• 제목/요약/키워드: Intraspecific relationship

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ISSR 표지에 의한 서양민들레와 흰민들레 수집종의 유전적 다양성 및 유연관계 분석 (Genetic Diversity and Relationship Analysis of Taraxacum officinale Weber and Taraxacum coreanum Nakai Accessions Based on Inter-Simple Sequence Repeats (ISSR) Markers)

  • 류재혁;배창휴
    • 한국약용작물학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.149-156
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    • 2011
  • The genetic diversity and the genetic relationship among 30 genetic resources of T. officinale and T. coreanum collected from 20 regions in Korea were evaluated by using ISSR markers. Out of 127 loci detected overall, 122 were identified to be polymorphic with a rate of 96.0% at the 30 individuals. The intraspecific polymorphism between T. officinale and T. coreanum was 92.6% and 88.2%, respectively. The genetic similarity matrix (GSM) revealed a wide range of variablility among the 30 accessions, spanning from 0.179 to 922. According to the clustering analysis, different species T. officinale and T. coreanum, were divided into independent groups and all of the accessions could be classified into 7 categories. Especially, all of the mountain collected accessions belonged to independent groups. The study findings indicate that T. officinale and T. coreanum accessions have a high genetic diversity and accordingly carry a germ-plasm qualifying as good genetic resources for breeding.

병원성 Mycobacteria의 세포표면항원간의 항원적 상관 관계 (Cell Surface Antigenic Relationship of Pathogenic Mycobacteria)

  • 권혁한;;김상재
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제40권5호
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    • pp.483-494
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    • 1993
  • 석탄산으로 사멸한 균으로 감작시켜 얻은 토끼 항혈청으로 주요 병원성 mycobacteria의 세포 표면항원간의 항원적 상관관계를 효소결합면역분석법으로 관찰하였다. M, avium-intracellulare(MAI) 항혈청을 이용한 동종 및 이종반응 분석결과를 보면 동종내 항원적 상관관계는 매우 가깝고 M. scrofulaceum(MG)을 포함하면 MAIS군내 종간 항원적 관계도 가까웠다. MAI 혈청이 M. chelonei(MC), fortuitum(MF), nonchromogenicum(MNC), terrae(MTR) 및 triviale(MTV)와는 반응하지 않거나 미약하게 반응하지만 M. kansasii(MK)와 결핵균과는 강하게 반응했다. 그러나 후자의 두균종으로 흡수해도 MAI 혈청의 동종반응은 감소되지 않았다. M. avium(MA) (K40004) 항혈청은 M. intracellulare(MI) 균주를 제외한 다른 균들과는 미약하게 반응했고 항원적 상관관계가 가까운 MI와 MG로 흡수하면 동종반응의 50~89%가 감소했다. MI 혈청의 종내반응이 종간반응보다 물론 더 강하지만 공유항원량의 크기에 따라 달랐다. MI균주 중 N-260D, N-260R, N-260T 및 K41014간의 항원적 상관관계가 N-242D, N257T, N281D 및 N275T와의 관계보다 더 가깝게 나타났다. MNC 항혈청은 MC와 MTV를 제외하고는 강한 교차반응을 보여주었다. 종내 항원적 상관관계 다음으로는 MTR와 MG(K30003)과 가까웠다. NC-3 혈청은 MA, MC 및 MF와 상당한 반응력을 나타내지만 NC-11은 그렇지 않았다. MTR 항혈청은 MI와 강하게 반응하지만 MI로 흡수한다고 해서 그들의 동종반응이 감소하지 않는 것으로 보아 MTR 표면에 공유항원이 많지 않음을 보여주었다. MTR과 MNC, MC 및 MF 사이에도 상당량의 공유항원이 있음이 알려졌다. MTR 가운데 T-8 혈청과는 달리 T-13 항혈청은 MA, MG, MK 및 MTB와 강하게 교차반응하였다. 이상의 실험으로 밝혀진 mycobacteria의 항원적 상관관계가 각종 생물학적 및 생화학적 방법으로 갈라놓은 분류군과 잘 일치하고 있었다.

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RAPD markers에 의한 상사화속 식물의 유연관계 (Relationship of Lycoris (Amaryllidaceae) Based on RAPD Markers)

  • 태경환;김용현;신영화;강신호;김주환;고성철
    • 식물분류학회지
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    • 제38권1호
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    • pp.17-29
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    • 2008
  • 상사화속 15분류군을 대상으로 종간 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석이 수행되었고, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300bp에서 1,700bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 5개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 57개의 유효한 RAPD marker를 확인하였고, 비유사도 지수 행렬을 도출하여 UPGMA phenogram을 작성하였다. 분석결과 분류군들은 전체적으로 3개의 유집군을 형성하였는데 첫 번째 유집군에는 L. chinensis var. sinuolata, L. sanguinea var. koreana, L. uydoensis, L. flavescens, L. radiata var. pumila, L. radiata, L. squamigera, L. chejuensis, L. aurea와 L. guangxiensis의 10분류군이, 두 번째 유집군에는 L. haywardii, L. sprengeri, L. rosea, L. straminea 및 L. houdyshii의 5분류군이, 세 번쨰 유집군에는 비교군인 수선화와 문주란이 각각 포함되었다. RAPD 분석결과는 배수성과 핵형 등의 세포분류학적 형질들과 비교하여 볼 때 Lycoris속내 종간의 유연관계를 파악하는데 매우 유용한 실험적 방법임을 보여주었다.

Orchargrass 단파 , Red Clover 단파 및 Orchargrass-Red Clove 단순혼파 목초의 경쟁구조 해석 (Analysis of Competition Interaction in Orchardfrass , Red Clover Pure and Orchardfrass-Red Clover Mixed Swards)

  • 이형석;이인덕
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제15권4호
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    • pp.279-284
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    • 1995
  • The competition relationship between orchardgrass(Docflis glomerutu L. cv; Potomac) and red clover (Trifnlium prurense L. cv; Kenland) was investigated under the pure and mixed swards. Each species were grown in intra- and interspecific competition in pots and fields for 2-years. Intra- and interspecific competition were evaluated by calculating traditional methods; expected yield, relative yield total(RYT), aggressivity and compensation index(CI), and shoot and root dry matter production in the orchadgrass(ffi) pure, red clover(RC) pure and orchardgrdss(W)-red clover(RC) mixed sward. The results obtained were summarized as follows: Compared to OG and RC pure swards, the shoot and root dry maaer(DM) yield of OG-RC mixed sward were higher and more deeply rooted under the soil than those of OG and RC pure sward. Also, the number of tillen per plant of OG in the OG-RC mixed sward was less than that of OG pure sward, but that of RC in the OGRC mixed sward was more than that of RC pure sward. OG-RC mixed sward were evaluated as a productive sward type compared to OG and RC pure swards in that actual yield was higher than expect yield and that relative yield total(RYT), and compensation index(C1) were high. As mentioned above, compared to intraspecific competition as a OG and RC pure sward, interspecific competition as a OG-RC mixed sward was evaluated to productive type under the ffi and RC species utilization

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Fusarium section Liseola 균주들에서 rDNA Intergenic Spacer 부위의 PCR-RFLP 분석 (PCR-RFLP Analysis of Ribosomal DNA Intergenic Spacer Region in Fusarium section Liseola.)

  • 이경은;최영길;민병례
    • 미생물학회지
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    • 제38권1호
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    • pp.7-12
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    • 2002
  • Fusarium section Liseola에 속하는 균주들의 rDNA IGS 부위를 중폭하고 여러개의 제한 효소로 처리하였다. 증폭된 IGS 부위의 길이는 F. moniliforme 12 만이 약 2.9 Kb 이고 나머지 균주들은 모두 약 2.6 Kb였다. 제한 효소 EcoRI, HincII, SalI, PstI 등은 ICS 부위를 절단하여 11균주들에서 9 haplotypes을 확인할 수 있었다. 본 연구에서의 Section Liseola에 속하는 균주들에 대한 결과에 앞서 연구되어진 Section Elegans에 속하는 균주들의 결과를 종합하여 dendrogram을 그렸을 때, IGS 부위를 종내에서와 마찬가지로 종간, section 간의 관계를 밝힐 수 있는 가능성을 제시하여 주었다.

Taxonomic Review of the Genus Echinochloa in Korea (II): Inferred from Simple Sequence Repeats

  • Lee, Jeongran;Kim, Chang-Seok;Lee, In-Yong
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제3권3호
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    • pp.190-195
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    • 2014
  • Echinochloa (L.) P. Beauv. includes some of the noxious weeds, causing a serious yield loss when they are dominant in the fields. Identification of the Echinochloa is very difficult because many interspecific and intraspecific forms of the species are found. However, it is important to identify the species exactly and to know the genetic diversity of the species for effective weed management. This study was conducted to identify and summarize the Echinochloa species by comparing the genetic variation and relationship among Korean Echinochloa species using SSR. The genetic diversity of 107 individuals, including seven species were assessed using five SSR markers. UPGMA dendrogram generated two clades (I and II) and clade II divided again into two subclades (II-1 and II-2) whereas the model based genetic structure proposed four subpopulations. The two subpopulations were corresponded to clades I and II-1 and the other two were arranged to clade II-2 of the UPGMA dendrogram. We have concluded that E. colona and E. glabrescens might have not distributed in Korea. The biological varieties, praticola and echinata, of E. crus-galli should be treated as E. crus-galli. Korean Echinochloa should be summarized with four species, i.e., E. oryzicola, E. crus-galli, E. esculenta, and E. oryzoides.

Taxonomic Review of the Genus Echinochloa in Korea (I): Inferred from Sequences of cpDNA and nrDNA

  • Lee, Jeongran;Kim, Chang-Seok;Lee, In-Yong
    • Weed & Turfgrass Science
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    • 제3권3호
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    • pp.183-189
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    • 2014
  • The genus Echinochloa (L.) P. Beauv. comprised of approximately 30-40 species in the tropical and warm temperate regions of the world, including numerous interspecific and intraspecific types which make the genus difficult to identify. As an attempt to identify the species within the genus easier, the taxonomy of the genus Echinochloa, Poaceae in Korea was reviewed on the basis of sequencing data derived from nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) and external transcribe spacer and chloroplast DNA trnL intron, trnL-F intergenic spacer and matK regions using a total of 46 accessions representing all the species in Korea. The results of maximum parsimony found separate lineage comprised of E. colona and E. frumentaceae which are not Korean species, but no resolution within Korean Echinochloa species, supporting the suggestion of Yamaguchi group that E. crus-galli, E. oryzoides, and E. esculenta should be considered to belong to the same species. However, the relationship between these three species and the other species, i.e. E. oryzicola should be better understood with more detail studies.

Phylogenetic Analysis of the Genus Dendronephthya (Nephtheidae, Alcyonacea) Based on Internal Transcribed Spacer Sequences of Nuclear rDNA

  • Lee, Young-Ja;Song, Jun-Im
    • Animal cells and systems
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    • 제4권4호
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    • pp.319-324
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    • 2000
  • Species boundaries among the Alcyonacean soft coral, the genus Dendronephthya, are often obscured by inter- and intraspecific morphological variations. In the present study, we attempted to infer the genetic relationships of eight dendronephthians based on their molecular characters, the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA, and then compared this result together with the random amplified polymorphic DNA (RAPD) data from our previous investigation. Dendronephthya. putteri and D. suensoni formed a divaricate form - VI grade specific clade, whereas D. castanea, D. gigantea, D. aurea and D. spinifera, formed a umbellate and glomerate form - IV and III grade specific clade. Therefore, we confirmed that the main characters the growth form and the anthocodial grade and formula, are important in identification of the species in dendronephthians despite some problems. Also, the relationships of the growth form are clarified as the glomerate form is much closer to the umbellate form than to the divaricate form based on two sets of independent molecular data. However, we cannot determine the molecular markers which limit the species boundaries among this genus with ITS sequences.

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RAPD markers에 의한 한국산 반하속 식물의 유연관계 분석 (Analysis of phylogenetic relationship among Korean Pinellia Tenore (Araceae) using RAPD markers)

  • 태경환;김동갑;김주환
    • 식물분류학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.161-174
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    • 2005
  • 한국산 반하속 식물의 종간 및 종내 집단간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였으며, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300 bp에서 2,500 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 7개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 70개의 유효한 polymorphic band makers를 확인하였고, Nei-Li의 유전적 거리지수를 이용하여 분석하였다. 또한 이러한 자료에 근거하여 종내 개체군 군집에 대한 UPGMA 유집분석 및 NJ tree를 도출하였다. 반하의 지역별 개체군 집단간에는 각각 낮은 유전적 거리지수 수준에서 유집되어 전반적으로 개체군간 유연관계가 밀접한 것으로 조사되었다. 반하는 지역별 개체군에 따라 잎의 형태와 꽃의 색에 따른 형태학적 변이 및 체세포염색체수의 세포학적 변이 패턴을 다양하게 보이고 있어 이는 생육지의 다양성에 의해 나타난 형질분화의 차이로 추정된다. 이런 특성은 반하의 분화속도를 빠르게 하는 주요 원인으로 판단된다. 본 연구를 통해 볼 때 새로운 종은 반하속에 속하는 분류군으로 제주도와 일본의 반하 개체군과 매우 가까운 유연관계를 형성하고 있는 것으로 밝혀졌다. RAPD 분석은 한국산 반하속 식물종의 종간 및 종내 개체군 집단간의 유연관계 파악에 매우 유용한 실험적 접근방법임을 보여주었다.

경남지역 둥굴레속의 Cluster 분석에 의한 종간 유연관계 (Interspecific Relationship of Polygonatum Species Collected from Gyeongnam Area Using Cluster Analysis)

  • 심재석;박정민;전병삼;강진호
    • 한국약용작물학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.30-34
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    • 2005
  • 경남지역 자생 둥글레속 수집종의 유연관계를 규명하여 품종육성을 위한 기초자료로 할용하고자 47개 수집종의 12개 형질을 대상으로 주성분 분석 및 average linkage cluster 방법으로 군을 분류한 결과는 다음과 같다. 1. 주성분 분석에서 줄기형태, 줄기색깔, 엽색, 포의 형태, 화색, 화형 등 12개 주요 형질의 주성분의 고유치에 기여율은 제3주성분까지 분석하여도 전체의 79%정도 설명할 수 있어서 47개 수집종의 분류가 가능함을 알 수 있었다. 2. 47개 수집종의 12개 주요형질을 대상으로 average linkage cluster 방법에 의한 분석치으 거리 0.7을 기준으로 군을 분류한 결과 5개군으로 분류되었다. I군은 둥굴레, II군은 용둥글레, III군은 산둥굴레 및 퉁둥굴레 특성의 중간형태를 각각 지닌 p28과 p29였으며, 제V군은 죽대로 분류되었다. 3. 경남일대 둥굴레의 특성조사와 수집종 분류결과 둥굴레와 죽대는 종간 변이가 거의 없었던 반면, 용둥굴레, 퉁둥굴레와 산둥굴레는 다양한 변이종이 분포하고 있는 것으로 나타났다.