• 제목/요약/키워드: ITS 변이

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Internal Transcribed Spacer와 5.8S ribosomal DNA의 염기서열 분석에 의한 Agaricus blazei와 근연종에 대한 계통분류학적인 연구 (Phylogenetic Analysis of Agaricus blazei and Related Taxa by Comparing the Sequences of Internal Transcribed Spacers and 5.8S rDNA)

  • 김기영;하명규;이태호;이재동
    • 미생물학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.180-184
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    • 1999
  • Agaricus 속의 계통분류학적 유연관계를 알아보기 위하여 Internal transcribed spacers 1,2, 와 5.8S rDNA 에 해당하는 부위를 PCR 기법으로 증폭하여 염기서열을 비교 조사하였다. 본 실험에 사용되어진 aGARICUS 속 5균주에 대한 염기서열을 분석한 결과, 이들 속은 크게 두 개의 군으로 분류되었다. 첫 번째 분류군은 aGARICUS BLAZEI atcc 76739, 현재 우리나라에서 배양중인 Agaricus blazei, agaricus arvensis IMSNU 32049, 그리고 Agaricus campestris VPI-OKM 25665로 이루어 졌다. 특히, Agaricus blazei ATCC 76739와 현재 우리나라 농가에서 배양중인 Agaricus blazeisms ITS 부위에서 5개의 염기서열에서 변이가 발견되었다. 이러한 변이는 지리적 또는 배양상의 변이로 인하여 특정염기서열에서 변이가 발생한 것으로 간주되므로 이들은 상호 동일종일 것으로 추정된다. 또한, Agaricus arvensis IMSNU 32049 와 Agaricus ampestris VPI-LKM 25665는 Agaricus blazei 하위 분류군을 형성하였다. 두 번째 분류군은 Agaricus bisporus CH 3004와 Agaricus pocillator DUKE-J 173 으로 이루어졌다.

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PCR-RAPD와 ITS 서열 분석에 의한 두릅나무과 (Araliaceae) 의 유연관계 분석 (A Phylogenetic Relationships of Araliaceae Based on PCR-RAPD and ITS Sequences)

  • 김남희;양덕춘;엄안흠
    • 한국자원식물학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.82-93
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    • 2004
  • 국내에 자생하는 두릅나무과 식물의 형태적 분류를 재확인하고, 분자적 방법에 의해 속 및 종간 유연 관계를 파악해 보고자 PCR-RAPD 와 ITS sequence 분석을 실시하였다. 채집된 오갈피과 식물을 이용하여 PCR-RAPD를 실시한 결과 속과 종을 구분할 수 있는 다양한 polymorphic 밴드를 관찰할 수 있었다. 또한 실험에 이용한 두릅나무 개체군 내에서 다양한 쓱 변이가 있음을 확인할 수 있었고, 인삼에서는 재배종 내의 변이는 관찰되지 않았으나 야생종과 재배종간의 유전적 차이가 존재함을 확인할 수 있는 밴드들이 나타났다. ITS분석에서는 각각의 속과 종만이 지니는 특이 염기 서열이 나타나 ITS를 이용한 속과 종 분류가 가능하였다. ITS 염기서열로 작성한 계통수를 분석 한 결과 오갈피속은 음나무속과 근연임을 알 수 있었고, 두릅속과 인삼속이 하나의 계통이며 송악은 다른 속과 명료하게 구분됨을 확인하였다. 두릅속과 인삼속이 근연관계임은 RAPD 결과에서도 확인되었다. 인삼은 RAPD 분석 결과 재배종과 야생종 사이에 변이가 존재함이 관찰되었으나, ITS 분석 결과에서는 야생종과 재배종간의 변이를 관찰 할 수 있는 결과가 나타나지 않았다. 또한 RAPD와 ITS 분석 결과 모두 지역에 따른 재배종 인삼의 유전적 차이도 관찰되지 않았다. 이를 통해 국내에서 재배중인 인삼이 단계통임을 알 수 있었다. ITS 분석에서는 속과 종 수준의 분류가 가능한 특이 염기 서열들이 관찰되었다.

고도에 따른 지역별 복숭아혹진딧물 집단 변이 마커 개발 (Development of Variation Marker of Myzus persicae by Altitude)

  • 김주일;권민
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.325-333
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    • 2011
  • 기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.

공간적으로 변이하는 지진파에 대한 터널의 응답 예측 (Prediction of Tunnel Response by Spatially Variable Ground Motion)

  • 김인태;한정우;윤세웅;박두희
    • 한국지반환경공학회 논문집
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    • 제9권4호
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    • pp.53-61
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    • 2008
  • 지진파는 진원지로부터 지표면으로 전파되는 과정에서 전파경로와 부지증폭정도의 차이, 그리고 비균질한 지반에서의 지진파 산란 등으로 인하여 공간적으로 변이하게 된다. 공간적으로 변이하는 지진파는 교량과 터널과 같이 종단방향 길이가 긴 구조물에 큰 영향을 미칠 수 있다. 지진파의 공간적 변이성이 교량에 미치는 영향에 대해서는 잘 알려져 있지만 터널에 미치는 영향에 대해서는 체계적인 연구가 수행된 바 없다. 본 연구에서는 공간적으로 변이하는 지진파에 대한 터널의 응답을 예측하기 위한 새로운 기법을 개발하였다. 개발된 기법의 핵심은 이격거리별 계산된 공간적으로 변이하는 지진파의 시간이력으로부터 생성되는 종단방향 변위 주상도이다. 종단방향 변위 주상도는 일련의 3차원 유사정적 유한요소해석을 수행하는데 사용되었다. 해석결과, 공간적으로 변이하는 지진파는 터널에 종단방향 휨을 유발하며 터널 라이닝에 큰 축력이 발생할 수 있는 것으로 나타났다. 이는 특히 지반의 특성이 변이하는 경계면에서 영향이 큰 것으로 나타났다.

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돼지풀 및 단풍잎돼지풀의 ITS 염기서열 변이 (ITS sequence variations in common ragweed and giant ragweed)

  • 김영동;박종욱;선병윤;김기중;이은주;김성희
    • 식물분류학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.273-285
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    • 2005
  • 국내에 분포하는 대표적 침입외래식물인 돼지풀과 단풍잎돼지풀이 나타내는 유전적 변이양상을 파악하기 위해 국내집단을 중심으로 돼지풀 157개체와 단풍잎돼지풀 46개체로부터 핵 rDNA의 ITS(Internal Transcribed Spacer)지역 염기서열을 분석하였다. 그 결과 돼지풀에서는 총 18개의 ITS 유형이, 단풍잎돼지풀에서는 4개의 유형이 각각 검출되었다. 돼지풀의 경우 각각의 ITS 유형간에는 1bp에서 7bp까지 차이가 나는 것으로 확인되었으며, 단풍잎돼지풀의 경우 각 유형 간에 1bp에서 2bp의 차이가 발견되었다. 돼지풀의 국내집단에서 18개에 이르는 다양한 ITS 유형이 검출되었다는 사실은 이 종이 우리나라에 여러 차례 반복해서 유입했기 때문인 것으로 풀이된다. 한편 일부 ITS 유형은 유전적 재조합에 의해 형성되었을 가능성이 있으며, 각각 한 개체에서만 발견된 12개의 소수 유형들은 점돌연변이 또는 그에 뒤이은 유전적 재조합에 의해 국내에서 독자적으로 기원했을 것으로 추정된다. 본 연구를 통해 침입과정에서 나타나는 돼지풀의 진화적 변화를 이해하는데 필요한 유용한 유전적 기초정보가 확보되었다.

다시점 동영상에서의 효율적인 변이 벡터 압축 기법 (Multi-view video coding using efficient disparity vector prediction)

  • 김용태;손광훈
    • 방송공학회논문지
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    • 제10권4호통권29호
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    • pp.621-631
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    • 2005
  • 다시점 동영상 부호화기의 성능을 향상시키기 위해서 본 논문에서는 평행식 카메라 구조에서의 효율적인 변이 벡터 예측을 이용한 부호화 방식을 제안한다 변이 벡터는 움직임 벡터와는 달리 다시점 카메라 구조 정보로부터 예측이 가능하다. 이러한 성질을 이용하여 예측하여 구한 예측 벡터와 직접 추정한 변이 벡터와의 차이값을 부호화한다. 그러므로 변이 벡터 부호화의 성능을 향상시키기 위해서 정교한 변이 벡터의 예측이 필요하다. 기존의 벡터 예측 방식은 미리 부호화된 주위 블록의 변이 벡터를 이용하여 현재 블록의 변이 벡터를 예측하지만 제안 알고리듬은 다시점 영상간의 상관성을 이용한다. 본 논문에서는 5시점 동영상에 대해서 차벡터의 엔트로피와 절대 평균값을 구하는 실험을 수행하였다. 실험 결과를 통해서 기존의 공간적인 상관성만을 이용하여 변이 벡터를 부호화하는 방식보다 제안 알고리듬이 우수한 성능을 보임을 확인하였다. 제안 알고리듬은 기존알고리듬과 비교하여 영상의 화질을 유지하면서 $30{\~}40\%$의 부호화 효율을 증가시킨다.

환경색채계획을 위한 서울시 한강변 아파트 외장 색채팔레트에 관한 연구 (A Study on the Exterior Color Palette of the Apartment Buildings around Han River in Seoul for Environmental Color Plan)

  • 최희승;박영순
    • 한국실내디자인학회:학술대회논문집
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    • 한국실내디자인학회 2002년도 춘계학술발표대회 논문집
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    • pp.154-158
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    • 2002
  • The object of this study is to find out our present exterior color palette of the apartment buildings by Han River, which represents the visual image of Seoul, to reveal how well it is harmonized with its surroundings along with the last 10 years researches, and to compare its correspondence with the city plan of Seoul. Furthermore, it is the ultimate purpose to prepare source materials for desirable color plan of the city.

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변단면 전조 가공 철근이음 연결방법의 성능 평가 (Mechanical Performance Evaluation of Rolling Thread Steel Rebar Connection with Taper type Coupler)

  • 정진환;김인태;김태진;이명진;안진희
    • 한국구조물진단유지관리공학회 논문집
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    • 제19권2호
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    • pp.40-51
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    • 2015
  • 콘크리트 구조물에서는 인장응력에 대한 저항과 콘크리트내의 하중전달을 위한 철근이음이 고려되어야 한다. 현재 사용되고 있는 철근의 이음방법으로는 전통적으로 사용되는 겹침이음과 함께 채움금속이음을 갖는 슬리브이음과 전조 평행나사 이음과 같은 기계적 철근연결방법 등이 사용되고 있다. 본 연구는 기존에 사용되고 있는 기계적 철근 이음의 시공성과 구조적 성능을 개선하기 위하여 전조 변단면 철근이음을 제안하고 이를 적용한 철근의 구조성능과 파괴거동을 평가하기 위하여 철근연결 종류 및 체결 특성을 고려한 인장강도 실험과 휨하중 실험을 실시하였다. 이를 통하여 제안된 전조 변단면 이음을 적용한 철근의 인장강도 및 휨성능을 비교 평가하였다. 본 연구결과 전조변단면 이음을 적용한 철근이 이음이 없는 철근과 비교하여 동일한 구조성능을 가지는 것으로 나타나 철근콘크리트 구조물의 철근 이음을 위하여 사용할 수 있을 것이다.

팽이버섯의 유전적 변이 (Genetic Variation in Flammulina velutipes)

  • 김종봉;정자인
    • 생명과학회지
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    • 제21권10호
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    • pp.1434-1442
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    • 2011
  • ITS 염기서열과 RAPD를 이용하여 F. velutipes 29개의 팽이버섯 품종 간의 유전적 변이를 분석하였다. ITS 부위에서 720 bp의 염기서열을 확인 하였으나 29개의 팽이품종간에 유의적인 차이가 없었다. RAPD 분석 결과 40개의 random primer 중 다형성을 나타내는 primer는 16개였으며, 그 중 뚜렸한 다형성을 띄는 primer는 OPA-2,4,3,9,10,20 이었다. 이들 29개 품종에서 primer에 의해 증폭된 밴드는 모두 3,030개 였으며, DNA 단편의 크기는 200~2,000 bp 사이에 위치하였다. 또한 3,030개의 scrabble RAPD band들을 marker로 하여 Nei-Li's의 방법을 이용한 비유사도 지수행렬을 조사한 결과 전체 29개 품종의 종내 유전적 변이는 3.3~45%였고, 특히 한국 야생팽이의 종내 유전적 변이도는 17~38.6%로 품종 간 다형성을 확인하였다. RAPD 변이에 기초하여 neighbor-joining tree (NJ) 분석에서는 5개의 cluster로 구분되었으며, 각각의 cluster는 품종, 지역 적 특성을 나타내었다. 본 연구 결과 RAPD와 실험을 통해 확인된 OPA, OPB primer의 경우 미확인 팽이품종들을 검색 하는데 분자 유전적 표지 maker로써 이용 할 수 있는 것으로 생각된다.

PCR 다형성 분석에 의한 비늘버섯 속 계통의 유연관계 분석 (Phylogenetic relationships in different strains of Pholiota species based on PCR polymorphism)

  • 권운혁;박혁;백민재;조우진;최우정;안치범;신도빈;이태수
    • 한국버섯학회지
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    • 제11권2호
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    • pp.69-76
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    • 2013
  • 우리나라와 전 세계의 여러 지역에서 수집한 비늘버섯속 18 균주와 개암비늘버섯 2 균주를 대상으로 rDNA의 ITS region 염기서열과 genomic DNA의 RAPD-PCR을 수행하였다. ITS1과 ITS2영역의 염기의 수는 각각 233~271, 158~233 그리고 174~219 염기쌍으로 종에 따라 변이가 있었는데 ITS2영역의 염기서열이 ITS1의 영역보다 변이가 높았고 5.8S지역의염기의수는 비교적 변이가 적었다. 각각의 균주 간 유연관계를 알아보기 위해 ITS영역의 염기서열을 이용하여 계통도를 작성한 결과 실험에 사용한 균주는 8개의 클러스터로 나누어지는 것으로 나타났으며 동일한 종의 버섯은 동일한 클러스터에 속하는 것으로 나타났다. 또한 20종류의 primer를 이용하여 비늘버섯속 버섯을 대상으로 RAPD-PCR을 수행한 결과 15개의 primer가 효과적으로 염색체 DNA를 증폭하는 것으로 나타났다. 증폭의 양상은 primer의 종류와 종에 따라 변이가 있었다. 이 결과를 토대로 계통수를 작성한 결과 계통수는 ITS 영역의 PCR 결과와 매우 유사하였다. 본 실험결과, 실험에 사용한 비늘버섯속 버섯의 종과 계통 간의 유연관계는 높았으며, rDNA ITS 영역의 염기서열분석 결과를 이용해 공시된 각각의 비늘버섯 종을 분류하는데 유용하게 사용이 가능하였다.