• 제목/요약/키워드: Insertion and Deletion

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Development and evaluation of semi-nested PCR for detection of the variable lipoprotein haemagglutinin (vlhA) gene of Mycoplasma Synoviae in chicken

  • Pohuang, Tawatchai;Phuektes, Patchara;Junnu, Sucheeva
    • 대한수의학회지
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    • 제60권3호
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    • pp.109-116
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    • 2020
  • This study aimed to develop a semi-nested polymerase chain reaction assay for the direct detection of Mycoplasma synoviae (M. synoviae) from clinical samples using three newly designed oligonucleotide primers specific to the variable lipoprotein haemagglutinin (vlhA) gene and differentiate M. synoviae field strains based on a nucleotide deletion or the insertion of the proline-rich repeat (PRR) region of the vlhA gene. The developed semi-nested polymerase chain reaction (PCR) assay revealed positive results in 12 out of 100 clinical samples collected from chickens showing lameness and joint swelling. Six positive samples were selected randomly for sequencing, and sequence analysis revealed 96.3-100% nucleotide identities compared to the reference sequences. Phylogenetic analysis showed that sequences of the strains in this study were closely related to WVU1853 (Spain), CK.MS.UDL.PK.2014.2 (Pakistan), and F10-2AS (USA) strains, but they were distinct from the M. synoviae-H vaccine strain sequence. M. synoviae obtained from these samples were identified as types A and C with a length of 38 and 32 amino acids, respectively. These results indicated that the specific and sensitive semi-nested PCR could be a useful diagnostic tool for the direct identification of clinical samples, and the sequence analysis of the partial vlhA gene can be useful for typing M. Synoviae.

Angiotensin-converting enzyme gene insertion/deletion polymorphism is not associated with BMI in Korean adults

  • Kwon, Insu
    • 운동영양학회지
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    • 제24권1호
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    • pp.24-28
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    • 2020
  • [Purpose] Recent studies have demonstrated a probable association between ACE I/D polymorphism and obesity. Thus, this study aimed to investigate whether ACE I/D polymorphism influenced the susceptibly of developing obesity in Korean adults. [Methods] A total of 353 healthy Korean adults aged between 30 and 82 years were recruited, including 157 males and 196 females. Among the participants, 103 (29.2 %) were classified as normal (BMI < 23 kg/m2), 117 (33.1 %) as overweight (23 kg/m2 ≤ BMI < 25 kg/m2), and 133 (37.7 %) as obese (BMI ≥ 25 kg/m2). ACE polymorphism (rs1799752) analysis was performed using the MGB TaqMan® SNP Genotyping assay with 3 types of primers and 2 types of probes. The distributions of the ACE genotypes and allele frequencies were analyzed among the three groups using the Hardy-Weinberg equilibrium, chi-square tests, and multiple regression analysis. [Results] The distribution of the ACE genotypes were as follows: normal [II: n=38 (36.9 %), ID: n=46 (36.8 %), DD: n=19 (18.4 %)], overweight [II: n=43 (36.8 %), ID: n=55 (47.0 %), DD: n=19 (16.2 %)], and obese [II: n=41 (30.8 %), ID: n=76 (57.0 %), DD: n=16 (12.0 %)]. Unexpectedly, the I allele, rather than the D allele, was common in the obese group. [Conclusion] ACE I/D polymorphism is not associated with BMI in Korean adults. Thus, it is unlikely to be a powerful candidate gene for obesity in Korean adults.

Association between I/D Polymorphism of Human LRPAP1 Gene and Body Mass Index in Korean General Population

  • Kang, Byung-Yong;Bae, Hak-Gyoon;Jhin, Hae-Kyung;Lee, Kyung-Soon;Lee, Kang-Oh
    • Toxicological Research
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    • 제19권3호
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    • pp.205-210
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    • 2003
  • The aim of this study was to estimate the influence of 37 bp insertion/deletion (I/O) poly-morphism of the low density lipoprotein receptor-related protein-associated protein 1 (LRPAP1) gene on anthropometrical or biochemical parameters in korean general population. To determine the frequency of the genotype, we analyzed 244 samples of Korean origin. The frequency of the I allele was 0.55 in men and 0.56 in women, which were significantly higher than the frequency (0.26) that was reported in Czech population of Caucasian origin. In addition, the I allele of this polymorphism was significantly associated with higher value of body mass index (BMI) in our subjects by ANOVA test (P<0.05), and this association was maintained after controlling for age and gender by ANCOVA test (P<0.05). Thus, our results suggest that the I/O polymorphism of the LRPAP1 gene may be useful as a genetic marker for obesity in Korean general population.

인터넷 환경에서 가상 학습평가 시스템 설계 및 구현 (Design and Implementation of Virtual Tutoring Estimation System on the Internet Environment)

  • 이석호;김창수;황현숙
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제1권2호
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    • pp.204-214
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    • 1998
  • Web 환경에서 저작도구나 HTML올 이용한 기존의 학습 평가 시스템은 단방향 대화형 학습 시스템의 불편한 요인들을 개선하지 못하고 있다. 본 논문에서는 인터넷 환경에서 사용자의 편리성이 고려된 대화형 학습 평가 시스템을 설계하고 구현하였 다. 제안된 시스템은 크게 교사 모율과 학생 모률로 구분되어 있는데, 교사 모률은 데이터베이스에 새로운 문제 생성과 제거 기능, 정기 고사 채점 기놓 둥이 포함되어 있으며, 학생 모률은 강화 및 고사 선택 기능, 자신의 접수 보기 동의 기능들이 제공된다. 서버 시스템 환경은 Windows NT를 기반으로 한 인터넷 접속을 위해 IDC 파일과 SQL DB을 사용하여 구현되어 있으며, 클라이언트 시스템은 대화형 학습 평가 시스템에 대한 접근을 위해 익스플로어나 네스케이프를 기반으로 한 Windows 95 환경으로 구성되어 있다.

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한전계통의 송전망 고장확률 산정을 위한 상정고장 DB 관리시스텀(ezCas) 개발 (Development of Outage Data Management System to Calculate the Probability for KEPCO Transmission Systems)

  • 차승태;전동훈;김태균;전명렬;추진부;김진오;이승혁
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2004년도 하계학술대회 논문집 A
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    • pp.88-90
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    • 2004
  • Data are a critical utility asset. Collecting correct data on site leads to accurate information. Data, when gathered with foresight & properly formatted, are useful to both existing database and easily transferable to newer, more comprehensive historical outage data. However, when investigating data items options, the task, can be an arduous one, often requiring the efforts of entire committees. This paper firstly discusses the KEPCO's past 10 years of historical outage data which include meterological data, and also by several elements of the National Weather Service, failure rate, outage duration, and probability classification, etc. Then, these collected data are automatically stored in an Outage Data Management System (ODMS), which allows for easy access and display. ODMS has a straight-forward and easy-to-use interface. It lets you to navigate through modules very easily and allows insertion, deletion or editing of data. In particular, this will further provide the KEPCO that not only helps with probabilistic security assessment but also provides a platform for future development of Probability Estimation Program (PEP).

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Transition Substitution of Desired Bases in Human Pluripotent Stem Cells with Base Editors: A Step-by-Step Guide

  • Ju-Chan Park;Keun-Tae Kim;Hyeon-Ki Jang;Hyuk-Jin Cha
    • International Journal of Stem Cells
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    • 제16권2호
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    • pp.234-243
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    • 2023
  • The recent advances in human pluripotent stem cells (hPSCs) enable to precisely edit the desired bases in hPSCs to be used for the establishment of isogenic disease models and autologous ex vivo cell therapy. The knock-in approach based on the homologous directed repair with Cas9 endonuclease, causing DNA double-strand breaks (DSBs), produces not only insertion and deletion (indel) mutations but also deleterious large deletions. On the contrary, due to the lack of Cas9 endonuclease activity, base editors (BEs) such as adenine base editor (ABE) and cytosine base editor (CBE) allow precise base substitution by conjugated deaminase activity, free from DSB formation. Despite the limitation of BEs in transition substitution, precise base editing by BEs with no massive off-targets is suggested to be a prospective alternative in hPSCs for clinical applications. Considering the unique cellular characteristics of hPSCs, a few points should be considered. Herein, we describe an updated and optimized protocol for base editing in hPSCs. We also describe an improved methodology for CBE-based C to T substitutions, which are generally lower than A to G substitutions in hPSCs.

무선 통신망 암호동기에 적합한 Statistical CFB 방식의 암호 알고리즘 성능 분석 (Performance Analysis of a Statistical CFB Encryption Algorithm for Cryptographic Synchronization Method in the Wireless Communication Networks)

  • 박대선;김동수;김영수;윤장홍
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제9권7호
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    • pp.1419-1424
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    • 2005
  • 본 논문에서는 통신 채널의 오류로 인하여 통신 단말간에 서로 송수신되는 정보중에 임의의 비트가 삭제되거나 추가되어 암호 알고리즘을 사용하여 통신이 불가능해지는 경우, 이를 극복하기 위한 기법으로 Statistical CFB 방식의 암호 알고리즘을 제안한다. 먼저, 비트 삽입 또는 비트 삭제 발생 시 오류 전파의 영향을 수학적으로 모델링하여 이론적인 Statistical CFB 암호 알고리즘의 성능을 분석한다. 이 경우, Statistical CFB 방식의 성능을 결정하는 요소인 농기 패턴의 길이와 피프백되는 키의 길이를 변화해가며 분석하도록 한다. 또한 이론적인 분석과 함께 실제로 특정 길이의 동기 패턴과 피드백되는 키를 선택한 후, Statistical CFB 방식을 적용한 암호 알고리즘을 사용하여 성능을 분석하였다. 이를 이론적인 분석 결과와 비교하여 제안된 암호 알고리즘의 타당성을 검증한다.

전자상거래의 DB처리를 위한 웹 서비스 구현 (Implementation of Web Service for the E_Commerce Database Processing)

  • 황하응;김정홍;이상조
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제7권4호
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    • pp.168-173
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    • 2002
  • 인터넷 서비스의 급속한 발전으로 전자 상거래의 이용규모가 해마다 증가하고 있다. 이에 따라 소프트웨어 개발비용을 줄이고 자료구축을 용이하게 함으로서 전자상거래의 활성화를 유도하는 방안이 요구된다. 인터넷 기반의 분산기술을 적용한 웹 서비스는 소프트웨어의 공유를 통해 개발비용을 줄이는 기반을 제공한다. 공유된 소프트웨어는 동일 자료에 접근하게 함으로서 서로 다른 사이트에서 공동의 자료를 참조할 수 있게 한다. 본 고에서는 전자상거래를 위한 데이터베이스 처리 모듈을 웹 서비스로 설계 및 구현함으로서 전자상거래 사이트 개발을 용이하게 하고 데이터베이스를 공유할 수 있도록 하였다. 구현된 웹 서비스는 개발자간에 자료의 선택 수정 추가 삭제 및 검색 기능을 지원하며, 서로 다른 사이트간에 상품정보의 공동 활용이 가능함을 보였다.

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서비스 지향 구조 기반의 EST 서열 주해 시스템 (An EST Sequence Annotation System Based On Service Oriented Architecture)

  • 남성혁;김태경;김경란;조완섭
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제13권3호
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    • pp.35-44
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    • 2008
  • 본 논문에서는 SOA 기반의 EST 서열 주해 시스템인 SeqWeB을 제안한다. SeqWeB은 EST 서열 주해에 사용되는 8개의 분석 프로그램 (Phrap, cross_match, RepeatMasker, ICAtools, TGICL, CAP 3, Phrap, BLAST)을 웹 서비스로 제작하고, BPEL (Business Process Execution Language)을 통해 8개의 서비스를 다양한 형태로 조합한다. BPEL로 조합한 서비스들은 표준 데이터 형식으로 통신하여 통합 시 상호 운용성을 보장한다. SeqWeB은 웹 서비스와 BPEL을 통한 약 결합 방식으로 통합하여, 기존의 애플리케이션 통합 방식보다 시스템의 확장과 수정이 쉬우며 유지보수 비용이 저렴하다. 또한, SeqWeB은 다른 서비스의 컴포넌트로 사용될 수도 있다. SeqWeB을 통해 SOA가 지향하는 재사용성(Reusability)과 유연성 (Flexible)을 기반으로 기존과 다른 방식의 생물학 분야의 애플리케이션 통합방법론을 제시한다.

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캐쉬 효과를 고려한 확장된 Pairing Heap 알고리즘 (Extended Pairing Heap Algorithms Considering Cache Effect)

  • 정균락;김경훈
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제30권5_6호
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    • pp.250-257
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    • 2003
  • 빠른 프로세서 속도에 비해 메모리 접근(access)하는 시간이 상대적으로 느려짐에 따라, 대부분의 시스템은 격차를 줄이기 위하여 캐쉬(cache)라는 매우 타른 메모리를 사용하고 있으며 캐쉬 메모리를 얼마나 효과적으로 사용하는 가 하는 문제는 알고리즘의 성능에 있어서도 결정적인 영향을 미치게 된다. 블록을 사용하는 방법은 캐쉬의 효율성을 향상시키는 방법으로 잘 알려져 있으며 행렬곱셈이나 d-heap과 같은 탐색트리에 사용되어 좋은 결과를 내고 있다. 그러나 삽입과 삭제 연산시 트리의 회전(rotation)이 필요한 자료구조에서는 블록을 사용하면 블록사이에 데이터의 이동이 필요해서 실행시간이 증가하게 된다. 본 논문에서는 블록을 사용하는 pairing heap에서 개선된 삽입과 삭제 알고리즘을 제안하였고 실험을 통해 우수성을 입증하였다. 또 블록을 사용하는 경우 여러 개의 데이터를 한 블록에 저장하므로 포인터의 개수가 줄어들게 되어 메모리를 적게 사용하게 된다.