Garcia, Liliana Torcoroma;Cristancho, Laura Maritza;Vera, Erika Patricia;Begambre, Oscar
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.25
no.10
/
pp.1714-1727
/
2015
This work describes a new strategy for optimal design of Multiplex-PCR primer sequences. The process is based on the Particle Swarm Optimization-Simplex algorithm (Mult-PSOS). Diverging from previous solutions centered on heuristic tools, the Mult-PSOS is selfconfigured because it does not require the definition of the algorithm's initial search parameters. The successful performance of this method was validated in vitro using Multiplex-PCR assays. For this validation, seven gene sequences of the most prevalent bacteria implicated in urinary tract infections were taken as DNA targets. The in vitro tests confirmed the good performance of the Mult-PSOS, with respect to infectious disease diagnosis, in the rapid and efficient selection of the optimal oligonucleotide sequences for Multiplex-PCRs. The predicted sequences allowed the adequate amplification of all amplicons in a single step (with the correct amount of DNA template and primers), reducing significantly the need for trial and error experiments. In addition, owing to its independence from the initial selection of the heuristic constants, the Mult-PSOS can be employed by non-expert users in computational techniques or in primer design problems.
The studies were performed for the PRRS antigen and antibody detection from breeding farms, artificial insemination(AI) center and growing farms in Jeonbuk province. 1. Specific PRRS primers were successfully amplified ORF6 617bp and ORF7 448 bp on agarose gel. 2. RT-PCR method has been establish by commercial kit and the thermal cycler program consisted of 30 cycles: $95^{\circ}C$ for 30 sec, $45^{\circ}C$ for 30 sec, and $72^{\circ}C$ for 45 sec. 3. The results of PRRS antibody test by ELISA method in AI centers were $6.6\%,\;53.3\%$ and breeding farms $65\%,\;65\%\;and\;38.7\%$, respectively. The serological positive of the antibody in gilt higher than sow. 4. The sero-positive of the PRRS antibody showed average $21\%$ in domestic farms, $56.2\%$ in breeding farms, and $29.9\%$ in AI center.
We have carried out polymerase chain reaction (PCR) to investigate if retropseudogene for CYP2El is present in human genome. PCR primers were designed based on the structure of functional CYP2El gene and used to amplify both functional gene and retropseudogene in one reaction. From the repeated experiments we were able to amplify a previously unidentified CYP2El retropseudogene that was present in human genome. Its detailed structure was confirmed by Southern blotting and DNA sequencing. Nucleotide sequence of this retropseudogene was completely matched up to human liver CYP2El mRNA suggesting that the development of this retropseudogene might be a relatively recent event.
HBV infection is contagious and may be transmitted vertically or horizontally by blood products and body secretions. Over 50% of Iranian carriers have contracted the infection prenatally, making this the most likely route of transmission of HBV in Iran. This study assesses the resistance to Lamivudine in patients with chronic hepatitis B infection using a new ZNA probe Real Time PCR method. To evaluate the effectiveness of Lamivudine therapy for chronic hepatitis B infection, a study was conducted on 70 patients (63 men and 7women), who had received the drug first line. All patients were tested for the presence of HBsAg and HBeAg, the serum ALT level and the HBV DNA load before and after treatment. In all samples resistance to Lamivudine was tested with the ZNA Probe. Our results showed that ZNA Probe Real Time PCR method could detect wild type,YMDD, and its mutants, tyrosine-isoleucine-aspartate-aspartate and tyrosine-valine-aspartate-Aspartate. Among an estimated seventy patients with chronic hepatitis B infection, 18 (25.7%) were resistant to lamivudine. Only one patient was negative for presence of HBS-Ag (5.6%) and two patients were negative for HBe-Ag (11.1%). Real-time PCR with Zip nucleic acid probes is a sensitive, specific and rapid detection method for mutations in the YMDD motif, which will be essential for monitoring patients undergoing Lamivudine antiviral therapy.
Intraspecific genetic diversity of Korean isolates of Phytophthora drechsleri was investigated based on PCR-RFLP of rDNA along with closely related species in the genus; P. cryptogea, P. melonis, P. erythroseptica, P. cinnamomi, P. cambivora and P. cactorum. Gene regions of nuclear small subunit and internal transcribed spacer (ITS) in rDNA were amplified with polymerase chain reaction and digested with 9 restriction enzymes. Phytophthora species was readily differentiated from each other based on the digestion patterns, however, P. cryptogea was not separable from some isolates of P. drechsleri. Twenty one isolates of P. drechsleri originated from 15 host plants were divided into three distinct groups designated as PdG1, PdG2 and PdG3, respectively. Four isolates in PdG1 were originated from green vegetables and tomato and nine isolates in PdG2 were mainly isolated from medicinal plants. The two groups showed 95.3% homology and four isolates of P. cyptogea came under the groups. However, Eight isolates in PdG3 collected from cucurbits were clearly differentiated from those of PdG1 and PdG2 by 66.5% homology, but completely matched with a Taiwan isolate of P. melonis. Results indicated that three distinct groups exist in Korean isolates of P. drechleri and each group has host preference. In addition, reclassification of the cucurbits isolates are reserved because of their distinct genetic characters from other intraspecific groups in P. drechsleri.
Forty Clostridium perfringens isolates were obtained from twelve animal products, following the examination of eighty six beef, pork, broiler chicken and salami meat products, and eleven milk powder products. There were 21 isolates from salami stored at $25^{\circ}C$, 3 isolates from pork, 4 isolates from beef, 9 isolates from broiler chicken, and 3 isolates from milk powder. Only the cpa gene encoding a toxin among the 5 toxin genes tested (cpa, cpb, etx, iap, and cpe) was detected in all forty isolates, suggesting contamination with C. perfringens type A. DNA fingerprinting analysis using PCR of the tRNA intergenic spacer (tDNA-PCR) and the 16S-23S internal transcribed spacer (ITS-PCR), and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis were attempted to differentiate the isolates. RAPD analysis was the most discriminating method among the three PCR analyses. Isolates from the same products tended to show similar RAPD patterns. Antimicrobial susceptibility tests showed that some isolates from broiler chickens had the same antibiogram with multiple resistance to streptomycin, colistin, and ciprofloxacin. Antibiograms were similar between isolates from the same livestock products, but differed considerably between the products.
Viral pathogens, alongside other pathogens, have major effects on crustacean aquaculture. Hepatopancreatic parvovirus (HPV) is an emerging virus in the shrimp industry and has been detected in shrimp farms worldwide. The HPV genome has greater diversity than other shrimp viruses owing to its wide host range and geographical distribution. Therefore, developing diagnostic tools is essential to detect even small copy numbers from the target region of native HPV isolates. We have developed two easy to use quantitative real-time PCR kits, called Green Star and Dual Star, which contain all of the necessary components for real-time PCR, including HPV primers, using the primers obtained from the sequences of HPV isolates from Korea, and analyzed their specificity, efficiency, and reproducibility. These two kits could detect from 1 to $1{\times}10^9$ copies of cloned HPV DNA. The minimum detection limits obtained from HPV-infected shrimp were $7.74{\times}10^1$ and $9.06{\times}10^1$ copies in the Green Star and Dual Star assay kits, respectively. These kits can be used for rapid, sensitive, and efficient screening for HPV isolates from Korea before the introduction of postlarval stages into culture ponds, thereby decreasing the incidence of early development of the disease.
Kim, Kyu-Heon;Jeon, Hyeong-Kyu;Kang, Seokha;Sultana, Tahera;Kim, Gil Jung;Eom, Keeseon S.;Park, Joong-Ki
Molecules and Cells
/
v.23
no.3
/
pp.379-390
/
2007
We sequenced and characterized the complete mitochondrial genome of the Japanese fish tapeworm D. nihonkaiense. The genome is a circular-DNA molecule of 13607 bp (one nucleotide shorter than that of D. latum mtDNA) containing 12 protein-coding genes (lacking atp8), 22 tRNA genes and two rRNA genes. Gene order and genome content are identical to those of the other cestodes reported thus far, including its congener D. latum. The only exception is Hymenolepis diminuta in which the positions of trnS2 and trnL1 are switched. We tested a PCR-based molecular assay designed to rapidly and accurately differentiate between D. nihonkaiense and D. latum using species-specific primers based on a comparison of their mtDNA sequences. We found the PCR-based system to be very reliable and specific, and suggest that PCR-based identification methods using mtDNA sequences could contribute to the study of the epidemiology and larval ecology of Diphyllobothrium species.
Human Coxsackievirus B5 (HuCoxV-B5) infection has been associated with various diseases such as myocarditis, aseptic meningitis, hand-foot-and mouth-disease, and insulin-dependent diabetes. HuCoxV-B5 is a virus transmitted through the fecal-oral route and is detected in clinics, aquatic environments, food, shellfish, etc. and is one of the more important viruses in public health because of its incidence rate reported worldwide. In this study, a combination of SYBR Green-based real-time PCR primers for molecular diagnosis including monitoring of HuCoxV-B5 was selected and the optimal reaction conditions were established. Compared with the previously reported TaqMan probe-based real-time PCR method, assessments including a sample applicability test were performed. Results showed that the real-time PCR method developed in this study was suitable for a molecular diagnostic technique for detecting HuCoxV-B5. This study is expected to contribute to efforts in responding to safety accidents in public health because the proposed method facilitates rapid diagnosis of clinical patients. It can also be used as a specific monitoring tool of HuCoxV-B5 in non-clinical areas such as aquatic environments among others.
Dae-Ju Oh;Eun Bi Jang;Jong-Du Lee;Hyejin Hyeon;Yong-Hwan Jung
Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
/
2021.04a
/
pp.16-16
/
2021
To distinguish manchurian clematis, Clematis terniflora var. mandshurica and three-leaf clematis, C. apiifolia, we collected 9 nuclear ITS sequences and two sequences of trnQ-trnH intergenic spacer and trnH region in GenBank database. Those sequences were aligned to find differences between those of C. terniflora var. mandshurica and C. apiifolia. Two primer pairs were newly designed base on the differences between two species and conducted multiplex PCR. The size of amplified fragments using generated primers were 380 base pairs (only three-leaf clematis) and 189 base pairs (both species). This genetic marker based on PCR is useful to discrimination of C. terniflora var. mandshurica and C. apiifolia
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.