• 식물병연구
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• 제19권1호
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• pp.55-59
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• 2013

이 연구는 국내에 보고되지 않은 로즈마리 점무늬병이 남원과 전주의 재배 온실에서 발생하여 구명하고자 실험하였다. 이 병은 주로 고온 다습한 시기인 장마끝 무렵에 발생이 많았다. 로즈마리의 잎과 줄기에 검은점무늬(직경 3-5 mm) 및 시들음 증상이 나타났다. 병든 조직을 습실 처리하면 분생자경과 분생포자가 형성되었다. 로즈마리 점무늬병균의 분생포자는 체인상의 가늘고 긴 원통형으로, 길이는 $55-275{\times}7-14{\mu}m$이었다. 분생포자는 분생자경 위에 형성되었고, 분생포자의 위격벽의 수는 8-10개이었다. 또한 생장적온은 감자한천 배지와 암흑조건에서 $30^{\circ}C$이었다. 포트 식물에 병원성 검정결과 분리한 병원균은 접종 3일 후에 잎과 줄기에서 자연 병징과 같은 점무늬 및 시들음 증상이 재현되었고, 병든 부위에서 동일한 균이 재 분리되었다. 따라서 병원성이 있음이 확인되었다. rDNA ITS 영역의 염기서열 분석결과 로즈마리에 점무늬병을 일으키는 병원균은 Corynespora cassiicola로 GenBank accession number JQ595296, JQ595297, FJ852715, AY238606와 염기서열이 100% 일치하였고, C. cassiicola와 같은 계통군에 속하였다. 따라서, 로즈마리 잎 및 가지 점무늬병균은 C. cassiicola로 보고하고자 한다.

• 한국균학회지
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• 제27권6호
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• pp.406-411
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• 1999

먹물버섯류 및 주름버섯 유사 균류의 계통학적 유연 관계를 분석하기 위해 계통분류학적 정보를 지니고 있는 rDNA의 ITS(17S, 5.8S, 25S일부 포함)의 염기서열을 밝히고 이들 자료를 근거로 하여 형태적 분류 체계와 비교분석을 하였다. 이번 조사된 종은 총 14종으로서 먹물버섯속 균류 8종, 눈물버섯속 균류 1종, 소똥버섯과 2종, 주름버섯과 1종, 독청버섯과 1종, 복군류 1종이 포함되었다. 종간 염기서열 상동성은 $38.7{\sim}77.2%$였다. 조사된 균류는 크게 4개의 그룹을 형성하였다. 그룹 I에 C. micaceus, C. radians, C. disseminatus, Psathyrella candolleana 등이 포함되었고, 그룹 II에는 C. cinereus, C. echinosporus, C. rhizophorus, C. atramentarius이 조사되었다. 한편, 먹물버섯속 균류의 기준종인 C. comatus는 다른 먹물버섯 그룹들과 분지의 신뢰도가 전혀 없는 것으로 조사되었고 그룹 III에서 주름버섯 유사 복균류인 Podaxis pistillaris 및 신령버섯 Agaricus blazei와의 분지 신뢰도는 87과, 57을 각각 나타내었다. 한편, 눈물버섯속 균류는 그룹 II에 포함되는 결과를 나타내어 형태적 분류체계와 상이한 결과를 도출하였고, 주름버섯 유사복균류인 Podaxis pistillaris는 다른 기타 주름버섯목 균류보다도 C. comatus와 더 밀접한 유연 관계를 나타내어 이들 주름버섯 유사 복균류(secotioid taxa)는 주름버섯목 균류에서 파생된 것임을 확인할 수 있었다. 기준 종으로 알려진 C. comatus는 발생학적 측면에서 다른 절에 있는 먹물버섯 균류와 다른 점이 있음을 이번 조사에서 확인할 수 있었으며 먹물버섯속(屬)의 기준 종은 재 설정되어 할 것으로 사료되었다. 또한 기존의 분류학자들이 주장해온 단일 진화론은 조사된 여러 결과와 비교해 볼 때 적어도 paraphyletic이 거나 polyphyletic일 가능성은 높은 것으로 확인되었다.

• 식물병연구
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• 제23권4호
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• pp.322-333
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• 2017

2015년과 2017년 6-7월에 전라북도 전주와 임실에서 매실, 복숭아, 살구, 자두, 체리 등 핵과류에 잿빛무늬병이 2-5% 정도 발생하였다. 잿빛무늬병은 일부 꽃과 잎에서도 발생하였지만, 주로 과실에 발생하였다. 초기병징은 과실의 표면에 작은 원형의 갈색 반점이 생기고, 병이 진전됨에 따라서 점차 수침상으로 확대되었으며, 후기에는 갈변된 원형의 병반 위에 백색 내지 회백색의 포자 덩어리가 밀생하여 눈꽃처럼 피고, 과실 전체로 확대되었다. 핵과류에서 분리된 분생포자는 분지된 염주상으로 사슬모양(monilioid chains)을 나타냈으며, 단생, 투명하고, 난형-레몬형이었다. 분리된 균주들의 온도별 균사생장 적온은 $20-25^{\circ}C$이며, 균사생장에 적합한 배지는 OA와 PDA이었다. 핵과류 잿빛무늬병을 일으키는 병원균의 형태적 특징, 병원성 검정, ribosomal DNA (rDNA)의 ITS 영역의 염기서열 분석을 기초로 Monilinia fructicola로 동정하였다. 대표 균주에 대한 병원성은 인공접종으로 확인하였다. 본 연구는 한국의 핵과류에서 발생하는 M. fructicola에 의한 잿빛무늬병에 대한 최초 보완자료이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제44권4호
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• pp.343-353
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• 2006

Giardia intestinalis infections arise primarily from contaminated food or water Zoonotic transmission is possible, and at least 7 major assemblages including 2 assemblages recovered from humans have been identified. The determination of the genotype of G. intestinalis is useful not only for assessing the correlation of clinical symptoms and genotypes, but also for finding the infection route and its causative agent in epidemiological studies. In this study, methods to identify the genotypes more specifically than the known 2 genotypes recovered from humans have been developed using the intergenic spacer (IGS) region of rDNA. The IGS region contains varying sequences and is thus suitable for comparing isolates once they are classified as the same strain. Genomic DNA was extracted from cysts isolated from the feces of 5 Chinese, 2 Laotians and 2 Koreans infected with G. intestinalis and the trophozoites of WB, K1, and GS strains cultured in the laboratory, respectively. The rDNA containing the IGS region was amplified by PCR and cloned. The nucleotide sequence of the 3' end of IGS region was determined and examined by multiple alignment and phylogenetic analysis. Based on the nucleotide sequence of the IGS region, 13 G. intestinalis isolates were classified to assemblages A and B, and assemblage A was subdivided into A1 and A2. Then, the primers specific to each assemblage were designed, and PCR was peformed using those primers. It detected as little as 10 pg of DNA, and the PCR amplified products with the specific length to each assemblage (A1, 176bp; A2, 261 bp; B, 319 bp) were found. The PCR specific to 3 assemblages of G. intestinalis did not react with other bacteria or protozoans, and it did not react with G. intestinalis isolates obtained from dogs and rats. It was thus confirmed that by applying this PCR method amplifying the IGS region, the detection of G. intestinalis and its genotyping can be determined simultaneously.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권1호
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• pp.98-108
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• 2015

Staphylococcus aureus is an important foodborne pathogen that causes diverse diseases ranging from minor infections to life-threatening conditions in humans and animals. To further understand its pathogenesis, the genome of the strain S. aureus FORC_001 was isolated from a contaminated food. Its genome consists of 2,886,017 bp double-stranded DNA with a GC content of 32.8%. It is predicted to contain 2,728 open reading frames, 57 tRNAs, and 6 rRNA operons, including 1 additional 5S rRNA gene. Comparative phylogenetic tree analysis of 40 complete S. aureus genome sequences using average nucleotide identity (ANI) revealed that strain FORC_001 belonged to Group I. The closest phylogenetic match was S. aureus MRSA252, according to a whole-genome ANI (99.87%), suggesting that they might share a common ancestor. Comparative genome analysis of FORC_001 and MRSA252 revealed two non-homologous regions: Regions I and II. The presence of various antibiotic resistance genes, including the SCCmec cluster in Region I of MRSA252, suggests that this strain might have acquired the SCCmec cluster to adapt to specific environments containing methicillin. Region II of both genomes contains prophage regions but their DNA sequence identity is very low, suggesting that the prophages might differ. This is the first report of the complete genome sequence of S. aureus isolated from a real foodborne outbreak in South Korea. This report would be helpful to extend our understanding about the genome, general characteristics, and virulence factors of S. aureus for further studies of pathogenesis, rapid detection, and epidemiological investigation in foodborne outbreak.

• 환경생물
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• 제37권1호
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• pp.31-41
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• 2019

남해안에서 분리한 Gymnodinium catenatum의 형태, 계통학적 분석 및 다양한 온도 및 염분에 반응하는 성장 조건을 파악하였다. G. catenatum의 세포는 세로로 길거나 세로와 가로의 길이가 유사한 오각형이었다. 세포의 길이는 $38.1{\sim}77.4{\mu}m$, 폭은 $26.1{\sim}40.8{\mu}m$로 나타났다. 핵은 세포의 중간에 위치하였고, 상추구는 말굽의 편자 모양이었고, 이는 국내외 배양주와 형태적으로 매우 유사한 결과 였다. 계통분석 결과도 염기유사도를 비교해 보았을 때, 기존에 보고된 배양주와 100% 일치하여 이 종은 단일 계통으로 판단되었다. 온도와 염분에 대한 성장실험에서 G. catenatum은 $15^{\circ}C$ 이상의 온도에서 염분 15 psu를 제외한 모든 염분구간에서 성장을 보였으며, 고온인 $30^{\circ}C$에서는 성장을 하지 않았다. 최대성장속도는 온도 $25^{\circ}C$, 염분 35 psu에서 $0.37day^{-1}$로 나타났고 최대세포밀도는 온도 $20^{\circ}C$, 염분 25에서 $1,073cells\;mL^{-1}$였다. 이 결과는 G. catenatum이 한국 남해안에서 여름철 및 가을철, 특히 평균 수온이 $20^{\circ}C$ 이상인 여름철에 최대 증식을 보일 수 있다는 것을 나타낸다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권5호
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• pp.471-478
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• 2014

Trichomonad species inhabit a variety of vertebrate hosts; however, their potential zoonotic transmission has not been clearly addressed, especially with regard to human infection. Twenty-one strains of trichomonads isolated from humans (5 isolates), pigs (6 isolates), rodents (6 isolates), a water buffalo (1 isolate), a cow (1 isolate), a goat (1 isolate), and a dog (1 isolate) were collected in Indonesia and molecularly characterized. The DNA sequences of the partial 18S small subunit ribosomal RNA (rRNA) gene or 5.8S rRNA gene locus with its flanking regions (internal transcribed spacer region, ITS1 and ITS2) were identified in various trichomonads; Simplicimonas sp., Hexamastix mitis, and Hypotrichomonas sp. from rodents, and Tetratrichomonas sp. and Trichomonas sp. from pigs. All of these species were not detected in humans, whereas Pentatrichomonas hominis was identified in humans, pigs, the dog, the water buffalo, the cow, and the goat. Even when using the high-resolution gene locus of the ITS regions, all P. hominis strains were genetically identical; thus zoonotic transmission between humans and these closely related mammals may be occurring in the area investigated. The detection of Simplicimonas sp. in rodents (Rattus exulans) and P. hominis in water buffalo in this study revealed newly recognized host adaptations and suggested the existence of remaining unrevealed ranges of hosts in the trichomonad species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권7호
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• pp.909-914
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• 2023

While searching for the bacteria which are responsible for degradation of pesticide in soybean field soil, a novel bacterial strain, designated 5-5^T, was isolated. The cells of the strain were Gram-staining-positive, aerobic and non-motile rods. Growth occurred at 10-42℃ (optimum, 30℃), pH 5.5-9.0 (optimum, pH 7.0-7.5), and 0-2% (w/v) NaCl (optimum, 1%). The predominant fatty acids were C_15:0 anteiso, C_17:0 anteiso, and summed feature 8 (C_18:1 ω7c and/or C_18:1 ω6c). The predominant menaquinone was MK-9 (H₂). Diphosphatidylglycerol, glycolipids, phosphatidylinositol, and phosphatidylglycerol were the major polar lipids. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences indicated that strain 5-5^T is a member of the genus Sinomonas and its closest relative is Sinomonas humi MUSC 117^T, sharing a genetic similarity of 98.4%. The draft genome of strain 5-5^T was 4,727,205 bp long with an N50 contig of 4,464,284 bp. Genomic DNA G+C content of strain 5-5^T was68.0 mol%. The average nucleotide identity (ANI) values between strain 5-5^T and its closest strains S. humi MUSC 117^T and S. susongensis A31^T were 87.0, and 84.3 % respectively. In silico DNA-DNA hybridization values between strain 5-5^T and its closest strains S. humi MUSC 117^T and S. susongensis A31^T were 32.5% and 27.9% respectively. Based on the ANI and in silico DNA-DNA hybridization analyses, the 5-5^T strain was considered as novel species belonging to the genus Sinomonas. On the basis of the results from phenotypic, genotypic and chemotaxonomic analyses, strain 5-5^T represents a novel speciesof the genus Sinomonas, for which the name Sinomonas terrae sp. nov. is proposed. The type strain is 5-5^T (=KCTC 49650^T =NBRC 115790^T).

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.127.1-127
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• 2003

We describe two new Trichoderma species associated with oyster mushroom in Korea. Trichoderma green mould has been one of the most serious diseases of oyster mushroom in Korea. Of these the predominant species are two unrecorded species. We designed as Trichoderma sp. Korean type 1 (Th K1) and Trichoderma sp. Korean type 2 (Th K2), respectively. Th K1 and Th K2 can be distinguished from previously reported Trichoderma species as well as each other in morphological characteristics including growth rate at 35$^{\circ}C$, colony morphology, conidia shape and branch pattern of phialides. Sequence of the ITS region of rDNA, the protein coding translation elongation factor gene(EF-1${\alpha}$), and RNA polymeraseII (RPB2) not only clearly separated Trichoderma sp. Korean types from their closely related T. harzianum biotype but also distinguished them from each other. Analyses of the EF-1${\alpha}$ and RPB2 sequences were found to be more useful for establishing systematic relationships among Trichoderma isolates than those of the ITS sequence. Based on the results of morphological and molecular characteristics. We propose the two Trichoderma sp. Korean types as the new species

• 한국균학회지
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• 제40권4호
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• pp.187-190
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• 2012

다양한 향미를 가진 막걸리의 개발을 위해 전통누룩으로부터 분리한 곰팡이로 입국을 제조한 후 품질특성을 분석하여 입국의 규격에 적합하며 이취가 없고 관능이 우수한 9균주를 입국 제조용 우수균주로 최종 선발하였다. 선발된 균주는 Aspergillus oryzae(C1-5-2-2, C20-7-3, CN1.3.1-4, CN16.19.1-1, N152-1, N220-1), Mycocladus corymbiferus(N162-2), Rhizopus oryzae(N20), Lichtheimia corymbifera(N21)로 동정되었으며, 제조한 입국의 산도는 5.0~6.8, 당화력은 128~241sp이었다.