• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.18-25
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• 2015

DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 형태적 지식없이 종을 동정하는 방법으로 전 세계적으로 최근에 많이 이용하고 있으며 고등식물에서는 엽록체 rbcL과 matK 유전자를 이용하고 있다. 본 연구에서는 표준 식물 바코드마커와 핵 ITS 부위를 이용하여 국내 포아풀아과 잡초 16속 29종 163생태형의 바코드 데이터를 생산하는 것을 목적으로 하였다. 더불어 포아풀아과의 바코드에서 각 마커의 효율성도 조사하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 반대로 바코드 갭은 matK에서 가장 높은 반면 rbcL에서 가장 낮았으며, 종 식별 해상력은 matK에서 가장 높고, ITS에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종 식별 해상력이 가장 높은 matK를 포아풀아과에서 바코드 마커로 이용하는 것은 너무 낮은 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률(58.3%) 때문에 고려해야할 것으로 생각된다. 단일마커로 rbcL과 ITS는 포아풀아과의 바코드에 적절하게 이용될 수 있으며, 두 마커를 조합으로 이용하면 공통으로 분석된 샘플에 따라 바코드 갭과 종 식별 해상력을 높일 수 있었다. 포아풀아과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다.

• 식물병연구
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• 제11권1호
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• pp.56-65
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• 2005

이 연구는 Alternaria속 균류 중에서 분생포자의 형태가 유사하여 분류, 동정이 매우 어려운 소형의 포자를 형성하는 11종의 Alternaria의 종간 유연관계와 분류체계를 확립하기 위하여 공시균들의 ribosomal DNA의 ITS 및 미토콘드리아 small submit 영역의 염기서열 분석, 그리고 URP primer에 의한 핵산지문분석을 실시하였다. 소형의 포자를 형성하는 11종 Alternaria속의 rDNA internal transcribed spacer(ITS) 영역과 미토콘드리아 small submit rDNA 의 염기서열을 분석하였던 바 A. infectoria를 제외한 10종의 Alternaria에서 100%의 상동성을 나타내었다. 이는 공시한 10종의 Alternaria가 유전적으로 매우 근연의 관계에 있음을 나타내며, 이 marker는 공시균들의 종구분에 이용할 수 없음을 나타내는 것이다. URP primer 10종을 공시하여 소형의 포자를 형성하는 Alternaria 균류의 핵산지문분석을 실시한 결과, 개개의 primer 로는 종간의 구분이 불가능하였으나 여러개의 primer를 종합하여 UPGMA분석을 실시할 경우 비록 종간 유사도는 높았디만 각각의 종은 독립된 cluster를 형성하여 종간 구별이 가능하였다. 자리공에서 분리한 Alternaria sp.는 URP-PCR 핵산지문 분석 결과 다른 Alternaria 종들과 차이가 인정됨으로 이 균은 미기록인 신종의 Alternaria로 사료되었다. A.infectoria는 다른 Alternaria 종들과 ITS 분석 및 URP-PCR 핵산지문분석에서 큰 차이를 보임으로서 뚜렷이 구별되는 종으로 판단되었다.

• Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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• 제42권3호
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• pp.201-208
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• 2008

목적; 복부 전산화단층촬영(CT) 및 종양표지자와 비교를 통하여 자궁경부암 및 난소암의 재발을 진단하고 치료에 대한 반응을 평가하는데 FDG를 이용한 양전자단층촬영(PET)이 어떤 역할을 하고 있는지 알아보고 앞으로 환자의 주요 추적검사방법이 될 수 있는지에 대해 알아보고자 하였다. 대상 및 방법; 2006년 5월 1일부터 2007년 10월 31일 사이에 FDG-PET를 시행한 환자 중 비슷한 시기에 복부 CT를 시행 받은 67명 환자 103예를 대상으로 하였다(자궁경부암 42예, 난소암 51예). PET, CT 및 혈중 종양표지자에 대한 판독을 후향적으로 서로 비교하였다. 세 검사에서 모두 양성을 보이거나 추적검사상 병변이 커지거나 조직검사 및 기타 검사에서 양성을 보일 때를 재발이라고 정의하여 세 검사방법의 판독에서의 차이를 분석하였다. 자궁경부암군과 난소암군으로 나누어 PET와 복부 CT 종양 표지자에 대한 진단의 민감도, 특이도, 양성 및 음성예측도를 알아보았다. 결과; 재발로 진단된 예는 37예였다. 자궁경부암에서 재발로 진단되었던 경우가 11예(9명)였으며 민감도는 각각 100%(11/11), 54.5%(6/11), 81.1%(9/11)로 PET가 가장 높았고, 특이도는 각각 93.6%(29/31), 93.6%(29/31), 100% (31/31)로 종양표지자가 가장 높았다. 난소암의 재발 진단은 26예(15명)였으며 민감도는 각각 96.2%(25/26), 84.6% (22/26), 80.8%(21/26)로 PET가 가장 높았고, 특이도는 세 검사에서 94.3%(33/35)로 동일하였다. CT에 비하여 PET에서 복강내 전이를 6예를 더 진단하였고 4예의 종격동임파절 및 폐전이를 더 진단할 수 있었으며 2예의 쇄골상와임파절과 1예의 액와임파절의 전이를 더 진단하였다. 재발환자의 분석에서 PET는 복부 외 장기의 재발을 발견할 수 있었고 복부내 재발의 경우에도 CT보다 더 민감하게 재발부위를 찾을 수 있었던 반면 CT의 도움 없이는 정확한 위치 측정이 어려웠다. CT는 잔여종양과 양성섬유화의 구분 및 조직간의 경계부위에서 종양의 구분이 어려웠고 복부 이외 장기의 전이를 발견할 수 없었다. 결론; PET는 자궁경부암과 난소암 진단에서 CT에 비해 적용 부위가 크고 조직 대조도가 커 민감도가 높은 검사법으로서 치료 후 잔여 종양의 여부나 재발을 진단하는 데 필수적이 검사법이 될 것으로 사료된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제5권2호
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• pp.181-190
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• 1999

한국인의 대표적인 성인 고형 종양인 위암, 간암, 유방암과 소아 백혈병 및 2종의 소아 고형 종양 환자로부터 혈장 transforming growth factor-$\beta$1 (TGF-$\beta$1) 농도를 sandwich ELISA 분석법을 이용해 측정함으로써 TGF-$\beta$1을 이 질환들에 대한 새로운 종양표지자 (tumor marker)로 사용할 수 있는지 검토하였다. 토한 연령 및 성별에 따른 혈장 TGF-$\beta$1 농도의 정상치를 조사하였다. 신생아에서 70대까지 혈장 TGF-$\beta$1 농도의 차이는 없었고 남녀간의 차이도 없었다. 위암 환자의 혈장 TGF-$\beta$1 농도는 16.0$\pm$6.8 ng/ml (평균$\pm$표준편차)로 정상 대조군의 TGF-$\beta$1 농도 (8.3$\pm$5.0 ng/ml) 보다 유의하게 높았으나 간암, 유방암 환자의 혈장 TGF-$\beta$1 농도는 대조군과 차이가 없었다. 그리고 위암 환자 16명 ,간암 환자 8명, 유방암 환자 7명 중 각각 7명 (43.7%), 1명 (12.5%), 1명 (14.3%)에서만 혈장 TGF-$\beta$1 농도가 증가되었다. 5명의 소아 백혈병 환자에서는 관해 (remission)여부와 상관없이 혈장TGF-$\beta$1농도가 모두 정상 범위에 있었으나 2명의 소아 고형암 환자에서는 종양 절제 전에는 혈장 TGF-$\beta$1농도가 높았다가 절제 후 정상으로 떨어졌다. 결론적으로 1)정상인의 혈장 TGF-$\beta$1 농도는 연령 및 성별에 따른 차이가 없다는 것을 알 수 있었고, 2)성인 고형암인 위암, 간암, 유방암에서는 낮은 민감도로 인해 TGF-$\beta$1을 진단을 위한 선별 검사로 이용하기에는 부적절한 것으로 판단되었으며, 3)정상 대조군보다 혈장 TGF-$\beta$1 농도가 높았던 위 암 환자와 종양 절제 전후로 혈장 TGF-$\beta$1 농도가 민감하게 변했던 소아 고형암 환자에 대 해서는 향후 표본 수를 늘려 부가적인 연구를 해야 할 것으로 사료된다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제4권4호
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• pp.235-241
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• 2004

목적: 위암의 혈청 종양표지자인 CEA, CA 19.9, CA 72-4가 위암의 수술 전 평가 및 수술 후 재발 감시에 있어서 유용성이 있는지의 여부를 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 대상 및 방법: 1995년부터 2000년까지 위암으로 근치적 위절제술을 시행 받은 환자 중 수술 전, 수술 후 2주 그리고 6개월 간격의 추적 관찰 기간 동안 혈청 CEA, CA 19-9, CA 72-4 검사가 시행되었던 환자 255명을 대상으로 후향적 연구를 시행하였다. 종양표지자의 정상 참고치는 CEA의 경우 5 ng/ml, CA 19-9의 경우 36 U/ml, CA 72-4의 경우 4 U/ml로 하였다. 병기는 UICC TNM 병기분류법 제 5판에 준하여 분류하였다. 결과: 각 종양표지자의 수술 전 양성률은 CEA $10.5\%$, CA 19-9 $9.7\%$, CA 72-4 $12.4\%$였고, 세 종양표지자 모두 근치수술 후 혈청치가 감소하였다. CEA가 종양크기와 통계적인 연관성이 없는 것을 제외하고, 세 종양표지자의 수술 전 혈청치는 종양침윤깊이, 종양크기, 림프절 전이, 병기 그리고 재발과 의의있는 연관성이 있었다. 재발 환자에 있어서 종양표지자의 민감도는 CEA $43.3\%$, CA 19-9 $41.8\%$, CA 72-4 $50.0\%$였고, 특이도는 CEA $85.1\%$,CA 19-9 $96.8\%$, CA 72-4 $87.8\%$였다. 결론: CEA,CA19-9, CA 72-4의 수술 전 혈청치는 낮은 양성률 때문에 위암의 초기 진단에 유용성이 낮다. 그렇지만 수술 전 혈청치의 양성률이 종양침윤깊이, 림프절 전이, 종양크기, 병기, 재발과 연관성이 있고, 또한 수술 후 추적 관찰 중에 측정한 세 종양표지자의 혈청치도 비록 민감도는 낮지만 재발과 통계적으로 의의있는 연관성이 있다는 점을 고려해야한다.

• Advances in Traditional Medicine
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• 제5권4호
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• pp.262-271
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• 2005

Cordyceps, one of the most valued traditional Chinese medicines, consists of the dried fungus Cordyceps sinensis growing on the larva of caterpillar. It is also known as 'winter-worm and summer-grass' because of its appearance during different seasons. The parasitic complex of the fungus and the caterpillar is found in soil of a prairie at an elevation of 3,500 to 5,000 meters in northwestern part of China. According to Chinese medicinal theory, Cordyceps is used to replenish the kidney and soothe the lung, and indeed many clinical applications have been reported. The natural Cordyceps is rare and expensive on the local market, and therefore, several mycelial strains have been isolated from natural Cordyceps and manufactured in large quantities by fermentation technology, and they are commonly sold as health food products in Orient. The adulterants of Cordyceps are commonly found on the market, and therefore the authentication of these products has to be defined. Having the urgent need from current market, different chemical markers such as nucleoside, ergosterol, mannitol and polysaccharide are being used for quality control of Cordyceps. Unfortunately, these markers are far from optimization, and therefore extensive works are needed to define the pharmacological efficiency of these markers.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권3호
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• pp.287-292
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• 2000

Recombinant Aspergillus niger was constructed to express and secrete a biologically active murine granulaocyte macrophage-colony stimulating factor (mGM-CSF). A 500 bp fragment encoding the signal peptide and terminator of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gpd). The hygromycin phosphotrasferase gene (hph) was used as a selection marker for the fungal transformants. An expression vector was introduced into A. niger ATCC 9642, and a Northern blot analysis indicated the presence of a considerable amount of transcripts from the introduced mGM-CSF. The biological activity of recombinant mGM-CSF (rmGM-CSF) isolated from the culture filtrate was confirmend by measuring the proliferationof the GM-CSF dependent FDC-P1 cell line. It appeared that rmGM-CSF was amenable to the proteolytic activity produced by A. niger, since biological actibity was only observed when the transformants were grown in a protease-repressing medium, and the activity of rmGM-CSF dramatically decreased with an increase of age of the culture. The yield of rmGM-CSF, as determined by ELISA. was 640 ng/l of culture filtrate. Accordingly, its specific activity is estimated to be approximately two-and-a-half times higher than that of a commercial preparation from E. coli.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제3권2호
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• pp.78-85
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• 1993

In order to elucidate the mechanism which regulates the production of cyclodextrin glucanotransferase (CGTase) and to achieve overproduction of CGTase by releasing catabolite (glucose) repression, several catabolite repression resistant mutants were selected from newly screened Bacillus firmus var. alkalophilus H609, after NTG (N-methyl-N -nitro-N-nitrosoguanidine) treatment, using 2-deoxyglucose as a nonmetabolizable analog of catabolite glucose and as a selection marker. Five catabolite repression resistant mutants were selected from about 30, 000 2-deoxyglucose resistant colonies. Relative catabolite repression indices of the selected mutants were in the range of 8~80% assuming 100% for parent strain. The amount of CGTase produced by the mutant strain CR41, which was 250 units/ml, was three times larger than that produced by its parent strain. The mutation seems to have occurred in the regulatory region of CGTase gene and not in the structural region or the glucose transporting system in cell membrane. The enzymatic properties of CGTase excreted from parent and mutant strains were also compared.

• Food Science and Biotechnology
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• 제17권2호
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• pp.357-361
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• 2008

One of the major allergenic proteins in common buckwheat (Fagopyrum elculentum) was found to be a BW10KD. In this work, allergenic BW10KD genomic DNAs from the native common buckwheat 'Pyeongchang' and Tartarian buckwheat 'Clfa47' were cloned by polymerase chain reaction (PCR), and their nucleotide sequences were determined. In addition, a novel PCR assay targeting the allergenic BW10KD gene was developed to detect and differentiate both buckwheat species in food. The nucleotide sequences of the BW10KD genomic DNA from 'Pyeongchang' and 'Clfa47' were 94% identical. Base differences in the nucleotide sequences of the BW10KD genes are probably useful as a molecular marker for species-specific identification. The 'Pyeongchang'-specific primer set 154PF/400PR and the 'Clfa47'-specific primer set 154DF/253DR generated 247 and 100 bp fragments in singleplex PCR, respectively. A duplex PCR assay with 2 species-specific primer sets simultaneously differentiated the 'Pyeongchang' and 'Clfa47' in a single reaction. The PCR assay also successfully allowed for the rapid detection of buckwheat ingredients in foods.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2015년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.42-42
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• 2015

Plasmodiophora brassicae, the causal agent of clubroot disease, does the most serious damage to the Brassica crops. The limited control approaches make that the identification of clubroot resistance (CR) is more important for developing CR cultivars of the Brassica crops. So far, 8 CR loci were mapped. However, the variation of P. brassicae leads to the rapid erosion of its resistance. To identify novel CR genes, we employed three mapping population, derived from crosses between Chinese cabbage and turnip inbred lines ($59-1{\times}ECD04$ and $BJN3-1{\times}Siloga$) or between Chinese cabbage inbred lines ($BJN3-1{\times}85-I-II$), to perform QTL analysis. Totally, 8 CR loci were indentified and showed race-specific resistance. Physical mapping of these 8 loci suggested that 4 were located previously mapped position, indicating they might be the same allele or different alleles of the same genes. Other 4 loci were found to be novel. Further, CR near isogenic line carrying each CR locus was developed based on the marker assisted selection. Verification of these CR loci was underway. Identification of these novel CR genes would facilitate to breed broad-spectrum and durable CR cultivars of B. rapa by pyramiding strategies.