subsequence들을 추출하고, 그 m-subsequence들로부터 n-gram을 추출하여 2단계로 역색인을 구성한다. 이러한 2단계 구성 방법은 이론적으로 의미 있는 다치 종속성이 존재하는 릴레이션을 정규화하여 중복을 제거하는 것과 동일하며, 이를 본문에서 정형적으로 증명한다. n-gram/2L 역색인은 데이타의 크기가 커질 수록 n-gram 역색인에 비해 색인 크기가 줄어들며 질의 처리 성능이 향상되고, 질의 문자열의 길이가 길어져도 질의 처리 시간이 거의 증가하지 않는 좋은 특성을 가진다. 1GByte 크기의 데이타에 대한 실험을 통하여, n-gram/2L 역색인은 n-gram 기반 역색인에 비해 최대 1.9${\~}$2.7배 더 작은 크기를 가지면서, 동시에 질의 처리 성능은 3${\~}$18 범위의 길이를 가지는 질의들에 대해 최대 13.1배 향상됨을 보였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제6권4호
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• pp.187-196
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• 1978

미생물이 하는 생산하는 대사길항물질을 screening 한 결과 최소검정배지상에서 Gram 양성균과 Gram 음성균에 다같이 강한 항균작용을 나타내고 L-aspar tic acid와 L-g1utamic acid에 의하여 길항당하는 물질 N-2292를 생산하는 방선균을 분리하였다. 본 생산균을 분류동정한 결과, Streptomyces albulus 로 보거나 혹은 그 유연균으로 동정하였다. N-2292물질의 배양조건을 검토하여 최적조건에서 대량 배양하고 주로 ion 교환수지, Dowex 50을 사용하여 활성물질을 분리정제하였으며 배양액 약 10ι에서 약 40mg의 백색분말을 얻었다. 본물질은 그 의 이화학적 성질로 보아 indole 화합물을 함유하는 peptide 양 물질임을 추정할 수가 있었다. 생물학적 성질은 최소검정배지상에서 Gram 양성 및 Gram 음성세균에 항균력을 나타냈다. 이러한 항균력은 L-Asp. 및 L-Glu.의 첨가에 의해서 조해당하였다.

• 한국환경보건학회지
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• 제37권2호
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• pp.133-140
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• 2011

Antimicrobial activity and bactericidal activity of Caesalpinia sappan L. extracts were investigated against five food-borne pathogens, E. coli, S. aureus, S. typhimurium, B. cereus and L. monocytogenes. Methanol extract of Caesalpinia sappan L. revealed antimicrobial activities against five pathogens. In particular, by paper disc diffusion the highest activity was shown against L. monocytogenes. Antimicrobial activities of methanol extracts showed the most potent activities, but hexane fraction had no activity. Fractions of ethyl acetate and butanol turned out to have higher antimicrobial activities against Gram(+) bacteria than Gram(-) bacteria. The minimum inhibitory concentration against five food-borne pathogens was 1.563 mg/ml on Gram(+) bacteria and 3.125 mg/ml on Gram(-) bacteria. The result of antimicrobial activity in a shaking flask method showed that bacterial growth rate fell by more than 99.999% at 3.125 mg/ml of methanol extract. The highest rate of viable reduction (99.998%) was shown at 0.781 mg/ml of methanol extract against L. monocytogenes. After five minutes of reaction between test strains and methanol extracts, the growth rates of five kinds of bacteria were reduced by more than 99.999% at a concentration of 100 mg/ml. Therefore, it is suggested that methanol extracts of Caesalpinia sappan L. can be developed as a natural sanitizer or disinfectant.

• KSBB Journal
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• 제17권2호
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• pp.162-168
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• 2002

본 연구에서는 유도성 promoter인 GAL1과 상시성 promoter인 GPD와 ADH1 promoter 하류에 사람 ferritin H-chain 유전자(hfL) 및 사람 ferritin L-chain 유전자(hfL)를 연결하여 재조합 plasmid를 구축하고 이들을 S. cerevisiae 2805에 형질 전환시켜 외래 유전자를 성공적으로 발현시켰다. Ferritin 발현에 미치는 promoter의 영향을 비교한 바, 이 두 단백질 생간에 있어서 GAL1 promoter가 GPD나 ABH1 promoter 보다 더 효율적이었다. GAL1 promoter를 사용한 형질 전환체 (YG-H와 YG-L)에서 H-chain의 발현율은 전체 수용성 단백질 중 4.5%에 해당하였고, L-chain의 발현율은 9.8%에 이르렀다. 각 균주에서 발현된 H 및 L subunit은 비변성 젤은 사용한 전기 영동의 결과 대장균에서 생산된 재조합 단백질과 마찬가지로 자발적으로 holoprotein으로 조합되어졌다. 재조합 H-와 L-ferritin들은 단백질 내공에 철을 축적할 수 있음이 Prussian blue 염색으로 확인되었다. 그리고 효모 세포를 10 mM ferric citrate를 함유한 배지에서 배양했을 때, H-ferritin과 L-ferritin을 생산하는 재조합 효모 균주에 있어서의 펄의 농도는 각각 174.9 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)과 148.8 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)이었고 야생형 효모 균주에 있어서의 털의 농도는 49.4 $\mu\textrm{g}$ Per gram(dry cell weight)이었다. 이것은 사람 ferritin 유전자를 효모 균주에 발현시킴으로써 효모의 철 함량이 증진되었음을 유추하는 결과이다.

• 미생물학회지
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• 제27권4호
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• pp.404-414
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• 1989

김치발효 중 Gram 양성세균 또는 유산균의 분리와 동정을 시도하였다. 종의 다양성은 분리배지와 온도에 영양을 받았고, 다양성은 온도가 낮아질수록 감소하는 경향이었다. MRS는 세균의 분리에 KM(김치재료로 만든 자연배지)은 종의 수를 파악 하는데 각각 적합하였다. 분리균의 동정은 Bergey's manual of Systematic Bacterio]ogy (1986)를 기초로 하여 작성한 이 분농생표(dichotomous Identification scheme)에 의하여 선행하였다. 각 온도(5, 15, $25^{\circ}C$)에서 동정된 Gram 양성세균은 Leuconostoc 5종, Streptococcus 4종, Pediococcus 3종, Bacillus 2종 그리고 Ltobacillms 18종이였다. 각 온도에서 출현 빈도가 높은 종은 $25^{\circ}C$에서 LactobaIlus ptantanmz, Streptococcµs faffinolactis, Leuconostoc maιnteroid, subsp mlsentιroides 이었고, $15^{\circ}C$에서 L. mesenteroides Lactobacillus fructosus, L. maen teroid,l.I subsp. mesent,roid, 이였고, $5^{\circ}C$ 에서 Leuconostoc sp.(65.2 빈도)에 의하여 이루어졌다. 그리고 각 온도에 따른 김치발효 중 지금까지 알려진 Pediococcus cerevisiae 와 Streptococcus faecalis는 분리되지 않았다.

• 한국식품조리과학회지
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• 제26권2호
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• pp.206-213
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• 2010

In this study, the antibacterial activities of essential oil from Zanthoxylum schinifolium against four Gram-positive bacteria and six Gram-negative bacteria were investigated. The antibacterial activity of the oils was determined using the agar-well diffusion assay, MIC (minimum inhibitory concentration) and MBC (minimum bactericidal concentration). In particular, essential oil from Z. schinifolium showed higher antibacterial activity against Gram-positive bacteria than against Gram-negative bacteria. Essential oil from Z. schinifolium displayed large inhibition zones especially against Bacillus cereus (31 mm). At concentrations between 0 and $20\;{\mu}g/mL$ the oils showed an antibacterial effect against both Gram-negative and Gram-positive bacteria. The minimum inhibitory concentration (MIC) values against nine bacteria ranged from 1.25 to $5\;{\mu}g/mL$. The minimum bactericidal concentration (MBC) values against eight bacterial ranged from 2.5 to $20\;{\mu}g/mL$, except Shigella sonnei. Furthermore, our finding on the antibacterial activities of essential oils from Zanthoxylum schinifolium validated the use of this plant for medical purposes.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제12권3호
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• pp.135-140
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• 2007

Antibacterial activities of the major phenolic components from Camellia sinensis L. were investigated against several pathogenic microorganisms including Gram-positive strains like Staphylococcus aureus ATCC 29213 and Streptococcus pyogens 308A; and Gram-negative strains like Escherichia coli ATCC 25922, Escherichia coli 078, Pseudomonas aeruginosa 9027, and Enterobacter cloacae 1321E. The MIC values demonstrate that both (-)-epicatechin and (-)-epigallocatechin were more considerably toxic against Staphylococcus aureus ATCC 29213 than the other two catechins like (-)-epicatechingallate and (-)-epigallocatechin-3-gallate. (-)-Epicatechingallate and (-)-epigallocatechin-3-gallate were most inhibitory against Escherichia coli ATCC 25922. As a result, (-)-epicatechin showed predominant antibacterial activities among tea varieties. The contents of major polyphenolic components such as four catechins, theaflavin, and quercetin were different according to fermentation processes. The total contents of four catechins were ranged from 13.81 to 1.33%, with (-)-epigallocatechin-3-gallate being dominant among tea varieties; theaflavin was found the characteristic pigment in fully-fermented black tea.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권1호
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• pp.105-111
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• 2010

소목은 전통적으로 타박상, 염증 등의 질병치료를 위해 민간의학에서 오래 동안 사용되어 온 한약재야다. 소목의 섬재로부터 항균효과를 조사하기 위하여 MeOH 추출에 의한 hexane, $CHCl_3$, EtOAc, n-BuOH, MeOH 및 $H_2O$ 분획을 얻었다. 분획 시료 중 3.94%의 가장 높은 수율의 EtOAc 분획이 조사된 인채 병원성 세균에 대해 가장 강한 항균활성 나타냈다. 또한 EtOAc 분획의 항균활성은 Gram (-) 균주 보다 Gram (+) 균주에 더 효과적이며, Gram (-) 균주에 대해서는 세균에 따른 항균활성의 차이를 보였다. EtOAc 분획은 silica gel adsorption column chromatography 및 Sephadex LH-20을 이용하여 분리하였으며 수득한 주요 성분은 채결정을 통하여 얻어진 단일물질을 HPLC를 이용하여 순도를 측정하였다. 300g의 C. sappan으로부터 3.94%의 EtOAc 분획을 얻었으며 EtOAc분획물은 분석한 결과 10 mg에는 1.67 mg의 brazilin을 포함하였다. 분리된 활성울질은 짧은 황색 결정의 단일 화합물로 MS에 의해 분자량이 285로 나타났으며, $^1H$-NMR, $^{13}C$-NMR에 의한 구조분석으로 brazilin($C_{16}H_{14}O_5$을 동정하였다. 이 같은 결과는 소목의 MeOH 추출에 의한 EtOAc 분획에 존재하는 brazilin이 S. aureus와 같은 인체 병원성 Gram (+) 균주에 대한 생약치료제로 활용이 가능할 것을 시사한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권2호
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• pp.330-336
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• 2005

Lactococcus lactis A164 is a nisin Z-producing strain isolated from kimchi. Its antimicrobial spectrum has been found to be active against most Gram-positive bacteria tested, yet inactive against Gram-negative bacteria [3]. Accordingly, to overcome this drawback, the current study attempted to express human $\beta$-defensin-l (hBD-l), which kills both Gram-positive and Gram-negative bacteria in L. lactis AI64. When the hBD-l cDNA was introduced using a nisin Z-controlled expression cassette, the L. lactis A164 transformants grew very poorly, due to the bactericidal effect of the expressed hBD-l against the transformants. Therefore, a gene fusion system was designed to reduce the toxicity of the expressed heterologous protein against the host cells. As such, the hBD-l gene was fused to the DsbC- Tag of pET -40b(+), then introduced to L. lactis A 164. The transformants expressed an intracellular 35.6-kDa DsbC-hBD-l fusion protein that exhibited slight activity against the host cells, yet not enough to strongly inhibit the cell growth. To obtain the recombinant hBD-l, the DsbC-hBD-l fusion protein was purified by nickel-affinity column chromatography, and the DsbC-Tag removed by cleaving with enterokinase. The cleaved mature hBD-l exhibited strong bactericidal activity against E. coli JM109, indicating that the recombinant L. lactis A 164 produced a biologically active hBD-I. In addition, the recombinant L. lactis A 164 was also found to produce the same level of nisin Z as the wild-type.

• 대한약침학회지
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• 제16권2호
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• pp.15-22
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• 2013

Objective: Evaluations of the in-vitro anti-bacterial activities of aqueous extracts of Acacia catechu (L.F.)Willd, Castanea sativa, Ephedra sinica stapf and Shilajita mumiyo against gram-positive bacteria (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumonia) and gram-negative bacteria (Escherichia coli, klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa) are reasonable since these ethnomedicinal plants have been used in Persian folk medicine for treating skin diseases, venereal diseases, respiratory problems and nervous disorders for ages. Methods: The well diffusion method (KB testing) with a concentration of $250{\mu}g/disc$ was used for evaluating the minimal inhibitory concentrations (MIC). Maximum synergistic effects of different combinations of components were also observed. Results: A particular combination of Acacia catechu (L.F.) Willd, Castanea sativa, Ephedra sinica stapf and shilajita mumiyo extracts possesses an outstanding anti-bacterial activity. It's inhibiting effect on microorganisms is significant when compared to the control group (P<0.05). Staphylococcus aureus was the most sensitive microorganism. The highest anti-bacterial activity against gram-positive bacteria (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumonia) or gram-negative bacteria (Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Proteus mirabilis, and Pseudomonas aeruginosa) was exerted by formula number 2 (table 1). Conclusion: The results reveal the presence of anti-bacterial activities of Acacia catechu, Castanea sativa husk, Ephedra sp. and Mumiyo against gram-positive and gram-negative bacteria. Synergistic effects in a combined formula, especially in formula number 2 (ASLAN$^{(R)}$) can lead to potential sources of new antiseptic agents for treatment of acute or chronic skin ulcers. These results considering the significant anti-bacterial effect of the present formulation, support ethnopharmacological uses against diarrheal and venereal diseases and demonstrate use of these plants to treat infectious diseases.