• Ocean and Polar Research
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• 제29권3호
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• pp.273-282
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• 2007

For an efficient management and utilization of marine biodiversity information, we made an attempt to develop the Korea Marine Biodiversity Information System (KoMBIS), building a species name inventory of Korea marine organisms. The inventory includes 17 organism groups: phytoplankton, zooplankton, algae and halophyte, sponges, cnidarians, rotifers, nematodes, bryozoans, brachiopods, molluscs, echiurans, annelids, arthropods, echinoderms, urochordates and fish. The species names were collected from 37 different references and reviewed for validity by taxonomists, which resulted in 9,798 valid names in addition to 1,845 synonyms. The Korea marine species inventory is the first one of this kind, for previous Korean species name inventories were mostly composed of terrestrial and freshwater organisms. KoMBIS, the information system developed, contains not only the species name but also information on morphological and ecological characteristics such as distribution, DNA barcode, and references. This system is convenient for the inputting of new data and servicing users through the internet, so that management and utilization of the biodiversity information is more efficient. Linking the DNA barcode data with species information provides an objective measure for identification of a species, which accommodates the recommendation of Consortium for the Barcode of Life, and makes the Korea marine biodiversity information compatible with international databases. Considering the frequent exchange of marine organisms internationally via ballast water and such issues as climate change, this information system will be useful in many areas of marine biodiversity.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.397-402
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• 2014

1992년 6월 브라질 리우데자네이루에서 생물다양성협약(Convention on Biological Diversity, CBD)에 158개국이 서명한 이후, 현재 194개국 당사국들은 자국의 이익을 위해 다양한 형태로 논의에 참여하고 있다. 그리고 생물다양성협약 유전자원에 대한 접근 및 이익 공유(Access to genetic resources and Benefit-Sharing, ABS)를 다룬 나고야의정서가 채택되어 2014년 10월 12일에 발효 되었다. 이러한 상황에서 생물다양성협약 및 나고야의정서 발효가 해양생물다양성을 연구하는 연구자들에게 어떠한 영향을 미칠 것인가는 상당히 중요한 문제이다. 그러나 지난 생물다양성총회에서 해양 및 해양생물자원에 대한 관심은 비교적 적었으며, 이에 따라, 이와 관련된 논의도 늦어졌다. 하지만 이번 제12차 평창 생물다양성총회에서 생물학적 또는 생태학적 중요해역 (Ecologi-cally or Biologically Significant marine Areas, 이하 EBSA) 및 기타 해양관련 문제를 논의하였다. 우리나라는 나고야 의정서에 아직 정식으로 가입하지 않았지만 유전자원 이용 시 사전통보승인(Prior and Informed consent, PIC) 및 상호합의조건 (Mutually Agreed Terms, MAT) 그리고 다자간 이익공유체계 (Global Multilateral Benefit-Sharing Mechanism, GMBSM)를 중심으로 다양한 논의가 이루어졌다. 우리나라는 생물자원 보유국으로서 정부는 국내 생물자원의 관리체계 및 법률을 빠르게 정비하여야 한다. 또한 이용국으로서 학계 및 산업계가 국외의 생물자원을 보다 쉽고 효율적으로 이용하도록 정보체계를 구축할 필요가 있다고 판단된다.

• 한국지리정보학회지
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• 제19권2호
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• pp.47-62
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• 2016

본 연구는 한반도 해역 해양지질 및 지구물리 자료의 통합 DB시스템을 2009년부터 2013년까지 구축하였으며, 현재까지 시스템 운영 및 정보업데이트를 수행하고 있다. 해양수산부 연구사업에서 생산한 해저퇴적물의 입도분석자료, 층별 단면도, X-ray 영상, 중금속 분석자료, 유기탄소 분석자료와 함께 지구물리탐사 결과인 천부탄성파, 심부탄성파, 자력, 중력 자료를 수집하였다. 더불어, 국내 국 공립기관이 보유하고 있는 기존 자료와 미국, 일본의 한반도 해역 자료도 추가로 수집하였다. 자료포맷은 텍스트 파일, 엑셀 파일, PDF 파일, 이미지 파일, SEG-Y 이진파일 등으로 다양하였으며, 원본자료는 Archive DB에 원형 그대로 저장하여 향후의 재가공과 재분석에 대비하였다. 또한, 수집 자료의 비교분석을 목적으로 GIS 기반 데이터베이스와 검색시스템도 개발하였다. 모든 자료를 ArcGIS 툴을 이용하여 shape 파일로 변환하였으며, 오라클과 ArcGIS를 이용하여 GIS DB를 구축하였다. 클라이언트/서버 방식의 GIS 어플리케이션 개발을 통해 자료검색과 과학 자료 표출기능을 구현하였으며, 가시화를 위해 ChartFX 프로그램과 새로 개발한 전용 프로그램을 이용하였다.

• Animal cells and systems
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• 제16권1호
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• pp.11-19
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• 2012

A major concern regarding the collection and storage of biodiversity information is the inefficiency of conventional taxonomic approaches in dealing with a large number of species. This inefficiency has increased the demand for automated, rapid, and reliable molecular identification systems and large-scale biological databases. DNA-based taxonomic approaches are now arguably a necessity in biodiversity studies. In particular, DNA barcoding using short DNA sequences provides an effective molecular tool for species identification. We constructed a large-scale database system that holds a collection of 5531 barcode sequences from 2429 Korean species. The Korea Barcode of Life database (KBOL, http://koreabarcode.org) is a web-based database system that is used for compiling a high volume of DNA barcode data and identifying unknown biological specimens. With the KBOL system, users can not only link DNA barcodes and biological information but can also undertake conservation activities, including environmental management, monitoring, and detecting significant organisms.

• 한국해양학회지:바다
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• 제17권2호
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• pp.59-75
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• 2012

플랑크톤의 종조성에 대한 정보는 해양 생태계 내에서 물질과 에너지 순환을 이해 하는데 필수적이다. 또한 수층의 물리화학적 특성과 변동에 민감하기 때문에 해양환경 특성을 이해하는데 중요한 정보를 제공한다. 본 연구는 메타게놈 분석 기법(metagenomics)을 적용하여 낙동강 유출수, 장강 희석수, 남해 연안수, 쓰시마 난류수 등의 혼합으로 복잡한 환경특성을 가질 것으로 예상되는 부산 연안역의 수괴 내에 존재하는 플랑크톤 종다양성을 분석하였다. 표층 해수에서 18S rDNA 클론라이브러리를 구축하였고 세 정점에서 분석된 370개의 클론들 중에서 94개의 phylotype들을 발굴하였다. 계통분석 결과 phylotype들은 Dinophyceae(42개), Ciliophora(15개), Bacillariophyta(7개), Chlorophyta(2개), Haptophyceae(1개), Metazoa(Arthropoda(17개), Chaetognatha(1개), Cnidaria(2개), Chordata(1개)), Rhizaria(Acantharea(2개),Polycystinea(1개)), Telonemida(1개), Fungi(2개) 등의 다양한 계통군들에 속하는 것으로 나타났다. 근접하게 위치한 세 정점에서 나타난 플랑크톤 종조성 차이는 이들 정점들이 여러 기원의 수괴(water mass) 혼합에 따른 다양한 물리화학적 환경요인의 영향에 기인한 것으로 판단된다. 향후 메타게놈 분석 기법을 통한 플랑크톤 종조성 연구는 다양한 물리화학적 특성을 가진 연안 해양생태계를 이해하는데 유용할 것으로 판단된다.

• 대한통합의학회지
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• 제10권4호
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• pp.121-136
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• 2022

Purpose : Marine therapy is an activity that promotes public health such as constitution improvement, immunity improvement, and anti-aging by utilizing marine therapeutic resources such as seawater, mud, seaweed, salt and sea climate. In Europe developed countries, the marine therapy industry has been developing for centuries, with France, Germany, and Israel leading the way. Currently, it has achieved great industrial achievements and is of great help in improving the human health. The purpose of this study is to investigate how marine therapeutic resources benefit to human health, as well as how to study and utilize their efficacy. We analyzed previous research articles related to the effects of marine therapeutic resources. Methods : The study included a total of 830 published literatures in the last 20 years from the Republic of Korea and other contries. PubMed and Google Scholar were utilized to collect the foreign source while the local scientific publications were accessed through the Korean Education and research Information Service (KERIS) and Korean studies Information Service System (KISS). The keywords used to search foreign literature were "marine therapy", "Thalassotherapy", "seawater", "deep seawater", "saline groundwater", "sand therapy", "mud therapy", "hydrotherapy", "seaweed", "Sun light", "sea salt", "marine animal", and "marine microorganisms" were combined, and for the domestic literature, the keywords were "marine therapy", "marine therapeutic resources", "seawater", and "sand". Results : A total of 830 research papers were found as a result of searching for domestic and international papers related to marine therapeutic resources. The collected documents were classified into 175 seawater resources, 259 marine mineral resources, 41 marine environment, and 355 marine organisms. The efficacy of each marine therapeutic resources was analyzed. By resources type, there were about 213 papers on the efficacy of seaweed, followed by about 175 papers on seawater, 142 on microorganisms, 124 on mud/peat, and sand, salt, minerals and others are appeared in order (Table 1). Conclusion : Korea has the highest marine biodiversity index, excellent tidal flats, four distinct seasons, and various sea environments of the East sea, Yellow sea, South sea and Jeju sea. For this reason, Korea has a much more diverse marine therapeutic resources than other advanced countries in the marine therapy industry. prebiously, we thought that the sea was only valuable as a shipping port and fishery industry. But now, it been shown that the ocean can become a new industrial field which can contribute to human health and well-being by providing healing and therapy to people through the gift of marine resources.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권11호
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• pp.1416-1426
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• 2022

The need to discover new types of antimicrobial agents has grown since the emergence of antibiotic-resistant pathogens that threaten human health. The world's oceans, comprising complex niches of biodiversity, are a promising environment from which to extract new antibiotics-like compounds. In this study, we newly isolated Pseudomonas sp. NIBR-H-19 from the gut of the sea roach Ligia exotica and present both phenotypes and genomic information consisting of 6,184,379 bp in a single chromosome possessing a total of 5,644 protein-coding genes. Genomic analysis of the isolated species revealed that numerous genes involved in antimicrobial secondary metabolites are predicted throughout the whole genome. Moreover, our analysis showed that among twenty-five pathogenic bacteria, the growth of three pathogens, including Staphylococcus aureus, Streptococcus hominis and Rhodococcus equi, was significantly inhibited by the culture of Pseudomonas sp. NIBR-H-19. The characterization of marine microorganisms with biochemical assays and genomics tools will help uncover the biosynthesis and action mechanism of antimicrobial metabolites for development as antagonistic probiotics against fish pathogens in an aquatic culture system.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제19권4호
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• pp.135-150
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• 2018

세계적으로 생물자원 연구데이터는 그 자체로 중요할 뿐만 아니라, 공유되고 활용되어야 한다. 본 논문에서는 명확한 기준 없이 각각의 연구목적과 특성에 따라 개별적으로 구축, 관리되고 있는 생물자원 연구데이터를 공동 활용 할 수 있도록 정보시스템의 구축 단계부터 적용 가능한 데이터 참조모델을 제시한다. 이를 위해 기존 관련 정보시스템의 데이터 모델을 국내외 표준 및 데이터 관리 정책을 기반으로 확장하여 개별 정보시스템에서 공동 활용 할 수 있는 데이터 참조모델을 개발하고 그 적용 절차를 제안한다. 또한, 제안하는 데이터 참조모델의 우수성을 입증하기 위하여 Krogstie의 데이터모델 평가모형을 적용하여 품질수준을 검증하고 국내외 표준들과의 데이터 공유수준을 비교한다. 실험 결과 기존 데이터 모델보다 데이터를 자원, 대상, 활동, 성과의 4단계로 분류하고 엔티티 도출 및 관계를 정의한 데이터 참조모델에서 데이터의 품질과 공유수준이 높게 나타나는 것을 확인 할 수 있었다.

• Ocean and Polar Research
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• 제34권2호
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• pp.239-251
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• 2012

The food web dynamics in a coastal ecosystem of Korea were predicted with Ecosim, a trophic flow model, under various scenarios of primary productivity due to ocean warming and ocean acidification. Changes in primary productivity were obtained from an earth system model 2.1 under A1B scenario of IPCC $CO_2$ emission and replaced for forcing functions on the phytoplankton group during the period between 2020 and 2100. Impacts of ocean acidification on species were represented in the model for gastropoda, bivalvia, echinodermata, crustacean and cephalopoda groups with effect sizes of conservative, medium and large. The model results show that the total biomass of invertebrate and fish groups decreases 5%, 11~28% and 14~27%, respectively, depending on primary productivity, ocean acidification and combined effects. In particular, the blenny group shows zero biomass at 2080. The zooplankton group shows a sudden increase at the same time, and finally reaches twice the baseline at 2100. On the other hand, the ecosystem attributes of the mean trophic level of the ecosystem, Shannon's H and Kempton's Q indexes show a similar reduction pattern to biomass change, indicating that total biomass, biodiversity and evenness shrink dynamically by impacts of climate change. It is expected from the model results that, after obtaining more information on climate change impacts on the species level, this study will be helpful for further investigation of the food web dynamics in the open seas around Korea.