• BMB Reports
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• 제40권1호
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• pp.44-52
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• 2007

Kinesins, as a kind of microtubule-based motor proteins, have a conserved microtubule-binding site in their motor domain. Here we report that two homologous kinesins in Arabidopsis thaliana, KatB and KatC, contain a second microtubule-binding site in their tail domains. The prokaryotic-expressed N-terminal tail domain of the KatC heavy chain can bind to microtubules in an ATP-insensitive manner. To identify the precise region responsible for the binding, a serious of truncated KatC cDNAs encoding KatC N-terminal regions in different lengths, KatC1-128, KatC1-86, KatC1-73 and KatC1-63, fused to Histidine-tags, were expressed in E. coli and affinity-purified. Microtubule cosedimentation assays show that the site at amino acid residues 74-86 in KatC is important for microtubule-binding. By similarity, we obtained three different lengths of KatB N-terminal regions, KatB1-384, KatB1-77, and KatB1-63, and analyzed their microtubule-binding ability. Cosedimentation assays indicate that the KatB tail domain can also bind to microtubules at the same site as and in a similar manner to KatC. Fluorescence microscopic observations show that the microtubule-binding site at the tail domain of KatB or KatC can induce microtubules bundling only when the stalk domain is present. Through pull-down assays, we show that KatB1-385 and KatC1-394 are able to interact specifically with themselves and with each other in vitro. These findings are significant for identifying a previously uncharacterized microtubule-binding site in the two kinesin proteins, KatB and KatC, and the functional relations between them.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제63권2호
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• pp.128-138
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• 2007

연구배경: INH 내성은 katG 와 inhA(ORF와 promoter)의 변이에 의한 것으로 알려져 있다. 유전자 변이는 지역적으로 종류와 빈도가 다르게 나타날 수 있는데 기존 국내의 연구보고들은 흔하다고 알려진 katG의 463 코돈만을 추적한 것들이었다. 따라서 본 연구는 국내에서 분리된 INH 내성균들의 두 유전자에서 나타날 수 있는 변이의 종류와 빈도를 확인하고자 하였다. 연구방법: 대한결핵협회 결핵연구원에서 MDR-TB로 판명된 INH 내성 결핵균 29주로부터 bead beater-phenol법으로 DNA를 추출하여 katG(2,223 bp), inhA ORF(-77~897, 975 bp) 및 inhA promoter(-168~80, 248 bp) 염기서열 결정 및 분석은 ABI PRISM 3730 XL Analyzer 및 MegAlign package를 사용하였다. 결과: 모든 균주들은 분석 표적으로 사용한 세 유전자 부위 중에서 적어도 한 개 이상의 유전자 부위에 변이가 있었다. INH 내성균은 거의 대부분(>93%) katG의 변이를 갖고 inhA 유전자 변이만 있는 경우는 드물어 INH 내성을 결정하는 중요한 요인은 katG의 변이 인 것을 확인할 수 있었다. katG 부위에서 Arg463Leu 변이와 Ser315Thr 변이가 높은 빈도(62.1% 및 55.2%)로 발견되었고, katG 완전결실과 inhA promoter-15($C{\rightarrow}T$) 변이도 일정한 빈도로 나타남을 볼 수 있었다. 그 외 inhA ORF 변이도 1주에서 1종류의 변이가 발견되었다. 결론: 기존 연구결과에서는 보고되지 않고 본 연구에서 처음으로 확인된 변이들도 14 종류나 있어서, INH 내성은 주로 katG 혹은 일부 inhA 특정 부위의 변이가 주도하지만 이들 외에도 다양한 변이가 존재한다는 것을 알 수 있었다. 이들 새로이 확인된 변이들은 염기서열 분석에 의한 INH 내성 여부 판단 시, 기존 알려진 변이 외에 보조 자료로 사용할 수 있을 것으로 생각한다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제18권2호
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• pp.147-151
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• 2021

The Say-Barber-Biesecker-Young-Simpson variant of Ohdo syndrome (SBBYSS) (Online Mendelian Inheritance in Man #603736) is a rare autosomal dominant disorder and clinically features blepharophimosis with ptosis, a mask-like facial appearance, cryptorchidism, congenital heart defect, long thumbs/great toes, and thyroid dysfunction. The etiology of SBBYSS has been shown to be due to heterozygous KAT6B gene mutation. Here we report a case of a neonate with SBBYSS identified a novel mutation in KAT6B gene. The patient showed typical dysmorphic facies, cryptorchidism with micropenis, overriding fingers, and long thumbs and toes at birth. He had also hypothyroidism, large atrial septal defect, and sensorineural hearing loss. The next generation sequencing identified a heterozygous novel variant, c.5206C>T (p.Gln1736Ter) in KAT6B gene. At the 9 months of age, he underwent patch closure for atrial septal defect. Until the 12-month follow-up, he was under-developed.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제55권5호
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• pp.440-448
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• 2003

연구배경 : 다제내성균의 신속한 확인을 가능케 해주는 감수성검사법은 신속한 처방결정을 통해 환자의 치료 성공률을 향상 시킴과 동시에 다제내성균의 전파를 조기에 차단할 수 있게 되어, 국가 결핵관리 사업의 효율성을 증대시킬 수 있다. 방 법 : 아이나 또는 리팜피신 내성에 관련된 유전자 rpoB, katG, inhA, ahpC 등의 돌연변이를 검출할 수 있는 probe를 합성하였고, 총 502개의 내성균을 대상으로 중함효소연쇄반응 역교잡반응법으로 내성균 검출을 시도하였다. 결 과 : 264개의 리팜피신 내성균 중에서 Ser531Leu돌연변이가 46%를 차지하였고, codon 526에서는 32% 의 균주에서 돌연변이를 보였으며, codon 516에서는 10%의 균주가 돌연변이를 나타냈다. 469개의 아이나 내성균 중에서는 64%가 katG 유전자의 Ser315Thr 돌연변이를 나타내었고, 19%의 균은 inhA 유전자 promoter 돌연변이를 가지고 있었으며, ahpC유전자 돌연변이는 3%에 불과하였다. 역교잡반응법에 의한 검출율은 아이나 내성균 중 80%이상이었으며, 리팜피신 내성균에서도 92%이상을 검출할 수 있었다. 결 론 : 역교잡반응법에 의해 리팜피신 뿐만 아니라 아이나에 대한 감수성검사를 신속하게 수행할 수 있음을 확인하였고, 이 검사법은 특히 재발 또는 다제내성이 의심되는 환자의 처방 결정에 매우 유용한 수단이 될 수 있다.

• 대한의생명과학회지
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• 제11권4호
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• pp.455-463
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• 2005

Resistance to isoniazid (INH), which is one of the most important drugs in Mycobacterium tuberculosis chemotherapy, has been associated with mutations in genes encoding the mycobacterial catalse-peroxidase (katG), the enoyl acyl carrier protein (ACP) reductase (inhA), alkyl hydroperoxide reductase (ahpC), beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase (kasA), and NADH dehydrogenase (ndh). In this study, we examined INH-resistance related genes in 50 INH-resistant and 24 INH-susceptible isolates by PCR-sequence analysis. In brief, mutations at the katG gene were found at codon 315 alone (2/50), at codon 463 alone (19/50), and both at 315 and 463 (29/50). However, while mutations at codon 315 were only detected in INH-resistant isolates, mutations at codon 463 were also detected in INH-susceptible isolates indicating mutations at 463 alone do not seem to confer resistance to INH. Similar to the case of katG 463, some of inhA mutations were also found among INH-susceptible isolates. For example, whereas mutations at 8 upstream of the start codon (UPS) and 15 UPS of the inhA gene were detected only in INH-resistant isolates, mutations at 101, 115, and 125 UPS were detected only in INH-susceptible isolates. Many different kinds of mutations were detected in INH­resistant isolates at ahpC, oxyR gene, and intergenic region of the oxyR-ahpC genes. Howerver, the mutations were not found oxyR and the intergenic regions in INH-susceptible isolates. No mutations were found at either kasA or at ndh gene among INH-resistant isolates. In conclusion, some of mutations such as katG 315, inhA promotor region, and oxyR-ahpC seem to be strongly related to INH-resistance. Currently we are developing a molecular diagnostic method based on these results.

• Journal of Plant Biology
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• 제14권4호
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• pp.27-33
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• 1971

Information this research an attempt was made to investigate the plant community structure and the process of its formation in the tidal area surrounding Mokpo City the examined area included the stand in Sam-Hak Do wherein sands have inflowed, and the stand in Kat-Ba-Woo which has been left as tidal soil land. Two hundred stands were sampled by making 100m line transects 5m apart and establishing 30cm$\times$30cm quadrates 10m apart on each tape. These data were used to establish frequency, cover degree, density, standing crop (g/$m^2$), contained Cl in the soil, and pH. Results of the research are as following: 1. There were 25 species of plants in the stands from Sam-Hak Do, 18 in the stands from Kat-Ba-Woo, and so 28 species in all. Regardings the importance value, the rank of dominant species is Salicornia herbacea L., Suaeda maritima Dumorties, Diplachne fusca L., Echinochola hispidula Nakai, Cyperus iria L., Setaria lutescens Hubbard in Sam-Hak Do, and Suaeda maritima Dumorties, Echinochloa hispidula Nakai, Aster tripolium L., Scripus maritimus L., Salicornia herbacea L., Diplachne fusca L., in the lands from Kat-Ba-Woo. Among them are five kinds of halophytes Salicornia herbacea L., Suaeda maritima Dumorties, Atriplex Gmelini C.A. Meyer, Aster tripolium L., and Limonium tetragonum Bullock; and two Kinds of naturalized plants Diplachan fusca L., Aster subulata. M. In the stands from Sam-Hak Do there was evidence of a secondary succession phenomena in the presence of Cyperaceae such as Cyperus liria L., Juncus decipiens Nakai, and Fimbristylis longispica Steudal, which could not be found in the stands from Kat-Ba-Woo. 2. On the number of species of vegetation, the further inland from the floodgate the higher the number; that is, the lower the content of Cl the higher the number of species. 3. On the distribution of the vegetation; comparing DFD index and Cl content, the main plants are Salicornia herbacea L., Suaeda maritima Dumorties, Atriplex gmelini C.A. Meyer, Diplachne fuscal, Echinochola hispidula Nakai where the Cl content of soil is more than 13.2%. 4. On the standing crop; Salicornia herbacea L., which has high resistance to salt, was half the total was production of 1090/$m^2$ while Suaeda maritima Dumorties was 1/4, Diplachne fusca L. 1/8, and Echinochloa the least. Analyzing the result, the research indicates that the main factor in plant community formation in tidal land is tolerance for Cl, and that a plan for utilizing the halophytes which are abundant in tidal land should be devised.

• KSBB Journal
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• 제21권6호
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• pp.461-465
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• 2006

본 연구에서는 저온에서 발현이 유도되고 지속적으로 발현된다고 알려진 대장균의 6개의 유전자 (frdA, glpB, hypE, katG, nupG, ompT)에 대한 promoter의 단백질 생산성을 알아보기 위하여 GFP를 reporter 단백질로 이용하여 각각의 promoter들에 대한 $37^{\circ}C$와 $15^{\circ}C$에서의 발현도와 저온 유도성에 대하여 고찰하였다. nupG promoter의 경우 $37^{\circ}C$와 $15^{\circ}C$ 모두에서 지속적인 유전자 발현도를 보였으나 promoter에 의한 저온 유도성은 없는 것으로 판별되었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권3호
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• pp.1241-1245
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• 2015

Background: Thyroid carcinoma is the most common malignancy of the endocrine organs. Although the majority of thyroid cancer patients experience positive outcomes, anaplastic thyroid carcinoma is considered one of the most aggressive malignancies. Current therapeutic regimens do not confer a significant survival benefit, and new therapies are urgently needed. Oncolytic herpes simplex virus (oHSV) may represent a promising therapy for cancer. In the present study, we investigated the therapeutic effects of a third-generation HSV vector, $G47{\Delta}$, on various human thyroid carcinoma cell lines in vitro. Two subcutaneous (s.c.) models of anaplastic thyroid carcinoma were also established to evaluate the in vivo anti-tumor efficacy of $G47{\Delta}$. Materials and Methods: The human thyroid carcinoma cell line ARO, FRO, WRO, and KAT-5, were infected with $G47{\Delta}$ at different multiplicities of infection (MOIs) in vitro. The survival rates of infected cells were calculated each day. Two s.c. tumor models were established using ARO and FRO cells in Balb/c nude mice, which were intratumorally (i.t.) treated with either $G47{\Delta}$ or mock. Tumor volumes and mouse survival times were documented. Results: $G47{\Delta}$ was highly cytotoxic to different types of thyroid carcinomas. For ARO, FRO, and KAT-5, greater than 30% and 80% of cells were killed at MOI=0.01 and MOI=0.1, respectively on day 5. WRO cells displayed modest sensitivity to $G47{\Delta}$, with only 21% and 38% of cells killed. In the s.c. tumor model, both of the anaplastic thyroid carcinoma cell lines (ARO and FRO) were highly sensitive to $G47{\Delta}$; $G47{\Delta}$ significantly inhibited tumor growth and prolonged the survival of mice bearing s.c. ARO and FRO tumors. Conclusions: The oHSV $G47{\Delta}$ can effectively kill different types of human thyroid carcinomas in vitro. $G47{\Delta}$ significantly inhibited growth of anaplastic thyroid carcinoma in vivo and prolonged animal survival. Therefore, $G47{\Delta}$ may hold great promise for thyroid cancer patients.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2003년도 춘계학술발표논문집 (하)
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• pp.1937-1940
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• 2003

정보보호 평가는 크게 시스템 평가인 CC(Common Criteria)평가와 암호모듈 평가인 CMVP(Cryptographic Module Validation Program)평가로 나눌 수 있다. 본 논문은 국내 표준 암호 알고리즘 SEED를 북미의 CMVP의 3가지 블록 알고리즘 시험방법인 KAT(Known Answer Test), MCT(Monte C미개 Test), MMT(Multi-block Message Test)를 JAVA환경에 적용하여 시범 구현하였다. 테스트 방법으로 CMVP의 MOVS, TMOVS, AESAVS를 선정하여 FIPS 표준을 적용하였다. 구현 환경으로는 JCE기반의 Cryptix를 채택하여 CMVP의 블록 암호 알고리즘 테스트 시스템 중 일부를 구현하였다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제49권1호
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• pp.105-108
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• 2011

유가의 급등과 화석 연료에 의한 온난화 현상은 재생 가능한 대체 연료에 대한 필요성이 요구되었다. 수송용 바이오 연료를 비교하였을 때 에탄올보다 높은 알코올 경우 휘발유와 비슷한 장점을 갖는데 그 이유는 높은 에너지 밀도와 낮은 흡습성을 갖기 때문이다. 이러한 이유로 미생물의 발효는 지속적인 에너지를 얻을 수 있는 잠재적 생산자라 할 수 있다. 본 연구에서는 생물학적으로 생산되는 알코올 성분에 대하여 두 종의 세균과 한종의 효모인 Escherichia coli와 Clostridium acetobutylicum 그리고 Saccharomyces cerevisiae를 이용하여 바이오 알코올에 대한 세포 성장 정도와 함께 미생물내에 스트레스 반응 유전자들의 분석을 실시하였다. 분석한 알코올은 에탄올과 부탄올이며, 이들의 농도별 세균의 성장속도와 산화적 손상에 민감하게 반응하는 katG 유전자, 생물막 손상에 민감하게 반응하는 fabA 유전자, 단백질 손상에 민감하게 반응하는 grpE 유전자, 유전자 손상에 민감하게 반응하는 recA 유전자의 반응여부를 분석하였다. 그 결과, 에탄올과 부탄올 중 부탄올의 세포 독성이 더 높게 관찰되었으며, 부탄올의 경우 생물막 손상을 유발하는 세포내 독성효과를 지니고 있음을 확인하였다.