• 한국동물위생학회지
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• 제30권4호
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• pp.557-562
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• 2007

This study was carried out to discriminate Hanwoo from the milking and hybrid cattle by detection of MC1R gene related to bovine hair color. One hundred sixty six samples were collected from the abattoir (n = 106) and local market (n = 60). The beef from abattoir were originated from Hanwoo (n=27), Holstein (n=29), Hybrid (n=45) and imported cattle (n=5), respectively. The beef from market consisted of Hanwoo (n=36), Holstein (n=7) and imported ones (n=17). Commercialized screening kit (Kogenebiotec, Korea) was used for MC1R gene analysis. As a result, Hanwoo was discriminated from Holstein. However, 9 of 45 hybrid and 11 of 22 imported beef samples were indistinguishable from Hanwoo. It could be explained by second generation of crossing of Hanwoo with Holstein or the cattle with silver or yellow hair. This results suggest that additional tests as well as MC1R gene detection be needed to confirm Hanwoo beef among cattle beef.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제12권1호
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• pp.31-37
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• 2015

Purpose: We investigated the neurogenic potentials of amniotic fluid-derived stem cells (AFSCs) according to the expression levels of stem cell markers and ingredients in the neural induction media. Materials and Methods: Four samples of AFSCs with different levels of Oct-4 and c-kit expression were differentiated neurally, using three kinds of induction media containing retinoic acid (RA) and/or a mixture of 3-isobutyl-1-methylxanthine/indomethacin/insulin (neuromix), and examined by immunofluorescence and reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) for their expression of neurospecific markers. Results: The cells in neuromix-containing media displayed small nuclei and long processes that were characteristic of neural cells. RT-PCR analysis revealed that the number of neural markers showing upregulation was greater in cells cultured in the neuromix-containing media than in those cultured in RA-only medium. Neurospecific gene expression was also higher in Oct-4 and c-kit double-positive cells than in c-kit-low or -negative cells. Conclusion: The stem cell marker c-kit (rather than Oct-4) and the ingredient neuromix (rather than RA) exert greater effects on neurogenesis of AFSCs.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.53-58
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• 2010

목 적: 모체 혈장으로부터 가장 효과적으로 세포 유리 DNA(cell free DNA, cf-DNA)를 추출하는 방법을 찾기 위해 우리는 viral DNA 추출 방법과 일반 혈액DNA 추출 방법을 이용하여 비침습적 임신 초기 태아 성별 확인 결과를 비교하였다. 대상 및 방법: 임신 초기 44명의 임산부로부터 모여진 모체 혈장을 통한 전향적 연구가 구성되었다. Cf-DNA는 viral DNA 추출 방법과 일반 혈액 DNA 추출 방법을 이용하여 각각 추출되었다. 정량 형광-중합효소 연쇄 반응(QF-PCR)을 이용하여SRY 와AMXY 유전자를 검출하였다. QF-PCR의 진단 정확도는 최종 분만 기록을 토대로 결정하였다. 결 과: 전체 44명의 여성이 실험에 참여하였지만, 최종 분만 기록은 단지 36명의 여성에서 획득하였다. 이들 중 16명은 남아를 20명은 여아를 임신하였다. 두 추출 방법에서 태아 성별의 진단적 정확도는 일반 혈액 DNA 추출 방법에 경우 63.9% (23/26)였으며 viral DNA 추출 방법에 경우 97.2% (35/36) 였다. 결 론: QF-PCR을 이용한 비침습적 임신초기 태아 성별 확인에 있어 viral kit를 사용하는 것이 높은 진단적 정확도를 이끌 수 있을 것으로 사료된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제45권10호
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• pp.1263-1272
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• 2002

목 적 : 레트증후군이란 1966년 Andreas Rett에 의해 처음 기술되었으며 생후 6개월에서 18개월 정도까지 비교적 정상 발달을 한 후 두위 발달의 감소와 함께 습득했던 인지 및 운동능력의 상실, 언어기능의 상실, 그리고 특징적인 손동작(상동행동)을 보이는 X 염색체 우성유전으로 생각되는 질환이다. 1999년 미국에서 그 결함 유전자인 MECP2 유전자가 Xq28에서 밝혀졌으나 우리 나라에서는 이 질환에 대한 전반적 이해가 부족하며 유전자 연구는 거의 전무한 상태이다. 이에 저자들은 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서 MECP2 유전자의 결함이 어느 정도 나타나는지를 알고자 이 연구를 시행하였다. 방 법 : 2000년 2월부터 2001년 3월까지 본원을 방문한 Rett 증후군 환아 34례의 말초혈액을 EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) 처리하여 5 cc 채취하여 냉동 보관한 후 해빙하여 DNA 표본을 추출했다. DNA의 추출은 E.Z.N.A blood DNA kit을 사용하였다. MECP2 유전자 네 종류의 axon은 PCR을 이용해 증폭하였고 primer sequence는 1999년 Amir 등에 의해 디자인 된 것(AF030876)을 사용하였다. ABI 377 DNA sequencer와 ABI PRISM dye cycle sequencing reaction kit을 사용하여 DNA sequencing을 시행하였고 우리 나라에서 최초로 발견된 유전자 변이에 대해서는 RFLP 분석을 통해 확인하였다. 결 과 : 1) MECP2 유전자의 변이를 보인 환아는 23례로 67.6%에서 관찰되었다. 2) 9종의 missense mutation과 3종의 nonsense mutation을 합해 총 12종의 유전자 변이가 관찰되었다. 3) 이들 돌연 변이 중 L100V, G161E, 그리고 T311M은 전세계적으로 우리 나라에서 처음 발견된 변이이다. 4) 23례의 유전자 변이는 대부분(78.3%) MBD와 TRD라는 기능영역에서 발견되었다. 5) 본 연구에서 T158M, R270X, 그리고 R306C가 자주 나타나는 유전자 변이였다. 결 론 : 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서도 MECP2 유전자의 변이는 비교적 흔히 관찰되어 MECP2 유전자의 이상이 Rett 증후군을 유발하는 주 유전자 이상임을 확인하였고 Rett 증후군 환아의 확진을 위해 MECP2 유전자 검사가 필요할 것으로 사료된다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제19권2호
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• pp.205-219
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• 1994

Cigarette butts from 5 smokers were gathered and then, placed in room temperature for 1, 3, 5, 7, 15 days. The possible use of the cigarette butts for individual identification was evaluated in sex determination, amplification of D1S80 locus, polymorphisms of HLA-DQA1 gene from the extracted DNA. 1. DNA extraction was possible in cigarette butts weree left in room temperature for 15days, so it can be applicatable to individual identification by polymerase chain reaction(PCR). 2. Amplification of X-Y homologous amelogenin gene by PCR made it possible to identify the sex in saliva stains (cigarette butts). 3. Amplification of D1S80 locus can be acquired from adding the boving serum albumin and hot start PCR procedures from forensic samples such as saliva stains (cigarette butts), so the AMP-FLPs examining is possible. 4. Genotype could be determined simply and rapidly using Amplitype$TM$ HLA-DQ$\alpha$ forensic kit in examining the HLA-DQA1 gene. From the investigation, DNA extraction, sex determination, amplification of D1S80 locus, polymorphisms of HLA-DQA1 gene was successfully done even though the cigarette butts were left for 15 days at room temperature. Therefore cigarette butts are highly reliable and applicatable as molecular biologic samples for individual identification.

• 대한한방부인과학회지
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• 제24권2호
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• pp.13-32
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• 2011

Objectives: This study was performed to elucidate the effects of Danchisoyo-san (DS) on cell damage and gene expression in UVB-exposed dermal fibroblast. Methods: To demonstrate the inhibitory effects of DS on aging of the skin, we used human dermal fibroblast(F6) and UVB light(30 mJ/$cm^2$) was used to damage to dermal fibroblast. We measured the nitrite production, LDH release, and gene expression in UVB-irradiated dermal fibroblast to elucidate the actionmechanism of DS. Also, we evaluated the amount of increased PICP, TIMP-1 in dermal fibroblast. PICP, TIMP-1 concentration was measured using EIA kit, and gene expression (MMP-1, procollagen, c-fos, c-jun, NF-kB, Bcl-2, Bcl-xL, iNOS) were determined using real-time PCR. Results: 1. DS inhibited LDH-release, nitrite production in UVB-irradiated dermal fibroblast. 2. DS suppressed the gene expression of MMP-1 in UVB-irradiated dermal fibroblast. 3. DS increased the gene expression of procollagen in UVB-iradiated dermal fibroblast. 4. DS suppressed the gene expression of c-jun, c-fos, NF-kB, iNOS in UVBirradiated dermal fibroblast. 5. DS increased the gene expression of Bcl-2 in UVB-iradiated dermal fibroblast. 6. DS increased the cell proliferation of dermal fibroblast. Conclusions: From the results, we concluded DS increases the cell proliferation and collagen synthesis in dermal fibroblast. So we suggest that DS has the antiwrinkle effects.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권1호
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• pp.99-108
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• 2023

대기 입자상물질(particulate matter, PM) 시료의 곰팡이 메타게놈 분석을 위해 DNA 추출 및 유전자 증폭 시 여러 문제가 발생한다. 본 연구에서는 PM 시료로부터 DNA를 추출하는 방법과 polymerase chain reaction (PCR)을 위한 프라이머 및 온도 조건의 최적화를 위하여 다양한 조건으로 실험하였다. 여러 조건에서 DNA 추출 여부를 비교 평가한 결과, bufffer와 proteinase K를 이용하여 20분 동안 화학적 세포 용해 처리와 bead beating 처리를 한 후 상용 DNA 추출 kit를 사용하면 DNA를 효율적으로 추출할 수 있었다. PCR 조건을 최적화하기 위해 ITS2 유전자 영역을 증폭할 수 있는 10개 조합의 프라이머를 이용하여 PCR을 수행한 결과, ITS3tagmix3/ITS4 조합의 프라이머로 annealing 온도 58℃로 하였을 때 증폭된 PCR 산물의 농도가 상대적으로 높았다. 이 조건에서도 PCR 산물의 농도가 낮은 경우에는 1차 PCR 산물을 주형 DNA로 사용하여 nested PCR을 수행하면 만족스러운 농도로 ITS2 유전자를 증폭할 수 있었다. 본 연구에서 도출한 조건으로 서울 대기 PM2.5를 포집한 필터 시료 15종을 대상으로 DNA 추출과 PCR을 수행한 결과 성공적으로 ITS2 유전자 증폭이 가능하였다. 본 연구에서 최적화한 방법은 대기 PM 시료의 곰팡이 메타게놈을 분석하고 해석하는 연구에 활용 가능하다.

• 한국토양비료학회지
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• 제44권5호
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• pp.836-840
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• 2011

Cellulase와 xylanase 분비능이 우수한 고온성 부숙촉진 세균을 분리하기 위하여 진주 인근지역의 새송이버섯 재배농장으로부터 새송이버섯 수확 후 배지를 수집하였다. 새송이버섯 수확 후 배지로부터 23종의 균주를 분리하였으며 이 중 cellulase와 xylanase을 동시에 분비하는 균주를 최종 선발하여 SJ21으로 명명하였다. Bacillus ID kit와 VITEK 2 system를 이용하여 분리균 SJ21의 생리적 생화학적 특성을 조사한 결과 분리균 SJ21은 B. lincheniformis와 유사한 특징을 나타내었으며 16S rDNA 염기서열 분석결과에서는 B. subtilis와 99%의 상동성을 나타내었다. 이와 같은 결과를 종합하여 분리균 SJ21은 Bacillus sp. SJ21 로 동정되었다. 분리균이 분비하는 cellulase와 xylanase 활성은 분리균이 증식함에 따라 대수증식기 중반부터 급격히 증가하였고 정지기에 진입하면 효소활성이 더 이상증가하지 않는 것으로 나타났으며 xylanase 활성은 대수증식기 초기부터 지속적으로 증가하여 대수증식기 중반에 최대활성을 나타내었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제43권1호
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• pp.30-37
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• 1996

연구배경: 본 연구는 결핵의 조기검출을 위하여, PCR을 이용하는데 있어서의 중요한 문제점의 하나인 임상검체로부터 결핵균을 분리 방법을 개선하여, 교차오염의 가능성을 최소화하고 PCR에 의한 결핵균의 DNA검출을 보다 쉽고 안전하게 실시하여 대량의 검체를 처리해야하는 일상 임상검사법으로 정착시키고자 하는데 그 목적이 있다. 방법: 다양한 방법으로 DNA를 검출하여 동일한 방법으로 PCR을 수행하여 이차 PCR 산물의 전기영동 결과를 AFB도말 및 배양검사 결과와 함께 비교하여 감수성, 특이성, 양성예측도 및 음성예측도의 항목으로 비교분석하였다. 실험 1은 Proteinase K 처리후 phenol로 추출하는 방법과 Chelex 100 이온교환 수지를 이용한 InstaGene법을 100예에서 비교하였으며, 실험 2에서는 Microwave 처리후 원침 상청액을 직접 시용하는 방법과 Chelex 100 이온교환 수지를 이용한 InstaGene 법을 98예에서 비교하였다. 결과: 세 DNA 분리법으로 실시한 PCR결과에서 모두 특이성과 양성예측도가 매우 낮았다. 실험 1에서 Proteinase K 법에 의한 경우 보다 Insta Gene을 이용한 경우에 약 20% 높은 감수성과 10%~20% 높은 음성예측도를 보이고 있으며, 특이성은 2%~8% 낮고, 양성예측도는 2.5%~4% 높은 것으로 나타났다. 실험 2에서는 Microwave법과 Insta Gene을 이용한 경우에 거의 비슷한 결과를 보였다. 결론: 결핵진단시 PCR을 위한 객담검체에서의 DNA 분리시에 Microwave법과 $InstaGene^{TM}$ DNA분리 kit가 매우 효율적이며, 특히 InstaGene법이 교차오염의 가능성이 거의 없고, 처리 시간이 짧으며, 조작이 매우 간단하며 매우 경제적인 것으로 나타났다. 다만 특이성을 더욱 높일 수 있도록 연구가 추가되어야 할 것이며 일반 인구집단에서 충분한 임상검체를 대상으로 연구가 추가되면 InstaGene법의 유용성이 더욱 확실히 검증 될 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권3호
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• pp.515-519
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• 2004

Listeria spp. were isolated from a total of 402 naturally contaminated domestic ready-to-eat (RTE) vegetable samples by the conventional Food and Drug Administration protocol and confinned by API-Listeria kit. Also, the susceptibility to 12 antibiotics, polymerase chain reaction (PCR) assay for virulence gene of pathogenic Listeria monocytogenes isolates, and in vitro virulence assay using myeloma and hybridoma cells from murine and human sources were tested. Among the samples, 17 samples (4.2％) were found to be contaminated with Listeria species. Among the 17 strains of Listeria spp. isolates, only 2 strains (11.8％) of L. monocytogenes and 15 strains (88.2％) of L. innocua were identified. Antibiotic susceptibility test showed that the Listeria spp. isolates were very susceptible to the antibiotics tested, except for nalidixic acid. Among 17 strains of Listeria spp., PCR analysis showed that 2 strains of L. monocytogenes isolates proved to have a virulence hly gene, but none of L. innocua had the hly gene. Also, hybridoma Ped-2E9 cells assay showed that only L. monocytogenes isolates killed approximately 95-99％ hybridoma cells after 6 h, but L. innocua isolates had about 0-5％ lethal effect. These results indicate that PCR assay with hly primer or hybridoma Ped-2E9 cells assay could be used as a good monitoring tool or in vitro virulence test for L. monocytogenes.